1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
OEC OEC 'OXYGEN EVOLVING SYSTEM ' non-polymer 9 9 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_OEC
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
OEC MN4 MN MN 0.000 0.000 0.000 0.000
OEC O4 O O 0.000 1.533 0.164 1.052
OEC MN2 MN MN 0.000 1.279 0.447 2.953
OEC MN3 MN MN 0.000 2.567 -1.399 1.430
OEC O2 O O 0.000 2.273 -1.063 3.177
OEC CA1 CA CA 0.000 3.448 1.786 0.707
OEC O1 O O 0.000 2.777 1.384 3.063
OEC O3 O O 0.000 4.099 -0.453 1.602
OEC MN1 MN MN 0.000 3.822 -0.129 3.415
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
OEC MN4 n/a O4 START
OEC O4 MN4 CA1 .
OEC MN2 O4 . .
OEC MN3 O4 O2 .
OEC O2 MN3 . .
OEC CA1 O4 O3 .
OEC O1 CA1 . .
OEC O3 CA1 MN1 .
OEC MN1 O3 . END
OEC MN1 O1 . ADD
OEC MN1 O2 . ADD
OEC MN2 O1 . ADD
OEC MN2 O2 . ADD
OEC MN3 O3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
OEC MN1 O1 single 1.890 0.020
OEC MN1 O2 single 1.890 0.020
OEC MN1 O3 single 1.890 0.020
OEC MN2 O1 single 1.890 0.020
OEC MN2 O2 single 1.890 0.020
OEC MN2 O4 single 1.890 0.020
OEC O2 MN3 single 1.890 0.020
OEC MN3 O3 single 1.890 0.020
OEC MN3 O4 single 1.890 0.020
OEC O4 MN4 single 1.890 0.020
OEC O1 CA1 single 2.320 0.020
OEC O3 CA1 single 2.320 0.020
OEC CA1 O4 single 2.320 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
OEC MN4 O4 MN2 120.000 3.000
OEC MN4 O4 MN3 120.000 3.000
OEC MN4 O4 CA1 120.000 3.000
OEC MN2 O4 MN3 120.000 3.000
OEC MN2 O4 CA1 120.000 3.000
OEC MN3 O4 CA1 120.000 3.000
OEC O4 MN2 O1 90.000 3.000
OEC O4 MN2 O2 90.000 3.000
OEC O1 MN2 O2 90.000 3.000
OEC O4 MN3 O2 90.000 3.000
OEC O4 MN3 O3 90.000 3.000
OEC O2 MN3 O3 90.000 3.000
OEC MN3 O2 MN1 120.000 3.000
OEC MN3 O2 MN2 120.000 3.000
OEC MN1 O2 MN2 120.000 3.000
OEC O4 CA1 O1 72.000 3.000
OEC O4 CA1 O3 144.000 3.000
OEC O1 CA1 O3 72.000 3.000
OEC CA1 O1 MN1 120.000 3.000
OEC CA1 O1 MN2 120.000 3.000
OEC MN1 O1 MN2 120.000 3.000
OEC CA1 O3 MN1 120.000 3.000
OEC CA1 O3 MN3 120.000 3.000
OEC MN1 O3 MN3 120.000 3.000
OEC O3 MN1 O1 90.000 3.000
OEC O3 MN1 O2 90.000 3.000
OEC O1 MN1 O2 90.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
OEC var_1 MN3 O4 MN2 O1 0.000 20.000 1
OEC var_2 MN1 O1 MN2 O4 0.000 20.000 1
OEC var_3 MN3 O2 MN2 O4 0.000 20.000 1
OEC var_4 MN2 O4 MN3 O2 0.000 20.000 1
OEC var_5 CA1 O3 MN3 O4 0.000 20.000 1
OEC var_6 MN1 O2 MN3 O4 0.000 20.000 1
OEC var_7 MN3 O4 CA1 O3 0.000 20.000 1
OEC var_8 MN1 O1 CA1 O3 0.000 20.000 1
OEC var_9 MN3 O3 CA1 O4 0.000 20.000 1
OEC var_10 CA1 O3 MN1 O1 0.000 20.000 1
OEC var_11 CA1 O1 MN1 O3 0.000 20.000 1
OEC var_12 MN3 O2 MN1 O1 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
_chem_comp_chir.atom_id_4
_chem_comp_chir.atom_id_5
_chem_comp_chir.atom_id_6
_chem_comp_chir.atom_id_7
_chem_comp_chir.atom_id_8
OEC chir_01 O1 MN1 MN2 CA1 positiv
. . . . .
OEC chir_02 O2 MN1 MN2 MN3 negativ
. . . . .
OEC chir_03 O3 MN1 MN3 CA1 negativ
. . . . .
OEC chir_04 O4 MN2 MN3 MN4 negativ
. . . . .
OEC chir_05 MN1 O3 . O1 cross4
O2 . . . .
OEC chir_06 MN2 O4 . O1 cross4
O2 . . . .
OEC chir_07 MN3 O4 . O2 cross4
O3 . . . .
OEC chir_08 CA1 . . O4 cross5
O1 O3 . . .
# ------------------------------------------------------
|
