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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PA1 PA1 'PAROMOMYCIN (RING 1) ' non-polymer 25 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PA1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PA1 O6 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
PA1 HO6 H H 0.000 0.702 0.223 -0.626
PA1 C6 C CH2 0.000 -1.270 0.267 -0.596
PA1 H61 H H 0.000 -1.381 -0.336 -1.499
PA1 H62 H H 0.000 -1.334 1.325 -0.856
PA1 C5 C CH1 0.000 -2.383 -0.085 0.394
PA1 H5 H H 0.000 -2.315 -1.150 0.656
PA1 O5 O O2 0.000 -2.236 0.702 1.573
PA1 C1 C CH1 0.000 -3.174 0.221 2.533
PA1 H1 H H 0.000 -2.994 0.714 3.499
PA1 O1 O OH1 0.000 -3.015 -1.190 2.684
PA1 HO1 H H 0.000 -2.115 -1.382 2.981
PA1 C4 C CH1 0.000 -3.743 0.194 -0.250
PA1 H4 H H 0.000 -3.821 1.263 -0.492
PA1 O4 O OH1 0.000 -3.873 -0.576 -1.446
PA1 HO4 H H 0.000 -3.168 -0.334 -2.062
PA1 C3 C CH1 0.000 -4.852 -0.190 0.734
PA1 H3 H H 0.000 -4.841 -1.277 0.895
PA1 O3 O OH1 0.000 -6.120 0.202 0.205
PA1 HO3 H H 0.000 -6.818 -0.042 0.828
PA1 C2 C CH1 0.000 -4.598 0.526 2.063
PA1 H2 H H 0.000 -4.715 1.610 1.925
PA1 N2 N NH2 0.000 -5.559 0.052 3.069
PA1 HN22 H H 0.000 -6.252 -0.646 2.825
PA1 HN21 H H 0.000 -5.536 0.420 4.013
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PA1 O6 n/a C6 START
PA1 HO6 O6 . .
PA1 C6 O6 C5 .
PA1 H61 C6 . .
PA1 H62 C6 . .
PA1 C5 C6 C4 .
PA1 H5 C5 . .
PA1 O5 C5 C1 .
PA1 C1 O5 O1 .
PA1 H1 C1 . .
PA1 O1 C1 HO1 .
PA1 HO1 O1 . .
PA1 C4 C5 C3 .
PA1 H4 C4 . .
PA1 O4 C4 HO4 .
PA1 HO4 O4 . .
PA1 C3 C4 C2 .
PA1 H3 C3 . .
PA1 O3 C3 HO3 .
PA1 HO3 O3 . .
PA1 C2 C3 N2 .
PA1 H2 C2 . .
PA1 N2 C2 HN21 .
PA1 HN22 N2 . .
PA1 HN21 N2 . END
PA1 C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PA1 O1 C1 single 1.432 0.020
PA1 C1 C2 single 1.524 0.020
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PA1 HN22 N2 single 1.010 0.020
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PA1 H3 C3 single 1.099 0.020
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PA1 C4 C5 single 1.524 0.020
PA1 H4 C4 single 1.099 0.020
PA1 HO4 O4 single 0.967 0.020
PA1 O5 C5 single 1.426 0.020
PA1 C5 C6 single 1.524 0.020
PA1 H5 C5 single 1.099 0.020
PA1 C6 O6 single 1.432 0.020
PA1 H61 C6 single 1.092 0.020
PA1 H62 C6 single 1.092 0.020
PA1 HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PA1 HO6 O6 C6 109.470 3.000
PA1 O6 C6 H61 109.470 3.000
PA1 O6 C6 H62 109.470 3.000
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PA1 H61 C6 H62 107.900 3.000
PA1 H61 C6 C5 109.470 3.000
PA1 H62 C6 C5 109.470 3.000
PA1 C6 C5 H5 108.340 3.000
PA1 C6 C5 O5 109.470 3.000
PA1 C6 C5 C4 111.000 3.000
PA1 H5 C5 O5 109.470 3.000
PA1 H5 C5 C4 108.340 3.000
PA1 O5 C5 C4 109.470 3.000
PA1 C5 O5 C1 111.800 3.000
PA1 O5 C1 H1 109.470 3.000
PA1 O5 C1 O1 109.470 3.000
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PA1 H1 C1 O1 109.470 3.000
PA1 H1 C1 C2 108.340 3.000
PA1 O1 C1 C2 109.470 3.000
PA1 C1 O1 HO1 109.470 3.000
PA1 C5 C4 H4 108.340 3.000
PA1 C5 C4 O4 109.470 3.000
PA1 C5 C4 C3 111.000 3.000
PA1 H4 C4 O4 109.470 3.000
PA1 H4 C4 C3 108.340 3.000
PA1 O4 C4 C3 109.470 3.000
PA1 C4 O4 HO4 109.470 3.000
PA1 C4 C3 H3 108.340 3.000
PA1 C4 C3 O3 109.470 3.000
PA1 C4 C3 C2 111.000 3.000
PA1 H3 C3 O3 109.470 3.000
PA1 H3 C3 C2 108.340 3.000
PA1 O3 C3 C2 109.470 3.000
PA1 C3 O3 HO3 109.470 3.000
PA1 C3 C2 H2 108.340 3.000
PA1 C3 C2 N2 109.470 3.000
PA1 C3 C2 C1 111.000 3.000
PA1 H2 C2 N2 109.470 3.000
PA1 H2 C2 C1 108.340 3.000
PA1 N2 C2 C1 109.470 3.000
PA1 C2 N2 HN22 120.000 3.000
PA1 C2 N2 HN21 120.000 3.000
PA1 HN22 N2 HN21 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PA1 var_1 HO6 O6 C6 C5 -179.958 20.000 1
PA1 var_2 O6 C6 C5 C4 -179.667 20.000 3
PA1 var_3 C6 C5 O5 C1 180.000 20.000 1
PA1 var_4 C5 O5 C1 O1 60.000 20.000 1
PA1 var_5 O5 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
PA1 var_6 O5 C1 O1 HO1 59.756 20.000 1
PA1 var_7 C6 C5 C4 C3 180.000 20.000 3
PA1 var_8 C5 C4 O4 HO4 -59.894 20.000 1
PA1 var_9 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
PA1 var_10 C4 C3 O3 HO3 179.977 20.000 1
PA1 var_11 C4 C3 C2 N2 180.000 20.000 3
PA1 var_12 C3 C2 N2 HN21 179.868 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PA1 chir_01 C1 O1 C2 O5 positiv
PA1 chir_02 C2 C1 N2 C3 positiv
PA1 chir_03 C3 C2 O3 C4 negativ
PA1 chir_04 C4 C3 O4 C5 positiv
PA1 chir_05 C5 C4 O5 C6 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PA1 plan-1 N2 0.020
PA1 plan-1 C2 0.000
PA1 plan-1 HN21 0.000
PA1 plan-1 HN22 0.000
# ------------------------------------------------------
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