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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MSG MSG '7-METHYL-6-THIO-GUANOSINE ' non-polymer 36 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MSG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
MSG S6 S S1 -1.000 0.000 0.000 0.000
MSG C6 C CR6 0.000 -1.629 -0.632 -0.234
MSG N1 N NRD6 0.000 -1.821 -1.904 -0.572
MSG C2 C CR6 0.000 -3.043 -2.388 -0.750
MSG N2 N NH2 0.000 -3.190 -3.720 -1.102
MSG HN22 H H 0.000 -2.375 -4.314 -1.221
MSG HN21 H H 0.000 -4.113 -4.117 -1.245
MSG N3 N NRD6 0.000 -4.127 -1.642 -0.603
MSG C4 C CR56 0.000 -4.026 -0.361 -0.267
MSG C5 C CR56 0.000 -2.752 0.198 -0.072
MSG N7 N NR5 1.000 -2.932 1.499 0.263
MSG C1 C CH3 0.000 -1.860 2.453 0.556
MSG H13 H H 0.000 -0.997 2.185 0.008
MSG H12 H H 0.000 -2.173 3.424 0.277
MSG H11 H H 0.000 -1.648 2.430 1.591
MSG C8 C CR15 0.000 -4.205 1.769 0.278
MSG H8 H H 0.000 -4.632 2.737 0.511
MSG N9 N NR5 0.000 -4.922 0.654 -0.042
MSG "C1'" C CH1 0.000 -6.381 0.557 -0.132
MSG "H1'" H H 0.000 -6.670 -0.125 -0.944
MSG "O4'" O O2 0.000 -6.959 1.863 -0.344
MSG "C2'" C CH1 0.000 -6.971 0.075 1.212
MSG "H2'" H H 0.000 -6.287 0.313 2.039
MSG "O2'" O OH1 0.000 -7.240 -1.329 1.173
MSG H2 H H 0.000 -7.663 -1.598 1.999
MSG "C3'" C CH1 0.000 -8.287 0.875 1.350
MSG "H3'" H H 0.000 -8.259 1.510 2.246
MSG "O3'" O OH1 0.000 -9.409 -0.009 1.398
MSG H1 H H 0.000 -10.226 0.508 1.424
MSG "C4'" C CH1 0.000 -8.337 1.742 0.072
MSG "H4'" H H 0.000 -8.929 1.241 -0.707
MSG "C5'" C CH2 0.000 -8.923 3.120 0.383
MSG "H5'1" H H 0.000 -8.282 3.632 1.104
MSG "H5'2" H H 0.000 -9.923 3.003 0.806
MSG "O5'" O OH1 0.000 -8.999 3.888 -0.819
MSG "H5'" H H 0.000 -9.370 4.759 -0.621
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
MSG S6 n/a C6 START
MSG C6 S6 N1 .
MSG N1 C6 C2 .
MSG C2 N1 N3 .
MSG N2 C2 HN21 .
MSG HN22 N2 . .
MSG HN21 N2 . .
MSG N3 C2 C4 .
MSG C4 N3 N9 .
MSG C5 C4 N7 .
MSG N7 C5 C8 .
MSG C1 N7 H11 .
MSG H13 C1 . .
MSG H12 C1 . .
MSG H11 C1 . .
MSG C8 N7 H8 .
MSG H8 C8 . .
MSG N9 C4 "C1'" .
MSG "C1'" N9 "C2'" .
MSG "H1'" "C1'" . .
MSG "O4'" "C1'" . .
MSG "C2'" "C1'" "C3'" .
MSG "H2'" "C2'" . .
MSG "O2'" "C2'" H2 .
MSG H2 "O2'" . .
MSG "C3'" "C2'" "C4'" .
MSG "H3'" "C3'" . .
MSG "O3'" "C3'" H1 .
MSG H1 "O3'" . .
MSG "C4'" "C3'" "C5'" .
MSG "H4'" "C4'" . .
MSG "C5'" "C4'" "O5'" .
MSG "H5'1" "C5'" . .
MSG "H5'2" "C5'" . .
MSG "O5'" "C5'" "H5'" .
MSG "H5'" "O5'" . END
MSG "C4'" "O4'" . ADD
MSG N9 C8 . ADD
MSG C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
MSG "O5'" "C5'" single 1.432 0.020
MSG "H5'" "O5'" single 0.967 0.020
MSG "C5'" "C4'" single 1.524 0.020
MSG "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
MSG "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
MSG "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
MSG "C4'" "C3'" single 1.524 0.020
MSG "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
MSG "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
MSG "C1'" N9 single 1.485 0.020
MSG "C2'" "C1'" single 1.524 0.020
MSG "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
MSG N9 C8 single 1.337 0.020
MSG N9 C4 single 1.337 0.020
MSG C8 N7 double 1.337 0.020
MSG H8 C8 single 1.083 0.020
MSG C1 N7 single 1.485 0.020
MSG N7 C5 single 1.337 0.020
MSG H11 C1 single 1.059 0.020
MSG H12 C1 single 1.059 0.020
MSG H13 C1 single 1.059 0.020
MSG C5 C6 single 1.490 0.020
MSG C5 C4 double 1.490 0.020
MSG C6 S6 single 1.595 0.020
MSG N1 C6 double 1.350 0.020
MSG C2 N1 single 1.350 0.020
MSG N2 C2 single 1.355 0.020
MSG N3 C2 double 1.350 0.020
MSG HN21 N2 single 1.010 0.020
MSG HN22 N2 single 1.010 0.020
MSG C4 N3 single 1.355 0.020
MSG "O2'" "C2'" single 1.432 0.020
MSG "C3'" "C2'" single 1.524 0.020
MSG "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
MSG H2 "O2'" single 0.967 0.020
MSG "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
MSG "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
MSG H1 "O3'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
MSG S6 C6 N1 120.000 3.000
MSG S6 C6 C5 120.000 3.000
MSG N1 C6 C5 120.000 3.000
MSG C6 N1 C2 120.000 3.000
MSG N1 C2 N2 120.000 3.000
MSG N1 C2 N3 120.000 3.000
MSG N2 C2 N3 120.000 3.000
MSG C2 N2 HN22 120.000 3.000
MSG C2 N2 HN21 120.000 3.000
MSG HN22 N2 HN21 120.000 3.000
MSG C2 N3 C4 120.000 3.000
MSG N3 C4 C5 120.000 3.000
MSG N3 C4 N9 132.000 3.000
MSG C5 C4 N9 108.000 3.000
MSG C4 C5 N7 108.000 3.000
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MSG C5 N7 C8 108.000 3.000
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MSG N7 C1 H13 109.470 3.000
MSG N7 C1 H12 109.470 3.000
MSG N7 C1 H11 109.470 3.000
MSG H13 C1 H12 109.470 3.000
MSG H13 C1 H11 109.470 3.000
MSG H12 C1 H11 109.470 3.000
MSG N7 C8 H8 126.000 3.000
MSG N7 C8 N9 108.000 3.000
MSG H8 C8 N9 126.000 3.000
MSG C4 N9 "C1'" 126.000 3.000
MSG C4 N9 C8 108.000 3.000
MSG "C1'" N9 C8 126.000 3.000
MSG N9 "C1'" "H1'" 109.470 3.000
MSG N9 "C1'" "O4'" 109.470 3.000
MSG N9 "C1'" "C2'" 109.470 3.000
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MSG "O4'" "C1'" "C2'" 109.470 3.000
MSG "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
MSG "C1'" "C2'" "H2'" 108.340 3.000
MSG "C1'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
MSG "C1'" "C2'" "C3'" 111.000 3.000
MSG "H2'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
MSG "H2'" "C2'" "C3'" 108.340 3.000
MSG "O2'" "C2'" "C3'" 109.470 3.000
MSG "C2'" "O2'" H2 109.470 3.000
MSG "C2'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
MSG "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
MSG "C2'" "C3'" "C4'" 111.000 3.000
MSG "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
MSG "H3'" "C3'" "C4'" 108.340 3.000
MSG "O3'" "C3'" "C4'" 109.470 3.000
MSG "C3'" "O3'" H1 109.470 3.000
MSG "C3'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
MSG "C3'" "C4'" "C5'" 111.000 3.000
MSG "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
MSG "H4'" "C4'" "C5'" 108.340 3.000
MSG "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
MSG "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
MSG "C4'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
MSG "C4'" "C5'" "H5'2" 109.470 3.000
MSG "C4'" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
MSG "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
MSG "H5'1" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
MSG "H5'2" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
MSG "C5'" "O5'" "H5'" 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
MSG CONST_1 S6 C6 N1 C2 180.000 0.000 0
MSG CONST_2 C6 N1 C2 N3 0.000 0.000 0
MSG CONST_3 N1 C2 N2 HN21 -179.977 0.000 0
MSG CONST_4 N1 C2 N3 C4 0.000 0.000 0
MSG CONST_5 C2 N3 C4 N9 180.000 0.000 0
MSG CONST_6 N3 C4 C5 N7 180.000 0.000 0
MSG CONST_7 C4 C5 C6 S6 180.000 0.000 0
MSG CONST_8 C4 C5 N7 C8 0.000 0.000 0
MSG var_1 C5 N7 C1 H11 -90.327 20.000 1
MSG CONST_9 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
MSG CONST_10 N3 C4 N9 "C1'" 0.000 0.000 0
MSG CONST_11 C4 N9 C8 N7 0.000 0.000 0
MSG var_2 C4 N9 "C1'" "C2'" 86.634 20.000 1
MSG var_3 N9 "C1'" "O4'" "C4'" -150.000 20.000 1
MSG var_4 N9 "C1'" "C2'" "C3'" 150.000 20.000 3
MSG var_5 "C1'" "C2'" "O2'" H2 -176.139 20.000 1
MSG var_6 "C1'" "C2'" "C3'" "C4'" 0.000 20.000 3
MSG var_7 "C2'" "C3'" "O3'" H1 -176.136 20.000 1
MSG var_8 "C2'" "C3'" "C4'" "C5'" -150.000 20.000 3
MSG var_9 "C3'" "C4'" "O4'" "C1'" 30.000 20.000 1
MSG var_10 "C3'" "C4'" "C5'" "O5'" -178.164 20.000 3
MSG var_11 "C4'" "C5'" "O5'" "H5'" 179.919 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
MSG chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
MSG chir_02 "C1'" "O4'" N9 "C2'" negativ
MSG chir_03 "C2'" "C1'" "O2'" "C3'" positiv
MSG chir_04 "C3'" "C4'" "C2'" "O3'" positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
MSG plan-1 N9 0.020
MSG plan-1 "C1'" 0.020
MSG plan-1 C8 0.020
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MSG plan-1 N7 0.020
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MSG plan-1 C1 0.020
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MSG plan-1 C6 0.020
MSG plan-1 N1 0.020
MSG plan-1 C2 0.020
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MSG plan-1 HN22 0.020
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# ------------------------------------------------------
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