1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
NRO NRO '3-[5-(2-nitropent-1-en-1-yl)furan-2-' non-polymer 36 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_NRO
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
NRO O23 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
NRO C21 C C 0.000 -1.220 0.276 -0.019
NRO O22 O OC -0.500 -1.592 1.469 -0.073
NRO C20 C CR6 0.000 -2.223 -0.810 0.020
NRO C16 C CR16 0.000 -3.578 -0.504 -0.001
NRO H16 H H 0.000 -3.903 0.527 -0.046
NRO C19 C CR16 0.000 -1.807 -2.146 0.081
NRO H19 H H 0.000 -0.750 -2.381 0.094
NRO C18 C CR16 0.000 -2.741 -3.169 0.124
NRO H18 H H 0.000 -2.409 -4.199 0.175
NRO C17 C CR16 0.000 -4.087 -2.886 0.103
NRO H17 H H 0.000 -4.810 -3.691 0.136
NRO C15 C CR6 0.000 -4.526 -1.546 0.038
NRO C14 C CR5 0.000 -5.907 -1.251 0.017
NRO O11 O O2 0.000 -6.447 -0.020 -0.039
NRO C13 C CR15 0.000 -6.996 -2.237 0.055
NRO H13 H H 0.000 -6.890 -3.314 0.102
NRO C12 C CR15 0.000 -8.156 -1.540 0.021
NRO H12 H H 0.000 -9.158 -1.950 0.038
NRO C10 C CR5 0.000 -7.791 -0.114 -0.044
NRO C8 C C1 0.000 -8.685 0.957 -0.096
NRO H8 H H 0.000 -9.744 0.779 -0.012
NRO C4 C C 0.000 -8.219 2.228 -0.253
NRO N5 N N 1.000 -6.760 2.487 -0.245
NRO O7 O O -1.000 -6.127 2.660 0.896
NRO O6 O O 0.000 -6.097 2.544 -1.382
NRO C3 C CH2 0.000 -9.187 3.369 -0.432
NRO H3 H H 0.000 -10.123 2.990 -0.847
NRO H3A H H 0.000 -8.758 4.105 -1.115
NRO C2 C CH2 0.000 -9.458 4.026 0.923
NRO H2 H H 0.000 -8.521 4.404 1.338
NRO H2A H H 0.000 -9.886 3.289 1.605
NRO C1 C CH3 0.000 -10.440 5.185 0.740
NRO H1B H H 0.000 -11.351 4.821 0.337
NRO H1A H H 0.000 -10.631 5.642 1.678
NRO H1 H H 0.000 -10.027 5.902 0.078
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
NRO O23 n/a C21 START
NRO C21 O23 C20 .
NRO O22 C21 . .
NRO C20 C21 C19 .
NRO C16 C20 H16 .
NRO H16 C16 . .
NRO C19 C20 C18 .
NRO H19 C19 . .
NRO C18 C19 C17 .
NRO H18 C18 . .
NRO C17 C18 C15 .
NRO H17 C17 . .
NRO C15 C17 C14 .
NRO C14 C15 C13 .
NRO O11 C14 . .
NRO C13 C14 C12 .
NRO H13 C13 . .
NRO C12 C13 C10 .
NRO H12 C12 . .
NRO C10 C12 C8 .
NRO C8 C10 C4 .
NRO H8 C8 . .
NRO C4 C8 C3 .
NRO N5 C4 O6 .
NRO O7 N5 . .
NRO O6 N5 . .
NRO C3 C4 C2 .
NRO H3 C3 . .
NRO H3A C3 . .
NRO C2 C3 C1 .
NRO H2 C2 . .
NRO H2A C2 . .
NRO C1 C2 H1 .
NRO H1B C1 . .
NRO H1A C1 . .
NRO H1 C1 . END
NRO C10 O11 . ADD
NRO C15 C16 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
NRO C1 C2 single 1.513 0.020
NRO C2 C3 single 1.524 0.020
NRO C3 C4 single 1.510 0.020
NRO C4 C8 double 1.340 0.020
NRO N5 C4 single 1.330 0.020
NRO C8 C10 single 1.483 0.020
NRO C10 O11 single 1.370 0.020
NRO C10 C12 double 1.387 0.020
NRO C14 C15 single 1.490 0.020
NRO O11 C14 single 1.370 0.020
NRO C13 C14 double 1.387 0.020
NRO C15 C16 double 1.390 0.020
NRO C15 C17 single 1.390 0.020
NRO C16 C20 single 1.390 0.020
NRO C17 C18 double 1.390 0.020
NRO C19 C20 double 1.390 0.020
NRO C18 C19 single 1.390 0.020
NRO C20 C21 single 1.500 0.020
NRO O22 C21 deloc 1.250 0.020
NRO C21 O23 deloc 1.250 0.020
NRO O6 N5 double 1.220 0.020
NRO O7 N5 single 1.400 0.020
NRO C12 C13 single 1.380 0.020
NRO H1 C1 single 1.059 0.020
NRO H1A C1 single 1.059 0.020
NRO H1B C1 single 1.059 0.020
NRO H2 C2 single 1.092 0.020
NRO H2A C2 single 1.092 0.020
NRO H3 C3 single 1.092 0.020
NRO H3A C3 single 1.092 0.020
NRO H8 C8 single 1.077 0.020
NRO H16 C16 single 1.083 0.020
NRO H17 C17 single 1.083 0.020
NRO H19 C19 single 1.083 0.020
NRO H12 C12 single 1.083 0.020
NRO H13 C13 single 1.083 0.020
NRO H18 C18 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
NRO O23 C21 O22 123.000 3.000
NRO O23 C21 C20 120.000 3.000
NRO O22 C21 C20 120.000 3.000
NRO C21 C20 C16 120.000 3.000
NRO C21 C20 C19 120.000 3.000
NRO C16 C20 C19 120.000 3.000
NRO C20 C16 H16 120.000 3.000
NRO C20 C16 C15 120.000 3.000
NRO H16 C16 C15 120.000 3.000
NRO C20 C19 H19 120.000 3.000
NRO C20 C19 C18 120.000 3.000
NRO H19 C19 C18 120.000 3.000
NRO C19 C18 H18 120.000 3.000
NRO C19 C18 C17 120.000 3.000
NRO H18 C18 C17 120.000 3.000
NRO C18 C17 H17 120.000 3.000
NRO C18 C17 C15 120.000 3.000
NRO H17 C17 C15 120.000 3.000
NRO C17 C15 C14 120.000 3.000
NRO C17 C15 C16 120.000 3.000
NRO C14 C15 C16 120.000 3.000
NRO C15 C14 O11 126.000 3.000
NRO C15 C14 C13 126.000 3.000
NRO O11 C14 C13 108.000 3.000
NRO C14 O11 C10 108.000 3.000
NRO C14 C13 H13 126.000 3.000
NRO C14 C13 C12 108.000 3.000
NRO H13 C13 C12 126.000 3.000
NRO C13 C12 H12 126.000 3.000
NRO C13 C12 C10 108.000 3.000
NRO H12 C12 C10 126.000 3.000
NRO C12 C10 C8 108.000 3.000
NRO C12 C10 O11 108.000 3.000
NRO C8 C10 O11 108.000 3.000
NRO C10 C8 H8 120.000 3.000
NRO C10 C8 C4 120.000 3.000
NRO H8 C8 C4 120.000 3.000
NRO C8 C4 N5 116.500 3.000
NRO C8 C4 C3 120.000 3.000
NRO N5 C4 C3 116.500 3.000
NRO C4 N5 O7 120.000 3.000
NRO C4 N5 O6 120.000 3.000
NRO O7 N5 O6 120.000 3.000
NRO C4 C3 H3 109.470 3.000
NRO C4 C3 H3A 109.470 3.000
NRO C4 C3 C2 109.470 3.000
NRO H3 C3 H3A 107.900 3.000
NRO H3 C3 C2 109.470 3.000
NRO H3A C3 C2 109.470 3.000
NRO C3 C2 H2 109.470 3.000
NRO C3 C2 H2A 109.470 3.000
NRO C3 C2 C1 111.000 3.000
NRO H2 C2 H2A 107.900 3.000
NRO H2 C2 C1 109.470 3.000
NRO H2A C2 C1 109.470 3.000
NRO C2 C1 H1B 109.470 3.000
NRO C2 C1 H1A 109.470 3.000
NRO C2 C1 H1 109.470 3.000
NRO H1B C1 H1A 109.470 3.000
NRO H1B C1 H1 109.470 3.000
NRO H1A C1 H1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
NRO var_1 O23 C21 C20 C19 0.048 20.000 1
NRO CONST_1 C21 C20 C16 C15 180.000 0.000 0
NRO CONST_2 C21 C20 C19 C18 180.000 0.000 0
NRO CONST_3 C20 C19 C18 C17 0.000 0.000 0
NRO CONST_4 C19 C18 C17 C15 0.000 0.000 0
NRO CONST_5 C18 C17 C15 C14 180.000 0.000 0
NRO CONST_6 C17 C15 C16 C20 0.000 0.000 0
NRO var_2 C17 C15 C14 C13 -0.113 20.000 1
NRO CONST_7 C15 C14 O11 C10 180.000 0.000 0
NRO CONST_8 C15 C14 C13 C12 180.000 0.000 0
NRO CONST_9 C14 C13 C12 C10 0.000 0.000 0
NRO CONST_10 C13 C12 C10 C8 180.000 0.000 0
NRO CONST_11 C12 C10 O11 C14 0.000 0.000 0
NRO var_3 C12 C10 C8 C4 -175.154 20.000 1
NRO CONST_12 C10 C8 C4 C3 174.563 0.000 0
NRO CONST_13 C8 C4 N5 O6 180.000 0.000 0
NRO var_4 C8 C4 C3 C2 94.979 20.000 3
NRO var_5 C4 C3 C2 C1 179.996 20.000 3
NRO var_6 C3 C2 C1 H1 -60.030 20.000 3
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
NRO plan-1 C4 0.020
NRO plan-1 C3 0.020
NRO plan-1 C8 0.020
NRO plan-1 N5 0.020
NRO plan-1 C10 0.020
NRO plan-1 H8 0.020
NRO plan-2 C10 0.020
NRO plan-2 C8 0.020
NRO plan-2 O11 0.020
NRO plan-2 C12 0.020
NRO plan-2 C14 0.020
NRO plan-2 C13 0.020
NRO plan-2 C15 0.020
NRO plan-2 H12 0.020
NRO plan-2 H13 0.020
NRO plan-2 H8 0.020
NRO plan-3 C15 0.020
NRO plan-3 C14 0.020
NRO plan-3 C16 0.020
NRO plan-3 C17 0.020
NRO plan-3 C19 0.020
NRO plan-3 C20 0.020
NRO plan-3 C18 0.020
NRO plan-3 H16 0.020
NRO plan-3 H17 0.020
NRO plan-3 H19 0.020
NRO plan-3 C21 0.020
NRO plan-3 H18 0.020
NRO plan-4 C21 0.020
NRO plan-4 C20 0.020
NRO plan-4 O22 0.020
NRO plan-4 O23 0.020
NRO plan-5 N5 0.020
NRO plan-5 C4 0.020
NRO plan-5 O6 0.020
NRO plan-5 O7 0.020
# ------------------------------------------------------
|
