1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
OPG OPG 'OXIRANPSEUDOGLUCOSE ' non-polymer 24 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_OPG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
OPG O7 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
OPG HO7 H H 0.000 0.795 0.306 0.458
OPG C7 C CH2 0.000 -1.149 0.290 0.798
OPG H71 H H 0.000 -1.213 1.368 0.964
OPG H72 H H 0.000 -1.062 -0.220 1.759
OPG C5 C CT 0.000 -2.407 -0.192 0.075
OPG C6 C CH1 0.000 -3.721 -0.018 0.820
OPG H6 H H 0.000 -3.664 0.437 1.819
OPG O8 O O2 0.000 -3.085 -1.296 0.659
OPG C1 C CH2 0.000 -5.027 0.177 0.055
OPG H12 H H 0.000 -5.651 0.895 0.591
OPG H11 H H 0.000 -5.550 -0.780 -0.009
OPG C4 C CH1 0.000 -2.380 -0.028 -1.437
OPG H4 H H 0.000 -2.038 0.986 -1.686
OPG O4 O OH1 0.000 -1.465 -0.982 -1.980
OPG HO4 H H 0.000 -1.422 -0.875 -2.940
OPG C3 C CH1 0.000 -3.755 -0.255 -2.035
OPG H3 H H 0.000 -4.066 -1.295 -1.864
OPG O3 O OH1 0.000 -3.723 0.014 -3.438
OPG HO3 H H 0.000 -4.606 -0.116 -3.810
OPG C2 C CH1 0.000 -4.740 0.698 -1.352
OPG H2 H H 0.000 -4.299 1.703 -1.290
OPG O2 O OH1 0.000 -5.957 0.754 -2.100
OPG HO2 H H 0.000 -5.772 1.085 -2.990
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
OPG O7 n/a C7 START
OPG HO7 O7 . .
OPG C7 O7 C5 .
OPG H71 C7 . .
OPG H72 C7 . .
OPG C5 C7 C4 .
OPG C6 C5 C1 .
OPG H6 C6 . .
OPG O8 C6 . .
OPG C1 C6 H11 .
OPG H12 C1 . .
OPG H11 C1 . .
OPG C4 C5 C3 .
OPG H4 C4 . .
OPG O4 C4 HO4 .
OPG HO4 O4 . .
OPG C3 C4 C2 .
OPG H3 C3 . .
OPG O3 C3 HO3 .
OPG HO3 O3 . .
OPG C2 C3 O2 .
OPG H2 C2 . .
OPG O2 C2 HO2 .
OPG HO2 O2 . END
OPG C1 C2 . ADD
OPG C5 O8 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
OPG C1 C2 single 1.524 0.020
OPG C1 C6 single 1.524 0.020
OPG H11 C1 single 1.092 0.020
OPG H12 C1 single 1.092 0.020
OPG O2 C2 single 1.432 0.020
OPG C2 C3 single 1.524 0.020
OPG H2 C2 single 1.099 0.020
OPG HO2 O2 single 0.967 0.020
OPG O3 C3 single 1.432 0.020
OPG C3 C4 single 1.524 0.020
OPG H3 C3 single 1.099 0.020
OPG HO3 O3 single 0.967 0.020
OPG O4 C4 single 1.432 0.020
OPG C4 C5 single 1.524 0.020
OPG H4 C4 single 1.099 0.020
OPG HO4 O4 single 0.967 0.020
OPG C5 O8 single 1.426 0.020
OPG C5 C7 single 1.524 0.020
OPG C6 C5 single 1.524 0.020
OPG O8 C6 single 1.426 0.020
OPG C7 O7 single 1.432 0.020
OPG H71 C7 single 1.092 0.020
OPG H72 C7 single 1.092 0.020
OPG H6 C6 single 1.099 0.020
OPG HO7 O7 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
OPG HO7 O7 C7 109.470 3.000
OPG O7 C7 H71 109.470 3.000
OPG O7 C7 H72 109.470 3.000
OPG O7 C7 C5 109.470 3.000
OPG H71 C7 H72 107.900 3.000
OPG H71 C7 C5 109.470 3.000
OPG H72 C7 C5 109.470 3.000
OPG C7 C5 C6 111.000 3.000
OPG C7 C5 C4 111.000 3.000
OPG C7 C5 O8 109.470 3.000
OPG C6 C5 C4 111.000 3.000
OPG C6 C5 O8 57.699 3.000
OPG C4 C5 O8 109.470 3.000
OPG C5 C6 H6 108.340 3.000
OPG C5 C6 O8 57.699 3.000
OPG C5 C6 C1 111.000 3.000
OPG H6 C6 O8 109.470 3.000
OPG H6 C6 C1 108.340 3.000
OPG O8 C6 C1 109.470 3.000
OPG C6 O8 C5 64.601 3.000
OPG C6 C1 H12 109.470 3.000
OPG C6 C1 H11 109.470 3.000
OPG C6 C1 C2 111.000 3.000
OPG H12 C1 H11 107.900 3.000
OPG H12 C1 C2 109.470 3.000
OPG H11 C1 C2 109.470 3.000
OPG C5 C4 H4 108.340 3.000
OPG C5 C4 O4 109.470 3.000
OPG C5 C4 C3 111.000 3.000
OPG H4 C4 O4 109.470 3.000
OPG H4 C4 C3 108.340 3.000
OPG O4 C4 C3 109.470 3.000
OPG C4 O4 HO4 109.470 3.000
OPG C4 C3 H3 108.340 3.000
OPG C4 C3 O3 109.470 3.000
OPG C4 C3 C2 111.000 3.000
OPG H3 C3 O3 109.470 3.000
OPG H3 C3 C2 108.340 3.000
OPG O3 C3 C2 109.470 3.000
OPG C3 O3 HO3 109.470 3.000
OPG C3 C2 H2 108.340 3.000
OPG C3 C2 O2 109.470 3.000
OPG C3 C2 C1 111.000 3.000
OPG H2 C2 O2 109.470 3.000
OPG H2 C2 C1 108.340 3.000
OPG O2 C2 C1 109.470 3.000
OPG C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
OPG var_1 HO7 O7 C7 C5 179.968 20.000 1
OPG var_2 O7 C7 C5 C4 -36.368 20.000 1
OPG var_3 C7 C5 O8 C6 106.032 20.000 1
OPG var_4 C7 C5 C6 C1 150.000 20.000 1
OPG var_5 C5 C6 C1 C2 -30.000 20.000 3
OPG var_6 C6 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
OPG var_7 C7 C5 C4 C3 180.000 20.000 1
OPG var_8 C5 C4 O4 HO4 -178.721 20.000 1
OPG var_9 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
OPG var_10 C4 C3 O3 HO3 -178.905 20.000 1
OPG var_11 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
OPG var_12 C3 C2 O2 HO2 -60.829 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
OPG chir_01 C2 C1 O2 C3 positiv
OPG chir_02 C3 C2 O3 C4 negativ
OPG chir_03 C4 C3 O4 C5 positiv
OPG chir_04 C5 C4 O8 C7 negativ
OPG chir_05 C6 C1 C5 O8 positiv
# ------------------------------------------------------
|
