File: MYD.cif

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_lib_version      ?
_lib_update       ?
# ------------------------------------------------
#
# ---   LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
MYD      MYD '"{[5-(6-AMINO-PURIN-7-YL)-3,4-DIHYDR' non-polymer        72  43 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_MYD
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
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 MYD           H16    H    H         0.000     -0.068    0.999    4.762
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
 MYD      O29    n/a    P33    START
 MYD      P33    O29    O32    .
 MYD      O44    P33    H44    .
 MYD      H44    O44    .      .
 MYD      C34    P33    P35    .
 MYD      H341   C34    .      .
 MYD      H342   C34    .      .
 MYD      P35    C34    O36    .
 MYD      O30    P35    .      .
 MYD      O45    P35    H45    .
 MYD      H45    O45    .      .
 MYD      O36    P35    C37    .
 MYD      C37    O36    C38    .
 MYD      H371   C37    .      .
 MYD      H372   C37    .      .
 MYD      C38    C37    C39    .
 MYD      H381   C38    .      .
 MYD      H382   C38    .      .
 MYD      C39    C38    C46    .
 MYD      C40    C39    C41    .
 MYD      O31    C40    H31    .
 MYD      H31    O31    .      .
 MYD      C41    C40    C48    .
 MYD      C42    C41    O50    .
 MYD      O43    C42    .      .
 MYD      O50    C42    C49    .
 MYD      C49    O50    H491   .
 MYD      H492   C49    .      .
 MYD      H491   C49    .      .
 MYD      C48    C41    C47    .
 MYD      C47    C48    C52    .
 MYD      C52    C47    H521   .
 MYD      H523   C52    .      .
 MYD      H522   C52    .      .
 MYD      H521   C52    .      .
 MYD      C46    C39    O51    .
 MYD      O51    C46    C53    .
 MYD      C53    O51    H531   .
 MYD      H533   C53    .      .
 MYD      H532   C53    .      .
 MYD      H531   C53    .      .
 MYD      O32    P33    C28    .
 MYD      C28    O32    C27    .
 MYD      H281   C28    .      .
 MYD      H282   C28    .      .
 MYD      C27    C28    C26    .
 MYD      H27    C27    .      .
 MYD      C26    C27    C22    .
 MYD      H26    C26    .      .
 MYD      O25    C26    H25    .
 MYD      H25    O25    .      .
 MYD      C22    C26    C23    .
 MYD      H22    C22    .      .
 MYD      O21    C22    H21    .
 MYD      H21    O21    .      .
 MYD      C23    C22    N20    .
 MYD      H23    C23    .      .
 MYD      O24    C23    .      .
 MYD      N20    C23    C19    .
 MYD      C19    N20    N18    .
 MYD      N18    C19    C17    .
 MYD      C17    N18    N12    .
 MYD      H17    C17    .      .
 MYD      N12    C17    C13    .
 MYD      C13    N12    C14    .
 MYD      N11    C13    H111   .
 MYD      H112   N11    .      .
 MYD      H111   N11    .      .
 MYD      C14    C13    N15    .
 MYD      N15    C14    C16    .
 MYD      C16    N15    H16    .
 MYD      H16    C16    .      END
 MYD      C46    C47    .    ADD
 MYD      C48    C49    .    ADD
 MYD      C27    O24    .    ADD
 MYD      N20    C16    .    ADD
 MYD      C14    C19    .    ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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 MYD      C42    O50    C49     120.000    3.000
 MYD      O50    C49    H492    109.470    3.000
 MYD      O50    C49    H491    109.470    3.000
 MYD      O50    C49    C48     109.470    3.000
 MYD      H492   C49    H491    107.900    3.000
 MYD      H492   C49    C48     109.470    3.000
 MYD      H491   C49    C48     109.470    3.000
 MYD      C41    C48    C47     120.000    3.000
 MYD      C41    C48    C49     120.000    3.000
 MYD      C47    C48    C49     120.000    3.000
 MYD      C48    C47    C52     120.000    3.000
 MYD      C48    C47    C46     120.000    3.000
 MYD      C52    C47    C46     120.000    3.000
 MYD      C47    C52    H523    109.470    3.000
 MYD      C47    C52    H522    109.470    3.000
 MYD      C47    C52    H521    109.470    3.000
 MYD      H523   C52    H522    109.470    3.000
 MYD      H523   C52    H521    109.470    3.000
 MYD      H522   C52    H521    109.470    3.000
 MYD      C39    C46    O51     120.000    3.000
 MYD      C39    C46    C47     120.000    3.000
 MYD      O51    C46    C47     120.000    3.000
 MYD      C46    O51    C53     120.000    3.000
 MYD      O51    C53    H533    109.470    3.000
 MYD      O51    C53    H532    109.470    3.000
 MYD      O51    C53    H531    109.470    3.000
 MYD      H533   C53    H532    109.470    3.000
 MYD      H533   C53    H531    109.470    3.000
 MYD      H532   C53    H531    109.470    3.000
 MYD      P33    O32    C28     120.500    3.000
 MYD      O32    C28    H281    109.470    3.000
 MYD      O32    C28    H282    109.470    3.000
 MYD      O32    C28    C27     109.470    3.000
 MYD      H281   C28    H282    107.900    3.000
 MYD      H281   C28    C27     109.470    3.000
 MYD      H282   C28    C27     109.470    3.000
 MYD      C28    C27    H27     108.340    3.000
 MYD      C28    C27    C26     111.000    3.000
 MYD      C28    C27    O24     109.470    3.000
 MYD      H27    C27    C26     108.340    3.000
 MYD      H27    C27    O24     109.470    3.000
 MYD      C26    C27    O24     109.470    3.000
 MYD      C27    C26    H26     108.340    3.000
 MYD      C27    C26    O25     109.470    3.000
 MYD      C27    C26    C22     111.000    3.000
 MYD      H26    C26    O25     109.470    3.000
 MYD      H26    C26    C22     108.340    3.000
 MYD      O25    C26    C22     109.470    3.000
 MYD      C26    O25    H25     109.470    3.000
 MYD      C26    C22    H22     108.340    3.000
 MYD      C26    C22    O21     109.470    3.000
 MYD      C26    C22    C23     111.000    3.000
 MYD      H22    C22    O21     109.470    3.000
 MYD      H22    C22    C23     108.340    3.000
 MYD      O21    C22    C23     109.470    3.000
 MYD      C22    O21    H21     109.470    3.000
 MYD      C22    C23    H23     108.340    3.000
 MYD      C22    C23    O24     109.470    3.000
 MYD      C22    C23    N20     109.470    3.000
 MYD      H23    C23    O24     109.470    3.000
 MYD      H23    C23    N20     109.470    3.000
 MYD      O24    C23    N20     109.470    3.000
 MYD      C23    O24    C27     111.800    3.000
 MYD      C23    N20    C19     126.000    3.000
 MYD      C23    N20    C16     126.000    3.000
 MYD      C19    N20    C16     108.000    3.000
 MYD      N20    C19    N18     132.000    3.000
 MYD      N20    C19    C14     108.000    3.000
 MYD      N18    C19    C14     120.000    3.000
 MYD      C19    N18    C17     120.000    3.000
 MYD      N18    C17    H17     120.000    3.000
 MYD      N18    C17    N12     120.000    3.000
 MYD      H17    C17    N12     120.000    3.000
 MYD      C17    N12    C13     120.000    3.000
 MYD      N12    C13    N11     120.000    3.000
 MYD      N12    C13    C14     120.000    3.000
 MYD      N11    C13    C14     120.000    3.000
 MYD      C13    N11    H112    120.000    3.000
 MYD      C13    N11    H111    120.000    3.000
 MYD      H112   N11    H111    120.000    3.000
 MYD      C13    C14    N15     132.000    3.000
 MYD      C13    C14    C19     120.000    3.000
 MYD      N15    C14    C19     108.000    3.000
 MYD      C14    N15    C16     108.000    3.000
 MYD      N15    C16    H16     126.000    3.000
 MYD      N15    C16    N20     108.000    3.000
 MYD      H16    C16    N20     126.000    3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 MYD      var_1    O29    P33    O44    H44     -179.990   20.000   1
 MYD      var_2    O29    P33    C34    P35      -59.975   20.000   1
 MYD      var_3    P33    C34    P35    O36      179.998   20.000   1
 MYD      var_4    C34    P35    O45    H45      -60.014   20.000   1
 MYD      var_5    C34    P35    O36    C37     -179.982   20.000   1
 MYD      var_6    P35    O36    C37    C38     -179.968   20.000   1
 MYD      var_7    O36    C37    C38    C39      179.970   20.000   3
 MYD      var_8    C37    C38    C39    C46      -90.564   20.000   2
 MYD      CONST_1  C38    C39    C40    C41      180.000    0.000   0
 MYD      var_9    C39    C40    O31    H31      -89.717   20.000   1
 MYD      CONST_2  C39    C40    C41    C48        0.000    0.000   0
 MYD      var_10   C40    C41    C42    O50      180.000   20.000   1
 MYD      var_11   C41    C42    O50    C49        0.000   20.000   1
 MYD      var_12   C42    O50    C49    C48        0.000   20.000   1
 MYD      CONST_3  C40    C41    C48    C47        0.000    0.000   0
 MYD      var_13   C41    C48    C49    O50        0.000   20.000   2
 MYD      CONST_4  C41    C48    C47    C52      180.000    0.000   0
 MYD      var_14   C48    C47    C52    H521     -90.073   20.000   1
 MYD      CONST_5  C38    C39    C46    O51        0.000    0.000   0
 MYD      CONST_6  C39    C46    C47    C48        0.000    0.000   0
 MYD      var_15   C39    C46    O51    C53      -90.267   20.000   1
 MYD      var_16   C46    O51    C53    H531     179.986   20.000   1
 MYD      var_17   O29    P33    O32    C28       59.967   20.000   1
 MYD      var_18   P33    O32    C28    C27      179.953   20.000   1
 MYD      var_19   O32    C28    C27    C26      179.687   20.000   3
 MYD      var_20   C28    C27    O24    C23      150.000   20.000   1
 MYD      var_21   C28    C27    C26    C22     -120.000   20.000   3
 MYD      var_22   C27    C26    O25    H25      176.181   20.000   1
 MYD      var_23   C27    C26    C22    C23      -30.000   20.000   3
 MYD      var_24   C26    C22    O21    H21      -67.279   20.000   1
 MYD      var_25   C26    C22    C23    N20      150.000   20.000   3
 MYD      var_26   C22    C23    O24    C27      -30.000   20.000   1
 MYD      var_27   C22    C23    N20    C19       94.102   20.000   1
 MYD      CONST_7  C23    N20    C16    N15      180.000    0.000   0
 MYD      CONST_8  C23    N20    C19    N18        0.000    0.000   0
 MYD      CONST_9  N20    C19    N18    C17      180.000    0.000   0
 MYD      CONST_10 C19    N18    C17    N12        0.000    0.000   0
 MYD      CONST_11 N18    C17    N12    C13        0.000    0.000   0
 MYD      CONST_12 C17    N12    C13    C14        0.000    0.000   0
 MYD      CONST_13 N12    C13    N11    H111       0.112    0.000   0
 MYD      CONST_14 N12    C13    C14    N15      180.000    0.000   0
 MYD      CONST_15 C13    C14    C19    N20      180.000    0.000   0
 MYD      CONST_16 C13    C14    N15    C16      180.000    0.000   0
 MYD      CONST_17 C14    N15    C16    N20        0.000    0.000   0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 MYD      chir_01  C27    C28    O24    C26       negativ
 MYD      chir_02  C26    C27    O25    C22       negativ
 MYD      chir_03  C22    C26    O21    C23       negativ
 MYD      chir_04  C23    O24    C22    N20       positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 MYD      plan-1    C46       0.020
 MYD      plan-1    O51       0.020
 MYD      plan-1    C47       0.020
 MYD      plan-1    C39       0.020
 MYD      plan-1    C48       0.020
 MYD      plan-1    C41       0.020
 MYD      plan-1    C40       0.020
 MYD      plan-1    C52       0.020
 MYD      plan-1    C49       0.020
 MYD      plan-1    C42       0.020
 MYD      plan-1    O31       0.020
 MYD      plan-1    C38       0.020
 MYD      plan-2    C42       0.020
 MYD      plan-2    O50       0.020
 MYD      plan-2    O43       0.020
 MYD      plan-2    C41       0.020
 MYD      plan-3    N20       0.020
 MYD      plan-3    C23       0.020
 MYD      plan-3    C16       0.020
 MYD      plan-3    C19       0.020
 MYD      plan-3    N15       0.020
 MYD      plan-3    H16       0.020
 MYD      plan-3    C14       0.020
 MYD      plan-3    C13       0.020
 MYD      plan-3    N18       0.020
 MYD      plan-3    C17       0.020
 MYD      plan-3    N12       0.020
 MYD      plan-3    H17       0.020
 MYD      plan-3    N11       0.020
 MYD      plan-3    H112      0.020
 MYD      plan-3    H111      0.020
 MYD      plan-4    N11       0.020
 MYD      plan-4    C13       0.020
 MYD      plan-4    H111      0.020
 MYD      plan-4    H112      0.020
# ------------------------------------------------------