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|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PDQ PDQ '3-amino-7-{(3R)-3-[(1S)-1-aminoethyl' non-polymer 50 26 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PDQ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PDQ O16 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
PDQ C15 C CR6 0.000 -1.141 -0.420 0.014
PDQ N17 N NR6 0.000 -1.340 -1.741 -0.118
PDQ N26 N NH2 0.000 -0.263 -2.569 -0.263
PDQ HN2A H H 0.000 0.662 -2.178 -0.264
PDQ HN26 H H 0.000 -0.411 -3.556 -0.367
PDQ C1 C CR6 0.000 -2.584 -2.268 -0.117
PDQ O2 O O 0.000 -2.754 -3.465 -0.242
PDQ N13 N NR6 0.000 -2.149 0.456 0.166
PDQ C18 C CH1 0.000 -1.854 1.883 0.312
PDQ H18 H H 0.000 -2.276 2.386 1.193
PDQ C23 C CH2 0.000 -0.487 2.374 -0.169
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PDQ H23A H H 0.000 0.000 3.296 0.158
PDQ C20 C CH2 0.000 -1.746 2.716 -0.967
PDQ H20A H H 0.000 -2.130 2.139 -1.812
PDQ H20 H H 0.000 -2.331 3.631 -0.857
PDQ C12 C CR66 0.000 -3.467 0.019 0.187
PDQ C3 C CR66 0.000 -3.727 -1.356 0.046
PDQ C10 C CR6 0.000 -4.519 0.903 0.343
PDQ C29 C CH3 0.000 -4.254 2.378 0.496
PDQ H29B H H 0.000 -3.550 2.688 -0.233
PDQ H29A H H 0.000 -5.157 2.915 0.364
PDQ H29 H H 0.000 -3.867 2.570 1.463
PDQ C8 C CR6 0.000 -5.823 0.422 0.359
PDQ C6 C CR6 0.000 -6.074 -0.944 0.218
PDQ F7 F F 0.000 -7.347 -1.397 0.236
PDQ C4 C CR16 0.000 -5.041 -1.827 0.063
PDQ H4 H H 0.000 -5.241 -2.885 -0.046
PDQ N33 N NT 0.000 -6.884 1.308 0.515
PDQ C42 C CH2 0.000 -7.659 0.998 1.735
PDQ H42 H H 0.000 -7.332 1.600 2.585
PDQ H42A H H 0.000 -7.596 -0.061 1.995
PDQ C39 C CH2 0.000 -9.123 1.357 1.378
PDQ H39 H H 0.000 -9.334 2.426 1.452
PDQ H39A H H 0.000 -9.857 0.801 1.964
PDQ C37 C CH1 0.000 -9.200 0.915 -0.106
PDQ H37 H H 0.000 -9.396 -0.164 -0.180
PDQ C34 C CH2 0.000 -7.794 1.252 -0.644
PDQ H34A H H 0.000 -7.800 2.219 -1.151
PDQ H34 H H 0.000 -7.455 0.480 -1.338
PDQ C45 C CH1 0.000 -10.271 1.712 -0.853
PDQ H45 H H 0.000 -10.088 2.787 -0.718
PDQ N51 N NH2 0.000 -10.219 1.382 -2.284
PDQ HN5A H H 0.000 -10.035 2.106 -2.969
PDQ HN51 H H 0.000 -10.366 0.429 -2.594
PDQ C47 C CH3 0.000 -11.652 1.356 -0.299
PDQ H47B H H 0.000 -12.395 1.907 -0.815
PDQ H47A H H 0.000 -11.830 0.319 -0.428
PDQ H47 H H 0.000 -11.692 1.593 0.733
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PDQ O16 n/a C15 START
PDQ C15 O16 N13 .
PDQ N17 C15 C1 .
PDQ N26 N17 HN26 .
PDQ HN2A N26 . .
PDQ HN26 N26 . .
PDQ C1 N17 O2 .
PDQ O2 C1 . .
PDQ N13 C15 C12 .
PDQ C18 N13 C23 .
PDQ H18 C18 . .
PDQ C23 C18 C20 .
PDQ H23 C23 . .
PDQ H23A C23 . .
PDQ C20 C23 H20 .
PDQ H20A C20 . .
PDQ H20 C20 . .
PDQ C12 N13 C10 .
PDQ C3 C12 . .
PDQ C10 C12 C8 .
PDQ C29 C10 H29 .
PDQ H29B C29 . .
PDQ H29A C29 . .
PDQ H29 C29 . .
PDQ C8 C10 N33 .
PDQ C6 C8 C4 .
PDQ F7 C6 . .
PDQ C4 C6 H4 .
PDQ H4 C4 . .
PDQ N33 C8 C42 .
PDQ C42 N33 C39 .
PDQ H42 C42 . .
PDQ H42A C42 . .
PDQ C39 C42 C37 .
PDQ H39 C39 . .
PDQ H39A C39 . .
PDQ C37 C39 C45 .
PDQ H37 C37 . .
PDQ C34 C37 H34 .
PDQ H34A C34 . .
PDQ H34 C34 . .
PDQ C45 C37 C47 .
PDQ H45 C45 . .
PDQ N51 C45 HN51 .
PDQ HN5A N51 . .
PDQ HN51 N51 . .
PDQ C47 C45 H47 .
PDQ H47B C47 . .
PDQ H47A C47 . .
PDQ H47 C47 . END
PDQ C1 C3 . ADD
PDQ C3 C4 . ADD
PDQ C18 C20 . ADD
PDQ N33 C34 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PDQ O2 C1 double 1.250 0.020
PDQ C1 C3 single 1.490 0.020
PDQ C1 N17 single 1.410 0.020
PDQ C3 C4 double 1.390 0.020
PDQ C3 C12 single 1.490 0.020
PDQ C4 C6 single 1.390 0.020
PDQ H4 C4 single 1.083 0.020
PDQ F7 C6 single 1.345 0.020
PDQ C6 C8 double 1.487 0.020
PDQ C8 C10 single 1.487 0.020
PDQ N33 C8 single 1.405 0.020
PDQ C10 C12 double 1.490 0.020
PDQ C29 C10 single 1.506 0.020
PDQ C12 N13 single 1.410 0.020
PDQ N13 C15 single 1.410 0.020
PDQ C18 N13 single 1.465 0.020
PDQ C15 O16 double 1.250 0.020
PDQ N17 C15 single 1.410 0.020
PDQ N26 N17 single 1.400 0.020
PDQ C18 C20 single 1.524 0.020
PDQ C23 C18 single 1.524 0.020
PDQ H18 C18 single 1.099 0.020
PDQ C20 C23 single 1.524 0.020
PDQ H20 C20 single 1.092 0.020
PDQ H20A C20 single 1.092 0.020
PDQ H23 C23 single 1.092 0.020
PDQ H23A C23 single 1.092 0.020
PDQ HN26 N26 single 1.010 0.020
PDQ HN2A N26 single 1.010 0.020
PDQ H29 C29 single 1.059 0.020
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PDQ H34A C34 single 1.092 0.020
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PDQ H37 C37 single 1.099 0.020
PDQ C39 C42 single 1.524 0.020
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PDQ H39A C39 single 1.092 0.020
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PDQ C47 C45 single 1.524 0.020
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PDQ H45 C45 single 1.099 0.020
PDQ H47 C47 single 1.059 0.020
PDQ H47A C47 single 1.059 0.020
PDQ H47B C47 single 1.059 0.020
PDQ HN51 N51 single 1.010 0.020
PDQ HN5A N51 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PDQ O16 C15 N17 120.000 3.000
PDQ O16 C15 N13 120.000 3.000
PDQ N17 C15 N13 120.000 3.000
PDQ C15 N17 N26 120.000 3.000
PDQ C15 N17 C1 120.000 3.000
PDQ N26 N17 C1 120.000 3.000
PDQ N17 N26 HN2A 120.000 3.000
PDQ N17 N26 HN26 120.000 3.000
PDQ HN2A N26 HN26 120.000 3.000
PDQ N17 C1 O2 120.000 3.000
PDQ N17 C1 C3 120.000 3.000
PDQ O2 C1 C3 120.000 3.000
PDQ C15 N13 C18 120.000 3.000
PDQ C15 N13 C12 120.000 3.000
PDQ C18 N13 C12 120.000 3.000
PDQ N13 C18 H18 109.470 3.000
PDQ N13 C18 C23 109.470 3.000
PDQ N13 C18 C20 109.470 3.000
PDQ H18 C18 C23 108.340 3.000
PDQ H18 C18 C20 108.340 3.000
PDQ C23 C18 C20 60.000 3.000
PDQ C18 C23 H23 109.470 3.000
PDQ C18 C23 H23A 109.470 3.000
PDQ C18 C23 C20 60.000 3.000
PDQ H23 C23 H23A 107.900 3.000
PDQ H23 C23 C20 109.470 3.000
PDQ H23A C23 C20 109.470 3.000
PDQ C23 C20 H20A 109.470 3.000
PDQ C23 C20 H20 109.470 3.000
PDQ C23 C20 C18 60.000 3.000
PDQ H20A C20 H20 107.900 3.000
PDQ H20A C20 C18 109.470 3.000
PDQ H20 C20 C18 109.470 3.000
PDQ N13 C12 C3 120.000 3.000
PDQ N13 C12 C10 120.000 3.000
PDQ C3 C12 C10 120.000 3.000
PDQ C12 C3 C1 120.000 3.000
PDQ C12 C3 C4 120.000 3.000
PDQ C1 C3 C4 120.000 3.000
PDQ C12 C10 C29 120.000 3.000
PDQ C12 C10 C8 120.000 3.000
PDQ C29 C10 C8 120.000 3.000
PDQ C10 C29 H29B 109.470 3.000
PDQ C10 C29 H29A 109.470 3.000
PDQ C10 C29 H29 109.470 3.000
PDQ H29B C29 H29A 109.470 3.000
PDQ H29B C29 H29 109.470 3.000
PDQ H29A C29 H29 109.470 3.000
PDQ C10 C8 C6 120.000 3.000
PDQ C10 C8 N33 120.000 3.000
PDQ C6 C8 N33 120.000 3.000
PDQ C8 C6 F7 120.000 3.000
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PDQ F7 C6 C4 120.000 3.000
PDQ C6 C4 H4 120.000 3.000
PDQ C6 C4 C3 120.000 3.000
PDQ H4 C4 C3 120.000 3.000
PDQ C8 N33 C42 109.500 3.000
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PDQ N33 C42 H42A 109.470 3.000
PDQ N33 C42 C39 109.470 3.000
PDQ H42 C42 H42A 107.900 3.000
PDQ H42 C42 C39 109.470 3.000
PDQ H42A C42 C39 109.470 3.000
PDQ C42 C39 H39 109.470 3.000
PDQ C42 C39 H39A 109.470 3.000
PDQ C42 C39 C37 111.000 3.000
PDQ H39 C39 H39A 107.900 3.000
PDQ H39 C39 C37 109.470 3.000
PDQ H39A C39 C37 109.470 3.000
PDQ C39 C37 H37 108.340 3.000
PDQ C39 C37 C34 109.470 3.000
PDQ C39 C37 C45 111.000 3.000
PDQ H37 C37 C34 108.340 3.000
PDQ H37 C37 C45 108.340 3.000
PDQ C34 C37 C45 111.000 3.000
PDQ C37 C34 H34A 109.470 3.000
PDQ C37 C34 H34 109.470 3.000
PDQ C37 C34 N33 109.500 3.000
PDQ H34A C34 H34 107.900 3.000
PDQ H34A C34 N33 109.470 3.000
PDQ H34 C34 N33 109.470 3.000
PDQ C37 C45 H45 108.340 3.000
PDQ C37 C45 N51 109.470 3.000
PDQ C37 C45 C47 111.000 3.000
PDQ H45 C45 N51 109.470 3.000
PDQ H45 C45 C47 108.340 3.000
PDQ N51 C45 C47 109.470 3.000
PDQ C45 N51 HN5A 120.000 3.000
PDQ C45 N51 HN51 120.000 3.000
PDQ HN5A N51 HN51 120.000 3.000
PDQ C45 C47 H47B 109.470 3.000
PDQ C45 C47 H47A 109.470 3.000
PDQ C45 C47 H47 109.470 3.000
PDQ H47B C47 H47A 109.470 3.000
PDQ H47B C47 H47 109.470 3.000
PDQ H47A C47 H47 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PDQ CONST_1 O16 C15 N17 C1 180.000 0.000 0
PDQ CONST_2 C15 N17 N26 HN26 -179.682 0.000 0
PDQ CONST_3 C15 N17 C1 O2 180.000 0.000 0
PDQ CONST_4 N17 C1 C3 C12 0.000 0.000 0
PDQ CONST_5 O16 C15 N13 C12 180.000 0.000 0
PDQ var_1 C15 N13 C18 C23 19.768 20.000 1
PDQ var_2 N13 C18 C20 C23 -107.494 20.000 3
PDQ var_3 N13 C18 C23 C20 107.482 20.000 3
PDQ CONST_6 C15 N13 C12 C10 180.000 0.000 0
PDQ CONST_7 N13 C12 C3 C1 0.000 0.000 0
PDQ CONST_8 C12 C3 C4 C6 0.000 0.000 0
PDQ CONST_9 N13 C12 C10 C8 180.000 0.000 0
PDQ var_4 C12 C10 C29 H29 -73.809 20.000 1
PDQ CONST_10 C12 C10 C8 N33 180.000 0.000 0
PDQ CONST_11 C10 C8 C6 C4 0.000 0.000 0
PDQ CONST_12 C8 C6 C4 C3 0.000 0.000 0
PDQ var_5 C10 C8 N33 C42 -119.248 20.000 1
PDQ var_6 C8 N33 C34 C37 120.000 20.000 1
PDQ var_7 C8 N33 C42 C39 -150.000 20.000 1
PDQ var_8 N33 C42 C39 C37 30.000 20.000 3
PDQ var_9 C42 C39 C37 C45 -150.000 20.000 3
PDQ var_10 C39 C37 C34 N33 30.000 20.000 3
PDQ var_11 C39 C37 C45 C47 -66.397 20.000 3
PDQ var_12 C37 C45 N51 HN51 59.963 20.000 1
PDQ var_13 C37 C45 C47 H47 60.015 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PDQ chir_01 C18 N13 C20 C23 positiv
PDQ chir_02 N33 C8 C34 C42 negativ
PDQ chir_03 C37 C34 C39 C45 negativ
PDQ chir_04 C45 C37 C47 N51 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PDQ plan-1 C1 0.020
PDQ plan-1 O2 0.020
PDQ plan-1 C3 0.020
PDQ plan-1 N17 0.020
PDQ plan-1 N13 0.020
PDQ plan-1 C15 0.020
PDQ plan-1 C4 0.020
PDQ plan-1 C12 0.020
PDQ plan-1 C6 0.020
PDQ plan-1 C8 0.020
PDQ plan-1 C10 0.020
PDQ plan-1 H4 0.020
PDQ plan-1 F7 0.020
PDQ plan-1 N33 0.020
PDQ plan-1 C29 0.020
PDQ plan-1 C18 0.020
PDQ plan-1 O16 0.020
PDQ plan-1 N26 0.020
PDQ plan-1 HN2A 0.020
PDQ plan-1 HN26 0.020
PDQ plan-2 N26 0.020
PDQ plan-2 N17 0.020
PDQ plan-2 HN26 0.020
PDQ plan-2 HN2A 0.020
PDQ plan-3 N51 0.020
PDQ plan-3 C45 0.020
PDQ plan-3 HN51 0.020
PDQ plan-3 HN5A 0.020
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