1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176
|
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PHE PHE 'PHENYLALANINE ' L-peptide 20 11 .
#
data_comp_PHE
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
PHE N N NH1 -0.204
PHE H H HNH1 0.204
PHE CA C CH1 0.058
PHE HA H HCH1 0.046
PHE CB C CH2 -0.134
PHE HB3 H HCH2 0.067
PHE HB2 H HCH2 0.067
PHE CG C CR6 -0.037
PHE CD1 C CR16 -0.090
PHE HD1 H HCR6 0.053
PHE CE1 C CR16 -0.053
PHE HE1 H HCR6 0.053
PHE CZ C CR16 -0.053
PHE HZ H HCR6 0.053
PHE CE2 C CR16 -0.053
PHE HE2 H HCR6 0.053
PHE CD2 C CR16 -0.053
PHE HD2 H HCR6 0.053
PHE C C C 0.318
PHE O O O -0.422
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PHE N n/a CA START
PHE H N . .
PHE CA N C .
PHE HA CA . .
PHE CB CA CG .
PHE HB3 CB . .
PHE HB2 CB . .
PHE CG CB CD1 .
PHE CD1 CG CE1 .
PHE HD1 CD1 . .
PHE CE1 CD1 CZ .
PHE HE1 CE1 . .
PHE CZ CE1 CE2 .
PHE HZ CZ . .
PHE CE2 CZ CD2 .
PHE HE2 CE2 . .
PHE CD2 CE2 HD2 .
PHE HD2 CD2 . .
PHE C CA . END
PHE O C . .
PHE CD2 CG . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PHE N H single 0.860 0.020
PHE N CA single 1.458 0.019
PHE CA HA single 0.980 0.020
PHE CA CB single 1.530 0.020
PHE CB HB3 single 0.970 0.020
PHE CB HB2 single 0.970 0.020
PHE CB CG single 1.502 0.020
PHE CG CD2 aromat 1.384 0.021
PHE CG CD1 aromat 1.384 0.021
PHE CD1 HD1 single 0.930 0.020
PHE CD1 CE1 aromat 1.382 0.020
PHE CE1 HE1 single 0.930 0.020
PHE CE1 CZ aromat 1.382 0.020
PHE CZ HZ single 0.930 0.020
PHE CZ CE2 aromat 1.382 0.020
PHE CE2 HE2 single 0.930 0.020
PHE CE2 CD2 aromat 1.382 0.020
PHE CD2 HD2 single 0.930 0.020
PHE CA C single 1.525 0.020
PHE C O deloc 1.231 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PHE H N CA 114.000 3.000
PHE HA CA CB 109.000 3.000
PHE CB CA C 110.100 1.900
PHE HA CA C 109.000 3.000
PHE N CA HA 110.000 3.000
PHE N CA CB 110.500 1.700
PHE HB3 CB HB2 110.000 3.000
PHE HB2 CB CG 108.000 3.000
PHE HB3 CB CG 108.000 3.000
PHE CA CB HB3 109.000 3.000
PHE CA CB HB2 109.000 3.000
PHE CA CB CG 113.800 1.000
PHE CB CG CD2 120.700 1.700
PHE CD1 CG CD2 118.600 1.500
PHE CB CG CD1 120.700 1.700
PHE HD1 CD1 CE1 119.650 3.000
PHE CG CD1 HD1 119.650 3.000
PHE CG CD1 CE1 120.700 1.700
PHE CG CD2 HD2 119.650 3.000
PHE CE2 CD2 HD2 119.650 3.000
PHE CG CD2 CE2 120.700 1.700
PHE HE1 CE1 CZ 120.000 3.000
PHE CD1 CE1 HE1 120.000 3.000
PHE CD1 CE1 CZ 120.000 1.800
PHE HZ CZ CE2 120.000 3.000
PHE CE1 CZ HZ 120.000 3.000
PHE CE1 CZ CE2 120.000 1.800
PHE HE2 CE2 CD2 120.000 3.000
PHE CZ CE2 HE2 120.000 3.000
PHE CZ CE2 CD2 120.000 1.800
PHE N CA C 111.200 2.800
PHE CA C O 120.800 1.700
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PHE chi1 N CA CB CG 180.000 15.000 3
PHE chi2 CA CB CG CD1 90.000 20.000 2
PHE CONST_01 CB CG CD1 CE1 180.000 0.000 0
PHE CONST_02 CG CD1 CE1 CZ 0.000 0.000 0
PHE CONST_03 CD1 CE1 CZ CE2 0.000 0.000 0
PHE CONST_04 CE1 CZ CE2 CD2 0.000 0.000 0
PHE CONST_05 CZ CE2 CD2 CG 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PHE chir_01 CA N CB C negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PHE plan CB 0.020
PHE plan CG 0.020
PHE plan CD1 0.020
PHE plan CE1 0.020
PHE plan CZ 0.020
PHE plan CE2 0.020
PHE plan CD2 0.020
PHE plan HD1 0.020
PHE plan HE1 0.020
PHE plan HZ 0.020
PHE plan HE2 0.020
PHE plan HD2 0.020
|