1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PLI PLI '"(2E)-2-{[(Z)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-' non-polymer 33 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PLI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PLI OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
PLI C C C 0.000 -0.563 1.117 -0.007
PLI O O OC -0.500 0.122 2.163 -0.011
PLI CA C C 0.000 -1.957 1.197 -0.011
PLI CB C CH3 0.000 -2.635 2.542 -0.018
PLI HBC3 H H 0.000 -2.022 3.246 -0.520
PLI HBC2 H H 0.000 -3.566 2.467 -0.519
PLI HBC1 H H 0.000 -2.797 2.864 0.978
PLI N N N 0.000 -2.684 0.086 -0.005
PLI C4A C C1 0.000 -4.001 0.161 -0.008
PLI H4A H H 0.000 -4.486 1.123 -0.013
PLI C4 C CR6 0.000 -4.774 -1.019 -0.004
PLI C3 C CR6 0.000 -4.151 -2.292 0.010
PLI O3A O OH1 0.000 -2.795 -2.395 0.018
PLI H3A H H 0.000 -2.544 -3.329 0.022
PLI C2 C CR6 0.000 -4.925 -3.408 0.009
PLI C2A C CH3 0.000 -4.275 -4.768 0.018
PLI H2A3 H H 0.000 -3.668 -4.874 -0.843
PLI H2A2 H H 0.000 -3.678 -4.868 0.887
PLI H2A1 H H 0.000 -5.024 -5.517 0.016
PLI N1 N NR16 0.000 -6.280 -3.309 0.001
PLI H1 H H 0.000 -6.853 -4.177 0.000
PLI C6 C CR16 0.000 -6.901 -2.104 -0.007
PLI H6 H H 0.000 -7.983 -2.061 -0.014
PLI C5 C CR6 0.000 -6.186 -0.956 -0.006
PLI C5A C CH2 0.000 -6.889 0.378 -0.015
PLI H5A1 H H 0.000 -6.596 0.937 -0.906
PLI H5A2 H H 0.000 -6.607 0.942 0.877
PLI OP4 O O2 0.000 -8.302 0.172 -0.023
PLI P P P 0.000 -9.365 1.381 -0.034
PLI OP2 O OP -0.666 -9.076 2.296 -1.204
PLI OP1 O OP -0.666 -9.253 2.162 1.258
PLI OP3 O OP -0.666 -10.765 0.822 -0.165
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PLI OXT n/a C START
PLI C OXT CA .
PLI O C . .
PLI CA C N .
PLI CB CA HBC1 .
PLI HBC3 CB . .
PLI HBC2 CB . .
PLI HBC1 CB . .
PLI N CA C4A .
PLI C4A N C4 .
PLI H4A C4A . .
PLI C4 C4A C5 .
PLI C3 C4 C2 .
PLI O3A C3 H3A .
PLI H3A O3A . .
PLI C2 C3 N1 .
PLI C2A C2 H2A1 .
PLI H2A3 C2A . .
PLI H2A2 C2A . .
PLI H2A1 C2A . .
PLI N1 C2 C6 .
PLI H1 N1 . .
PLI C6 N1 H6 .
PLI H6 C6 . .
PLI C5 C4 C5A .
PLI C5A C5 OP4 .
PLI H5A1 C5A . .
PLI H5A2 C5A . .
PLI OP4 C5A P .
PLI P OP4 OP3 .
PLI OP2 P . .
PLI OP1 P . .
PLI OP3 P . END
PLI C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PLI OP2 P deloc 1.510 0.020
PLI OP1 P deloc 1.510 0.020
PLI OP3 P deloc 1.510 0.020
PLI P OP4 single 1.610 0.020
PLI OP4 C5A single 1.426 0.020
PLI C5A C5 single 1.511 0.020
PLI C5 C6 double 1.390 0.020
PLI C5 C4 single 1.487 0.020
PLI C6 N1 single 1.337 0.020
PLI N1 C2 single 1.337 0.020
PLI C2A C2 single 1.506 0.020
PLI C2 C3 double 1.487 0.020
PLI O3A C3 single 1.362 0.020
PLI C3 C4 single 1.487 0.020
PLI C4 C4A double 1.480 0.020
PLI C4A N single 1.260 0.020
PLI N CA double 1.260 0.020
PLI CB CA single 1.500 0.020
PLI CA C single 1.460 0.020
PLI O C deloc 1.250 0.020
PLI C OXT deloc 1.250 0.020
PLI H5A1 C5A single 1.092 0.020
PLI H5A2 C5A single 1.092 0.020
PLI H6 C6 single 1.083 0.020
PLI H1 N1 single 1.040 0.020
PLI H2A1 C2A single 1.059 0.020
PLI H2A2 C2A single 1.059 0.020
PLI H2A3 C2A single 1.059 0.020
PLI H3A O3A single 0.967 0.020
PLI H4A C4A single 1.077 0.020
PLI HBC1 CB single 1.059 0.020
PLI HBC2 CB single 1.059 0.020
PLI HBC3 CB single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PLI OXT C O 123.000 3.000
PLI OXT C CA 120.000 3.000
PLI O C CA 120.000 3.000
PLI C CA CB 120.000 3.000
PLI C CA N 116.500 3.000
PLI CB CA N 116.500 3.000
PLI CA CB HBC3 109.470 3.000
PLI CA CB HBC2 109.470 3.000
PLI CA CB HBC1 109.470 3.000
PLI HBC3 CB HBC2 109.470 3.000
PLI HBC3 CB HBC1 109.470 3.000
PLI HBC2 CB HBC1 109.470 3.000
PLI CA N C4A 120.000 3.000
PLI N C4A H4A 120.000 3.000
PLI N C4A C4 120.000 3.000
PLI H4A C4A C4 120.000 3.000
PLI C4A C4 C3 120.000 3.000
PLI C4A C4 C5 120.000 3.000
PLI C3 C4 C5 120.000 3.000
PLI C4 C3 O3A 120.000 3.000
PLI C4 C3 C2 120.000 3.000
PLI O3A C3 C2 120.000 3.000
PLI C3 O3A H3A 109.470 3.000
PLI C3 C2 C2A 120.000 3.000
PLI C3 C2 N1 120.000 3.000
PLI C2A C2 N1 120.000 3.000
PLI C2 C2A H2A3 109.470 3.000
PLI C2 C2A H2A2 109.470 3.000
PLI C2 C2A H2A1 109.470 3.000
PLI H2A3 C2A H2A2 109.470 3.000
PLI H2A3 C2A H2A1 109.470 3.000
PLI H2A2 C2A H2A1 109.470 3.000
PLI C2 N1 H1 120.000 3.000
PLI C2 N1 C6 120.000 3.000
PLI H1 N1 C6 120.000 3.000
PLI N1 C6 H6 120.000 3.000
PLI N1 C6 C5 120.000 3.000
PLI H6 C6 C5 120.000 3.000
PLI C4 C5 C5A 120.000 3.000
PLI C4 C5 C6 120.000 3.000
PLI C5A C5 C6 120.000 3.000
PLI C5 C5A H5A1 109.470 3.000
PLI C5 C5A H5A2 109.470 3.000
PLI C5 C5A OP4 109.470 3.000
PLI H5A1 C5A H5A2 107.900 3.000
PLI H5A1 C5A OP4 109.470 3.000
PLI H5A2 C5A OP4 109.470 3.000
PLI C5A OP4 P 120.500 3.000
PLI OP4 P OP2 108.200 3.000
PLI OP4 P OP1 108.200 3.000
PLI OP4 P OP3 108.200 3.000
PLI OP2 P OP1 119.900 3.000
PLI OP2 P OP3 119.900 3.000
PLI OP1 P OP3 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PLI var_1 OXT C CA N 0.047 20.000 1
PLI var_2 C CA CB HBC1 -89.959 20.000 1
PLI CONST_1 C CA N C4A 180.000 0.000 0
PLI var_3 CA N C4A C4 179.939 20.000 1
PLI CONST_2 N C4A C4 C5 179.993 0.000 0
PLI CONST_3 C4A C4 C3 C2 180.000 0.000 0
PLI var_4 C4 C3 O3A H3A -179.716 20.000 1
PLI CONST_4 C4 C3 C2 N1 0.000 0.000 0
PLI var_5 C3 C2 C2A H2A1 179.988 20.000 1
PLI CONST_5 C3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
PLI CONST_6 C2 N1 C6 C5 0.000 0.000 0
PLI CONST_7 C4A C4 C5 C5A 0.000 0.000 0
PLI CONST_8 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
PLI var_6 C4 C5 C5A OP4 179.679 20.000 2
PLI var_7 C5 C5A OP4 P 179.997 20.000 1
PLI var_8 C5A OP4 P OP3 175.022 20.000 1
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PLI plan-1 C5 0.020
PLI plan-1 C5A 0.020
PLI plan-1 C6 0.020
PLI plan-1 C4 0.020
PLI plan-1 N1 0.020
PLI plan-1 C2 0.020
PLI plan-1 C3 0.020
PLI plan-1 H6 0.020
PLI plan-1 H1 0.020
PLI plan-1 C2A 0.020
PLI plan-1 O3A 0.020
PLI plan-1 C4A 0.020
PLI plan-1 N 0.020
PLI plan-1 H4A 0.020
PLI plan-2 N 0.020
PLI plan-2 C4A 0.020
PLI plan-2 CA 0.020
PLI plan-2 CB 0.020
PLI plan-2 C 0.020
PLI plan-2 H4A 0.020
PLI plan-3 C 0.020
PLI plan-3 CA 0.020
PLI plan-3 O 0.020
PLI plan-3 OXT 0.020
# ------------------------------------------------------
|
