1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PLG PLG 'N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOS' non-polymer 32 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PLG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PLG OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
PLG C C C 0.000 -1.099 0.346 0.487
PLG O O OC -0.500 -1.339 1.556 0.693
PLG CA C CH2 0.000 -2.134 -0.695 0.829
PLG HA2 H H 0.000 -1.722 -1.387 1.566
PLG HA1 H H 0.000 -2.406 -1.246 -0.074
PLG N N NH1 0.000 -3.326 -0.039 1.382
PLG H H H 0.000 -3.457 0.952 1.523
PLG C4A C CH2 0.000 -4.289 -1.104 1.691
PLG H4A1 H H 0.000 -3.850 -1.791 2.418
PLG H4A2 H H 0.000 -4.533 -1.649 0.777
PLG C4 C CR6 0.000 -5.541 -0.496 2.265
PLG C3 C CR6 0.000 -5.674 -0.299 3.636
PLG O3 O OH1 0.000 -4.674 -0.657 4.484
PLG HO3 H H 0.000 -4.069 0.088 4.601
PLG C2 C CR6 0.000 -6.846 0.257 4.127
PLG C2A C CH3 0.000 -7.006 0.472 5.610
PLG H2A3 H H 0.000 -6.057 0.643 6.047
PLG H2A2 H H 0.000 -7.629 1.311 5.781
PLG H2A1 H H 0.000 -7.445 -0.388 6.046
PLG C5 C CR6 0.000 -6.587 -0.114 1.442
PLG C6 C CR16 0.000 -7.722 0.438 2.005
PLG H6 H H 0.000 -8.544 0.737 1.366
PLG N1 N NRD6 0.000 -7.818 0.606 3.308
PLG C5A C CH2 0.000 -6.490 -0.301 -0.051
PLG H5A1 H H 0.000 -6.352 -1.361 -0.276
PLG H5A2 H H 0.000 -5.637 0.264 -0.433
PLG OP4 O O2 0.000 -7.689 0.167 -0.669
PLG P P P 0.000 -7.517 -0.062 -2.252
PLG OP1 O OP -0.666 -7.310 -1.535 -2.529
PLG OP2 O OP -0.666 -8.761 0.416 -2.969
PLG OP3 O OP -0.666 -6.318 0.718 -2.746
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PLG OXT n/a C START
PLG C OXT CA .
PLG O C . .
PLG CA C N .
PLG HA2 CA . .
PLG HA1 CA . .
PLG N CA C4A .
PLG H N . .
PLG C4A N C4 .
PLG H4A1 C4A . .
PLG H4A2 C4A . .
PLG C4 C4A C5 .
PLG C3 C4 C2 .
PLG O3 C3 HO3 .
PLG HO3 O3 . .
PLG C2 C3 C2A .
PLG C2A C2 H2A1 .
PLG H2A3 C2A . .
PLG H2A2 C2A . .
PLG H2A1 C2A . .
PLG C5 C4 C5A .
PLG C6 C5 N1 .
PLG H6 C6 . .
PLG N1 C6 . .
PLG C5A C5 OP4 .
PLG H5A1 C5A . .
PLG H5A2 C5A . .
PLG OP4 C5A P .
PLG P OP4 OP3 .
PLG OP1 P . .
PLG OP2 P . .
PLG OP3 P . END
PLG N1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PLG N1 C2 double 1.350 0.020
PLG N1 C6 single 1.337 0.020
PLG C2A C2 single 1.506 0.020
PLG C2 C3 single 1.487 0.020
PLG H2A1 C2A single 1.059 0.020
PLG H2A2 C2A single 1.059 0.020
PLG H2A3 C2A single 1.059 0.020
PLG O3 C3 single 1.362 0.020
PLG C3 C4 double 1.487 0.020
PLG HO3 O3 single 0.967 0.020
PLG C4 C4A single 1.511 0.020
PLG C5 C4 single 1.487 0.020
PLG C4A N single 1.450 0.020
PLG H4A1 C4A single 1.092 0.020
PLG H4A2 C4A single 1.092 0.020
PLG C6 C5 double 1.390 0.020
PLG C5A C5 single 1.511 0.020
PLG H6 C6 single 1.083 0.020
PLG OP4 C5A single 1.426 0.020
PLG H5A1 C5A single 1.092 0.020
PLG H5A2 C5A single 1.092 0.020
PLG P OP4 single 1.610 0.020
PLG OP1 P deloc 1.510 0.020
PLG OP2 P deloc 1.510 0.020
PLG OP3 P deloc 1.510 0.020
PLG O C deloc 1.250 0.020
PLG C OXT deloc 1.250 0.020
PLG CA C single 1.510 0.020
PLG N CA single 1.450 0.020
PLG HA2 CA single 1.092 0.020
PLG HA1 CA single 1.092 0.020
PLG H N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PLG OXT C O 123.000 3.000
PLG OXT C CA 118.500 3.000
PLG O C CA 118.500 3.000
PLG C CA HA2 109.470 3.000
PLG C CA HA1 109.470 3.000
PLG C CA N 111.600 3.000
PLG HA2 CA HA1 107.900 3.000
PLG HA2 CA N 109.470 3.000
PLG HA1 CA N 109.470 3.000
PLG CA N H 118.500 3.000
PLG CA N C4A 120.000 3.000
PLG H N C4A 118.500 3.000
PLG N C4A H4A1 109.470 3.000
PLG N C4A H4A2 109.470 3.000
PLG N C4A C4 109.500 3.000
PLG H4A1 C4A H4A2 107.900 3.000
PLG H4A1 C4A C4 109.470 3.000
PLG H4A2 C4A C4 109.470 3.000
PLG C4A C4 C3 120.000 3.000
PLG C4A C4 C5 120.000 3.000
PLG C3 C4 C5 120.000 3.000
PLG C4 C3 O3 120.000 3.000
PLG C4 C3 C2 120.000 3.000
PLG O3 C3 C2 120.000 3.000
PLG C3 O3 HO3 109.470 3.000
PLG C3 C2 C2A 120.000 3.000
PLG C3 C2 N1 120.000 3.000
PLG C2A C2 N1 120.000 3.000
PLG C2 C2A H2A3 109.470 3.000
PLG C2 C2A H2A2 109.470 3.000
PLG C2 C2A H2A1 109.470 3.000
PLG H2A3 C2A H2A2 109.470 3.000
PLG H2A3 C2A H2A1 109.470 3.000
PLG H2A2 C2A H2A1 109.470 3.000
PLG C4 C5 C6 120.000 3.000
PLG C4 C5 C5A 120.000 3.000
PLG C6 C5 C5A 120.000 3.000
PLG C5 C6 H6 120.000 3.000
PLG C5 C6 N1 120.000 3.000
PLG H6 C6 N1 120.000 3.000
PLG C6 N1 C2 120.000 3.000
PLG C5 C5A H5A1 109.470 3.000
PLG C5 C5A H5A2 109.470 3.000
PLG C5 C5A OP4 109.470 3.000
PLG H5A1 C5A H5A2 107.900 3.000
PLG H5A1 C5A OP4 109.470 3.000
PLG H5A2 C5A OP4 109.470 3.000
PLG C5A OP4 P 120.500 3.000
PLG OP4 P OP1 108.200 3.000
PLG OP4 P OP2 108.200 3.000
PLG OP4 P OP3 108.200 3.000
PLG OP1 P OP2 119.900 3.000
PLG OP1 P OP3 119.900 3.000
PLG OP2 P OP3 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PLG var_1 OXT C CA N 179.972 20.000 3
PLG var_2 C CA N C4A 179.977 20.000 3
PLG var_3 CA N C4A C4 -179.972 20.000 3
PLG var_4 N C4A C4 C5 89.999 20.000 2
PLG CONST_1 C4A C4 C3 C2 180.000 0.000 0
PLG var_5 C4 C3 O3 HO3 89.956 20.000 1
PLG CONST_2 C4 C3 C2 C2A 180.000 0.000 0
PLG var_6 C3 C2 C2A H2A1 -90.344 20.000 1
PLG CONST_3 C4A C4 C5 C5A 0.000 0.000 0
PLG CONST_4 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
PLG CONST_5 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
PLG CONST_6 C6 N1 C2 C3 0.000 0.000 0
PLG var_7 C4 C5 C5A OP4 179.958 20.000 2
PLG var_8 C5 C5A OP4 P 179.993 20.000 1
PLG var_9 C5A OP4 P OP3 -59.940 20.000 1
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PLG plan-1 N1 0.020
PLG plan-1 C2 0.020
PLG plan-1 C6 0.020
PLG plan-1 C3 0.020
PLG plan-1 C4 0.020
PLG plan-1 C5 0.020
PLG plan-1 C2A 0.020
PLG plan-1 O3 0.020
PLG plan-1 C4A 0.020
PLG plan-1 C5A 0.020
PLG plan-1 H6 0.020
PLG plan-2 C 0.020
PLG plan-2 O 0.020
PLG plan-2 OXT 0.020
PLG plan-2 CA 0.020
PLG plan-3 N 0.020
PLG plan-3 C4A 0.020
PLG plan-3 CA 0.020
PLG plan-3 H 0.020
# ------------------------------------------------------
|
