1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
P36 P36 '1-benzyl-4-(benzyloxy)-3-bromopyridi' non-polymer 39 23 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_P36
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
P36 BR23 BR BR 0.000 0.000 0.000 0.000
P36 C10 C CR6 0.000 -1.827 -0.255 0.415
P36 C9 C CR6 0.000 -2.656 0.845 0.672
P36 O14 O O 0.000 -2.198 1.976 0.629
P36 C11 C CR6 0.000 -2.364 -1.528 0.468
P36 O15 O O2 0.000 -1.588 -2.611 0.224
P36 C16 C CH2 0.000 -1.365 -3.509 1.313
P36 H16 H H 0.000 -2.311 -3.973 1.601
P36 H16A H H 0.000 -0.959 -2.955 2.163
P36 C17 C CR6 0.000 -0.387 -4.576 0.894
P36 C22 C CR16 0.000 -0.847 -5.751 0.330
P36 H22 H H 0.000 -1.910 -5.907 0.194
P36 C21 C CR16 0.000 0.050 -6.727 -0.061
P36 H21 H H 0.000 -0.309 -7.644 -0.511
P36 C20 C CR16 0.000 1.407 -6.533 0.123
P36 H20 H H 0.000 2.110 -7.300 -0.179
P36 C19 C CR16 0.000 1.866 -5.361 0.693
P36 H19 H H 0.000 2.929 -5.208 0.837
P36 C18 C CR16 0.000 0.970 -4.382 1.078
P36 H18 H H 0.000 1.329 -3.464 1.525
P36 C12 C CR16 0.000 -3.729 -1.681 0.780
P36 H12 H H 0.000 -4.168 -2.670 0.823
P36 C13 C CR16 0.000 -4.488 -0.593 1.025
P36 H13 H H 0.000 -5.535 -0.717 1.273
P36 N8 N NR6 0.000 -3.956 0.657 0.966
P36 C7 C CH2 0.000 -4.810 1.818 1.232
P36 H7 H H 0.000 -4.209 2.619 1.668
P36 H7A H H 0.000 -5.600 1.535 1.932
P36 C5 C CR6 0.000 -5.426 2.294 -0.058
P36 C6 C CR16 0.000 -4.772 3.236 -0.830
P36 H6 H H 0.000 -3.815 3.629 -0.510
P36 C1 C CR16 0.000 -5.341 3.677 -2.011
P36 H1 H H 0.000 -4.833 4.422 -2.611
P36 C4 C CR16 0.000 -6.643 1.785 -0.473
P36 H4 H H 0.000 -7.153 1.043 0.129
P36 C3 C CR16 0.000 -7.209 2.221 -1.656
P36 H3 H H 0.000 -8.161 1.821 -1.980
P36 C2 C CR16 0.000 -6.558 3.168 -2.425
P36 H2 H H 0.000 -7.001 3.510 -3.352
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
P36 BR23 n/a C10 START
P36 C10 BR23 C11 .
P36 C9 C10 O14 .
P36 O14 C9 . .
P36 C11 C10 C12 .
P36 O15 C11 C16 .
P36 C16 O15 C17 .
P36 H16 C16 . .
P36 H16A C16 . .
P36 C17 C16 C22 .
P36 C22 C17 C21 .
P36 H22 C22 . .
P36 C21 C22 C20 .
P36 H21 C21 . .
P36 C20 C21 C19 .
P36 H20 C20 . .
P36 C19 C20 C18 .
P36 H19 C19 . .
P36 C18 C19 H18 .
P36 H18 C18 . .
P36 C12 C11 C13 .
P36 H12 C12 . .
P36 C13 C12 N8 .
P36 H13 C13 . .
P36 N8 C13 C7 .
P36 C7 N8 C5 .
P36 H7 C7 . .
P36 H7A C7 . .
P36 C5 C7 C4 .
P36 C6 C5 C1 .
P36 H6 C6 . .
P36 C1 C6 H1 .
P36 H1 C1 . .
P36 C4 C5 C3 .
P36 H4 C4 . .
P36 C3 C4 C2 .
P36 H3 C3 . .
P36 C2 C3 H2 .
P36 H2 C2 . END
P36 C1 C2 . ADD
P36 N8 C9 . ADD
P36 C17 C18 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
P36 C1 C6 double 1.390 0.020
P36 C1 C2 single 1.390 0.020
P36 H1 C1 single 1.083 0.020
P36 C2 C3 double 1.390 0.020
P36 H2 C2 single 1.083 0.020
P36 C3 C4 single 1.390 0.020
P36 H3 C3 single 1.083 0.020
P36 C4 C5 double 1.390 0.020
P36 H4 C4 single 1.083 0.020
P36 C5 C7 single 1.511 0.020
P36 C6 C5 single 1.390 0.020
P36 H6 C6 single 1.083 0.020
P36 C7 N8 single 1.465 0.020
P36 H7 C7 single 1.092 0.020
P36 H7A C7 single 1.092 0.020
P36 N8 C9 single 1.410 0.020
P36 N8 C13 single 1.337 0.020
P36 C9 C10 single 1.487 0.020
P36 O14 C9 double 1.250 0.020
P36 C10 BR23 single 1.890 0.020
P36 C11 C10 double 1.487 0.020
P36 O15 C11 single 1.370 0.020
P36 C12 C11 single 1.390 0.020
P36 C13 C12 double 1.390 0.020
P36 H12 C12 single 1.083 0.020
P36 H13 C13 single 1.083 0.020
P36 C16 O15 single 1.426 0.020
P36 C17 C16 single 1.511 0.020
P36 H16 C16 single 1.092 0.020
P36 H16A C16 single 1.092 0.020
P36 C17 C18 double 1.390 0.020
P36 C22 C17 single 1.390 0.020
P36 C18 C19 single 1.390 0.020
P36 H18 C18 single 1.083 0.020
P36 C19 C20 double 1.390 0.020
P36 H19 C19 single 1.083 0.020
P36 C20 C21 single 1.390 0.020
P36 H20 C20 single 1.083 0.020
P36 C21 C22 double 1.390 0.020
P36 H21 C21 single 1.083 0.020
P36 H22 C22 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
P36 BR23 C10 C9 120.000 3.000
P36 BR23 C10 C11 120.000 3.000
P36 C9 C10 C11 120.000 3.000
P36 C10 C9 O14 120.000 3.000
P36 C10 C9 N8 120.000 3.000
P36 O14 C9 N8 120.000 3.000
P36 C10 C11 O15 120.000 3.000
P36 C10 C11 C12 120.000 3.000
P36 O15 C11 C12 120.000 3.000
P36 C11 O15 C16 120.000 3.000
P36 O15 C16 H16 109.470 3.000
P36 O15 C16 H16A 109.470 3.000
P36 O15 C16 C17 109.470 3.000
P36 H16 C16 H16A 107.900 3.000
P36 H16 C16 C17 109.470 3.000
P36 H16A C16 C17 109.470 3.000
P36 C16 C17 C22 120.000 3.000
P36 C16 C17 C18 120.000 3.000
P36 C22 C17 C18 120.000 3.000
P36 C17 C22 H22 120.000 3.000
P36 C17 C22 C21 120.000 3.000
P36 H22 C22 C21 120.000 3.000
P36 C22 C21 H21 120.000 3.000
P36 C22 C21 C20 120.000 3.000
P36 H21 C21 C20 120.000 3.000
P36 C21 C20 H20 120.000 3.000
P36 C21 C20 C19 120.000 3.000
P36 H20 C20 C19 120.000 3.000
P36 C20 C19 H19 120.000 3.000
P36 C20 C19 C18 120.000 3.000
P36 H19 C19 C18 120.000 3.000
P36 C19 C18 H18 120.000 3.000
P36 C19 C18 C17 120.000 3.000
P36 H18 C18 C17 120.000 3.000
P36 C11 C12 H12 120.000 3.000
P36 C11 C12 C13 120.000 3.000
P36 H12 C12 C13 120.000 3.000
P36 C12 C13 H13 120.000 3.000
P36 C12 C13 N8 120.000 3.000
P36 H13 C13 N8 120.000 3.000
P36 C13 N8 C7 120.000 3.000
P36 C13 N8 C9 120.000 3.000
P36 C7 N8 C9 120.000 3.000
P36 N8 C7 H7 109.470 3.000
P36 N8 C7 H7A 109.470 3.000
P36 N8 C7 C5 109.500 3.000
P36 H7 C7 H7A 107.900 3.000
P36 H7 C7 C5 109.470 3.000
P36 H7A C7 C5 109.470 3.000
P36 C7 C5 C6 120.000 3.000
P36 C7 C5 C4 120.000 3.000
P36 C6 C5 C4 120.000 3.000
P36 C5 C6 H6 120.000 3.000
P36 C5 C6 C1 120.000 3.000
P36 H6 C6 C1 120.000 3.000
P36 C6 C1 H1 120.000 3.000
P36 C6 C1 C2 120.000 3.000
P36 H1 C1 C2 120.000 3.000
P36 C5 C4 H4 120.000 3.000
P36 C5 C4 C3 120.000 3.000
P36 H4 C4 C3 120.000 3.000
P36 C4 C3 H3 120.000 3.000
P36 C4 C3 C2 120.000 3.000
P36 H3 C3 C2 120.000 3.000
P36 C3 C2 H2 120.000 3.000
P36 C3 C2 C1 120.000 3.000
P36 H2 C2 C1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
P36 CONST_1 BR23 C10 C9 O14 0.000 0.000 0
P36 CONST_2 BR23 C10 C11 C12 180.000 0.000 0
P36 var_1 C10 C11 O15 C16 114.375 20.000 1
P36 var_2 C11 O15 C16 C17 -174.910 20.000 1
P36 var_3 O15 C16 C17 C22 -90.315 20.000 2
P36 CONST_3 C16 C17 C18 C19 180.000 0.000 0
P36 CONST_4 C16 C17 C22 C21 180.000 0.000 0
P36 CONST_5 C17 C22 C21 C20 0.000 0.000 0
P36 CONST_6 C22 C21 C20 C19 0.000 0.000 0
P36 CONST_7 C21 C20 C19 C18 0.000 0.000 0
P36 CONST_8 C20 C19 C18 C17 0.000 0.000 0
P36 CONST_9 C10 C11 C12 C13 0.000 0.000 0
P36 CONST_10 C11 C12 C13 N8 0.000 0.000 0
P36 CONST_11 C12 C13 N8 C7 180.000 0.000 0
P36 CONST_12 C13 N8 C9 C10 0.000 0.000 0
P36 var_4 C13 N8 C7 C5 -90.282 20.000 1
P36 var_5 N8 C7 C5 C4 89.997 20.000 2
P36 CONST_13 C7 C5 C6 C1 180.000 0.000 0
P36 CONST_14 C5 C6 C1 C2 0.000 0.000 0
P36 CONST_15 C6 C1 C2 C3 0.000 0.000 0
P36 CONST_16 C7 C5 C4 C3 180.000 0.000 0
P36 CONST_17 C5 C4 C3 C2 0.000 0.000 0
P36 CONST_18 C4 C3 C2 C1 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
P36 plan-1 C1 0.020
P36 plan-1 C2 0.020
P36 plan-1 C6 0.020
P36 plan-1 H1 0.020
P36 plan-1 C3 0.020
P36 plan-1 C4 0.020
P36 plan-1 C5 0.020
P36 plan-1 H2 0.020
P36 plan-1 H3 0.020
P36 plan-1 H4 0.020
P36 plan-1 C7 0.020
P36 plan-1 H6 0.020
P36 plan-2 N8 0.020
P36 plan-2 C7 0.020
P36 plan-2 C9 0.020
P36 plan-2 C13 0.020
P36 plan-2 C10 0.020
P36 plan-2 C11 0.020
P36 plan-2 C12 0.020
P36 plan-2 O14 0.020
P36 plan-2 BR23 0.020
P36 plan-2 O15 0.020
P36 plan-2 H12 0.020
P36 plan-2 H13 0.020
P36 plan-3 C17 0.020
P36 plan-3 C16 0.020
P36 plan-3 C18 0.020
P36 plan-3 C22 0.020
P36 plan-3 C19 0.020
P36 plan-3 C20 0.020
P36 plan-3 C21 0.020
P36 plan-3 H18 0.020
P36 plan-3 H19 0.020
P36 plan-3 H20 0.020
P36 plan-3 H21 0.020
P36 plan-3 H22 0.020
# ------------------------------------------------------
|
