1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
OFI OFI 'N-[6-(4-hydroxyphenyl)-1H-indazol-3-' non-polymer 39 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_OFI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
OFI O14 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
OFI C11 C C 0.000 -0.525 1.093 0.003
OFI C13 C CH2 0.000 0.325 2.338 0.004
OFI H13 H H 0.000 0.105 2.927 0.897
OFI H13A H H 0.000 0.101 2.931 -0.885
OFI C17 C CH2 0.000 1.804 1.947 -0.001
OFI H17 H H 0.000 2.020 1.357 -0.894
OFI H17A H H 0.000 2.025 1.353 0.889
OFI C20 C CH3 0.000 2.666 3.210 0.000
OFI H20B H H 0.000 2.457 3.784 0.866
OFI H20A H H 0.000 3.692 2.942 -0.003
OFI H20 H H 0.000 2.453 3.788 -0.864
OFI N8 N NH1 0.000 -1.869 1.195 0.006
OFI HN8 H H 0.000 -2.307 2.105 0.009
OFI C3 C CR5 0.000 -2.659 0.039 0.006
OFI N7 N NRD5 0.000 -2.222 -1.192 0.003
OFI N6 N NR15 0.000 -3.299 -2.083 0.009
OFI HN6 H H 0.000 -3.224 -3.121 0.014
OFI C2 C CR56 0.000 -4.473 -1.371 0.007
OFI C5 C CR16 0.000 -5.815 -1.735 0.005
OFI H5 H H 0.000 -6.096 -2.780 0.003
OFI C10 C CR6 0.000 -6.791 -0.749 0.003
OFI C9 C CR16 0.000 -6.432 0.605 0.006
OFI H9 H H 0.000 -7.203 1.365 0.005
OFI C4 C CR16 0.000 -5.121 0.972 0.008
OFI H4 H H 0.000 -4.852 2.021 0.009
OFI C1 C CR56 0.000 -4.121 -0.008 0.010
OFI C12 C CR6 0.000 -8.225 -1.132 0.000
OFI C16 C CR16 0.000 -8.588 -2.477 -0.008
OFI H16 H H 0.000 -7.825 -3.245 -0.012
OFI C19 C CR16 0.000 -9.921 -2.830 -0.012
OFI H19 H H 0.000 -10.204 -3.876 -0.018
OFI C21 C CR6 0.000 -10.901 -1.846 -0.007
OFI O22 O OH1 0.000 -12.214 -2.197 -0.009
OFI HO22 H H 0.000 -12.523 -2.279 -0.922
OFI C18 C CR16 0.000 -10.542 -0.504 -0.004
OFI H18 H H 0.000 -11.308 0.261 -0.005
OFI C15 C CR16 0.000 -9.211 -0.146 -0.001
OFI H15 H H 0.000 -8.931 0.901 0.001
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
OFI O14 n/a C11 START
OFI C11 O14 N8 .
OFI C13 C11 C17 .
OFI H13 C13 . .
OFI H13A C13 . .
OFI C17 C13 C20 .
OFI H17 C17 . .
OFI H17A C17 . .
OFI C20 C17 H20 .
OFI H20B C20 . .
OFI H20A C20 . .
OFI H20 C20 . .
OFI N8 C11 C3 .
OFI HN8 N8 . .
OFI C3 N8 N7 .
OFI N7 C3 N6 .
OFI N6 N7 C2 .
OFI HN6 N6 . .
OFI C2 N6 C5 .
OFI C5 C2 C10 .
OFI H5 C5 . .
OFI C10 C5 C12 .
OFI C9 C10 C4 .
OFI H9 C9 . .
OFI C4 C9 C1 .
OFI H4 C4 . .
OFI C1 C4 . .
OFI C12 C10 C16 .
OFI C16 C12 C19 .
OFI H16 C16 . .
OFI C19 C16 C21 .
OFI H19 C19 . .
OFI C21 C19 C18 .
OFI O22 C21 HO22 .
OFI HO22 O22 . .
OFI C18 C21 C15 .
OFI H18 C18 . .
OFI C15 C18 H15 .
OFI H15 C15 . END
OFI C1 C2 . ADD
OFI C1 C3 . ADD
OFI C12 C15 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
OFI C1 C2 double 1.490 0.020
OFI C1 C4 single 1.390 0.020
OFI C1 C3 single 1.490 0.020
OFI C5 C2 single 1.390 0.020
OFI C2 N6 single 1.340 0.020
OFI N7 C3 double 1.350 0.020
OFI C3 N8 single 1.350 0.020
OFI C4 C9 double 1.390 0.020
OFI H4 C4 single 1.083 0.020
OFI C10 C5 double 1.390 0.020
OFI H5 C5 single 1.083 0.020
OFI N6 N7 single 1.402 0.020
OFI N8 C11 single 1.330 0.020
OFI HN8 N8 single 1.010 0.020
OFI C9 C10 single 1.390 0.020
OFI H9 C9 single 1.083 0.020
OFI C12 C10 single 1.487 0.020
OFI C11 O14 double 1.220 0.020
OFI C13 C11 single 1.510 0.020
OFI C12 C15 double 1.390 0.020
OFI C16 C12 single 1.390 0.020
OFI C17 C13 single 1.524 0.020
OFI H13 C13 single 1.092 0.020
OFI H13A C13 single 1.092 0.020
OFI C15 C18 single 1.390 0.020
OFI H15 C15 single 1.083 0.020
OFI C19 C16 double 1.390 0.020
OFI H16 C16 single 1.083 0.020
OFI C20 C17 single 1.513 0.020
OFI H17 C17 single 1.092 0.020
OFI H17A C17 single 1.092 0.020
OFI C18 C21 double 1.390 0.020
OFI H18 C18 single 1.083 0.020
OFI C21 C19 single 1.390 0.020
OFI H19 C19 single 1.083 0.020
OFI H20 C20 single 1.059 0.020
OFI H20A C20 single 1.059 0.020
OFI H20B C20 single 1.059 0.020
OFI O22 C21 single 1.362 0.020
OFI HO22 O22 single 0.967 0.020
OFI HN6 N6 single 1.040 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
OFI O14 C11 C13 120.500 3.000
OFI O14 C11 N8 123.000 3.000
OFI C13 C11 N8 116.500 3.000
OFI C11 C13 H13 109.470 3.000
OFI C11 C13 H13A 109.470 3.000
OFI C11 C13 C17 109.470 3.000
OFI H13 C13 H13A 107.900 3.000
OFI H13 C13 C17 109.470 3.000
OFI H13A C13 C17 109.470 3.000
OFI C13 C17 H17 109.470 3.000
OFI C13 C17 H17A 109.470 3.000
OFI C13 C17 C20 111.000 3.000
OFI H17 C17 H17A 107.900 3.000
OFI H17 C17 C20 109.470 3.000
OFI H17A C17 C20 109.470 3.000
OFI C17 C20 H20B 109.470 3.000
OFI C17 C20 H20A 109.470 3.000
OFI C17 C20 H20 109.470 3.000
OFI H20B C20 H20A 109.470 3.000
OFI H20B C20 H20 109.470 3.000
OFI H20A C20 H20 109.470 3.000
OFI C11 N8 HN8 120.000 3.000
OFI C11 N8 C3 120.000 3.000
OFI HN8 N8 C3 120.000 3.000
OFI N8 C3 N7 108.000 3.000
OFI N8 C3 C1 108.000 3.000
OFI N7 C3 C1 108.000 3.000
OFI C3 N7 N6 108.000 3.000
OFI N7 N6 HN6 108.000 3.000
OFI N7 N6 C2 108.000 3.000
OFI HN6 N6 C2 126.000 3.000
OFI N6 C2 C5 132.000 3.000
OFI N6 C2 C1 108.000 3.000
OFI C5 C2 C1 120.000 3.000
OFI C2 C5 H5 120.000 3.000
OFI C2 C5 C10 120.000 3.000
OFI H5 C5 C10 120.000 3.000
OFI C5 C10 C9 120.000 3.000
OFI C5 C10 C12 120.000 3.000
OFI C9 C10 C12 120.000 3.000
OFI C10 C9 H9 120.000 3.000
OFI C10 C9 C4 120.000 3.000
OFI H9 C9 C4 120.000 3.000
OFI C9 C4 H4 120.000 3.000
OFI C9 C4 C1 120.000 3.000
OFI H4 C4 C1 120.000 3.000
OFI C4 C1 C2 120.000 3.000
OFI C4 C1 C3 126.000 3.000
OFI C2 C1 C3 108.000 3.000
OFI C10 C12 C16 120.000 3.000
OFI C10 C12 C15 120.000 3.000
OFI C16 C12 C15 120.000 3.000
OFI C12 C16 H16 120.000 3.000
OFI C12 C16 C19 120.000 3.000
OFI H16 C16 C19 120.000 3.000
OFI C16 C19 H19 120.000 3.000
OFI C16 C19 C21 120.000 3.000
OFI H19 C19 C21 120.000 3.000
OFI C19 C21 O22 120.000 3.000
OFI C19 C21 C18 120.000 3.000
OFI O22 C21 C18 120.000 3.000
OFI C21 O22 HO22 109.470 3.000
OFI C21 C18 H18 120.000 3.000
OFI C21 C18 C15 120.000 3.000
OFI H18 C18 C15 120.000 3.000
OFI C18 C15 H15 120.000 3.000
OFI C18 C15 C12 120.000 3.000
OFI H15 C15 C12 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
OFI var_1 O14 C11 C13 C17 0.079 20.000 3
OFI var_2 C11 C13 C17 C20 179.961 20.000 3
OFI var_3 C13 C17 C20 H20 -60.009 20.000 3
OFI CONST_1 O14 C11 N8 C3 0.000 0.000 0
OFI var_4 C11 N8 C3 N7 0.024 20.000 1
OFI CONST_2 N8 C3 N7 N6 180.000 0.000 0
OFI CONST_3 C3 N7 N6 C2 0.000 0.000 0
OFI CONST_4 N7 N6 C2 C5 180.000 0.000 0
OFI CONST_5 N6 C2 C5 C10 180.000 0.000 0
OFI CONST_6 C2 C5 C10 C12 180.000 0.000 0
OFI CONST_7 C5 C10 C9 C4 0.000 0.000 0
OFI CONST_8 C10 C9 C4 C1 0.000 0.000 0
OFI CONST_9 C9 C4 C1 C2 0.000 0.000 0
OFI CONST_10 C4 C1 C2 N6 180.000 0.000 0
OFI CONST_11 C4 C1 C3 N8 0.000 0.000 0
OFI CONST_12 C5 C10 C12 C16 0.000 0.000 0
OFI CONST_13 C10 C12 C15 C18 180.000 0.000 0
OFI CONST_14 C10 C12 C16 C19 180.000 0.000 0
OFI CONST_15 C12 C16 C19 C21 0.000 0.000 0
OFI CONST_16 C16 C19 C21 C18 0.000 0.000 0
OFI var_5 C19 C21 O22 HO22 -89.704 20.000 1
OFI CONST_17 C19 C21 C18 C15 0.000 0.000 0
OFI CONST_18 C21 C18 C15 C12 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
OFI plan-1 C1 0.020
OFI plan-1 C2 0.020
OFI plan-1 C3 0.020
OFI plan-1 C4 0.020
OFI plan-1 N6 0.020
OFI plan-1 N7 0.020
OFI plan-1 C5 0.020
OFI plan-1 N8 0.020
OFI plan-1 C9 0.020
OFI plan-1 H4 0.020
OFI plan-1 C10 0.020
OFI plan-1 H5 0.020
OFI plan-1 HN6 0.020
OFI plan-1 H9 0.020
OFI plan-1 C12 0.020
OFI plan-1 HN8 0.020
OFI plan-2 N8 0.020
OFI plan-2 C3 0.020
OFI plan-2 C11 0.020
OFI plan-2 HN8 0.020
OFI plan-3 C11 0.020
OFI plan-3 N8 0.020
OFI plan-3 C13 0.020
OFI plan-3 O14 0.020
OFI plan-3 HN8 0.020
OFI plan-4 C12 0.020
OFI plan-4 C10 0.020
OFI plan-4 C15 0.020
OFI plan-4 C16 0.020
OFI plan-4 C18 0.020
OFI plan-4 C19 0.020
OFI plan-4 C21 0.020
OFI plan-4 H15 0.020
OFI plan-4 H16 0.020
OFI plan-4 H18 0.020
OFI plan-4 H19 0.020
OFI plan-4 O22 0.020
# ------------------------------------------------------
|
