1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
P20 P20 '2-(5-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}-2-C' non-polymer 28 17 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_P20
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
P20 CL16 CL CL 0.000 0.000 0.000 0.000
P20 C6 C CR6 0.000 -1.296 -1.139 -0.197
P20 C3 C CR6 0.000 -2.608 -0.715 -0.091
P20 C2 C CH1 0.000 -2.912 0.733 0.197
P20 H2 H H 0.000 -1.971 1.293 0.290
P20 C13 C C 0.000 -3.687 0.837 1.485
P20 O15 O OC -0.500 -4.043 1.957 1.913
P20 O14 O OC -0.500 -3.974 -0.197 2.128
P20 C1 C CH2 0.000 -3.743 1.317 -0.946
P20 H11A H H 0.000 -4.714 0.819 -0.981
P20 H12 H H 0.000 -3.221 1.161 -1.892
P20 S S SH1 0.000 -3.984 3.094 -0.673
P20 HS H H 0.000 -4.702 3.308 -1.771
P20 C7 C CR16 0.000 -1.014 -2.467 -0.462
P20 H7 H H 0.000 0.015 -2.796 -0.545
P20 C8 C CR16 0.000 -2.043 -3.375 -0.619
P20 H8 H H 0.000 -1.821 -4.415 -0.825
P20 C5 C CR6 0.000 -3.361 -2.952 -0.513
P20 C4 C CR16 0.000 -3.642 -1.617 -0.254
P20 H4 H H 0.000 -4.670 -1.284 -0.178
P20 N9 N NH1 0.000 -4.406 -3.869 -0.673
P20 HN9 H H 0.000 -5.214 -3.825 -0.068
P20 C10 C C 0.000 -4.333 -4.832 -1.655
P20 N12 N NH2 0.000 -3.292 -4.819 -2.554
P20 H122 H H 0.000 -2.569 -4.103 -2.504
P20 H121 H H 0.000 -3.226 -5.525 -3.285
P20 N11 N N 0.000 -5.250 -5.755 -1.733
P20 H11 H H 0.000 -5.983 -5.775 -1.111
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
P20 CL16 n/a C6 START
P20 C6 CL16 C7 .
P20 C3 C6 C2 .
P20 C2 C3 C1 .
P20 H2 C2 . .
P20 C13 C2 O14 .
P20 O15 C13 . .
P20 O14 C13 . .
P20 C1 C2 S .
P20 H11A C1 . .
P20 H12 C1 . .
P20 S C1 HS .
P20 HS S . .
P20 C7 C6 C8 .
P20 H7 C7 . .
P20 C8 C7 C5 .
P20 H8 C8 . .
P20 C5 C8 N9 .
P20 C4 C5 H4 .
P20 H4 C4 . .
P20 N9 C5 C10 .
P20 HN9 N9 . .
P20 C10 N9 N11 .
P20 N12 C10 H121 .
P20 H122 N12 . .
P20 H121 N12 . .
P20 N11 C10 H11 .
P20 H11 N11 . END
P20 C3 C4 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
P20 S C1 single 1.810 0.020
P20 HS S single 1.330 0.020
P20 C1 C2 single 1.524 0.020
P20 H11A C1 single 1.092 0.020
P20 H12 C1 single 1.092 0.020
P20 C2 C3 single 1.480 0.020
P20 C13 C2 single 1.500 0.020
P20 H2 C2 single 1.099 0.020
P20 C3 C4 double 1.390 0.020
P20 C3 C6 single 1.487 0.020
P20 C4 C5 single 1.390 0.020
P20 H4 C4 single 1.083 0.020
P20 C5 C8 double 1.390 0.020
P20 N9 C5 single 1.350 0.020
P20 C7 C6 double 1.390 0.020
P20 C6 CL16 single 1.795 0.020
P20 C8 C7 single 1.390 0.020
P20 H7 C7 single 1.083 0.020
P20 H8 C8 single 1.083 0.020
P20 C10 N9 single 1.330 0.020
P20 HN9 N9 single 1.010 0.020
P20 N11 C10 double 1.260 0.020
P20 N12 C10 single 1.332 0.020
P20 H11 N11 single 0.954 0.020
P20 H121 N12 single 1.010 0.020
P20 H122 N12 single 1.010 0.020
P20 O14 C13 deloc 1.250 0.020
P20 O15 C13 deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
P20 CL16 C6 C3 120.000 3.000
P20 CL16 C6 C7 120.000 3.000
P20 C3 C6 C7 120.000 3.000
P20 C6 C3 C2 120.000 3.000
P20 C6 C3 C4 120.000 3.000
P20 C2 C3 C4 120.000 3.000
P20 C3 C2 H2 109.470 3.000
P20 C3 C2 C13 109.500 3.000
P20 C3 C2 C1 109.470 3.000
P20 H2 C2 C13 108.810 3.000
P20 H2 C2 C1 108.340 3.000
P20 C13 C2 C1 109.470 3.000
P20 C2 C13 O15 118.500 3.000
P20 C2 C13 O14 118.500 3.000
P20 O15 C13 O14 123.000 3.000
P20 C2 C1 H11A 109.470 3.000
P20 C2 C1 H12 109.470 3.000
P20 C2 C1 S 112.500 3.000
P20 H11A C1 H12 107.900 3.000
P20 H11A C1 S 109.470 3.000
P20 H12 C1 S 109.470 3.000
P20 C1 S HS 96.000 3.000
P20 C6 C7 H7 120.000 3.000
P20 C6 C7 C8 120.000 3.000
P20 H7 C7 C8 120.000 3.000
P20 C7 C8 H8 120.000 3.000
P20 C7 C8 C5 120.000 3.000
P20 H8 C8 C5 120.000 3.000
P20 C8 C5 C4 120.000 3.000
P20 C8 C5 N9 120.000 3.000
P20 C4 C5 N9 120.000 3.000
P20 C5 C4 H4 120.000 3.000
P20 C5 C4 C3 120.000 3.000
P20 H4 C4 C3 120.000 3.000
P20 C5 N9 HN9 120.000 3.000
P20 C5 N9 C10 120.000 3.000
P20 HN9 N9 C10 120.000 3.000
P20 N9 C10 N12 120.000 3.000
P20 N9 C10 N11 120.000 3.000
P20 N12 C10 N11 120.000 3.000
P20 C10 N12 H122 120.000 3.000
P20 C10 N12 H121 120.000 3.000
P20 H122 N12 H121 120.000 3.000
P20 C10 N11 H11 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
P20 CONST_1 CL16 C6 C3 C2 0.000 0.000 0
P20 CONST_2 C6 C3 C4 C5 0.000 0.000 0
P20 var_1 C6 C3 C2 C1 120.013 20.000 1
P20 var_2 C3 C2 C13 O14 0.037 20.000 3
P20 var_3 C3 C2 C1 S -174.996 20.000 3
P20 var_4 C2 C1 S HS 179.977 20.000 1
P20 CONST_3 CL16 C6 C7 C8 180.000 0.000 0
P20 CONST_4 C6 C7 C8 C5 0.000 0.000 0
P20 CONST_5 C7 C8 C5 N9 180.000 0.000 0
P20 CONST_6 C8 C5 C4 C3 0.000 0.000 0
P20 var_5 C8 C5 N9 C10 -40.757 20.000 1
P20 CONST_7 C5 N9 C10 N11 180.000 0.000 0
P20 CONST_8 N9 C10 N12 H121 180.000 0.000 0
P20 CONST_9 N9 C10 N11 H11 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
P20 chir_01 C2 C1 C3 C13 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
P20 plan-1 C3 0.020
P20 plan-1 C2 0.020
P20 plan-1 C4 0.020
P20 plan-1 C6 0.020
P20 plan-1 C5 0.020
P20 plan-1 C7 0.020
P20 plan-1 C8 0.020
P20 plan-1 H4 0.020
P20 plan-1 N9 0.020
P20 plan-1 CL16 0.020
P20 plan-1 H7 0.020
P20 plan-1 H8 0.020
P20 plan-1 HN9 0.020
P20 plan-2 N9 0.020
P20 plan-2 C5 0.020
P20 plan-2 C10 0.020
P20 plan-2 HN9 0.020
P20 plan-3 C10 0.020
P20 plan-3 N9 0.020
P20 plan-3 N11 0.020
P20 plan-3 N12 0.020
P20 plan-3 H11 0.020
P20 plan-3 HN9 0.020
P20 plan-3 H122 0.020
P20 plan-3 H121 0.020
P20 plan-4 N12 0.020
P20 plan-4 C10 0.020
P20 plan-4 H121 0.020
P20 plan-4 H122 0.020
P20 plan-5 C13 0.020
P20 plan-5 C2 0.020
P20 plan-5 O14 0.020
P20 plan-5 O15 0.020
# ------------------------------------------------------
|
