1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PO1 PO1 '"(9BETA,13ALPHA,14BETA,17ALPHA)-2-ME' non-polymer 58 30 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PO1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
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PO1 S2 S ST 0.000 -1.054 -0.242 -0.923
PO1 O6 O OS 0.000 -1.044 -1.231 -1.943
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PO1 C17 C CH1 0.000 -3.314 -0.955 -0.975
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PO1 HN11 H H 0.000 -11.622 3.394 2.109
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PO1 O7 n/a S2 START
PO1 S2 O7 O5 .
PO1 O6 S2 . .
PO1 N2 S2 HN21 .
PO1 HN22 N2 . .
PO1 HN21 N2 . .
PO1 O5 S2 C17 .
PO1 C17 O5 C18 .
PO1 H17 C17 . .
PO1 C14 C17 C13 .
PO1 C16 C14 H161 .
PO1 H163 C16 . .
PO1 H162 C16 . .
PO1 H161 C16 . .
PO1 C13 C14 C12 .
PO1 H131 C13 . .
PO1 H132 C13 . .
PO1 C12 C13 C8 .
PO1 H121 C12 . .
PO1 H122 C12 . .
PO1 C8 C12 C4 .
PO1 H8 C8 . .
PO1 C4 C8 C3 .
PO1 C3 C4 C2 .
PO1 H3 C3 . .
PO1 C2 C3 O4 .
PO1 O4 C2 C7 .
PO1 C7 O4 H71 .
PO1 H73 C7 . .
PO1 H72 C7 . .
PO1 H71 C7 . .
PO1 C18 C17 C19 .
PO1 H181 C18 . .
PO1 H182 C18 . .
PO1 C19 C18 C15 .
PO1 H191 C19 . .
PO1 H192 C19 . .
PO1 C15 C19 C9 .
PO1 H15 C15 . .
PO1 C9 C15 C10 .
PO1 H9 C9 . .
PO1 C10 C9 C11 .
PO1 H101 C10 . .
PO1 H102 C10 . .
PO1 C11 C10 C5 .
PO1 H111 C11 . .
PO1 H112 C11 . .
PO1 C5 C11 C6 .
PO1 C6 C5 C1 .
PO1 H6 C6 . .
PO1 C1 C6 O3 .
PO1 O3 C1 S1 .
PO1 S1 O3 N1 .
PO1 O2 S1 . .
PO1 O1 S1 . .
PO1 N1 S1 HN11 .
PO1 HN12 N1 . .
PO1 HN11 N1 . END
PO1 C1 C2 . ADD
PO1 C4 C5 . ADD
PO1 C8 C9 . ADD
PO1 C14 C15 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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PO1 O1 S1 double 1.436 0.020
PO1 N1 S1 single 1.600 0.020
PO1 S1 O3 single 1.535 0.020
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PO1 HN12 N1 single 1.010 0.020
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PO1 H9 C9 single 1.099 0.020
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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PO1 HN22 N2 HN21 120.000 3.000
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PO1 C14 C16 H161 109.470 3.000
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PO1 C14 C13 C12 111.000 3.000
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PO1 H181 C18 C19 109.470 3.000
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PO1 H192 C19 C15 109.470 3.000
PO1 C19 C15 H15 108.340 3.000
PO1 C19 C15 C9 111.000 3.000
PO1 C19 C15 C14 111.000 3.000
PO1 H15 C15 C9 108.340 3.000
PO1 H15 C15 C14 108.340 3.000
PO1 C9 C15 C14 111.000 3.000
PO1 C15 C9 H9 108.340 3.000
PO1 C15 C9 C10 111.000 3.000
PO1 C15 C9 C8 111.000 3.000
PO1 H9 C9 C10 108.340 3.000
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PO1 C9 C10 H101 109.470 3.000
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PO1 H101 C10 C11 109.470 3.000
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PO1 C10 C11 H111 109.470 3.000
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PO1 C10 C11 C5 109.470 3.000
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PO1 H111 C11 C5 109.470 3.000
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PO1 C5 C6 C1 120.000 3.000
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PO1 C6 C1 C2 120.000 3.000
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PO1 O3 S1 O2 109.500 3.000
PO1 O3 S1 O1 109.500 3.000
PO1 O3 S1 N1 109.500 3.000
PO1 O2 S1 O1 109.500 3.000
PO1 O2 S1 N1 109.500 3.000
PO1 O1 S1 N1 109.500 3.000
PO1 S1 N1 HN12 120.000 3.000
PO1 S1 N1 HN11 120.000 3.000
PO1 HN12 N1 HN11 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PO1 var_1 O7 S2 N2 HN21 -112.588 20.000 1
PO1 var_2 O7 S2 O5 C17 -172.368 20.000 1
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PO1 chir_01 S1 O2 O1 N1 negativ
PO1 chir_02 C8 C4 C9 C12 positiv
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PO1 chir_04 C14 C13 C15 C16 positiv
PO1 chir_05 C15 C9 C14 C19 negativ
PO1 chir_06 C17 C14 C18 O5 positiv
PO1 chir_07 S2 O5 O6 O7 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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