1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PHR PHR '3-(1,3,7-TRIHYDRO-9-D-RIBITYL-2,6,8-' non-polymer 57 32 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PHR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PHR O1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
PHR C2 C CR6 0.000 -1.184 -0.122 -0.250
PHR N3 N NR16 0.000 -1.878 0.942 -0.690
PHR H3 H H 0.000 -1.397 1.856 -0.814
PHR C4 C CR6 0.000 -3.194 0.837 -0.971
PHR O2 O O 0.000 -3.819 1.804 -1.369
PHR N1 N NR16 0.000 -1.774 -1.321 -0.082
PHR H1 H H 0.000 -1.216 -2.129 0.259
PHR C8 C CR56 0.000 -3.112 -1.479 -0.359
PHR C9 C CR56 0.000 -3.835 -0.408 -0.808
PHR N7 N NR5 0.000 -3.964 -2.553 -0.295
PHR C10 C CH2 0.000 -3.599 -3.906 0.134
PHR H101 H H 0.000 -4.463 -4.386 0.597
PHR H102 H H 0.000 -2.784 -3.850 0.858
PHR C11 C CH1 0.000 -3.150 -4.721 -1.080
PHR H11 H H 0.000 -3.938 -4.701 -1.846
PHR C12 C CH1 0.000 -2.888 -6.167 -0.654
PHR H12 H H 0.000 -3.830 -6.628 -0.326
PHR C13 C CH1 0.000 -2.321 -6.953 -1.838
PHR H13 H H 0.000 -1.379 -6.491 -2.166
PHR C14 C CH2 0.000 -2.059 -8.399 -1.412
PHR H141 H H 0.000 -3.008 -8.883 -1.170
PHR H142 H H 0.000 -1.412 -8.407 -0.533
PHR O26 O OH1 0.000 -1.423 -9.103 -2.480
PHR H26 H H 0.000 -1.258 -10.016 -2.210
PHR O23 O OH1 0.000 -3.260 -6.936 -2.915
PHR H23 H H 0.000 -4.089 -7.342 -2.626
PHR O21 O OH1 0.000 -1.950 -6.185 0.423
PHR H21 H H 0.000 -1.121 -5.778 0.134
PHR O19 O OH1 0.000 -1.951 -4.157 -1.615
PHR H19 H H 0.000 -1.258 -4.175 -0.941
PHR C6 C CR5 0.000 -5.191 -2.158 -0.684
PHR O4 O O 0.000 -6.179 -2.867 -0.736
PHR N5 N NR5 0.000 -5.147 -0.849 -1.005
PHR C15 C CH2 0.000 -6.272 -0.036 -1.475
PHR H151 H H 0.000 -6.972 -0.667 -2.026
PHR H152 H H 0.000 -5.900 0.753 -2.132
PHR C16 C CH2 0.000 -6.984 0.591 -0.275
PHR H161 H H 0.000 -6.283 1.221 0.275
PHR H162 H H 0.000 -7.355 -0.199 0.381
PHR C17 C CH2 0.000 -8.158 1.441 -0.766
PHR H171 H H 0.000 -8.858 0.809 -1.318
PHR H172 H H 0.000 -7.786 2.229 -1.424
PHR C18 C CH2 0.000 -8.871 2.068 0.434
PHR H181 H H 0.000 -8.170 2.699 0.984
PHR H182 H H 0.000 -9.241 1.278 1.090
PHR C19 C CH2 0.000 -10.046 2.917 -0.058
PHR H191 H H 0.000 -10.746 2.285 -0.608
PHR H192 H H 0.000 -9.675 3.706 -0.716
PHR C20 C CH2 0.000 -10.758 3.545 1.142
PHR H201 H H 0.000 -10.056 4.176 1.692
PHR H202 H H 0.000 -11.127 2.755 1.800
PHR O27 O O2 0.000 -11.855 4.337 0.683
PHR P P P 0.000 -12.555 4.965 1.991
PHR O2P O OP -0.666 -13.652 5.917 1.568
PHR O3P O OP -0.666 -11.523 5.714 2.806
PHR O1P O OP -0.666 -13.147 3.852 2.828
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PHR O1 n/a C2 START
PHR C2 O1 N1 .
PHR N3 C2 C4 .
PHR H3 N3 . .
PHR C4 N3 O2 .
PHR O2 C4 . .
PHR N1 C2 C8 .
PHR H1 N1 . .
PHR C8 N1 N7 .
PHR C9 C8 . .
PHR N7 C8 C6 .
PHR C10 N7 C11 .
PHR H101 C10 . .
PHR H102 C10 . .
PHR C11 C10 O19 .
PHR H11 C11 . .
PHR C12 C11 O21 .
PHR H12 C12 . .
PHR C13 C12 O23 .
PHR H13 C13 . .
PHR C14 C13 O26 .
PHR H141 C14 . .
PHR H142 C14 . .
PHR O26 C14 H26 .
PHR H26 O26 . .
PHR O23 C13 H23 .
PHR H23 O23 . .
PHR O21 C12 H21 .
PHR H21 O21 . .
PHR O19 C11 H19 .
PHR H19 O19 . .
PHR C6 N7 N5 .
PHR O4 C6 . .
PHR N5 C6 C15 .
PHR C15 N5 C16 .
PHR H151 C15 . .
PHR H152 C15 . .
PHR C16 C15 C17 .
PHR H161 C16 . .
PHR H162 C16 . .
PHR C17 C16 C18 .
PHR H171 C17 . .
PHR H172 C17 . .
PHR C18 C17 C19 .
PHR H181 C18 . .
PHR H182 C18 . .
PHR C19 C18 C20 .
PHR H191 C19 . .
PHR H192 C19 . .
PHR C20 C19 O27 .
PHR H201 C20 . .
PHR H202 C20 . .
PHR O27 C20 P .
PHR P O27 O1P .
PHR O2P P . .
PHR O3P P . .
PHR O1P P . END
PHR N5 C9 . ADD
PHR C9 C4 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PHR O2P P deloc 1.510 0.020
PHR O3P P deloc 1.510 0.020
PHR O1P P deloc 1.510 0.020
PHR P O27 single 1.610 0.020
PHR O27 C20 single 1.426 0.020
PHR C20 C19 single 1.524 0.020
PHR H201 C20 single 1.092 0.020
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PHR C19 C18 single 1.524 0.020
PHR H191 C19 single 1.092 0.020
PHR H192 C19 single 1.092 0.020
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PHR C17 C16 single 1.524 0.020
PHR H171 C17 single 1.092 0.020
PHR H172 C17 single 1.092 0.020
PHR C16 C15 single 1.524 0.020
PHR H161 C16 single 1.092 0.020
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PHR C15 N5 single 1.462 0.020
PHR H151 C15 single 1.092 0.020
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PHR N5 C9 single 1.337 0.020
PHR N5 C6 single 1.337 0.020
PHR C9 C4 single 1.490 0.020
PHR C9 C8 double 1.490 0.020
PHR O2 C4 double 1.250 0.020
PHR C4 N3 single 1.337 0.020
PHR N3 C2 single 1.337 0.020
PHR H3 N3 single 1.040 0.020
PHR O4 C6 double 1.285 0.020
PHR C6 N7 single 1.337 0.020
PHR N7 C8 single 1.337 0.020
PHR C10 N7 single 1.462 0.020
PHR C8 N1 single 1.337 0.020
PHR N1 C2 single 1.337 0.020
PHR H1 N1 single 1.040 0.020
PHR C2 O1 double 1.250 0.020
PHR C11 C10 single 1.524 0.020
PHR H101 C10 single 1.092 0.020
PHR H102 C10 single 1.092 0.020
PHR O19 C11 single 1.432 0.020
PHR C12 C11 single 1.524 0.020
PHR H11 C11 single 1.099 0.020
PHR H19 O19 single 0.967 0.020
PHR O21 C12 single 1.432 0.020
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PHR H12 C12 single 1.099 0.020
PHR H21 O21 single 0.967 0.020
PHR O23 C13 single 1.432 0.020
PHR C14 C13 single 1.524 0.020
PHR H13 C13 single 1.099 0.020
PHR H23 O23 single 0.967 0.020
PHR O26 C14 single 1.432 0.020
PHR H141 C14 single 1.092 0.020
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PHR H26 O26 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PHR O1 C2 N3 120.000 3.000
PHR O1 C2 N1 120.000 3.000
PHR N3 C2 N1 120.000 3.000
PHR C2 N3 H3 120.000 3.000
PHR C2 N3 C4 120.000 3.000
PHR H3 N3 C4 120.000 3.000
PHR N3 C4 O2 120.000 3.000
PHR N3 C4 C9 120.000 3.000
PHR O2 C4 C9 120.000 3.000
PHR C2 N1 H1 120.000 3.000
PHR C2 N1 C8 120.000 3.000
PHR H1 N1 C8 120.000 3.000
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PHR C8 N7 C10 126.000 3.000
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PHR N7 C10 H101 109.500 3.000
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PHR H101 C10 C11 109.470 3.000
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PHR C10 C11 H11 108.340 3.000
PHR C10 C11 C12 111.000 3.000
PHR C10 C11 O19 109.470 3.000
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PHR H11 C11 O19 109.470 3.000
PHR C12 C11 O19 109.470 3.000
PHR C11 C12 H12 108.340 3.000
PHR C11 C12 C13 111.000 3.000
PHR C11 C12 O21 109.470 3.000
PHR H12 C12 C13 108.340 3.000
PHR H12 C12 O21 109.470 3.000
PHR C13 C12 O21 109.470 3.000
PHR C12 C13 H13 108.340 3.000
PHR C12 C13 C14 111.000 3.000
PHR C12 C13 O23 109.470 3.000
PHR H13 C13 C14 108.340 3.000
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PHR H181 C18 C19 109.470 3.000
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PHR C18 C19 H191 109.470 3.000
PHR C18 C19 H192 109.470 3.000
PHR C18 C19 C20 111.000 3.000
PHR H191 C19 H192 107.900 3.000
PHR H191 C19 C20 109.470 3.000
PHR H192 C19 C20 109.470 3.000
PHR C19 C20 H201 109.470 3.000
PHR C19 C20 H202 109.470 3.000
PHR C19 C20 O27 109.470 3.000
PHR H201 C20 H202 107.900 3.000
PHR H201 C20 O27 109.470 3.000
PHR H202 C20 O27 109.470 3.000
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PHR O27 P O1P 108.200 3.000
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PHR O2P P O1P 119.900 3.000
PHR O3P P O1P 119.900 3.000
loop_
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_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_chir.id
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_chem_comp_chir.volume_sign
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loop_
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_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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