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291
292
293
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PNW PNW '4-nitrophenyl beta-D-glucopyranoside' pyranose 36 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PNW
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PNW C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
PNW H1 H H 0.000 -0.168 -0.060 -1.084
PNW O1 O O2 0.000 -0.766 1.078 0.542
PNW C7 C CR6 0.000 -2.103 1.071 0.294
PNW C12 C CR16 0.000 -2.664 0.050 -0.460
PNW H12 H H 0.000 -2.037 -0.740 -0.855
PNW C11 C CR16 0.000 -4.024 0.042 -0.705
PNW H11 H H 0.000 -4.464 -0.759 -1.286
PNW C10 C CR6 0.000 -4.822 1.057 -0.210
PNW C9 C CR16 0.000 -4.264 2.078 0.537
PNW H9 H H 0.000 -4.892 2.871 0.923
PNW C8 C CR16 0.000 -2.906 2.087 0.790
PNW H8 H H 0.000 -2.469 2.887 1.375
PNW N1 N N 1.000 -6.278 1.049 -0.479
PNW O7 O O 0.000 -6.983 1.941 -0.044
PNW O8 O O -1.000 -6.771 0.150 -1.138
PNW O5 O O2 0.000 -0.403 -1.226 0.614
PNW C5 C CH1 0.000 0.287 -2.377 0.123
PNW H5 H H 0.000 0.122 -2.469 -0.960
PNW C6 C CH2 0.000 -0.243 -3.628 0.828
PNW H6 H H 0.000 -0.160 -3.499 1.909
PNW H6A H H 0.000 0.345 -4.496 0.520
PNW O6 O OH1 0.000 -1.613 -3.830 0.474
PNW HO6 H H 0.000 -1.947 -4.620 0.920
PNW C4 C CH1 0.000 1.786 -2.231 0.401
PNW H4 H H 0.000 1.955 -2.181 1.486
PNW O4 O OH1 0.000 2.484 -3.354 -0.140
PNW HO4 H H 0.000 3.430 -3.258 0.032
PNW C3 C CH1 0.000 2.296 -0.945 -0.257
PNW H3 H H 0.000 2.174 -1.016 -1.347
PNW O3 O OH1 0.000 3.677 -0.762 0.059
PNW HO3 H H 0.000 3.995 0.053 -0.351
PNW C2 C CH1 0.000 1.486 0.243 0.273
PNW H2 H H 0.000 1.649 0.345 1.355
PNW O2 O OH1 0.000 1.905 1.439 -0.388
PNW HO2 H H 0.000 1.390 2.187 -0.056
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PNW C1 n/a O5 START
PNW H1 C1 . .
PNW O1 C1 C7 .
PNW C7 O1 C12 .
PNW C12 C7 C11 .
PNW H12 C12 . .
PNW C11 C12 C10 .
PNW H11 C11 . .
PNW C10 C11 N1 .
PNW C9 C10 C8 .
PNW H9 C9 . .
PNW C8 C9 H8 .
PNW H8 C8 . .
PNW N1 C10 O8 .
PNW O7 N1 . .
PNW O8 N1 . .
PNW O5 C1 . END
PNW C5 O5 C4 .
PNW H5 C5 . .
PNW C6 C5 O6 .
PNW H6 C6 . .
PNW H6A C6 . .
PNW O6 C6 HO6 .
PNW HO6 O6 . .
PNW C4 C5 C3 .
PNW H4 C4 . .
PNW O4 C4 HO4 .
PNW HO4 O4 . .
PNW C3 C4 C2 .
PNW H3 C3 . .
PNW O3 C3 HO3 .
PNW HO3 O3 . .
PNW C2 C3 O2 .
PNW H2 C2 . .
PNW O2 C2 HO2 .
PNW HO2 O2 . .
PNW C1 C2 . ADD
PNW C7 C8 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PNW O1 C1 single 1.426 0.020
PNW C1 C2 single 1.524 0.020
PNW O5 C1 single 1.426 0.020
PNW O7 N1 double 1.220 0.020
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PNW C7 O1 single 1.370 0.020
PNW O2 C2 single 1.432 0.020
PNW C2 C3 single 1.524 0.020
PNW O3 C3 single 1.432 0.020
PNW C3 C4 single 1.524 0.020
PNW O4 C4 single 1.432 0.020
PNW C4 C5 single 1.524 0.020
PNW C5 O5 single 1.426 0.020
PNW C6 C5 single 1.524 0.020
PNW O6 C6 single 1.432 0.020
PNW C7 C8 double 1.390 0.020
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PNW C8 C9 single 1.390 0.020
PNW C9 C10 double 1.390 0.020
PNW C10 C11 single 1.390 0.020
PNW C11 C12 double 1.390 0.020
PNW H1 C1 single 1.099 0.020
PNW H2 C2 single 1.099 0.020
PNW HO2 O2 single 0.967 0.020
PNW H3 C3 single 1.099 0.020
PNW HO3 O3 single 0.967 0.020
PNW H4 C4 single 1.099 0.020
PNW HO4 O4 single 0.967 0.020
PNW H5 C5 single 1.099 0.020
PNW H6 C6 single 1.092 0.020
PNW H6A C6 single 1.092 0.020
PNW HO6 O6 single 0.967 0.020
PNW H8 C8 single 1.083 0.020
PNW H9 C9 single 1.083 0.020
PNW H11 C11 single 1.083 0.020
PNW H12 C12 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PNW H1 C1 O1 109.470 3.000
PNW H1 C1 O5 109.470 3.000
PNW O1 C1 O5 109.470 3.000
PNW H1 C1 C2 108.340 3.000
PNW O1 C1 C2 109.470 3.000
PNW O5 C1 C2 109.470 3.000
PNW C1 O1 C7 120.000 3.000
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PNW O1 C7 C8 120.000 3.000
PNW C12 C7 C8 120.000 3.000
PNW C7 C12 H12 120.000 3.000
PNW C7 C12 C11 120.000 3.000
PNW H12 C12 C11 120.000 3.000
PNW C12 C11 H11 120.000 3.000
PNW C12 C11 C10 120.000 3.000
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PNW C11 C10 C9 120.000 3.000
PNW C11 C10 N1 120.000 3.000
PNW C9 C10 N1 120.000 3.000
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PNW C10 C9 C8 120.000 3.000
PNW H9 C9 C8 120.000 3.000
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PNW C9 C8 C7 120.000 3.000
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PNW C10 N1 O7 120.000 3.000
PNW C10 N1 O8 120.000 3.000
PNW O7 N1 O8 120.000 3.000
PNW C1 O5 C5 111.800 3.000
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PNW H5 C5 C4 108.340 3.000
PNW C6 C5 C4 111.000 3.000
PNW C5 C6 H6 109.470 3.000
PNW C5 C6 H6A 109.470 3.000
PNW C5 C6 O6 109.470 3.000
PNW H6 C6 H6A 107.900 3.000
PNW H6 C6 O6 109.470 3.000
PNW H6A C6 O6 109.470 3.000
PNW C6 O6 HO6 109.470 3.000
PNW C5 C4 H4 108.340 3.000
PNW C5 C4 O4 109.470 3.000
PNW C5 C4 C3 111.000 3.000
PNW H4 C4 O4 109.470 3.000
PNW H4 C4 C3 108.340 3.000
PNW O4 C4 C3 109.470 3.000
PNW C4 O4 HO4 109.470 3.000
PNW C4 C3 H3 108.340 3.000
PNW C4 C3 O3 109.470 3.000
PNW C4 C3 C2 111.000 3.000
PNW H3 C3 O3 109.470 3.000
PNW H3 C3 C2 108.340 3.000
PNW O3 C3 C2 109.470 3.000
PNW C3 O3 HO3 109.470 3.000
PNW C3 C2 H2 108.340 3.000
PNW C3 C2 O2 109.470 3.000
PNW C3 C2 C1 111.000 3.000
PNW H2 C2 O2 109.470 3.000
PNW H2 C2 C1 108.340 3.000
PNW O2 C2 C1 109.470 3.000
PNW C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PNW var_1 O5 C1 O1 C7 -65.065 20.000 1
PNW var_2 C1 O1 C7 C12 -0.221 20.000 1
PNW CONST_1 O1 C7 C8 C9 180.000 0.000 0
PNW CONST_2 O1 C7 C12 C11 180.000 0.000 0
PNW CONST_3 C7 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
PNW CONST_4 C12 C11 C10 N1 180.000 0.000 0
PNW CONST_5 C11 C10 C9 C8 0.000 0.000 0
PNW CONST_6 C10 C9 C8 C7 0.000 0.000 0
PNW var_3 C11 C10 N1 O8 -0.036 20.000 1
PNW var_4 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
PNW var_5 O5 C5 C6 O6 65.043 20.000 3
PNW var_6 C5 C6 O6 HO6 -179.957 20.000 1
PNW var_7 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
PNW var_8 C5 C4 O4 HO4 179.691 20.000 1
PNW var_9 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
PNW var_10 C4 C3 O3 HO3 -179.594 20.000 1
PNW var_11 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
PNW var_12 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
PNW var_13 C3 C2 O2 HO2 179.677 20.000 1
PNW var_1 C5 O5 C1 C2 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PNW chir_01 C1 O1 C2 O5 negativ
PNW chir_02 C2 C1 O2 C3 positiv
PNW chir_03 C3 C2 O3 C4 negativ
PNW chir_04 C4 C3 O4 C5 positiv
PNW chir_05 C5 C4 O5 C6 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PNW plan-1 N1 0.020
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PNW plan-2 H8 0.020
PNW plan-2 H9 0.020
PNW plan-2 N1 0.020
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PNW plan-2 H12 0.020
# ------------------------------------------------------
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