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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MPD MPD '(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL ' non-polymer 22 8 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MPD
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MPD O4 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
MPD HO4 H H 0.000 0.192 0.092 0.943
MPD C4 C CH1 0.000 -0.739 -1.204 -0.220
MPD H4 H H 0.000 -0.957 -1.309 -1.292
MPD C5 C CH3 0.000 0.086 -2.402 0.253
MPD H53 H H 0.000 0.996 -2.442 -0.289
MPD H52 H H 0.000 0.297 -2.301 1.287
MPD H51 H H 0.000 -0.460 -3.295 0.091
MPD C3 C CH2 0.000 -2.052 -1.147 0.565
MPD H31 H H 0.000 -1.838 -0.954 1.618
MPD H32 H H 0.000 -2.574 -2.101 0.470
MPD C2 C CT 0.000 -2.930 -0.025 0.007
MPD CM C CH3 0.000 -4.242 0.033 0.791
MPD HM3 H H 0.000 -4.036 0.220 1.813
MPD HM2 H H 0.000 -4.851 0.809 0.406
MPD HM1 H H 0.000 -4.751 -0.892 0.699
MPD O2 O OH1 0.000 -2.245 1.224 0.133
MPD HO2 H H 0.000 -2.056 1.395 1.065
MPD C1 C CH3 0.000 -3.229 -0.296 -1.468
MPD H13 H H 0.000 -3.737 -1.221 -1.563
MPD H12 H H 0.000 -3.837 0.481 -1.855
MPD H11 H H 0.000 -2.321 -0.336 -2.012
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MPD O4 n/a C4 START
MPD HO4 O4 . .
MPD C4 O4 C3 .
MPD H4 C4 . .
MPD C5 C4 H51 .
MPD H53 C5 . .
MPD H52 C5 . .
MPD H51 C5 . .
MPD C3 C4 C2 .
MPD H31 C3 . .
MPD H32 C3 . .
MPD C2 C3 C1 .
MPD CM C2 HM1 .
MPD HM3 CM . .
MPD HM2 CM . .
MPD HM1 CM . .
MPD O2 C2 HO2 .
MPD HO2 O2 . .
MPD C1 C2 H11 .
MPD H13 C1 . .
MPD H12 C1 . .
MPD H11 C1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MPD C1 C2 single 1.524 0.020
MPD H11 C1 single 1.059 0.020
MPD H12 C1 single 1.059 0.020
MPD H13 C1 single 1.059 0.020
MPD O2 C2 single 1.432 0.020
MPD CM C2 single 1.524 0.020
MPD C2 C3 single 1.524 0.020
MPD HO2 O2 single 0.967 0.020
MPD HM1 CM single 1.059 0.020
MPD HM2 CM single 1.059 0.020
MPD HM3 CM single 1.059 0.020
MPD C3 C4 single 1.524 0.020
MPD H31 C3 single 1.092 0.020
MPD H32 C3 single 1.092 0.020
MPD C4 O4 single 1.432 0.020
MPD C5 C4 single 1.524 0.020
MPD H4 C4 single 1.099 0.020
MPD HO4 O4 single 0.967 0.020
MPD H51 C5 single 1.059 0.020
MPD H52 C5 single 1.059 0.020
MPD H53 C5 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MPD HO4 O4 C4 109.470 3.000
MPD O4 C4 H4 109.470 3.000
MPD O4 C4 C5 109.470 3.000
MPD O4 C4 C3 109.470 3.000
MPD H4 C4 C5 108.340 3.000
MPD H4 C4 C3 108.340 3.000
MPD C5 C4 C3 111.000 3.000
MPD C4 C5 H53 109.470 3.000
MPD C4 C5 H52 109.470 3.000
MPD C4 C5 H51 109.470 3.000
MPD H53 C5 H52 109.470 3.000
MPD H53 C5 H51 109.470 3.000
MPD H52 C5 H51 109.470 3.000
MPD C4 C3 H31 109.470 3.000
MPD C4 C3 H32 109.470 3.000
MPD C4 C3 C2 111.000 3.000
MPD H31 C3 H32 107.900 3.000
MPD H31 C3 C2 109.470 3.000
MPD H32 C3 C2 109.470 3.000
MPD C3 C2 CM 111.000 3.000
MPD C3 C2 O2 109.470 3.000
MPD C3 C2 C1 111.000 3.000
MPD CM C2 O2 109.470 3.000
MPD CM C2 C1 111.000 3.000
MPD O2 C2 C1 109.470 3.000
MPD C2 CM HM3 109.470 3.000
MPD C2 CM HM2 109.470 3.000
MPD C2 CM HM1 109.470 3.000
MPD HM3 CM HM2 109.470 3.000
MPD HM3 CM HM1 109.470 3.000
MPD HM2 CM HM1 109.470 3.000
MPD C2 O2 HO2 109.470 3.000
MPD C2 C1 H13 109.470 3.000
MPD C2 C1 H12 109.470 3.000
MPD C2 C1 H11 109.470 3.000
MPD H13 C1 H12 109.470 3.000
MPD H13 C1 H11 109.470 3.000
MPD H12 C1 H11 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MPD var_1 HO4 O4 C4 C3 60.015 20.000 1
MPD var_2 O4 C4 C5 H51 -179.988 20.000 3
MPD var_3 O4 C4 C3 C2 65.015 20.000 3
MPD var_4 C4 C3 C2 C1 59.994 20.000 1
MPD var_5 C3 C2 CM HM1 -60.020 20.000 1
MPD var_6 C3 C2 O2 HO2 -59.958 20.000 1
MPD var_7 C3 C2 C1 H11 -59.987 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MPD chir_01 C2 C1 O2 CM negativ
MPD chir_02 C4 C3 O4 C5 negativ
# ------------------------------------------------------
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