1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ORQ ORQ 'N~5~-ACETYL-L-ORNITHINE ' peptide 25 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ORQ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
ORQ N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
ORQ HN1 H H 0.000 0.773 0.550 0.357
ORQ HN2 H H 0.000 0.040 -1.011 0.060
ORQ CA C CH1 0.000 -1.168 0.662 -0.598
ORQ HA H H 0.000 -1.229 0.403 -1.664
ORQ CB C CH2 0.000 -2.438 0.195 0.115
ORQ HB2 H H 0.000 -3.295 0.753 -0.268
ORQ HB3 H H 0.000 -2.339 0.373 1.188
ORQ CG C CH2 0.000 -2.645 -1.299 -0.139
ORQ HG2 H H 0.000 -1.787 -1.855 0.244
ORQ HG3 H H 0.000 -2.743 -1.475 -1.212
ORQ CD C CH2 0.000 -3.917 -1.766 0.574
ORQ HD2 H H 0.000 -4.774 -1.209 0.191
ORQ HD3 H H 0.000 -3.819 -1.588 1.647
ORQ NE N NH1 0.000 -4.115 -3.198 0.331
ORQ HNE H H 0.000 -3.455 -3.710 -0.236
ORQ C1 C C 0.000 -5.179 -3.830 0.865
ORQ O1 O O 0.000 -5.972 -3.214 1.546
ORQ C2 C CH3 0.000 -5.383 -5.302 0.615
ORQ H23 H H 0.000 -4.443 -5.773 0.485
ORQ H22 H H 0.000 -5.883 -5.736 1.442
ORQ H21 H H 0.000 -5.967 -5.436 -0.259
ORQ C C C 0.000 -1.029 2.155 -0.451
ORQ O O OC -0.500 -0.256 2.630 0.410
ORQ OXT O OC -0.500 -1.687 2.920 -1.190
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ORQ N n/a CA START
ORQ HN1 N . .
ORQ HN2 N . .
ORQ CA N C .
ORQ HA CA . .
ORQ CB CA CG .
ORQ HB2 CB . .
ORQ HB3 CB . .
ORQ CG CB CD .
ORQ HG2 CG . .
ORQ HG3 CG . .
ORQ CD CG NE .
ORQ HD2 CD . .
ORQ HD3 CD . .
ORQ NE CD C1 .
ORQ HNE NE . .
ORQ C1 NE C2 .
ORQ O1 C1 . .
ORQ C2 C1 H21 .
ORQ H23 C2 . .
ORQ H22 C2 . .
ORQ H21 C2 . .
ORQ C CA . END
ORQ O C . .
ORQ OXT C . .
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ORQ CA N single 1.450 0.020
ORQ CB CA single 1.524 0.020
ORQ C CA single 1.500 0.020
ORQ HA CA single 1.099 0.020
ORQ CG CB single 1.524 0.020
ORQ HB2 CB single 1.092 0.020
ORQ HB3 CB single 1.092 0.020
ORQ CD CG single 1.524 0.020
ORQ HG2 CG single 1.092 0.020
ORQ HG3 CG single 1.092 0.020
ORQ NE CD single 1.450 0.020
ORQ HD2 CD single 1.092 0.020
ORQ HD3 CD single 1.092 0.020
ORQ C1 NE single 1.330 0.020
ORQ O1 C1 double 1.220 0.020
ORQ O C deloc 1.250 0.020
ORQ OXT C deloc 1.250 0.020
ORQ C2 C1 single 1.500 0.020
ORQ H21 C2 single 1.059 0.020
ORQ H22 C2 single 1.059 0.020
ORQ H23 C2 single 1.059 0.020
ORQ HN1 N single 1.010 0.020
ORQ HN2 N single 1.010 0.020
ORQ HNE NE single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ORQ HN1 N HN2 120.000 3.000
ORQ HN1 N CA 120.000 3.000
ORQ HN2 N CA 120.000 3.000
ORQ N CA HA 109.470 3.000
ORQ N CA CB 109.470 3.000
ORQ N CA C 109.470 3.000
ORQ HA CA CB 108.340 3.000
ORQ HA CA C 108.810 3.000
ORQ CB CA C 109.470 3.000
ORQ CA CB HB2 109.470 3.000
ORQ CA CB HB3 109.470 3.000
ORQ CA CB CG 111.000 3.000
ORQ HB2 CB HB3 107.900 3.000
ORQ HB2 CB CG 109.470 3.000
ORQ HB3 CB CG 109.470 3.000
ORQ CB CG HG2 109.470 3.000
ORQ CB CG HG3 109.470 3.000
ORQ CB CG CD 111.000 3.000
ORQ HG2 CG HG3 107.900 3.000
ORQ HG2 CG CD 109.470 3.000
ORQ HG3 CG CD 109.470 3.000
ORQ CG CD HD2 109.470 3.000
ORQ CG CD HD3 109.470 3.000
ORQ CG CD NE 112.000 3.000
ORQ HD2 CD HD3 107.900 3.000
ORQ HD2 CD NE 109.470 3.000
ORQ HD3 CD NE 109.470 3.000
ORQ CD NE HNE 118.500 3.000
ORQ CD NE C1 121.500 3.000
ORQ HNE NE C1 120.000 3.000
ORQ NE C1 O1 123.000 3.000
ORQ NE C1 C2 116.500 3.000
ORQ O1 C1 C2 123.000 3.000
ORQ C1 C2 H23 109.470 3.000
ORQ C1 C2 H22 109.470 3.000
ORQ C1 C2 H21 109.470 3.000
ORQ H23 C2 H22 109.470 3.000
ORQ H23 C2 H21 109.470 3.000
ORQ H22 C2 H21 109.470 3.000
ORQ CA C O 118.500 3.000
ORQ CA C OXT 118.500 3.000
ORQ O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ORQ var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
ORQ var_2 N CA CB CG -65.007 20.000 3
ORQ var_3 CA CB CG CD -179.978 20.000 3
ORQ var_4 CB CG CD NE -179.976 20.000 3
ORQ var_5 CG CD NE C1 -179.994 20.000 3
ORQ CONST_1 CD NE C1 C2 180.000 0.000 0
ORQ var_6 NE C1 C2 H21 -90.058 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
ORQ chir_01 CA N CB C negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
ORQ plan-1 N 0.020
ORQ plan-1 CA 0.020
ORQ plan-1 HN1 0.020
ORQ plan-1 HN2 0.020
ORQ plan-2 NE 0.020
ORQ plan-2 CD 0.020
ORQ plan-2 C1 0.020
ORQ plan-2 HNE 0.020
ORQ plan-3 C 0.020
ORQ plan-3 CA 0.020
ORQ plan-3 O 0.020
ORQ plan-3 OXT 0.020
ORQ plan-4 C1 0.020
ORQ plan-4 NE 0.020
ORQ plan-4 O1 0.020
ORQ plan-4 C2 0.020
ORQ plan-4 HNE 0.020
# ------------------------------------------------------
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