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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PA2 PA2 'PAROMOMYCIN (RING 2) ' non-polymer 24 10 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PA2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PA2 O3 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
PA2 HO3 H H 0.000 0.599 -0.369 0.664
PA2 C3 C CH1 0.000 -1.336 -0.427 0.275
PA2 H3 H H 0.000 -1.383 -1.525 0.242
PA2 C2 C CH1 0.000 -2.284 0.155 -0.774
PA2 H2 H H 0.000 -2.237 1.253 -0.740
PA2 O2 O OH1 0.000 -1.895 -0.298 -2.072
PA2 HO2 H H 0.000 -0.992 -0.008 -2.257
PA2 C4 C CH2 0.000 -1.751 0.058 1.664
PA2 H41 H H 0.000 -1.702 1.148 1.698
PA2 H42 H H 0.000 -1.073 -0.359 2.412
PA2 C5 C CH1 0.000 -3.180 -0.400 1.958
PA2 H5 H H 0.000 -3.227 -1.497 1.924
PA2 N5 N NH2 0.000 -3.578 0.066 3.293
PA2 HN52 H H 0.000 -4.377 0.681 3.404
PA2 HN51 H H 0.000 -3.058 -0.224 4.113
PA2 C6 C CH2 0.000 -4.129 0.183 0.909
PA2 H61 H H 0.000 -4.084 1.273 0.944
PA2 H62 H H 0.000 -5.149 -0.145 1.120
PA2 C1 C CH1 0.000 -3.713 -0.302 -0.480
PA2 H1 H H 0.000 -3.760 -1.400 -0.514
PA2 N1 N NH2 0.000 -4.624 0.258 -1.486
PA2 HN12 H H 0.000 -4.267 0.849 -2.228
PA2 HN11 H H 0.000 -5.617 0.057 -1.446
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PA2 O3 n/a C3 START
PA2 HO3 O3 . .
PA2 C3 O3 C4 .
PA2 H3 C3 . .
PA2 C2 C3 O2 .
PA2 H2 C2 . .
PA2 O2 C2 HO2 .
PA2 HO2 O2 . .
PA2 C4 C3 C5 .
PA2 H41 C4 . .
PA2 H42 C4 . .
PA2 C5 C4 C6 .
PA2 H5 C5 . .
PA2 N5 C5 HN51 .
PA2 HN52 N5 . .
PA2 HN51 N5 . .
PA2 C6 C5 C1 .
PA2 H61 C6 . .
PA2 H62 C6 . .
PA2 C1 C6 N1 .
PA2 H1 C1 . .
PA2 N1 C1 HN11 .
PA2 HN12 N1 . .
PA2 HN11 N1 . END
PA2 C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PA2 N1 C1 single 1.450 0.020
PA2 C1 C2 single 1.524 0.020
PA2 C1 C6 single 1.524 0.020
PA2 H1 C1 single 1.099 0.020
PA2 HN11 N1 single 1.010 0.020
PA2 HN12 N1 single 1.010 0.020
PA2 O2 C2 single 1.432 0.020
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PA2 H2 C2 single 1.099 0.020
PA2 HO2 O2 single 0.967 0.020
PA2 C3 O3 single 1.432 0.020
PA2 C4 C3 single 1.524 0.020
PA2 H3 C3 single 1.099 0.020
PA2 HO3 O3 single 0.967 0.020
PA2 C5 C4 single 1.524 0.020
PA2 H41 C4 single 1.092 0.020
PA2 H42 C4 single 1.092 0.020
PA2 N5 C5 single 1.450 0.020
PA2 C6 C5 single 1.524 0.020
PA2 H5 C5 single 1.099 0.020
PA2 HN51 N5 single 1.010 0.020
PA2 HN52 N5 single 1.010 0.020
PA2 H61 C6 single 1.092 0.020
PA2 H62 C6 single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PA2 HO3 O3 C3 109.470 3.000
PA2 O3 C3 H3 109.470 3.000
PA2 O3 C3 C2 109.470 3.000
PA2 O3 C3 C4 109.470 3.000
PA2 H3 C3 C2 108.340 3.000
PA2 H3 C3 C4 108.340 3.000
PA2 C2 C3 C4 111.000 3.000
PA2 C3 C2 H2 108.340 3.000
PA2 C3 C2 O2 109.470 3.000
PA2 C3 C2 C1 111.000 3.000
PA2 H2 C2 O2 109.470 3.000
PA2 H2 C2 C1 108.340 3.000
PA2 O2 C2 C1 109.470 3.000
PA2 C2 O2 HO2 109.470 3.000
PA2 C3 C4 H41 109.470 3.000
PA2 C3 C4 H42 109.470 3.000
PA2 C3 C4 C5 111.000 3.000
PA2 H41 C4 H42 107.900 3.000
PA2 H41 C4 C5 109.470 3.000
PA2 H42 C4 C5 109.470 3.000
PA2 C4 C5 H5 108.340 3.000
PA2 C4 C5 N5 109.470 3.000
PA2 C4 C5 C6 109.470 3.000
PA2 H5 C5 N5 109.470 3.000
PA2 H5 C5 C6 108.340 3.000
PA2 N5 C5 C6 109.470 3.000
PA2 C5 N5 HN52 120.000 3.000
PA2 C5 N5 HN51 120.000 3.000
PA2 HN52 N5 HN51 120.000 3.000
PA2 C5 C6 H61 109.470 3.000
PA2 C5 C6 H62 109.470 3.000
PA2 C5 C6 C1 111.000 3.000
PA2 H61 C6 H62 107.900 3.000
PA2 H61 C6 C1 109.470 3.000
PA2 H62 C6 C1 109.470 3.000
PA2 C6 C1 H1 108.340 3.000
PA2 C6 C1 N1 109.470 3.000
PA2 C6 C1 C2 111.000 3.000
PA2 H1 C1 N1 109.470 3.000
PA2 H1 C1 C2 108.340 3.000
PA2 N1 C1 C2 109.470 3.000
PA2 C1 N1 HN12 120.000 3.000
PA2 C1 N1 HN11 120.000 3.000
PA2 HN12 N1 HN11 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PA2 var_1 HO3 O3 C3 C4 59.905 20.000 1
PA2 var_2 O3 C3 C2 O2 60.000 20.000 3
PA2 var_3 C3 C2 O2 HO2 -59.978 20.000 1
PA2 var_4 O3 C3 C4 C5 180.000 20.000 3
PA2 var_5 C3 C4 C5 C6 -60.000 20.000 3
PA2 var_6 C4 C5 N5 HN51 -59.946 20.000 1
PA2 var_7 C4 C5 C6 C1 60.000 20.000 3
PA2 var_8 C5 C6 C1 N1 180.000 20.000 3
PA2 var_9 C6 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
PA2 var_10 C6 C1 N1 HN11 -59.955 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PA2 chir_01 C1 N1 C2 C6 negativ
PA2 chir_02 C2 C1 O2 C3 positiv
PA2 chir_03 C3 C2 O3 C4 negativ
PA2 chir_04 C5 C4 N5 C6 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PA2 plan-1 N1 0.020
PA2 plan-1 C1 0.020
PA2 plan-1 HN11 0.020
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PA2 plan-2 C5 0.020
PA2 plan-2 HN51 0.020
PA2 plan-2 HN52 0.020
# ------------------------------------------------------
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