1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
NOS NOS 'INOSINE ' non-polymer 31 19 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_NOS
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
NOS "O3'" O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
NOS "HO3'" H H 0.000 0.889 0.164 -0.343
NOS "C3'" C CH1 0.000 -0.802 -0.592 -1.022
NOS "H3'" H H 0.000 -0.341 -1.522 -1.382
NOS "C4'" C CH1 0.000 -1.013 0.390 -2.190
NOS "H4'" H H 0.000 -0.515 1.344 -1.970
NOS "C5'" C CH2 0.000 -0.447 -0.206 -3.480
NOS "H5'1" H H 0.000 -0.955 -1.149 -3.697
NOS "H5'2" H H 0.000 0.622 -0.390 -3.357
NOS "O5'" O OH1 0.000 -0.654 0.707 -4.559
NOS "HO5'" H H 0.000 -0.295 0.328 -5.374
NOS "C2'" C CH1 0.000 -2.236 -0.867 -0.498
NOS "H2'" H H 0.000 -2.636 -1.800 -0.920
NOS "O2'" O OH1 0.000 -2.257 -0.904 0.930
NOS "HO2'" H H 0.000 -1.765 -1.676 1.238
NOS "C1'" C CH1 0.000 -3.017 0.361 -1.032
NOS "H1'" H H 0.000 -2.867 1.229 -0.375
NOS "O4'" O O2 0.000 -2.429 0.597 -2.328
NOS N9 N NR5 0.000 -4.443 0.052 -1.160
NOS C8 C CR15 0.000 -5.047 -0.535 -2.231
NOS H8 H H 0.000 -4.540 -0.851 -3.134
NOS N7 N NRD5 0.000 -6.323 -0.659 -2.010
NOS C5 C CR56 0.000 -6.618 -0.160 -0.785
NOS C4 C CR56 0.000 -5.415 0.297 -0.224
NOS C6 C CR6 0.000 -7.794 -0.027 -0.031
NOS O6 O OH1 0.000 -8.983 -0.456 -0.519
NOS HO6 H H 0.000 -9.120 -1.378 -0.265
NOS N1 N NRD6 0.000 -7.716 0.528 1.171
NOS C2 C CR16 0.000 -6.562 0.949 1.657
NOS H2 H H 0.000 -6.544 1.396 2.643
NOS N3 N NRD6 0.000 -5.434 0.846 0.986
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
NOS "O3'" n/a "C3'" START
NOS "HO3'" "O3'" . .
NOS "C3'" "O3'" "C2'" .
NOS "H3'" "C3'" . .
NOS "C4'" "C3'" "C5'" .
NOS "H4'" "C4'" . .
NOS "C5'" "C4'" "O5'" .
NOS "H5'1" "C5'" . .
NOS "H5'2" "C5'" . .
NOS "O5'" "C5'" "HO5'" .
NOS "HO5'" "O5'" . .
NOS "C2'" "C3'" "C1'" .
NOS "H2'" "C2'" . .
NOS "O2'" "C2'" "HO2'" .
NOS "HO2'" "O2'" . .
NOS "C1'" "C2'" N9 .
NOS "H1'" "C1'" . .
NOS "O4'" "C1'" . .
NOS N9 "C1'" C8 .
NOS C8 N9 N7 .
NOS H8 C8 . .
NOS N7 C8 C5 .
NOS C5 N7 C6 .
NOS C4 C5 . .
NOS C6 C5 N1 .
NOS O6 C6 HO6 .
NOS HO6 O6 . .
NOS N1 C6 C2 .
NOS C2 N1 N3 .
NOS H2 C2 . .
NOS N3 C2 . END
NOS N9 C4 . ADD
NOS C4 N3 . ADD
NOS "C4'" "O4'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
NOS N9 C4 single 1.337 0.020
NOS C8 N9 single 1.337 0.020
NOS N9 "C1'" single 1.485 0.020
NOS C4 N3 single 1.355 0.020
NOS C4 C5 double 1.490 0.020
NOS N3 C2 double 1.337 0.020
NOS C2 N1 single 1.337 0.020
NOS H2 C2 single 1.083 0.020
NOS N1 C6 double 1.350 0.020
NOS O6 C6 single 1.362 0.020
NOS C6 C5 single 1.490 0.020
NOS HO6 O6 single 0.967 0.020
NOS C5 N7 single 1.350 0.020
NOS N7 C8 double 1.350 0.020
NOS H8 C8 single 1.083 0.020
NOS "O5'" "C5'" single 1.432 0.020
NOS "C5'" "C4'" single 1.524 0.020
NOS "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
NOS "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
NOS "HO5'" "O5'" single 0.967 0.020
NOS "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
NOS "C4'" "C3'" single 1.524 0.020
NOS "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
NOS "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
NOS "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
NOS "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
NOS "O2'" "C2'" single 1.432 0.020
NOS "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
NOS "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
NOS "HO2'" "O2'" single 0.967 0.020
NOS "C3'" "O3'" single 1.432 0.020
NOS "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
NOS "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
NOS "HO3'" "O3'" "C3'" 109.470 3.000
NOS "O3'" "C3'" "H3'" 109.470 3.000
NOS "O3'" "C3'" "C4'" 109.470 3.000
NOS "O3'" "C3'" "C2'" 109.470 3.000
NOS "H3'" "C3'" "C4'" 108.340 3.000
NOS "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
NOS "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
NOS "C3'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
NOS "C3'" "C4'" "C5'" 111.000 3.000
NOS "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
NOS "H4'" "C4'" "C5'" 108.340 3.000
NOS "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
NOS "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
NOS "C4'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
NOS "C4'" "C5'" "H5'2" 109.470 3.000
NOS "C4'" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
NOS "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
NOS "H5'1" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
NOS "H5'2" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
NOS "C5'" "O5'" "HO5'" 109.470 3.000
NOS "C3'" "C2'" "H2'" 108.340 3.000
NOS "C3'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
NOS "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
NOS "H2'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
NOS "H2'" "C2'" "C1'" 108.340 3.000
NOS "O2'" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
NOS "C2'" "O2'" "HO2'" 109.470 3.000
NOS "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
NOS "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
NOS "C2'" "C1'" N9 109.470 3.000
NOS "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
NOS "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
NOS "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
NOS "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
NOS "C1'" N9 C8 126.000 3.000
NOS "C1'" N9 C4 126.000 3.000
NOS C8 N9 C4 108.000 3.000
NOS N9 C8 H8 126.000 3.000
NOS N9 C8 N7 108.000 3.000
NOS H8 C8 N7 126.000 3.000
NOS C8 N7 C5 108.000 3.000
NOS N7 C5 C4 108.000 3.000
NOS N7 C5 C6 132.000 3.000
NOS C4 C5 C6 120.000 3.000
NOS C5 C4 N9 108.000 3.000
NOS C5 C4 N3 120.000 3.000
NOS N9 C4 N3 132.000 3.000
NOS C5 C6 O6 120.000 3.000
NOS C5 C6 N1 120.000 3.000
NOS O6 C6 N1 120.000 3.000
NOS C6 O6 HO6 109.470 3.000
NOS C6 N1 C2 120.000 3.000
NOS N1 C2 H2 120.000 3.000
NOS N1 C2 N3 120.000 3.000
NOS H2 C2 N3 120.000 3.000
NOS C2 N3 C4 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
NOS var_1 "HO3'" "O3'" "C3'" "C2'" -180.000 20.000 1
NOS var_2 "O3'" "C3'" "C4'" "C5'" 120.000 20.000 3
NOS var_3 "C3'" "C4'" "O4'" "C1'" 30.000 20.000 1
NOS var_4 "C3'" "C4'" "C5'" "O5'" 179.647 20.000 3
NOS var_5 "C4'" "C5'" "O5'" "HO5'" 179.985 20.000 1
NOS var_6 "O3'" "C3'" "C2'" "C1'" 90.000 20.000 3
NOS var_7 "C3'" "C2'" "O2'" "HO2'" -67.347 20.000 1
NOS var_8 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
NOS var_9 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
NOS var_10 "C2'" "C1'" N9 C8 -85.715 20.000 1
NOS CONST_1 "C1'" N9 C4 C5 180.000 0.000 0
NOS CONST_2 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
NOS CONST_3 N9 C8 N7 C5 0.000 0.000 0
NOS CONST_4 C8 N7 C5 C6 180.000 0.000 0
NOS CONST_5 N7 C5 C4 N9 0.000 0.000 0
NOS CONST_6 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
NOS CONST_7 N7 C5 C6 N1 180.000 0.000 0
NOS var_11 C5 C6 O6 HO6 90.025 20.000 1
NOS CONST_8 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
NOS CONST_9 C6 N1 C2 N3 0.000 0.000 0
NOS CONST_10 N1 C2 N3 C4 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
NOS chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
NOS chir_02 "C1'" N9 "O4'" "C2'" positiv
NOS chir_03 "C2'" "C1'" "O2'" "C3'" positiv
NOS chir_04 "C3'" "C4'" "C2'" "O3'" positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
NOS plan-1 N9 0.020
NOS plan-1 C4 0.020
NOS plan-1 C8 0.020
NOS plan-1 "C1'" 0.020
NOS plan-1 N7 0.020
NOS plan-1 N3 0.020
NOS plan-1 C5 0.020
NOS plan-1 C2 0.020
NOS plan-1 N1 0.020
NOS plan-1 C6 0.020
NOS plan-1 H2 0.020
NOS plan-1 O6 0.020
NOS plan-1 H8 0.020
# ------------------------------------------------------
|
