1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PEL PEL '2-PHENYL-ETHANOL ' non-polymer 19 9 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PEL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PEL OXT O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
PEL HXT H H 0.000 0.556 0.778 0.142
PEL C C CH2 0.000 -1.316 0.418 -0.370
PEL H11 H H 0.000 -1.265 1.005 -1.289
PEL H12 H H 0.000 -1.740 1.030 0.429
PEL CA C CH2 0.000 -2.197 -0.812 -0.596
PEL HA1 H H 0.000 -2.246 -1.398 0.324
PEL HA2 H H 0.000 -1.770 -1.424 -1.393
PEL "C1'" C CR6 0.000 -3.584 -0.372 -0.987
PEL "C6'" C CR16 0.000 -4.540 -0.157 -0.012
PEL H6 H H 0.000 -4.294 -0.307 1.032
PEL "C5'" C CR16 0.000 -5.812 0.250 -0.371
PEL H5 H H 0.000 -6.560 0.423 0.393
PEL "C4'" C CR16 0.000 -6.129 0.435 -1.702
PEL H4 H H 0.000 -7.126 0.751 -1.983
PEL "C3'" C CR16 0.000 -5.173 0.216 -2.677
PEL H3 H H 0.000 -5.421 0.361 -3.721
PEL "C2'" C CR16 0.000 -3.900 -0.188 -2.318
PEL H2 H H 0.000 -3.152 -0.360 -3.081
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PEL OXT n/a C START
PEL HXT OXT . .
PEL C OXT CA .
PEL H11 C . .
PEL H12 C . .
PEL CA C "C1'" .
PEL HA1 CA . .
PEL HA2 CA . .
PEL "C1'" CA "C6'" .
PEL "C6'" "C1'" "C5'" .
PEL H6 "C6'" . .
PEL "C5'" "C6'" "C4'" .
PEL H5 "C5'" . .
PEL "C4'" "C5'" "C3'" .
PEL H4 "C4'" . .
PEL "C3'" "C4'" "C2'" .
PEL H3 "C3'" . .
PEL "C2'" "C3'" H2 .
PEL H2 "C2'" . END
PEL "C1'" "C2'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PEL "C1'" "C2'" double 1.390 0.020
PEL "C6'" "C1'" single 1.390 0.020
PEL "C1'" CA single 1.511 0.020
PEL "C2'" "C3'" single 1.390 0.020
PEL H2 "C2'" single 1.083 0.020
PEL "C3'" "C4'" double 1.390 0.020
PEL H3 "C3'" single 1.083 0.020
PEL "C4'" "C5'" single 1.390 0.020
PEL H4 "C4'" single 1.083 0.020
PEL "C5'" "C6'" double 1.390 0.020
PEL H5 "C5'" single 1.083 0.020
PEL H6 "C6'" single 1.083 0.020
PEL CA C single 1.524 0.020
PEL HA1 CA single 1.092 0.020
PEL HA2 CA single 1.092 0.020
PEL C OXT single 1.432 0.020
PEL H11 C single 1.092 0.020
PEL H12 C single 1.092 0.020
PEL HXT OXT single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PEL HXT OXT C 109.470 3.000
PEL OXT C H11 109.470 3.000
PEL OXT C H12 109.470 3.000
PEL OXT C CA 109.470 3.000
PEL H11 C H12 107.900 3.000
PEL H11 C CA 109.470 3.000
PEL H12 C CA 109.470 3.000
PEL C CA HA1 109.470 3.000
PEL C CA HA2 109.470 3.000
PEL C CA "C1'" 109.470 3.000
PEL HA1 CA HA2 107.900 3.000
PEL HA1 CA "C1'" 109.470 3.000
PEL HA2 CA "C1'" 109.470 3.000
PEL CA "C1'" "C6'" 120.000 3.000
PEL CA "C1'" "C2'" 120.000 3.000
PEL "C6'" "C1'" "C2'" 120.000 3.000
PEL "C1'" "C6'" H6 120.000 3.000
PEL "C1'" "C6'" "C5'" 120.000 3.000
PEL H6 "C6'" "C5'" 120.000 3.000
PEL "C6'" "C5'" H5 120.000 3.000
PEL "C6'" "C5'" "C4'" 120.000 3.000
PEL H5 "C5'" "C4'" 120.000 3.000
PEL "C5'" "C4'" H4 120.000 3.000
PEL "C5'" "C4'" "C3'" 120.000 3.000
PEL H4 "C4'" "C3'" 120.000 3.000
PEL "C4'" "C3'" H3 120.000 3.000
PEL "C4'" "C3'" "C2'" 120.000 3.000
PEL H3 "C3'" "C2'" 120.000 3.000
PEL "C3'" "C2'" H2 120.000 3.000
PEL "C3'" "C2'" "C1'" 120.000 3.000
PEL H2 "C2'" "C1'" 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PEL var_1 HXT OXT C CA 179.978 20.000 1
PEL var_2 OXT C CA "C1'" -179.960 20.000 3
PEL var_3 C CA "C1'" "C6'" -90.216 20.000 2
PEL CONST_1 CA "C1'" "C2'" "C3'" 180.000 0.000 0
PEL CONST_2 CA "C1'" "C6'" "C5'" 180.000 0.000 0
PEL CONST_3 "C1'" "C6'" "C5'" "C4'" 0.000 0.000 0
PEL CONST_4 "C6'" "C5'" "C4'" "C3'" 0.000 0.000 0
PEL CONST_5 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" 0.000 0.000 0
PEL CONST_6 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PEL plan-1 "C1'" 0.020
PEL plan-1 "C2'" 0.020
PEL plan-1 "C6'" 0.020
PEL plan-1 CA 0.020
PEL plan-1 "C3'" 0.020
PEL plan-1 "C4'" 0.020
PEL plan-1 "C5'" 0.020
PEL plan-1 H2 0.020
PEL plan-1 H3 0.020
PEL plan-1 H4 0.020
PEL plan-1 H5 0.020
PEL plan-1 H6 0.020
# ------------------------------------------------------
|
