1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PPC PPC '5-PHOSPHORIBOSYL-1-(BETA-METHYLENE) ' non-polymer 35 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PPC
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PPC O2B O O 0.000 0.000 0.000 0.000
PPC PB P P 0.000 -0.896 0.998 0.624
PPC O1B O OH1 0.000 -0.040 2.291 1.057
PPC HO1B H H 0.000 0.686 2.200 1.690
PPC O3B O OH1 0.000 -1.593 0.356 1.926
PPC HO3B H H 0.000 -2.212 0.881 2.452
PPC C3A C CH2 0.000 -2.181 1.492 -0.572
PPC H3A1 H H 0.000 -1.708 1.928 -1.454
PPC H3A2 H H 0.000 -2.841 2.230 -0.111
PPC PA P P 0.000 -3.150 0.029 -1.060
PPC O2A O O 0.000 -2.254 -0.970 -1.684
PPC O1A O OH1 0.000 -3.846 -0.614 0.241
PPC HO1A H H 0.000 -4.465 -0.089 0.767
PPC O1 O O2 0.000 -4.285 0.464 -2.115
PPC C1 C CH1 0.000 -5.007 -0.720 -2.459
PPC H1 H H 0.000 -4.363 -1.604 -2.354
PPC O4 O O2 0.000 -6.181 -0.853 -1.630
PPC C4 C CH1 0.000 -7.154 0.056 -2.194
PPC H4 H H 0.000 -6.933 1.088 -1.888
PPC C3 C CH1 0.000 -6.993 -0.096 -3.723
PPC H3 H H 0.000 -7.717 -0.824 -4.116
PPC O3 O OH1 0.000 -7.151 1.167 -4.372
PPC HO3 H H 0.000 -7.017 1.059 -5.323
PPC C2 C CH1 0.000 -5.550 -0.619 -3.901
PPC H2 H H 0.000 -5.556 -1.608 -4.380
PPC O2 O OH1 0.000 -4.775 0.303 -4.668
PPC HO2 H H 0.000 -3.876 -0.040 -4.770
PPC C5 C CH2 0.000 -8.567 -0.337 -1.758
PPC H51 H H 0.000 -8.776 -1.359 -2.081
PPC H52 H H 0.000 -9.290 0.342 -2.215
PPC O5 O O2 0.000 -8.666 -0.255 -0.336
PPC P P P 0.000 -10.171 -0.679 0.050
PPC O1P O OP -0.666 -10.343 -0.615 1.552
PPC O2P O OP -0.666 -11.148 0.269 -0.612
PPC O3P O OP -0.666 -10.435 -2.090 -0.427
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PPC O2B n/a PB START
PPC PB O2B C3A .
PPC O1B PB HO1B .
PPC HO1B O1B . .
PPC O3B PB HO3B .
PPC HO3B O3B . .
PPC C3A PB PA .
PPC H3A1 C3A . .
PPC H3A2 C3A . .
PPC PA C3A O1 .
PPC O2A PA . .
PPC O1A PA HO1A .
PPC HO1A O1A . .
PPC O1 PA C1 .
PPC C1 O1 O4 .
PPC H1 C1 . .
PPC O4 C1 C4 .
PPC C4 O4 C5 .
PPC H4 C4 . .
PPC C3 C4 C2 .
PPC H3 C3 . .
PPC O3 C3 HO3 .
PPC HO3 O3 . .
PPC C2 C3 O2 .
PPC H2 C2 . .
PPC O2 C2 HO2 .
PPC HO2 O2 . .
PPC C5 C4 O5 .
PPC H51 C5 . .
PPC H52 C5 . .
PPC O5 C5 P .
PPC P O5 O3P .
PPC O1P P . .
PPC O2P P . .
PPC O3P P . END
PPC C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PPC C1 C2 single 1.524 0.020
PPC C1 O1 single 1.426 0.020
PPC O4 C1 single 1.426 0.020
PPC H1 C1 single 1.099 0.020
PPC C2 C3 single 1.524 0.020
PPC O2 C2 single 1.432 0.020
PPC H2 C2 single 1.099 0.020
PPC C3 C4 single 1.524 0.020
PPC O3 C3 single 1.432 0.020
PPC H3 C3 single 1.099 0.020
PPC C5 C4 single 1.524 0.020
PPC C4 O4 single 1.426 0.020
PPC H4 C4 single 1.099 0.020
PPC O5 C5 single 1.426 0.020
PPC H51 C5 single 1.092 0.020
PPC H52 C5 single 1.092 0.020
PPC O1 PA single 1.610 0.020
PPC HO2 O2 single 0.967 0.020
PPC HO3 O3 single 0.967 0.020
PPC O1P P deloc 1.510 0.020
PPC O2P P deloc 1.510 0.020
PPC O3P P deloc 1.510 0.020
PPC P O5 single 1.610 0.020
PPC O1A PA single 1.610 0.020
PPC O2A PA double 1.480 0.020
PPC PA C3A single 1.812 0.020
PPC HO1A O1A single 0.967 0.020
PPC O1B PB single 1.610 0.020
PPC PB O2B double 1.480 0.020
PPC O3B PB single 1.610 0.020
PPC C3A PB single 1.812 0.020
PPC HO1B O1B single 0.967 0.020
PPC HO3B O3B single 0.967 0.020
PPC H3A1 C3A single 1.092 0.020
PPC H3A2 C3A single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PPC O2B PB O1B 109.500 3.000
PPC O2B PB O3B 109.500 3.000
PPC O2B PB C3A 109.500 3.000
PPC O1B PB O3B 109.500 3.000
PPC O1B PB C3A 109.500 3.000
PPC O3B PB C3A 109.500 3.000
PPC PB O1B HO1B 120.000 3.000
PPC PB O3B HO3B 120.000 3.000
PPC PB C3A H3A1 109.500 3.000
PPC PB C3A H3A2 109.500 3.000
PPC PB C3A PA 109.500 3.000
PPC H3A1 C3A H3A2 107.900 3.000
PPC H3A1 C3A PA 109.500 3.000
PPC H3A2 C3A PA 109.500 3.000
PPC C3A PA O2A 109.500 3.000
PPC C3A PA O1A 109.500 3.000
PPC C3A PA O1 109.500 3.000
PPC O2A PA O1A 109.500 3.000
PPC O2A PA O1 109.500 3.000
PPC O1A PA O1 109.500 3.000
PPC PA O1A HO1A 120.000 3.000
PPC PA O1 C1 120.500 3.000
PPC O1 C1 H1 109.470 3.000
PPC O1 C1 O4 109.470 3.000
PPC O1 C1 C2 109.470 3.000
PPC H1 C1 O4 109.470 3.000
PPC H1 C1 C2 108.340 3.000
PPC O4 C1 C2 109.470 3.000
PPC C1 O4 C4 111.800 3.000
PPC O4 C4 H4 109.470 3.000
PPC O4 C4 C3 109.470 3.000
PPC O4 C4 C5 109.470 3.000
PPC H4 C4 C3 108.340 3.000
PPC H4 C4 C5 108.340 3.000
PPC C3 C4 C5 111.000 3.000
PPC C4 C3 H3 108.340 3.000
PPC C4 C3 O3 109.470 3.000
PPC C4 C3 C2 111.000 3.000
PPC H3 C3 O3 109.470 3.000
PPC H3 C3 C2 108.340 3.000
PPC O3 C3 C2 109.470 3.000
PPC C3 O3 HO3 109.470 3.000
PPC C3 C2 H2 108.340 3.000
PPC C3 C2 O2 109.470 3.000
PPC C3 C2 C1 111.000 3.000
PPC H2 C2 O2 109.470 3.000
PPC H2 C2 C1 108.340 3.000
PPC O2 C2 C1 109.470 3.000
PPC C2 O2 HO2 109.470 3.000
PPC C4 C5 H51 109.470 3.000
PPC C4 C5 H52 109.470 3.000
PPC C4 C5 O5 109.470 3.000
PPC H51 C5 H52 107.900 3.000
PPC H51 C5 O5 109.470 3.000
PPC H52 C5 O5 109.470 3.000
PPC C5 O5 P 120.500 3.000
PPC O5 P O1P 108.200 3.000
PPC O5 P O2P 108.200 3.000
PPC O5 P O3P 108.200 3.000
PPC O1P P O2P 119.900 3.000
PPC O1P P O3P 119.900 3.000
PPC O2P P O3P 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PPC var_1 O2B PB O1B HO1B -60.023 20.000 1
PPC var_2 O2B PB O3B HO3B -179.987 20.000 1
PPC var_3 O2B PB C3A PA 60.053 20.000 1
PPC var_4 PB C3A PA O1 179.970 20.000 1
PPC var_5 C3A PA O1A HO1A 60.002 20.000 1
PPC var_6 C3A PA O1 C1 179.949 20.000 1
PPC var_7 PA O1 C1 O4 94.572 20.000 1
PPC var_8 O1 C1 C2 C3 -90.000 20.000 3
PPC var_9 O1 C1 O4 C4 90.000 20.000 1
PPC var_10 C1 O4 C4 C5 150.000 20.000 1
PPC var_11 O4 C4 C3 C2 -30.000 20.000 3
PPC var_12 C4 C3 O3 HO3 178.076 20.000 1
PPC var_13 C4 C3 C2 O2 -120.000 20.000 3
PPC var_14 C3 C2 O2 HO2 179.992 20.000 1
PPC var_15 O4 C4 C5 O5 61.494 20.000 3
PPC var_16 C4 C5 O5 P 179.961 20.000 1
PPC var_17 C5 O5 P O3P 60.001 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PPC chir_01 C1 C2 O1 O4 negativ
PPC chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
PPC chir_03 C3 C2 C4 O3 negativ
PPC chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
# ------------------------------------------------------
|
