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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PP3 PP3 'ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE ' non-polymer 35 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PP3
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PP3 OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
PP3 C C C 0.000 -1.120 0.368 -0.418
PP3 O O OC -0.500 -1.561 1.498 -0.113
PP3 CA C CH1 0.000 -1.939 -0.550 -1.287
PP3 HA H H 0.000 -2.151 -1.480 -0.741
PP3 CB C CH3 0.000 -1.157 -0.876 -2.562
PP3 HB3 H H 0.000 -0.245 -1.350 -2.307
PP3 HB2 H H 0.000 -1.731 -1.522 -3.175
PP3 HB1 H H 0.000 -0.952 0.019 -3.091
PP3 N N NH1 0.000 -3.203 0.107 -1.643
PP3 HN2 H H 0.000 -3.357 1.099 -1.749
PP3 C4A C CH2 0.000 -4.200 -0.957 -1.813
PP3 H4A1 H H 0.000 -4.300 -1.514 -0.879
PP3 H4A2 H H 0.000 -3.878 -1.634 -2.607
PP3 C4 C CR6 0.000 -5.528 -0.346 -2.180
PP3 C3 C CR6 0.000 -5.873 -0.139 -3.512
PP3 O3 O OH1 0.000 -5.014 -0.483 -4.507
PP3 HO3 H H 0.000 -5.184 -1.396 -4.777
PP3 C2 C CR6 0.000 -7.104 0.425 -3.809
PP3 C2A C CH3 0.000 -7.491 0.656 -5.246
PP3 H2A3 H H 0.000 -8.135 1.495 -5.308
PP3 H2A2 H H 0.000 -6.621 0.836 -5.822
PP3 H2A1 H H 0.000 -7.990 -0.200 -5.620
PP3 C5 C CR6 0.000 -6.438 0.015 -1.201
PP3 C6 C CR16 0.000 -7.643 0.576 -1.575
PP3 H6 H H 0.000 -8.356 0.868 -0.813
PP3 N1 N NRD6 0.000 -7.939 0.761 -2.847
PP3 C5A C CH2 0.000 -6.111 -0.190 0.256
PP3 H5A1 H H 0.000 -5.208 0.370 0.508
PP3 H5A2 H H 0.000 -5.943 -1.252 0.445
PP3 O4P O O2 0.000 -7.199 0.272 1.057
PP3 P P P 0.000 -6.785 0.024 2.593
PP3 O1P O OP -0.666 -5.522 0.796 2.906
PP3 O2P O OP -0.666 -7.902 0.494 3.499
PP3 O3P O OP -0.666 -6.542 -1.452 2.816
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PP3 OXT n/a C START
PP3 C OXT CA .
PP3 O C . .
PP3 CA C N .
PP3 HA CA . .
PP3 CB CA HB1 .
PP3 HB3 CB . .
PP3 HB2 CB . .
PP3 HB1 CB . .
PP3 N CA C4A .
PP3 HN2 N . .
PP3 C4A N C4 .
PP3 H4A1 C4A . .
PP3 H4A2 C4A . .
PP3 C4 C4A C5 .
PP3 C3 C4 C2 .
PP3 O3 C3 HO3 .
PP3 HO3 O3 . .
PP3 C2 C3 C2A .
PP3 C2A C2 H2A1 .
PP3 H2A3 C2A . .
PP3 H2A2 C2A . .
PP3 H2A1 C2A . .
PP3 C5 C4 C5A .
PP3 C6 C5 N1 .
PP3 H6 C6 . .
PP3 N1 C6 . .
PP3 C5A C5 O4P .
PP3 H5A1 C5A . .
PP3 H5A2 C5A . .
PP3 O4P C5A P .
PP3 P O4P O3P .
PP3 O1P P . .
PP3 O2P P . .
PP3 O3P P . END
PP3 N1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PP3 N1 C2 double 1.350 0.020
PP3 N1 C6 single 1.337 0.020
PP3 C2A C2 single 1.506 0.020
PP3 C2 C3 single 1.487 0.020
PP3 H2A1 C2A single 1.059 0.020
PP3 H2A2 C2A single 1.059 0.020
PP3 H2A3 C2A single 1.059 0.020
PP3 O3 C3 single 1.362 0.020
PP3 C3 C4 double 1.487 0.020
PP3 HO3 O3 single 0.967 0.020
PP3 C4 C4A single 1.511 0.020
PP3 C5 C4 single 1.487 0.020
PP3 C4A N single 1.450 0.020
PP3 H4A1 C4A single 1.092 0.020
PP3 H4A2 C4A single 1.092 0.020
PP3 C6 C5 double 1.390 0.020
PP3 C5A C5 single 1.511 0.020
PP3 H6 C6 single 1.083 0.020
PP3 O4P C5A single 1.426 0.020
PP3 H5A1 C5A single 1.092 0.020
PP3 H5A2 C5A single 1.092 0.020
PP3 P O4P single 1.610 0.020
PP3 O1P P deloc 1.510 0.020
PP3 O2P P deloc 1.510 0.020
PP3 O3P P deloc 1.510 0.020
PP3 N CA single 1.450 0.020
PP3 HN2 N single 1.010 0.020
PP3 CA C single 1.500 0.020
PP3 CB CA single 1.524 0.020
PP3 HA CA single 1.099 0.020
PP3 O C deloc 1.250 0.020
PP3 C OXT deloc 1.250 0.020
PP3 HB1 CB single 1.059 0.020
PP3 HB2 CB single 1.059 0.020
PP3 HB3 CB single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PP3 OXT C O 123.000 3.000
PP3 OXT C CA 118.500 3.000
PP3 O C CA 118.500 3.000
PP3 C CA HA 108.810 3.000
PP3 C CA CB 109.470 3.000
PP3 C CA N 111.600 3.000
PP3 HA CA CB 108.340 3.000
PP3 HA CA N 108.550 3.000
PP3 CB CA N 110.000 3.000
PP3 CA CB HB3 109.470 3.000
PP3 CA CB HB2 109.470 3.000
PP3 CA CB HB1 109.470 3.000
PP3 HB3 CB HB2 109.470 3.000
PP3 HB3 CB HB1 109.470 3.000
PP3 HB2 CB HB1 109.470 3.000
PP3 CA N HN2 118.500 3.000
PP3 CA N C4A 120.000 3.000
PP3 HN2 N C4A 118.500 3.000
PP3 N C4A H4A1 109.470 3.000
PP3 N C4A H4A2 109.470 3.000
PP3 N C4A C4 109.500 3.000
PP3 H4A1 C4A H4A2 107.900 3.000
PP3 H4A1 C4A C4 109.470 3.000
PP3 H4A2 C4A C4 109.470 3.000
PP3 C4A C4 C3 120.000 3.000
PP3 C4A C4 C5 120.000 3.000
PP3 C3 C4 C5 120.000 3.000
PP3 C4 C3 O3 120.000 3.000
PP3 C4 C3 C2 120.000 3.000
PP3 O3 C3 C2 120.000 3.000
PP3 C3 O3 HO3 109.470 3.000
PP3 C3 C2 C2A 120.000 3.000
PP3 C3 C2 N1 120.000 3.000
PP3 C2A C2 N1 120.000 3.000
PP3 C2 C2A H2A3 109.470 3.000
PP3 C2 C2A H2A2 109.470 3.000
PP3 C2 C2A H2A1 109.470 3.000
PP3 H2A3 C2A H2A2 109.470 3.000
PP3 H2A3 C2A H2A1 109.470 3.000
PP3 H2A2 C2A H2A1 109.470 3.000
PP3 C4 C5 C6 120.000 3.000
PP3 C4 C5 C5A 120.000 3.000
PP3 C6 C5 C5A 120.000 3.000
PP3 C5 C6 H6 120.000 3.000
PP3 C5 C6 N1 120.000 3.000
PP3 H6 C6 N1 120.000 3.000
PP3 C6 N1 C2 120.000 3.000
PP3 C5 C5A H5A1 109.470 3.000
PP3 C5 C5A H5A2 109.470 3.000
PP3 C5 C5A O4P 109.470 3.000
PP3 H5A1 C5A H5A2 107.900 3.000
PP3 H5A1 C5A O4P 109.470 3.000
PP3 H5A2 C5A O4P 109.470 3.000
PP3 C5A O4P P 120.500 3.000
PP3 O4P P O1P 108.200 3.000
PP3 O4P P O2P 108.200 3.000
PP3 O4P P O3P 108.200 3.000
PP3 O1P P O2P 119.900 3.000
PP3 O1P P O3P 119.900 3.000
PP3 O2P P O3P 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PP3 var_1 OXT C CA N 179.973 20.000 3
PP3 var_2 C CA CB HB1 -60.071 20.000 3
PP3 var_3 C CA N C4A -149.969 20.000 3
PP3 var_4 CA N C4A C4 179.970 20.000 3
PP3 var_5 N C4A C4 C5 -90.331 20.000 2
PP3 CONST_1 C4A C4 C3 C2 180.000 0.000 0
PP3 var_6 C4 C3 O3 HO3 90.081 20.000 1
PP3 CONST_2 C4 C3 C2 C2A 180.000 0.000 0
PP3 var_7 C3 C2 C2A H2A1 90.010 20.000 1
PP3 CONST_3 C4A C4 C5 C5A 0.000 0.000 0
PP3 CONST_4 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
PP3 CONST_5 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
PP3 CONST_6 C6 N1 C2 C3 0.000 0.000 0
PP3 var_8 C4 C5 C5A O4P 179.447 20.000 2
PP3 var_9 C5 C5A O4P P -179.994 20.000 1
PP3 var_10 C5A O4P P O3P -60.018 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PP3 chir_01 CA N C CB positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PP3 plan-1 N1 0.020
PP3 plan-1 C2 0.020
PP3 plan-1 C6 0.020
PP3 plan-1 C3 0.020
PP3 plan-1 C4 0.020
PP3 plan-1 C5 0.020
PP3 plan-1 C2A 0.020
PP3 plan-1 O3 0.020
PP3 plan-1 C4A 0.020
PP3 plan-1 C5A 0.020
PP3 plan-1 H6 0.020
PP3 plan-2 N 0.020
PP3 plan-2 C4A 0.020
PP3 plan-2 CA 0.020
PP3 plan-2 HN2 0.020
PP3 plan-3 C 0.020
PP3 plan-3 CA 0.020
PP3 plan-3 O 0.020
PP3 plan-3 OXT 0.020
# ------------------------------------------------------
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