1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PLU PLU 'LEUCINE PHOSPHONIC ACID ' non-polymer 24 10 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PLU
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PLU O1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
PLU P P P 0.000 -0.991 1.090 0.132
PLU O2 O OH1 0.000 -1.046 1.934 -1.237
PLU HO2 H H 0.000 -0.251 2.378 -1.563
PLU O3 O OH1 0.000 -0.563 2.060 1.344
PLU HO3 H H 0.000 -1.141 2.790 1.606
PLU CA C CH1 0.000 -2.633 0.379 0.474
PLU HA H H 0.000 -3.353 1.190 0.656
PLU N N NH2 0.000 -3.073 -0.415 -0.681
PLU HN2 H H 0.000 -3.926 -0.175 -1.172
PLU HN1 H H 0.000 -2.527 -1.209 -0.994
PLU CB C CH2 0.000 -2.554 -0.518 1.710
PLU HB1 H H 0.000 -2.128 0.046 2.542
PLU HB2 H H 0.000 -1.919 -1.380 1.492
PLU CG C CH1 0.000 -3.957 -0.999 2.083
PLU HG H H 0.000 -4.422 -1.483 1.213
PLU CD2 C CH3 0.000 -4.807 0.197 2.515
PLU HD23 H H 0.000 -4.960 0.840 1.688
PLU HD22 H H 0.000 -5.744 -0.145 2.872
PLU HD21 H H 0.000 -4.309 0.726 3.286
PLU CD1 C CH3 0.000 -3.864 -2.001 3.235
PLU HD13 H H 0.000 -3.276 -2.830 2.936
PLU HD12 H H 0.000 -3.416 -1.535 4.074
PLU HD11 H H 0.000 -4.836 -2.333 3.494
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PLU O1 n/a P START
PLU P O1 CA .
PLU O2 P HO2 .
PLU HO2 O2 . .
PLU O3 P HO3 .
PLU HO3 O3 . .
PLU CA P CB .
PLU HA CA . .
PLU N CA HN1 .
PLU HN2 N . .
PLU HN1 N . .
PLU CB CA CG .
PLU HB1 CB . .
PLU HB2 CB . .
PLU CG CB CD1 .
PLU HG CG . .
PLU CD2 CG HD21 .
PLU HD23 CD2 . .
PLU HD22 CD2 . .
PLU HD21 CD2 . .
PLU CD1 CG HD11 .
PLU HD13 CD1 . .
PLU HD12 CD1 . .
PLU HD11 CD1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PLU CB CA single 1.524 0.020
PLU N CA single 1.450 0.020
PLU CA P single 1.815 0.020
PLU HA CA single 1.099 0.020
PLU CG CB single 1.524 0.020
PLU HB1 CB single 1.092 0.020
PLU HB2 CB single 1.092 0.020
PLU CD1 CG single 1.524 0.020
PLU CD2 CG single 1.524 0.020
PLU HG CG single 1.099 0.020
PLU HD11 CD1 single 1.059 0.020
PLU HD12 CD1 single 1.059 0.020
PLU HD13 CD1 single 1.059 0.020
PLU HD21 CD2 single 1.059 0.020
PLU HD22 CD2 single 1.059 0.020
PLU HD23 CD2 single 1.059 0.020
PLU HN1 N single 1.010 0.020
PLU HN2 N single 1.010 0.020
PLU P O1 double 1.480 0.020
PLU O2 P single 1.610 0.020
PLU O3 P single 1.610 0.020
PLU HO2 O2 single 0.967 0.020
PLU HO3 O3 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PLU O1 P O2 109.500 3.000
PLU O1 P O3 109.500 3.000
PLU O1 P CA 109.500 3.000
PLU O2 P O3 109.500 3.000
PLU O2 P CA 109.500 3.000
PLU O3 P CA 109.500 3.000
PLU P O2 HO2 120.000 3.000
PLU P O3 HO3 120.000 3.000
PLU P CA HA 109.500 3.000
PLU P CA N 109.500 3.000
PLU P CA CB 109.500 3.000
PLU HA CA N 109.470 3.000
PLU HA CA CB 108.340 3.000
PLU N CA CB 109.470 3.000
PLU CA N HN2 120.000 3.000
PLU CA N HN1 120.000 3.000
PLU HN2 N HN1 120.000 3.000
PLU CA CB HB1 109.470 3.000
PLU CA CB HB2 109.470 3.000
PLU CA CB CG 111.000 3.000
PLU HB1 CB HB2 107.900 3.000
PLU HB1 CB CG 109.470 3.000
PLU HB2 CB CG 109.470 3.000
PLU CB CG HG 108.340 3.000
PLU CB CG CD2 111.000 3.000
PLU CB CG CD1 111.000 3.000
PLU HG CG CD2 108.340 3.000
PLU HG CG CD1 108.340 3.000
PLU CD2 CG CD1 111.000 3.000
PLU CG CD2 HD23 109.470 3.000
PLU CG CD2 HD22 109.470 3.000
PLU CG CD2 HD21 109.470 3.000
PLU HD23 CD2 HD22 109.470 3.000
PLU HD23 CD2 HD21 109.470 3.000
PLU HD22 CD2 HD21 109.470 3.000
PLU CG CD1 HD13 109.470 3.000
PLU CG CD1 HD12 109.470 3.000
PLU CG CD1 HD11 109.470 3.000
PLU HD13 CD1 HD12 109.470 3.000
PLU HD13 CD1 HD11 109.470 3.000
PLU HD12 CD1 HD11 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PLU var_1 O1 P O2 HO2 -59.947 20.000 1
PLU var_2 O1 P O3 HO3 -175.549 20.000 1
PLU var_3 O1 P CA CB 55.242 20.000 1
PLU var_4 P CA N HN1 60.017 20.000 1
PLU var_5 P CA CB CG 174.151 20.000 3
PLU var_6 CA CB CG CD1 174.652 20.000 3
PLU var_7 CB CG CD2 HD21 -53.995 20.000 3
PLU var_8 CB CG CD1 HD11 179.997 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PLU chir_01 CA CB N P positiv
PLU chir_02 CG CB CD1 CD2 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PLU plan-1 N 0.020
PLU plan-1 CA 0.000
PLU plan-1 HN1 0.000
PLU plan-1 HN2 0.000
# ------------------------------------------------------
|
