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204
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
PSV PSV 'alpha-D-psicofuranose ' non-polymer 24 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_PSV
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
PSV O6 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
PSV HO6 H H 0.000 0.781 0.151 0.550
PSV C6 C CH2 0.000 -1.178 0.274 0.761
PSV H6 H H 0.000 -1.162 1.314 1.094
PSV H6A H H 0.000 -1.210 -0.385 1.631
PSV C5 C CH1 0.000 -2.413 0.033 -0.108
PSV H5 H H 0.000 -2.332 0.583 -1.056
PSV C4 C CH1 0.000 -3.702 0.442 0.651
PSV H4 H H 0.000 -3.627 0.184 1.716
PSV O4 O OH1 0.000 -3.975 1.834 0.482
PSV HO4 H H 0.000 -3.291 2.352 0.927
PSV C3 C CH1 0.000 -4.779 -0.422 -0.050
PSV H3 H H 0.000 -5.490 -0.822 0.687
PSV O3 O OH1 0.000 -5.466 0.340 -1.045
PSV HO3 H H 0.000 -5.961 1.053 -0.620
PSV O5 O O2 0.000 -2.598 -1.380 -0.352
PSV C2 C CT 0.000 -3.980 -1.566 -0.702
PSV O2 O OH1 0.000 -4.132 -1.517 -2.123
PSV HO2 H H 0.000 -3.624 -2.234 -2.526
PSV C1 C CH2 0.000 -4.474 -2.914 -0.173
PSV H1 H H 0.000 -5.531 -3.034 -0.417
PSV H1A H H 0.000 -4.345 -2.948 0.910
PSV O1 O OH1 0.000 -3.721 -3.968 -0.778
PSV HO1 H H 0.000 -4.034 -4.819 -0.443
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
PSV O6 n/a C6 START
PSV HO6 O6 . .
PSV C6 O6 C5 .
PSV H6 C6 . .
PSV H6A C6 . .
PSV C5 C6 O5 .
PSV H5 C5 . .
PSV C4 C5 C3 .
PSV H4 C4 . .
PSV O4 C4 HO4 .
PSV HO4 O4 . .
PSV C3 C4 O3 .
PSV H3 C3 . .
PSV O3 C3 HO3 .
PSV HO3 O3 . .
PSV O5 C5 C2 .
PSV C2 O5 C1 .
PSV O2 C2 HO2 .
PSV HO2 O2 . .
PSV C1 C2 O1 .
PSV H1 C1 . .
PSV H1A C1 . .
PSV O1 C1 HO1 .
PSV HO1 O1 . END
PSV C2 C3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
PSV C1 C2 single 1.524 0.020
PSV O1 C1 single 1.432 0.020
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PSV H1A C1 single 1.092 0.020
PSV HO1 O1 single 0.967 0.020
PSV C2 O5 single 1.426 0.020
PSV C2 C3 single 1.524 0.020
PSV O2 C2 single 1.432 0.020
PSV HO2 O2 single 0.967 0.020
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PSV H3 C3 single 1.099 0.020
PSV HO3 O3 single 0.967 0.020
PSV O4 C4 single 1.432 0.020
PSV C4 C5 single 1.524 0.020
PSV H4 C4 single 1.099 0.020
PSV HO4 O4 single 0.967 0.020
PSV C5 C6 single 1.524 0.020
PSV O5 C5 single 1.426 0.020
PSV H5 C5 single 1.099 0.020
PSV C6 O6 single 1.432 0.020
PSV H6 C6 single 1.092 0.020
PSV H6A C6 single 1.092 0.020
PSV HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
PSV HO6 O6 C6 109.470 3.000
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PSV O6 C6 H6A 109.470 3.000
PSV O6 C6 C5 109.470 3.000
PSV H6 C6 H6A 107.900 3.000
PSV H6 C6 C5 109.470 3.000
PSV H6A C6 C5 109.470 3.000
PSV C6 C5 H5 108.340 3.000
PSV C6 C5 C4 111.000 3.000
PSV C6 C5 O5 109.470 3.000
PSV H5 C5 C4 108.340 3.000
PSV H5 C5 O5 109.470 3.000
PSV C4 C5 O5 109.470 3.000
PSV C5 C4 H4 108.340 3.000
PSV C5 C4 O4 109.470 3.000
PSV C5 C4 C3 111.000 3.000
PSV H4 C4 O4 109.470 3.000
PSV H4 C4 C3 108.340 3.000
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PSV C4 O4 HO4 109.470 3.000
PSV C4 C3 H3 108.340 3.000
PSV C4 C3 O3 109.470 3.000
PSV C4 C3 C2 111.000 3.000
PSV H3 C3 O3 109.470 3.000
PSV H3 C3 C2 108.340 3.000
PSV O3 C3 C2 109.470 3.000
PSV C3 O3 HO3 109.470 3.000
PSV C5 O5 C2 111.800 3.000
PSV O5 C2 O2 109.470 3.000
PSV O5 C2 C1 109.470 3.000
PSV O5 C2 C3 109.470 3.000
PSV O2 C2 C1 109.470 3.000
PSV O2 C2 C3 109.470 3.000
PSV C1 C2 C3 111.000 3.000
PSV C2 O2 HO2 109.470 3.000
PSV C2 C1 H1 109.470 3.000
PSV C2 C1 H1A 109.470 3.000
PSV C2 C1 O1 109.470 3.000
PSV H1 C1 H1A 107.900 3.000
PSV H1 C1 O1 109.470 3.000
PSV H1A C1 O1 109.470 3.000
PSV C1 O1 HO1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
PSV var_1 HO6 O6 C6 C5 -179.952 20.000 1
PSV var_2 O6 C6 C5 O5 70.841 20.000 3
PSV var_3 C6 C5 C4 C3 -150.000 20.000 3
PSV var_4 C5 C4 O4 HO4 -67.237 20.000 1
PSV var_5 C5 C4 C3 O3 -90.000 20.000 3
PSV var_6 C4 C3 O3 HO3 -65.141 20.000 1
PSV var_7 C6 C5 O5 C2 150.000 20.000 1
PSV var_8 C5 O5 C2 C1 -150.000 20.000 1
PSV var_9 O5 C2 C3 C4 0.000 20.000 1
PSV var_10 O5 C2 O2 HO2 61.744 20.000 1
PSV var_11 O5 C2 C1 O1 -61.628 20.000 1
PSV var_12 C2 C1 O1 HO1 -179.992 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
PSV chir_01 C2 C1 O2 C3 negativ
PSV chir_02 C3 C2 O3 C4 positiv
PSV chir_03 C4 C3 O4 C5 positiv
PSV chir_04 C5 C4 O5 C6 positiv
# ------------------------------------------------------
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