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383
384
385
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
POR POR 'PORPHYRIN FE(III) ' non-polymer 37 25 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_POR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
POR H3D H H 0.000 0.008 0.006 0.002
POR C3D C CR15 0.000 -0.964 0.449 -0.175
POR C2D C CR15 0.000 -1.272 1.767 -0.173
POR H2D H H 0.000 -0.597 2.593 0.013
POR C1D C CR5 0.000 -2.676 1.851 -0.470
POR CHD C C1 0.000 -3.346 3.016 -0.807
POR HHD H H 0.000 -2.803 3.915 -1.044
POR C4D C CR5 0.000 -2.187 -0.241 -0.457
POR CHA C C1 0.000 -2.275 -1.571 -0.854
POR HHA H H 0.000 -1.395 -2.124 -1.137
POR ND N NR5 0.000 -3.229 0.617 -0.366
POR FE FE FE 0.000 -5.051 0.194 -0.124
POR NA N NR5 0.000 -4.716 -1.602 -0.502
POR C4A C CR5 0.000 -5.579 -2.656 -0.406
POR C3A C CR15 0.000 -5.004 -3.838 -0.975
POR H3A H H 0.000 -5.500 -4.788 -1.136
POR C2A C CR15 0.000 -3.726 -3.536 -1.271
POR H2A H H 0.000 -2.988 -4.193 -1.716
POR C1A C CR5 0.000 -3.536 -2.171 -0.877
POR NC N NR5 0.000 -5.547 1.958 -0.467
POR C4C C CR5 0.000 -4.741 2.998 -0.833
POR C3C C CR15 0.000 -5.522 4.137 -1.214
POR H3C H H 0.000 -5.157 5.057 -1.653
POR C2C C CR15 0.000 -6.801 3.837 -0.919
POR H2C H H 0.000 -7.668 4.466 -1.077
POR C1C C CR5 0.000 -6.786 2.519 -0.353
POR CHC C C1 0.000 -7.914 1.945 0.236
POR HHC H H 0.000 -8.837 2.492 0.318
POR NB N NR5 0.000 -6.801 -0.220 0.446
POR C4B C CR5 0.000 -7.806 0.646 0.713
POR C3B C CR15 0.000 -8.757 0.010 1.582
POR H3B H H 0.000 -9.559 0.487 2.132
POR C2B C CR15 0.000 -8.446 -1.308 1.572
POR H2B H H 0.000 -8.942 -2.098 2.122
POR C1B C CR5 0.000 -7.324 -1.446 0.686
POR CHB C C1 0.000 -6.839 -2.649 0.194
POR HHB H H 0.000 -7.419 -3.553 0.272
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
POR H3D n/a C3D START
POR C3D H3D C4D .
POR C2D C3D C1D .
POR H2D C2D . .
POR C1D C2D CHD .
POR CHD C1D HHD .
POR HHD CHD . .
POR C4D C3D ND .
POR CHA C4D HHA .
POR HHA CHA . .
POR ND C4D FE .
POR FE ND NB .
POR NA FE C4A .
POR C4A NA C3A .
POR C3A C4A C2A .
POR H3A C3A . .
POR C2A C3A C1A .
POR H2A C2A . .
POR C1A C2A . .
POR NC FE C4C .
POR C4C NC C3C .
POR C3C C4C C2C .
POR H3C C3C . .
POR C2C C3C C1C .
POR H2C C2C . .
POR C1C C2C CHC .
POR CHC C1C HHC .
POR HHC CHC . .
POR NB FE C4B .
POR C4B NB C3B .
POR C3B C4B C2B .
POR H3B C3B . .
POR C2B C3B C1B .
POR H2B C2B . .
POR C1B C2B CHB .
POR CHB C1B HHB .
POR HHB CHB . END
POR CHA C1A . ADD
POR CHB C4A . ADD
POR CHC C4B . ADD
POR CHD C4C . ADD
POR NA C1A . ADD
POR NB C1B . ADD
POR NC C1C . ADD
POR ND C1D . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
POR NA FE single 2.090 0.020
POR NB FE single 2.090 0.020
POR NC FE single 2.090 0.020
POR FE ND single 2.090 0.020
POR CHA C1A double 1.483 0.020
POR CHA C4D single 1.483 0.020
POR HHA CHA single 1.077 0.020
POR CHB C4A single 1.483 0.020
POR CHB C1B double 1.483 0.020
POR HHB CHB single 1.077 0.020
POR CHC C4B double 1.483 0.020
POR CHC C1C single 1.483 0.020
POR HHC CHC single 1.077 0.020
POR CHD C4C double 1.483 0.020
POR CHD C1D single 1.483 0.020
POR HHD CHD single 1.077 0.020
POR NA C1A single 1.337 0.020
POR C4A NA double 1.337 0.020
POR C1A C2A single 1.387 0.020
POR C2A C3A double 1.380 0.020
POR H2A C2A single 1.083 0.020
POR C3A C4A single 1.387 0.020
POR H3A C3A single 1.083 0.020
POR NB C1B single 1.337 0.020
POR C4B NB single 1.337 0.020
POR C1B C2B single 1.387 0.020
POR C2B C3B double 1.380 0.020
POR H2B C2B single 1.083 0.020
POR C3B C4B single 1.387 0.020
POR H3B C3B single 1.083 0.020
POR NC C1C double 1.337 0.020
POR C4C NC single 1.337 0.020
POR C1C C2C single 1.387 0.020
POR C2C C3C double 1.380 0.020
POR H2C C2C single 1.083 0.020
POR C3C C4C single 1.387 0.020
POR H3C C3C single 1.083 0.020
POR ND C1D single 1.337 0.020
POR ND C4D single 1.337 0.020
POR C1D C2D double 1.387 0.020
POR C2D C3D single 1.380 0.020
POR H2D C2D single 1.083 0.020
POR C4D C3D double 1.387 0.020
POR C3D H3D single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
POR H3D C3D C2D 126.000 3.000
POR H3D C3D C4D 126.000 3.000
POR C2D C3D C4D 108.000 3.000
POR C3D C2D H2D 126.000 3.000
POR C3D C2D C1D 108.000 3.000
POR H2D C2D C1D 126.000 3.000
POR C2D C1D CHD 108.000 3.000
POR C2D C1D ND 108.000 3.000
POR CHD C1D ND 108.000 3.000
POR C1D CHD HHD 120.000 3.000
POR C1D CHD C4C 120.000 3.000
POR HHD CHD C4C 120.000 3.000
POR C3D C4D CHA 108.000 3.000
POR C3D C4D ND 108.000 3.000
POR CHA C4D ND 108.000 3.000
POR C4D CHA HHA 120.000 3.000
POR C4D CHA C1A 120.000 3.000
POR HHA CHA C1A 120.000 3.000
POR C4D ND FE 126.000 3.000
POR C4D ND C1D 108.000 3.000
POR FE ND C1D 126.000 3.000
POR ND FE NA 90.000 3.000
POR ND FE NC 90.000 3.000
POR ND FE NB 180.000 3.000
POR NA FE NC 144.000 3.000
POR NA FE NB 90.000 3.000
POR NC FE NB 90.000 3.000
POR FE NA C4A 126.000 3.000
POR FE NA C1A 126.000 3.000
POR C4A NA C1A 108.000 3.000
POR NA C4A C3A 108.000 3.000
POR NA C4A CHB 108.000 3.000
POR C3A C4A CHB 108.000 3.000
POR C4A C3A H3A 126.000 3.000
POR C4A C3A C2A 108.000 3.000
POR H3A C3A C2A 126.000 3.000
POR C3A C2A H2A 126.000 3.000
POR C3A C2A C1A 108.000 3.000
POR H2A C2A C1A 126.000 3.000
POR C2A C1A CHA 108.000 3.000
POR C2A C1A NA 108.000 3.000
POR CHA C1A NA 108.000 3.000
POR FE NC C4C 126.000 3.000
POR FE NC C1C 126.000 3.000
POR C4C NC C1C 108.000 3.000
POR NC C4C C3C 108.000 3.000
POR NC C4C CHD 108.000 3.000
POR C3C C4C CHD 108.000 3.000
POR C4C C3C H3C 126.000 3.000
POR C4C C3C C2C 108.000 3.000
POR H3C C3C C2C 126.000 3.000
POR C3C C2C H2C 126.000 3.000
POR C3C C2C C1C 108.000 3.000
POR H2C C2C C1C 126.000 3.000
POR C2C C1C CHC 108.000 3.000
POR C2C C1C NC 108.000 3.000
POR CHC C1C NC 108.000 3.000
POR C1C CHC HHC 120.000 3.000
POR C1C CHC C4B 120.000 3.000
POR HHC CHC C4B 120.000 3.000
POR FE NB C4B 126.000 3.000
POR FE NB C1B 126.000 3.000
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POR NB C4B CHC 108.000 3.000
POR C3B C4B CHC 108.000 3.000
POR C4B C3B H3B 126.000 3.000
POR C4B C3B C2B 108.000 3.000
POR H3B C3B C2B 126.000 3.000
POR C3B C2B H2B 126.000 3.000
POR C3B C2B C1B 108.000 3.000
POR H2B C2B C1B 126.000 3.000
POR C2B C1B CHB 108.000 3.000
POR C2B C1B NB 108.000 3.000
POR CHB C1B NB 108.000 3.000
POR C1B CHB HHB 120.000 3.000
POR C1B CHB C4A 120.000 3.000
POR HHB CHB C4A 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
POR CONST_1 H3D C3D C2D C1D 180.000 0.000 0
POR CONST_2 C3D C2D C1D CHD 180.000 0.000 0
POR var_1 C2D C1D CHD C4C 180.000 20.000 1
POR var_2 C1D CHD C4C NC 0.000 20.000 1
POR CONST_3 H3D C3D C4D ND 180.000 0.000 0
POR var_3 C3D C4D CHA C1A 180.000 20.000 1
POR var_4 C4D CHA C1A C2A 180.000 20.000 1
POR CONST_4 C3D C4D ND FE -150.000 0.000 0
POR CONST_5 C4D ND C1D C2D -30.000 0.000 0
POR var_5 C4D ND FE NA 0.000 20.000 1
POR var_6 C1A NA FE ND 0.000 20.000 1
POR CONST_6 FE NA C1A C2A 180.000 0.000 0
POR CONST_7 FE NA C4A C3A 180.000 0.000 0
POR CONST_8 NA C4A C3A C2A 0.000 0.000 0
POR CONST_9 C4A C3A C2A C1A 0.000 0.000 0
POR CONST_10 C3A C2A C1A CHA 180.000 0.000 0
POR var_7 C4C NC FE ND 0.000 20.000 1
POR CONST_11 FE NC C1C C2C 180.000 0.000 0
POR CONST_12 FE NC C4C C3C 180.000 0.000 0
POR CONST_13 NC C4C C3C C2C 0.000 0.000 0
POR CONST_14 C4C C3C C2C C1C 0.000 0.000 0
POR CONST_15 C3C C2C C1C CHC 180.000 0.000 0
POR var_8 C2C C1C CHC C4B 180.000 20.000 1
POR var_9 C1C CHC C4B NB 0.000 20.000 1
POR var_10 C1B NB FE NA 0.000 20.000 1
POR CONST_16 FE NB C1B C2B 150.000 0.000 0
POR CONST_17 FE NB C4B C3B -150.000 0.000 0
POR CONST_18 NB C4B C3B C2B 0.000 0.000 0
POR CONST_19 C4B C3B C2B C1B 0.000 0.000 0
POR CONST_20 C3B C2B C1B CHB 180.000 0.000 0
POR var_11 C2B C1B CHB C4A 180.000 20.000 1
POR var_12 C1B CHB C4A NA 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
_chem_comp_chir.atom_id_4
_chem_comp_chir.atom_id_5
_chem_comp_chir.atom_id_6
_chem_comp_chir.atom_id_7
_chem_comp_chir.atom_id_8
POR chir_01 FE ND NB NA cross5
. NC . . .
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
POR plan-1 CHA 0.020
POR plan-1 C1A 0.020
POR plan-1 C4D 0.020
POR plan-1 HHA 0.020
POR plan-2 CHB 0.020
POR plan-2 C4A 0.020
POR plan-2 C1B 0.020
POR plan-2 HHB 0.020
POR plan-3 CHC 0.020
POR plan-3 C4B 0.020
POR plan-3 C1C 0.020
POR plan-3 HHC 0.020
POR plan-4 CHD 0.020
POR plan-4 C4C 0.020
POR plan-4 C1D 0.020
POR plan-4 HHD 0.020
POR plan-5 NA 0.020
POR plan-5 FE 0.020
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POR plan-5 C2A 0.020
POR plan-5 C3A 0.020
POR plan-5 CHA 0.020
POR plan-5 H2A 0.020
POR plan-5 H3A 0.020
POR plan-5 CHB 0.020
POR plan-5 HHA 0.020
POR plan-5 HHB 0.020
POR plan-6 NB 0.020
POR plan-6 FE 0.020
POR plan-6 C1B 0.020
POR plan-6 C4B 0.020
POR plan-6 C2B 0.020
POR plan-6 C3B 0.020
POR plan-6 CHB 0.020
POR plan-6 H2B 0.020
POR plan-6 H3B 0.020
POR plan-6 CHC 0.020
POR plan-6 HHB 0.020
POR plan-6 HHC 0.020
POR plan-7 NC 0.020
POR plan-7 FE 0.020
POR plan-7 C1C 0.020
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POR plan-7 H2C 0.020
POR plan-7 H3C 0.020
POR plan-7 CHD 0.020
POR plan-7 HHC 0.020
POR plan-7 HHD 0.020
POR plan-8 ND 0.020
POR plan-8 FE 0.020
POR plan-8 C1D 0.020
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POR plan-8 C2D 0.020
POR plan-8 C3D 0.020
POR plan-8 CHD 0.020
POR plan-8 H2D 0.020
POR plan-8 H3D 0.020
POR plan-8 CHA 0.020
POR plan-8 HHD 0.020
POR plan-8 HHA 0.020
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