1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PRV PRV '(2R)-amino(2-nitrophenyl)ethanoic ac' peptide 21 14 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PRV
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PRV N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
PRV HN1 H H 0.000 0.344 -0.352 -0.886
PRV HN2 H H 0.000 0.657 0.188 0.748
PRV CA C CH1 0.000 -1.437 0.236 0.197
PRV HA H H 0.000 -1.597 1.274 0.521
PRV CG C CR6 0.000 -1.960 -0.706 1.251
PRV CD2 C CR6 0.000 -3.141 -0.418 1.909
PRV N1 N N 1.000 -3.891 0.815 1.579
PRV O2 O O 0.000 -3.468 1.575 0.727
PRV O1 O O -1.000 -4.932 1.067 2.159
PRV CE2 C CR16 0.000 -3.620 -1.282 2.876
PRV HE2 H H 0.000 -4.545 -1.056 3.393
PRV CZ C CR16 0.000 -2.920 -2.433 3.184
PRV HZ H H 0.000 -3.299 -3.113 3.938
PRV CE1 C CR16 0.000 -1.736 -2.718 2.529
PRV HE1 H H 0.000 -1.184 -3.617 2.774
PRV CD1 C CR16 0.000 -1.256 -1.854 1.562
PRV HD1 H H 0.000 -0.329 -2.077 1.049
PRV C C C 0.000 -2.167 -0.005 -1.099
PRV O O OC -0.500 -1.634 -0.691 -2.000
PRV OXT O OC -0.500 -3.304 0.485 -1.277
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PRV N n/a CA START
PRV HN1 N . .
PRV HN2 N . .
PRV CA N C .
PRV HA CA . .
PRV CG CA CD2 .
PRV CD2 CG CE2 .
PRV N1 CD2 O1 .
PRV O2 N1 . .
PRV O1 N1 . .
PRV CE2 CD2 CZ .
PRV HE2 CE2 . .
PRV CZ CE2 CE1 .
PRV HZ CZ . .
PRV CE1 CZ CD1 .
PRV HE1 CE1 . .
PRV CD1 CE1 HD1 .
PRV HD1 CD1 . .
PRV C CA . END
PRV O C . .
PRV OXT C . .
PRV CG CD1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PRV O C deloc 1.250 0.020
PRV C CA single 1.500 0.020
PRV CA N single 1.450 0.020
PRV O1 N1 single 1.400 0.020
PRV O2 N1 double 1.220 0.020
PRV N1 CD2 single 1.400 0.020
PRV CG CA single 1.480 0.020
PRV CG CD1 double 1.390 0.020
PRV CD2 CG single 1.487 0.020
PRV CE1 CZ double 1.390 0.020
PRV CZ CE2 single 1.390 0.020
PRV CD1 CE1 single 1.390 0.020
PRV CE2 CD2 double 1.390 0.020
PRV OXT C deloc 1.250 0.020
PRV HA CA single 1.099 0.020
PRV HZ CZ single 1.083 0.020
PRV HD1 CD1 single 1.083 0.020
PRV HE1 CE1 single 1.083 0.020
PRV HE2 CE2 single 1.083 0.020
PRV HN1 N single 1.010 0.020
PRV HN2 N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PRV HN1 N HN2 120.000 3.000
PRV HN1 N CA 120.000 3.000
PRV HN2 N CA 120.000 3.000
PRV N CA HA 109.470 3.000
PRV N CA CG 109.470 3.000
PRV N CA C 109.470 3.000
PRV HA CA CG 109.470 3.000
PRV HA CA C 108.810 3.000
PRV CG CA C 109.500 3.000
PRV CA CG CD2 120.000 3.000
PRV CA CG CD1 120.000 3.000
PRV CD2 CG CD1 120.000 3.000
PRV CG CD2 N1 120.000 3.000
PRV CG CD2 CE2 120.000 3.000
PRV N1 CD2 CE2 120.000 3.000
PRV CD2 N1 O2 120.000 3.000
PRV CD2 N1 O1 120.000 3.000
PRV O2 N1 O1 120.000 3.000
PRV CD2 CE2 HE2 120.000 3.000
PRV CD2 CE2 CZ 120.000 3.000
PRV HE2 CE2 CZ 120.000 3.000
PRV CE2 CZ HZ 120.000 3.000
PRV CE2 CZ CE1 120.000 3.000
PRV HZ CZ CE1 120.000 3.000
PRV CZ CE1 HE1 120.000 3.000
PRV CZ CE1 CD1 120.000 3.000
PRV HE1 CE1 CD1 120.000 3.000
PRV CE1 CD1 HD1 120.000 3.000
PRV CE1 CD1 CG 120.000 3.000
PRV HD1 CD1 CG 120.000 3.000
PRV CA C O 118.500 3.000
PRV CA C OXT 118.500 3.000
PRV O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PRV var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
PRV var_2 N CA CG CD2 159.730 20.000 1
PRV CONST_1 CA CG CD1 CE1 180.000 0.000 0
PRV CONST_2 CA CG CD2 CE2 180.000 0.000 0
PRV var_3 CG CD2 N1 O1 179.979 20.000 1
PRV CONST_3 CG CD2 CE2 CZ 0.000 0.000 0
PRV CONST_4 CD2 CE2 CZ CE1 0.000 0.000 0
PRV CONST_5 CE2 CZ CE1 CD1 0.000 0.000 0
PRV CONST_6 CZ CE1 CD1 CG 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PRV chir_01 CA C N CG positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
PRV plan-1 C 0.020
PRV plan-1 O 0.020
PRV plan-1 CA 0.020
PRV plan-1 OXT 0.020
PRV plan-2 N 0.020
PRV plan-2 CA 0.020
PRV plan-2 HN1 0.020
PRV plan-2 HN2 0.020
PRV plan-3 N1 0.020
PRV plan-3 O1 0.020
PRV plan-3 O2 0.020
PRV plan-3 CD2 0.020
PRV plan-4 CG 0.020
PRV plan-4 CA 0.020
PRV plan-4 CD1 0.020
PRV plan-4 CD2 0.020
PRV plan-4 CZ 0.020
PRV plan-4 CE1 0.020
PRV plan-4 CE2 0.020
PRV plan-4 HZ 0.020
PRV plan-4 HD1 0.020
PRV plan-4 N1 0.020
PRV plan-4 HE1 0.020
PRV plan-4 HE2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
