1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PEM PEM '2-[P-[2-P-CHLOROBENZAMIDO)ETHYL]PHEN' non-polymer 44 25 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PEM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PEM O4 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
PEM C19 C C 0.000 -0.314 0.470 1.116
PEM O3 O OC -0.500 0.517 1.039 1.858
PEM C16 C CT 0.000 -1.715 0.413 1.710
PEM C17 C CH3 0.000 -1.668 0.361 3.234
PEM H173 H H 0.000 -2.645 0.209 3.613
PEM H172 H H 0.000 -1.043 -0.437 3.542
PEM H171 H H 0.000 -1.283 1.274 3.607
PEM C18 C CH3 0.000 -2.581 1.560 1.195
PEM H183 H H 0.000 -3.574 1.435 1.540
PEM H182 H H 0.000 -2.196 2.480 1.551
PEM H181 H H 0.000 -2.573 1.560 0.136
PEM O2 O O2 0.000 -2.281 -0.812 1.243
PEM C10 C CR6 0.000 -1.626 -1.961 1.592
PEM C15 C CR16 0.000 -0.247 -1.939 1.780
PEM H15 H H 0.000 0.305 -1.016 1.652
PEM C14 C CR16 0.000 0.422 -3.111 2.134
PEM H14 H H 0.000 1.495 -3.098 2.281
PEM C13 C CR6 0.000 -0.291 -4.299 2.299
PEM C12 C CR16 0.000 -1.673 -4.314 2.110
PEM H12 H H 0.000 -2.227 -5.236 2.237
PEM C11 C CR16 0.000 -2.342 -3.143 1.756
PEM H11 H H 0.000 -3.415 -3.153 1.608
PEM C9 C CH2 0.000 0.424 -5.551 2.678
PEM HC91 H H 0.000 1.426 -5.498 2.247
PEM HC92 H H 0.000 -0.120 -6.385 2.229
PEM C8 C CH2 0.000 0.529 -5.764 4.193
PEM HC81 H H 0.000 1.064 -6.700 4.365
PEM HC82 H H 0.000 -0.484 -5.846 4.592
PEM N1 N NH1 0.000 1.219 -4.687 4.849
PEM HN1 H H 0.000 0.682 -3.900 5.184
PEM C7 C C 0.000 2.596 -4.685 5.043
PEM O1 O O 0.000 3.352 -5.584 4.682
PEM C1 C CR6 0.000 3.154 -3.511 5.762
PEM C6 C CR16 0.000 2.482 -2.309 5.695
PEM HC6 H H 0.000 1.563 -2.222 5.129
PEM C5 C CR16 0.000 3.006 -1.206 6.370
PEM H51 H H 0.000 2.493 -0.253 6.330
PEM C4 C CR6 0.000 4.189 -1.332 7.097
PEM CL CL CL 0.000 4.836 0.029 7.930
PEM C3 C CR16 0.000 4.849 -2.560 7.149
PEM H31 H H 0.000 5.769 -2.657 7.713
PEM C2 C CR16 0.000 4.325 -3.662 6.474
PEM H21 H H 0.000 4.830 -4.619 6.507
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PEM O4 n/a C19 START
PEM C19 O4 C16 .
PEM O3 C19 . .
PEM C16 C19 O2 .
PEM C17 C16 H171 .
PEM H173 C17 . .
PEM H172 C17 . .
PEM H171 C17 . .
PEM C18 C16 H181 .
PEM H183 C18 . .
PEM H182 C18 . .
PEM H181 C18 . .
PEM O2 C16 C10 .
PEM C10 O2 C15 .
PEM C15 C10 C14 .
PEM H15 C15 . .
PEM C14 C15 C13 .
PEM H14 C14 . .
PEM C13 C14 C9 .
PEM C12 C13 C11 .
PEM H12 C12 . .
PEM C11 C12 H11 .
PEM H11 C11 . .
PEM C9 C13 C8 .
PEM HC91 C9 . .
PEM HC92 C9 . .
PEM C8 C9 N1 .
PEM HC81 C8 . .
PEM HC82 C8 . .
PEM N1 C8 C7 .
PEM HN1 N1 . .
PEM C7 N1 C1 .
PEM O1 C7 . .
PEM C1 C7 C6 .
PEM C6 C1 C5 .
PEM HC6 C6 . .
PEM C5 C6 C4 .
PEM H51 C5 . .
PEM C4 C5 C3 .
PEM CL C4 . .
PEM C3 C4 C2 .
PEM H31 C3 . .
PEM C2 C3 H21 .
PEM H21 C2 . END
PEM C1 C2 . ADD
PEM C10 C11 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PEM C1 C2 single 1.390 0.020
PEM C6 C1 double 1.390 0.020
PEM C1 C7 single 1.500 0.020
PEM C2 C3 double 1.390 0.020
PEM H21 C2 single 1.083 0.020
PEM C3 C4 single 1.390 0.020
PEM H31 C3 single 1.083 0.020
PEM C4 C5 double 1.390 0.020
PEM CL C4 single 1.795 0.020
PEM C5 C6 single 1.390 0.020
PEM H51 C5 single 1.083 0.020
PEM HC6 C6 single 1.083 0.020
PEM O1 C7 double 1.220 0.020
PEM C7 N1 single 1.330 0.020
PEM N1 C8 single 1.450 0.020
PEM HN1 N1 single 1.010 0.020
PEM C8 C9 single 1.524 0.020
PEM HC81 C8 single 1.092 0.020
PEM HC82 C8 single 1.092 0.020
PEM C9 C13 single 1.511 0.020
PEM HC91 C9 single 1.092 0.020
PEM HC92 C9 single 1.092 0.020
PEM C10 C11 single 1.390 0.020
PEM C15 C10 double 1.390 0.020
PEM C10 O2 single 1.370 0.020
PEM C11 C12 double 1.390 0.020
PEM H11 C11 single 1.083 0.020
PEM C12 C13 single 1.390 0.020
PEM H12 C12 single 1.083 0.020
PEM C13 C14 double 1.390 0.020
PEM C14 C15 single 1.390 0.020
PEM H14 C14 single 1.083 0.020
PEM H15 C15 single 1.083 0.020
PEM O2 C16 single 1.426 0.020
PEM C17 C16 single 1.524 0.020
PEM C18 C16 single 1.524 0.020
PEM C16 C19 single 1.507 0.020
PEM H171 C17 single 1.059 0.020
PEM H172 C17 single 1.059 0.020
PEM H173 C17 single 1.059 0.020
PEM H181 C18 single 1.059 0.020
PEM H182 C18 single 1.059 0.020
PEM H183 C18 single 1.059 0.020
PEM O3 C19 deloc 1.250 0.020
PEM C19 O4 deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PEM O4 C19 O3 123.000 3.000
PEM O4 C19 C16 118.500 3.000
PEM O3 C19 C16 118.500 3.000
PEM C19 C16 C17 109.470 3.000
PEM C19 C16 C18 109.470 3.000
PEM C19 C16 O2 109.470 3.000
PEM C17 C16 C18 111.000 3.000
PEM C17 C16 O2 109.470 3.000
PEM C18 C16 O2 109.470 3.000
PEM C16 C17 H173 109.470 3.000
PEM C16 C17 H172 109.470 3.000
PEM C16 C17 H171 109.470 3.000
PEM H173 C17 H172 109.470 3.000
PEM H173 C17 H171 109.470 3.000
PEM H172 C17 H171 109.470 3.000
PEM C16 C18 H183 109.470 3.000
PEM C16 C18 H182 109.470 3.000
PEM C16 C18 H181 109.470 3.000
PEM H183 C18 H182 109.470 3.000
PEM H183 C18 H181 109.470 3.000
PEM H182 C18 H181 109.470 3.000
PEM C16 O2 C10 120.000 3.000
PEM O2 C10 C15 120.000 3.000
PEM O2 C10 C11 120.000 3.000
PEM C15 C10 C11 120.000 3.000
PEM C10 C15 H15 120.000 3.000
PEM C10 C15 C14 120.000 3.000
PEM H15 C15 C14 120.000 3.000
PEM C15 C14 H14 120.000 3.000
PEM C15 C14 C13 120.000 3.000
PEM H14 C14 C13 120.000 3.000
PEM C14 C13 C12 120.000 3.000
PEM C14 C13 C9 120.000 3.000
PEM C12 C13 C9 120.000 3.000
PEM C13 C12 H12 120.000 3.000
PEM C13 C12 C11 120.000 3.000
PEM H12 C12 C11 120.000 3.000
PEM C12 C11 H11 120.000 3.000
PEM C12 C11 C10 120.000 3.000
PEM H11 C11 C10 120.000 3.000
PEM C13 C9 HC91 109.470 3.000
PEM C13 C9 HC92 109.470 3.000
PEM C13 C9 C8 109.470 3.000
PEM HC91 C9 HC92 107.900 3.000
PEM HC91 C9 C8 109.470 3.000
PEM HC92 C9 C8 109.470 3.000
PEM C9 C8 HC81 109.470 3.000
PEM C9 C8 HC82 109.470 3.000
PEM C9 C8 N1 112.000 3.000
PEM HC81 C8 HC82 107.900 3.000
PEM HC81 C8 N1 109.470 3.000
PEM HC82 C8 N1 109.470 3.000
PEM C8 N1 HN1 118.500 3.000
PEM C8 N1 C7 121.500 3.000
PEM HN1 N1 C7 120.000 3.000
PEM N1 C7 O1 123.000 3.000
PEM N1 C7 C1 120.000 3.000
PEM O1 C7 C1 120.500 3.000
PEM C7 C1 C6 120.000 3.000
PEM C7 C1 C2 120.000 3.000
PEM C6 C1 C2 120.000 3.000
PEM C1 C6 HC6 120.000 3.000
PEM C1 C6 C5 120.000 3.000
PEM HC6 C6 C5 120.000 3.000
PEM C6 C5 H51 120.000 3.000
PEM C6 C5 C4 120.000 3.000
PEM H51 C5 C4 120.000 3.000
PEM C5 C4 CL 120.000 3.000
PEM C5 C4 C3 120.000 3.000
PEM CL C4 C3 120.000 3.000
PEM C4 C3 H31 120.000 3.000
PEM C4 C3 C2 120.000 3.000
PEM H31 C3 C2 120.000 3.000
PEM C3 C2 H21 120.000 3.000
PEM C3 C2 C1 120.000 3.000
PEM H21 C2 C1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PEM var_1 O4 C19 C16 O2 33.002 20.000 1
PEM var_2 C19 C16 C17 H171 66.500 20.000 1
PEM var_3 C19 C16 C18 H181 53.928 20.000 1
PEM var_4 C19 C16 O2 C10 60.024 20.000 1
PEM var_5 C16 O2 C10 C15 -30.074 20.000 1
PEM CONST_1 O2 C10 C11 C12 180.000 0.000 0
PEM CONST_2 O2 C10 C15 C14 180.000 0.000 0
PEM CONST_3 C10 C15 C14 C13 0.000 0.000 0
PEM CONST_4 C15 C14 C13 C9 180.000 0.000 0
PEM CONST_5 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
PEM CONST_6 C13 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
PEM var_6 C14 C13 C9 C8 89.991 20.000 2
PEM var_7 C13 C9 C8 N1 -59.128 20.000 3
PEM var_8 C9 C8 N1 C7 -89.953 20.000 3
PEM CONST_7 C8 N1 C7 C1 180.000 0.000 0
PEM var_9 N1 C7 C1 C6 -27.008 20.000 1
PEM CONST_8 C7 C1 C2 C3 180.000 0.000 0
PEM CONST_9 C7 C1 C6 C5 180.000 0.000 0
PEM CONST_10 C1 C6 C5 C4 0.000 0.000 0
PEM CONST_11 C6 C5 C4 C3 0.000 0.000 0
PEM CONST_12 C5 C4 C3 C2 0.000 0.000 0
PEM CONST_13 C4 C3 C2 C1 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PEM chir_01 C16 O2 C17 C18 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PEM plan-1 C1 0.020
PEM plan-1 C2 0.020
PEM plan-1 C6 0.020
PEM plan-1 C7 0.020
PEM plan-1 C3 0.020
PEM plan-1 C4 0.020
PEM plan-1 C5 0.020
PEM plan-1 H21 0.020
PEM plan-1 H31 0.020
PEM plan-1 CL 0.020
PEM plan-1 H51 0.020
PEM plan-1 HC6 0.020
PEM plan-2 C7 0.020
PEM plan-2 C1 0.020
PEM plan-2 O1 0.020
PEM plan-2 N1 0.020
PEM plan-2 HN1 0.020
PEM plan-3 N1 0.020
PEM plan-3 C7 0.020
PEM plan-3 C8 0.020
PEM plan-3 HN1 0.020
PEM plan-4 C10 0.020
PEM plan-4 C11 0.020
PEM plan-4 C15 0.020
PEM plan-4 O2 0.020
PEM plan-4 C12 0.020
PEM plan-4 C13 0.020
PEM plan-4 C14 0.020
PEM plan-4 H11 0.020
PEM plan-4 H12 0.020
PEM plan-4 C9 0.020
PEM plan-4 H14 0.020
PEM plan-4 H15 0.020
PEM plan-5 C19 0.020
PEM plan-5 C16 0.020
PEM plan-5 O3 0.020
PEM plan-5 O4 0.020
# ------------------------------------------------------
|
