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99
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312
313
314
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PAI PAI '"{[(2,2-DIHYDROXY-ETHYL)-(2,3,4,5-TE' non-polymer 46 25 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PAI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
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PAI O7P O OH1 0.000 0.681 -2.090 1.421
PAI HO7P H H 0.000 0.651 -2.752 0.715
PAI C9 C CH2 0.000 0.266 0.154 2.782
PAI HC91 H H 0.000 1.311 0.470 2.772
PAI HC92 H H 0.000 0.072 -0.430 3.684
PAI N1 N NT 0.000 -0.603 1.332 2.765
PAI C7 C CH2 0.000 -0.419 2.113 3.991
PAI HC71 H H 0.000 -1.094 2.971 3.963
PAI HC72 H H 0.000 0.614 2.466 4.028
PAI C8 C CH1 0.000 -0.714 1.271 5.229
PAI HC8 H H 0.000 -0.032 0.410 5.267
PAI O6 O OH1 0.000 -0.544 2.076 6.388
PAI HO6 H H 0.000 -0.375 1.507 7.150
PAI O5 O OH1 0.000 -2.060 0.818 5.133
PAI HO5 H H 0.000 -2.169 0.021 5.668
PAI C1 C CH2 0.000 -0.342 2.179 1.604
PAI HC11 H H 0.000 -0.422 1.559 0.710
PAI HC12 H H 0.000 0.676 2.563 1.690
PAI C2 C CH1 0.000 -1.325 3.352 1.504
PAI HC2 H H 0.000 -1.182 3.994 2.384
PAI O2 O OH1 0.000 -0.980 4.109 0.337
PAI HO2 H H 0.000 -1.467 4.945 0.339
PAI C3 C CH1 0.000 -2.817 2.971 1.425
PAI HC3 H H 0.000 -3.077 2.368 2.306
PAI O3 O OH1 0.000 -3.552 4.201 1.469
PAI HO3 H H 0.000 -2.969 4.916 1.757
PAI C4 C CH1 0.000 -3.203 2.191 0.154
PAI HC4 H H 0.000 -2.649 1.242 0.143
PAI O4 O OH1 0.000 -2.803 2.966 -0.981
PAI HO4 H H 0.000 -1.838 3.036 -1.000
PAI C5 C CH1 0.000 -4.707 1.883 0.010
PAI HC5 H H 0.000 -5.252 2.835 0.078
PAI O1 O OH1 0.000 -5.121 1.065 1.113
PAI HO1 H H 0.000 -5.191 1.609 1.909
PAI C6 C CH2 0.000 -5.127 1.198 -1.293
PAI HC61 H H 0.000 -4.856 1.852 -2.124
PAI HC62 H H 0.000 -6.210 1.065 -1.274
PAI O3P O O2 0.000 -4.503 -0.049 -1.454
PAI P1 P P 0.000 -4.890 -0.864 -2.827
PAI O1P O OP -0.666 -6.386 -1.084 -2.774
PAI O2P O OP -0.666 -4.010 -2.094 -2.772
PAI O4P O OP -0.666 -4.334 -0.029 -3.960
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PAI O5P n/a P2 START
PAI P2 O5P C9 .
PAI O6P P2 HO6P .
PAI HO6P O6P . .
PAI O7P P2 HO7P .
PAI HO7P O7P . .
PAI C9 P2 N1 .
PAI HC91 C9 . .
PAI HC92 C9 . .
PAI N1 C9 C1 .
PAI C7 N1 C8 .
PAI HC71 C7 . .
PAI HC72 C7 . .
PAI C8 C7 O5 .
PAI HC8 C8 . .
PAI O6 C8 HO6 .
PAI HO6 O6 . .
PAI O5 C8 HO5 .
PAI HO5 O5 . .
PAI C1 N1 C2 .
PAI HC11 C1 . .
PAI HC12 C1 . .
PAI C2 C1 C3 .
PAI HC2 C2 . .
PAI O2 C2 HO2 .
PAI HO2 O2 . .
PAI C3 C2 C4 .
PAI HC3 C3 . .
PAI O3 C3 HO3 .
PAI HO3 O3 . .
PAI C4 C3 C5 .
PAI HC4 C4 . .
PAI O4 C4 HO4 .
PAI HO4 O4 . .
PAI C5 C4 C6 .
PAI HC5 C5 . .
PAI O1 C5 HO1 .
PAI HO1 O1 . .
PAI C6 C5 O3P .
PAI HC61 C6 . .
PAI HC62 C6 . .
PAI O3P C6 P1 .
PAI P1 O3P O4P .
PAI O1P P1 . .
PAI O2P P1 . .
PAI O4P P1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PAI O1P P1 deloc 1.510 0.020
PAI O2P P1 deloc 1.510 0.020
PAI P1 O3P single 1.610 0.020
PAI O4P P1 deloc 1.510 0.020
PAI O3P C6 single 1.426 0.020
PAI C6 C5 single 1.524 0.020
PAI HC61 C6 single 1.092 0.020
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PAI HC4 C4 single 1.099 0.020
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PAI O3 C3 single 1.432 0.020
PAI C3 C2 single 1.524 0.020
PAI HC3 C3 single 1.099 0.020
PAI HO3 O3 single 0.967 0.020
PAI O2 C2 single 1.432 0.020
PAI C2 C1 single 1.524 0.020
PAI HC2 C2 single 1.099 0.020
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PAI HC11 C1 single 1.092 0.020
PAI HC12 C1 single 1.092 0.020
PAI C7 N1 single 1.469 0.020
PAI N1 C9 single 1.469 0.020
PAI C8 C7 single 1.524 0.020
PAI HC71 C7 single 1.092 0.020
PAI HC72 C7 single 1.092 0.020
PAI O5 C8 single 1.432 0.020
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PAI HC8 C8 single 1.099 0.020
PAI HO5 O5 single 0.967 0.020
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PAI HC91 C9 single 1.092 0.020
PAI HC92 C9 single 1.092 0.020
PAI P2 O5P double 1.480 0.020
PAI O6P P2 single 1.610 0.020
PAI O7P P2 single 1.610 0.020
PAI HO6P O6P single 0.967 0.020
PAI HO7P O7P single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PAI O5P P2 O6P 109.500 3.000
PAI O5P P2 O7P 109.500 3.000
PAI O5P P2 C9 109.500 3.000
PAI O6P P2 O7P 109.500 3.000
PAI O6P P2 C9 109.500 3.000
PAI O7P P2 C9 109.500 3.000
PAI P2 O6P HO6P 120.000 3.000
PAI P2 O7P HO7P 120.000 3.000
PAI P2 C9 HC91 109.500 3.000
PAI P2 C9 HC92 109.500 3.000
PAI P2 C9 N1 109.500 3.000
PAI HC91 C9 HC92 107.900 3.000
PAI HC91 C9 N1 109.470 3.000
PAI HC92 C9 N1 109.470 3.000
PAI C9 N1 C7 109.470 3.000
PAI C9 N1 C1 109.470 3.000
PAI C7 N1 C1 109.470 3.000
PAI N1 C7 HC71 109.470 3.000
PAI N1 C7 HC72 109.470 3.000
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PAI HC71 C7 HC72 107.900 3.000
PAI HC71 C7 C8 109.470 3.000
PAI HC72 C7 C8 109.470 3.000
PAI C7 C8 HC8 108.340 3.000
PAI C7 C8 O6 109.470 3.000
PAI C7 C8 O5 109.470 3.000
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PAI HC8 C8 O5 109.470 3.000
PAI O6 C8 O5 109.500 3.000
PAI C8 O6 HO6 109.470 3.000
PAI C8 O5 HO5 109.470 3.000
PAI N1 C1 HC11 109.470 3.000
PAI N1 C1 HC12 109.470 3.000
PAI N1 C1 C2 109.500 3.000
PAI HC11 C1 HC12 107.900 3.000
PAI HC11 C1 C2 109.470 3.000
PAI HC12 C1 C2 109.470 3.000
PAI C1 C2 HC2 108.340 3.000
PAI C1 C2 O2 109.470 3.000
PAI C1 C2 C3 111.000 3.000
PAI HC2 C2 O2 109.470 3.000
PAI HC2 C2 C3 108.340 3.000
PAI O2 C2 C3 109.470 3.000
PAI C2 O2 HO2 109.470 3.000
PAI C2 C3 HC3 108.340 3.000
PAI C2 C3 O3 109.470 3.000
PAI C2 C3 C4 111.000 3.000
PAI HC3 C3 O3 109.470 3.000
PAI HC3 C3 C4 108.340 3.000
PAI O3 C3 C4 109.470 3.000
PAI C3 O3 HO3 109.470 3.000
PAI C3 C4 HC4 108.340 3.000
PAI C3 C4 O4 109.470 3.000
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PAI HC4 C4 O4 109.470 3.000
PAI HC4 C4 C5 108.340 3.000
PAI O4 C4 C5 109.470 3.000
PAI C4 O4 HO4 109.470 3.000
PAI C4 C5 HC5 108.340 3.000
PAI C4 C5 O1 109.470 3.000
PAI C4 C5 C6 111.000 3.000
PAI HC5 C5 O1 109.470 3.000
PAI HC5 C5 C6 108.340 3.000
PAI O1 C5 C6 109.470 3.000
PAI C5 O1 HO1 109.470 3.000
PAI C5 C6 HC61 109.470 3.000
PAI C5 C6 HC62 109.470 3.000
PAI C5 C6 O3P 109.470 3.000
PAI HC61 C6 HC62 107.900 3.000
PAI HC61 C6 O3P 109.470 3.000
PAI HC62 C6 O3P 109.470 3.000
PAI C6 O3P P1 120.500 3.000
PAI O3P P1 O1P 108.200 3.000
PAI O3P P1 O2P 108.200 3.000
PAI O3P P1 O4P 108.200 3.000
PAI O1P P1 O2P 119.900 3.000
PAI O1P P1 O4P 119.900 3.000
PAI O2P P1 O4P 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PAI var_1 O5P P2 O6P HO6P 50.083 20.000 1
PAI var_2 O5P P2 O7P HO7P -50.706 20.000 1
PAI var_3 O5P P2 C9 N1 60.023 20.000 1
PAI var_4 P2 C9 N1 C1 -62.490 20.000 1
PAI var_5 C9 N1 C7 C8 -58.090 20.000 1
PAI var_6 N1 C7 C8 O5 -59.268 20.000 3
PAI var_7 C7 C8 O6 HO6 -157.345 20.000 1
PAI var_8 C7 C8 O5 HO5 156.727 20.000 1
PAI var_9 C9 N1 C1 C2 174.979 20.000 1
PAI var_10 N1 C1 C2 C3 -58.015 20.000 3
PAI var_11 C1 C2 O2 HO2 -169.172 20.000 1
PAI var_12 C1 C2 C3 C4 -64.708 20.000 3
PAI var_13 C2 C3 O3 HO3 -14.140 20.000 1
PAI var_14 C2 C3 C4 C5 -176.097 20.000 3
PAI var_15 C3 C4 O4 HO4 65.382 20.000 1
PAI var_16 C3 C4 C5 C6 175.732 20.000 3
PAI var_17 C4 C5 O1 HO1 75.265 20.000 1
PAI var_18 C4 C5 C6 O3P 60.754 20.000 3
PAI var_19 C5 C6 O3P P1 -179.981 20.000 1
PAI var_20 C6 O3P P1 O4P 65.840 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PAI chir_01 C5 C6 O1 C4 negativ
PAI chir_02 C4 C5 O4 C3 negativ
PAI chir_03 C3 C4 O3 C2 positiv
PAI chir_04 C2 C3 O2 C1 positiv
PAI chir_05 N1 C1 C7 C9 positiv
PAI chir_06 C8 C7 O5 O6 positiv
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