1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
RDD RDD '1-beta-D-ribofuranosyl-1,3,5-triazin' non-polymer 29 18 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_RDD
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
RDD O2 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
RDD C2 C CR6 0.000 -1.061 0.183 0.565
RDD N1 N NR6 0.000 -2.218 0.016 -0.105
RDD C6 C CR6 0.000 -3.394 0.214 0.523
RDD O6 O O 0.000 -4.438 0.063 -0.081
RDD N5 N NR16 0.000 -3.413 0.578 1.820
RDD HN5 H H 0.000 -4.321 0.726 2.306
RDD C4 C CR6 0.000 -2.255 0.751 2.488
RDD N3 N NR16 0.000 -1.078 0.548 1.862
RDD HN3 H H 0.000 -0.185 0.674 2.379
RDD O4 O O 0.000 -2.272 1.080 3.658
RDD "C1'" C CH1 0.000 -2.198 -0.380 -1.515
RDD "H1'" H H 0.000 -1.165 -0.425 -1.885
RDD "C2'" C CH1 0.000 -2.896 -1.746 -1.700
RDD "H2'" H H 0.000 -3.609 -1.928 -0.884
RDD "O2'" O OH1 0.000 -1.931 -2.797 -1.765
RDD "HO2'" H H 0.000 -2.384 -3.643 -1.881
RDD "C3'" C CH1 0.000 -3.639 -1.608 -3.048
RDD "H3'" H H 0.000 -4.723 -1.721 -2.904
RDD "O3'" O OH1 0.000 -3.155 -2.570 -3.987
RDD "HO3'" H H 0.000 -3.585 -2.431 -4.842
RDD "C4'" C CH1 0.000 -3.301 -0.176 -3.518
RDD "H4'" H H 0.000 -2.438 -0.190 -4.198
RDD "O4'" O O2 0.000 -2.976 0.542 -2.307
RDD "C5'" C CH2 0.000 -4.512 0.458 -4.205
RDD "H5'" H H 0.000 -5.338 0.530 -3.493
RDD "H5'A" H H 0.000 -4.816 -0.161 -5.051
RDD "O5'" O OH1 0.000 -4.167 1.764 -4.668
RDD "HO5'" H H 0.000 -4.933 2.164 -5.102
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
RDD O2 n/a C2 START
RDD C2 O2 N1 .
RDD N1 C2 "C1'" .
RDD C6 N1 N5 .
RDD O6 C6 . .
RDD N5 C6 C4 .
RDD HN5 N5 . .
RDD C4 N5 O4 .
RDD N3 C4 HN3 .
RDD HN3 N3 . .
RDD O4 C4 . .
RDD "C1'" N1 "C2'" .
RDD "H1'" "C1'" . .
RDD "C2'" "C1'" "C3'" .
RDD "H2'" "C2'" . .
RDD "O2'" "C2'" "HO2'" .
RDD "HO2'" "O2'" . .
RDD "C3'" "C2'" "C4'" .
RDD "H3'" "C3'" . .
RDD "O3'" "C3'" "HO3'" .
RDD "HO3'" "O3'" . .
RDD "C4'" "C3'" "C5'" .
RDD "H4'" "C4'" . .
RDD "O4'" "C4'" . .
RDD "C5'" "C4'" "O5'" .
RDD "H5'" "C5'" . .
RDD "H5'A" "C5'" . .
RDD "O5'" "C5'" "HO5'" .
RDD "HO5'" "O5'" . END
RDD C2 N3 . ADD
RDD "C1'" "O4'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
RDD C2 N3 single 1.337 0.020
RDD C2 O2 double 1.250 0.020
RDD N1 C2 single 1.410 0.020
RDD O6 C6 double 1.250 0.020
RDD N5 C6 single 1.337 0.020
RDD C6 N1 single 1.410 0.020
RDD C4 N5 single 1.337 0.020
RDD O4 C4 double 1.250 0.020
RDD N3 C4 single 1.337 0.020
RDD "C1'" N1 single 1.465 0.020
RDD "C1'" "O4'" single 1.426 0.020
RDD "C2'" "C1'" single 1.524 0.020
RDD "O4'" "C4'" single 1.426 0.020
RDD "C5'" "C4'" single 1.524 0.020
RDD "C4'" "C3'" single 1.524 0.020
RDD "O5'" "C5'" single 1.432 0.020
RDD "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
RDD "C3'" "C2'" single 1.524 0.020
RDD "O2'" "C2'" single 1.432 0.020
RDD HN5 N5 single 1.040 0.020
RDD HN3 N3 single 1.040 0.020
RDD "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
RDD "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
RDD "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
RDD "H5'A" "C5'" single 1.092 0.020
RDD "HO5'" "O5'" single 0.967 0.020
RDD "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
RDD "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
RDD "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
RDD "HO2'" "O2'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
RDD O2 C2 N1 120.000 3.000
RDD O2 C2 N3 120.000 3.000
RDD N1 C2 N3 120.000 3.000
RDD C2 N1 C6 120.000 3.000
RDD C2 N1 "C1'" 120.000 3.000
RDD C6 N1 "C1'" 120.000 3.000
RDD N1 C6 O6 120.000 3.000
RDD N1 C6 N5 120.000 3.000
RDD O6 C6 N5 120.000 3.000
RDD C6 N5 HN5 120.000 3.000
RDD C6 N5 C4 120.000 3.000
RDD HN5 N5 C4 120.000 3.000
RDD N5 C4 N3 120.000 3.000
RDD N5 C4 O4 120.000 3.000
RDD N3 C4 O4 120.000 3.000
RDD C4 N3 HN3 120.000 3.000
RDD C4 N3 C2 120.000 3.000
RDD HN3 N3 C2 120.000 3.000
RDD N1 "C1'" "H1'" 109.470 3.000
RDD N1 "C1'" "C2'" 109.470 3.000
RDD N1 "C1'" "O4'" 109.470 3.000
RDD "H1'" "C1'" "C2'" 108.340 3.000
RDD "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
RDD "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
RDD "C1'" "C2'" "H2'" 108.340 3.000
RDD "C1'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
RDD "C1'" "C2'" "C3'" 111.000 3.000
RDD "H2'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
RDD "H2'" "C2'" "C3'" 108.340 3.000
RDD "O2'" "C2'" "C3'" 109.470 3.000
RDD "C2'" "O2'" "HO2'" 109.470 3.000
RDD "C2'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
RDD "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
RDD "C2'" "C3'" "C4'" 111.000 3.000
RDD "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
RDD "H3'" "C3'" "C4'" 108.340 3.000
RDD "O3'" "C3'" "C4'" 109.470 3.000
RDD "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
RDD "C3'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
RDD "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
RDD "C3'" "C4'" "C5'" 111.000 3.000
RDD "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
RDD "H4'" "C4'" "C5'" 108.340 3.000
RDD "O4'" "C4'" "C5'" 109.470 3.000
RDD "C4'" "O4'" "C1'" 111.800 3.000
RDD "C4'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
RDD "C4'" "C5'" "H5'A" 109.470 3.000
RDD "C4'" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
RDD "H5'" "C5'" "H5'A" 107.900 3.000
RDD "H5'" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
RDD "H5'A" "C5'" "O5'" 109.470 3.000
RDD "C5'" "O5'" "HO5'" 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
RDD CONST_1 O2 C2 N3 C4 180.000 0.000 0
RDD CONST_2 O2 C2 N1 "C1'" 0.000 0.000 0
RDD CONST_3 C2 N1 C6 N5 0.000 0.000 0
RDD CONST_4 N1 C6 N5 C4 0.000 0.000 0
RDD CONST_5 C6 N5 C4 O4 180.000 0.000 0
RDD CONST_6 N5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
RDD var_1 C2 N1 "C1'" "C2'" 118.133 20.000 1
RDD var_2 N1 "C1'" "O4'" "C4'" -150.000 20.000 1
RDD var_3 N1 "C1'" "C2'" "C3'" 150.000 20.000 3
RDD var_4 "C1'" "C2'" "O2'" "HO2'" -179.998 20.000 1
RDD var_5 "C1'" "C2'" "C3'" "C4'" 0.000 20.000 3
RDD var_6 "C2'" "C3'" "O3'" "HO3'" -176.098 20.000 1
RDD var_7 "C2'" "C3'" "C4'" "C5'" -150.000 20.000 3
RDD var_8 "C3'" "C4'" "O4'" "C1'" 30.000 20.000 1
RDD var_9 "C3'" "C4'" "C5'" "O5'" -178.185 20.000 3
RDD var_10 "C4'" "C5'" "O5'" "HO5'" -179.998 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
RDD chir_01 "C1'" N1 "O4'" "C2'" positiv
RDD chir_02 "C4'" "O4'" "C5'" "C3'" positiv
RDD chir_03 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
RDD chir_04 "C2'" "C1'" "C3'" "O2'" negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
RDD plan-1 C2 0.020
RDD plan-1 N3 0.020
RDD plan-1 O2 0.020
RDD plan-1 N1 0.020
RDD plan-1 C6 0.020
RDD plan-1 C4 0.020
RDD plan-1 N5 0.020
RDD plan-1 O6 0.020
RDD plan-1 O4 0.020
RDD plan-1 HN5 0.020
RDD plan-1 HN3 0.020
RDD plan-1 "C1'" 0.020
# ------------------------------------------------------
|
