1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
P3F P3F '"PHOSPHORIC ACID MONO-(5-HYDROXY-6-M' non-polymer 49 33 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_P3F
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
P3F F3 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C18 C CT 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F F2 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F F1 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C16 C CR6 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C15 C CR16 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H15 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C14 C CR16 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H14 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C13 C CR16 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H13 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C12 C CR16 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H12 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C11 C CR6 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C10 C C 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F O6 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F N4 N NH1 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F HN4 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C9 C CH2 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H91 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H92 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C8 C C 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F O5 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F N3 N NH1 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F HN3 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F N2 N N 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C7 C C1 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H7 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C6 C CR6 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C17 C CR6 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F O9 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F HO9 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C2 C CR6 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C1 C CH3 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H13A H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H12A H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H11 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F N1 N NRD6 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C3 C CR16 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H3 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C4 C CR6 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F C5 C CH2 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H51 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F H52 H H 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F O1 O O2 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F P1 P P 0.000 0.000 0.000 0.000
P3F O4 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
P3F O2 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
P3F O3 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
P3F F3 n/a C18 START
P3F C18 F3 C16 .
P3F F2 C18 . .
P3F F1 C18 . .
P3F C16 C18 C15 .
P3F C15 C16 C14 .
P3F H15 C15 . .
P3F C14 C15 C13 .
P3F H14 C14 . .
P3F C13 C14 C12 .
P3F H13 C13 . .
P3F C12 C13 C11 .
P3F H12 C12 . .
P3F C11 C12 C10 .
P3F C10 C11 N4 .
P3F O6 C10 . .
P3F N4 C10 C9 .
P3F HN4 N4 . .
P3F C9 N4 C8 .
P3F H91 C9 . .
P3F H92 C9 . .
P3F C8 C9 N3 .
P3F O5 C8 . .
P3F N3 C8 N2 .
P3F HN3 N3 . .
P3F N2 N3 C7 .
P3F C7 N2 C6 .
P3F H7 C7 . .
P3F C6 C7 C4 .
P3F C17 C6 C2 .
P3F O9 C17 HO9 .
P3F HO9 O9 . .
P3F C2 C17 N1 .
P3F C1 C2 H11 .
P3F H13A C1 . .
P3F H12A C1 . .
P3F H11 C1 . .
P3F N1 C2 C3 .
P3F C3 N1 H3 .
P3F H3 C3 . .
P3F C4 C6 C5 .
P3F C5 C4 O1 .
P3F H51 C5 . .
P3F H52 C5 . .
P3F O1 C5 P1 .
P3F P1 O1 O3 .
P3F O4 P1 . .
P3F O2 P1 . .
P3F O3 P1 . END
P3F C4 C3 . ADD
P3F C11 C16 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
P3F O4 P1 deloc 1.510 0.020
P3F O2 P1 deloc 1.510 0.020
P3F O3 P1 deloc 1.510 0.020
P3F P1 O1 single 1.610 0.020
P3F O1 C5 single 1.426 0.020
P3F C5 C4 single 1.511 0.020
P3F H51 C5 single 1.092 0.020
P3F H52 C5 single 1.092 0.020
P3F C4 C3 single 1.390 0.020
P3F C4 C6 double 1.487 0.020
P3F C3 N1 double 1.337 0.020
P3F H3 C3 single 1.083 0.020
P3F N1 C2 single 1.350 0.020
P3F C1 C2 single 1.506 0.020
P3F C2 C17 double 1.487 0.020
P3F H11 C1 single 1.059 0.020
P3F H12A C1 single 1.059 0.020
P3F H13A C1 single 1.059 0.020
P3F O9 C17 single 1.362 0.020
P3F C17 C6 single 1.487 0.020
P3F HO9 O9 single 0.967 0.020
P3F C6 C7 single 1.480 0.020
P3F C7 N2 double 1.260 0.020
P3F H7 C7 single 1.077 0.020
P3F N2 N3 single 1.320 0.020
P3F N3 C8 single 1.330 0.020
P3F HN3 N3 single 1.010 0.020
P3F O5 C8 double 1.220 0.020
P3F C8 C9 single 1.510 0.020
P3F C9 N4 single 1.450 0.020
P3F H91 C9 single 1.092 0.020
P3F H92 C9 single 1.092 0.020
P3F N4 C10 single 1.330 0.020
P3F HN4 N4 single 1.010 0.020
P3F O6 C10 double 1.220 0.020
P3F C10 C11 single 1.500 0.020
P3F C11 C16 single 1.487 0.020
P3F C11 C12 double 1.390 0.020
P3F C16 C18 single 1.500 0.020
P3F C15 C16 double 1.390 0.020
P3F F2 C18 single 1.320 0.020
P3F F1 C18 single 1.320 0.020
P3F C18 F3 single 1.320 0.020
P3F C12 C13 single 1.390 0.020
P3F H12 C12 single 1.083 0.020
P3F C13 C14 double 1.390 0.020
P3F H13 C13 single 1.083 0.020
P3F C14 C15 single 1.390 0.020
P3F H14 C14 single 1.083 0.020
P3F H15 C15 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
P3F F3 C18 F2 109.470 3.000
P3F F3 C18 F1 109.470 3.000
P3F F3 C18 C16 109.470 3.000
P3F F2 C18 F1 109.470 3.000
P3F F2 C18 C16 109.470 3.000
P3F F1 C18 C16 109.470 3.000
P3F C18 C16 C15 120.000 3.000
P3F C18 C16 C11 120.000 3.000
P3F C15 C16 C11 120.000 3.000
P3F C16 C15 H15 120.000 3.000
P3F C16 C15 C14 120.000 3.000
P3F H15 C15 C14 120.000 3.000
P3F C15 C14 H14 120.000 3.000
P3F C15 C14 C13 120.000 3.000
P3F H14 C14 C13 120.000 3.000
P3F C14 C13 H13 120.000 3.000
P3F C14 C13 C12 120.000 3.000
P3F H13 C13 C12 120.000 3.000
P3F C13 C12 H12 120.000 3.000
P3F C13 C12 C11 120.000 3.000
P3F H12 C12 C11 120.000 3.000
P3F C12 C11 C10 120.000 3.000
P3F C12 C11 C16 120.000 3.000
P3F C10 C11 C16 120.000 3.000
P3F C11 C10 O6 120.500 3.000
P3F C11 C10 N4 120.000 3.000
P3F O6 C10 N4 123.000 3.000
P3F C10 N4 HN4 120.000 3.000
P3F C10 N4 C9 121.500 3.000
P3F HN4 N4 C9 118.500 3.000
P3F N4 C9 H91 109.470 3.000
P3F N4 C9 H92 109.470 3.000
P3F N4 C9 C8 111.600 3.000
P3F H91 C9 H92 107.900 3.000
P3F H91 C9 C8 109.470 3.000
P3F H92 C9 C8 109.470 3.000
P3F C9 C8 O5 120.500 3.000
P3F C9 C8 N3 116.500 3.000
P3F O5 C8 N3 123.000 3.000
P3F C8 N3 HN3 120.000 3.000
P3F C8 N3 N2 120.000 3.000
P3F HN3 N3 N2 120.000 3.000
P3F N3 N2 C7 120.000 3.000
P3F N2 C7 H7 120.000 3.000
P3F N2 C7 C6 120.000 3.000
P3F H7 C7 C6 120.000 3.000
P3F C7 C6 C17 120.000 3.000
P3F C7 C6 C4 120.000 3.000
P3F C17 C6 C4 120.000 3.000
P3F C6 C17 O9 120.000 3.000
P3F C6 C17 C2 120.000 3.000
P3F O9 C17 C2 120.000 3.000
P3F C17 O9 HO9 109.470 3.000
P3F C17 C2 C1 120.000 3.000
P3F C17 C2 N1 120.000 3.000
P3F C1 C2 N1 120.000 3.000
P3F C2 C1 H13A 109.470 3.000
P3F C2 C1 H12A 109.470 3.000
P3F C2 C1 H11 109.470 3.000
P3F H13A C1 H12A 109.470 3.000
P3F H13A C1 H11 109.470 3.000
P3F H12A C1 H11 109.470 3.000
P3F C2 N1 C3 120.000 3.000
P3F N1 C3 H3 120.000 3.000
P3F N1 C3 C4 120.000 3.000
P3F H3 C3 C4 120.000 3.000
P3F C6 C4 C5 120.000 3.000
P3F C6 C4 C3 120.000 3.000
P3F C5 C4 C3 120.000 3.000
P3F C4 C5 H51 109.470 3.000
P3F C4 C5 H52 109.470 3.000
P3F C4 C5 O1 109.470 3.000
P3F H51 C5 H52 107.900 3.000
P3F H51 C5 O1 109.470 3.000
P3F H52 C5 O1 109.470 3.000
P3F C5 O1 P1 120.500 3.000
P3F O1 P1 O4 108.200 3.000
P3F O1 P1 O2 108.200 3.000
P3F O1 P1 O3 108.200 3.000
P3F O4 P1 O2 119.900 3.000
P3F O4 P1 O3 119.900 3.000
P3F O2 P1 O3 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
P3F var_1 F3 C18 C16 C15 0.000 20.000 1
P3F CONST_1 C18 C16 C15 C14 0.000 0.000 0
P3F CONST_2 C16 C15 C14 C13 0.000 0.000 0
P3F CONST_3 C15 C14 C13 C12 0.000 0.000 0
P3F CONST_4 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
P3F CONST_5 C13 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
P3F CONST_6 C12 C11 C16 C18 0.000 0.000 0
P3F var_2 C12 C11 C10 N4 0.000 20.000 1
P3F CONST_7 C11 C10 N4 C9 0.000 0.000 0
P3F var_3 C10 N4 C9 C8 0.000 20.000 3
P3F var_4 N4 C9 C8 N3 0.000 20.000 3
P3F CONST_8 C9 C8 N3 N2 0.000 0.000 0
P3F var_5 C8 N3 N2 C7 0.000 20.000 1
P3F CONST_9 N3 N2 C7 C6 0.000 0.000 0
P3F var_6 N2 C7 C6 C4 0.000 20.000 1
P3F CONST_10 C7 C6 C17 C2 0.000 0.000 0
P3F var_7 C6 C17 O9 HO9 0.000 20.000 1
P3F CONST_11 C6 C17 C2 N1 0.000 0.000 0
P3F var_8 C17 C2 C1 H11 0.000 20.000 1
P3F CONST_12 C17 C2 N1 C3 0.000 0.000 0
P3F CONST_13 C2 N1 C3 C4 0.000 0.000 0
P3F CONST_14 C7 C6 C4 C5 0.000 0.000 0
P3F CONST_15 C6 C4 C3 N1 0.000 0.000 0
P3F var_9 C6 C4 C5 O1 0.000 20.000 2
P3F var_10 C4 C5 O1 P1 0.000 20.000 1
P3F var_11 C5 O1 P1 O3 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
P3F chir_01 C18 C16 F2 F1 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
P3F plan-1 C4 0.020
P3F plan-1 C5 0.020
P3F plan-1 C3 0.020
P3F plan-1 C6 0.020
P3F plan-1 N1 0.020
P3F plan-1 C2 0.020
P3F plan-1 C17 0.020
P3F plan-1 H3 0.020
P3F plan-1 C1 0.020
P3F plan-1 O9 0.020
P3F plan-1 C7 0.020
P3F plan-1 H7 0.020
P3F plan-2 C7 0.020
P3F plan-2 C6 0.020
P3F plan-2 N2 0.020
P3F plan-2 H7 0.020
P3F plan-2 N3 0.020
P3F plan-2 HN3 0.020
P3F plan-3 N3 0.020
P3F plan-3 N2 0.020
P3F plan-3 C8 0.020
P3F plan-3 HN3 0.020
P3F plan-4 C8 0.020
P3F plan-4 N3 0.020
P3F plan-4 O5 0.020
P3F plan-4 C9 0.020
P3F plan-4 HN3 0.020
P3F plan-5 N4 0.020
P3F plan-5 C9 0.020
P3F plan-5 C10 0.020
P3F plan-5 HN4 0.020
P3F plan-6 C10 0.020
P3F plan-6 N4 0.020
P3F plan-6 O6 0.020
P3F plan-6 C11 0.020
P3F plan-6 HN4 0.020
P3F plan-7 C11 0.020
P3F plan-7 C10 0.020
P3F plan-7 C16 0.020
P3F plan-7 C12 0.020
P3F plan-7 C13 0.020
P3F plan-7 C14 0.020
P3F plan-7 C15 0.020
P3F plan-7 C18 0.020
P3F plan-7 H12 0.020
P3F plan-7 H13 0.020
P3F plan-7 H14 0.020
P3F plan-7 H15 0.020
# ------------------------------------------------------
|
