1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
RO2 RO2 '3-[5-[5-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-1H' non-polymer 55 32 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_RO2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
RO2 O3 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
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RO2 C2 C CR6 0.000 -3.556 -0.695 -0.418
RO2 C6 C CR16 0.000 -3.580 -1.091 -1.757
RO2 H6 H H 0.000 -4.516 -1.377 -2.220
RO2 C5 C CR16 0.000 -2.411 -1.117 -2.489
RO2 H5 H H 0.000 -2.431 -1.424 -3.528
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RO2 H1 H H 0.000 -0.299 -0.777 -2.481
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RO2 H13 H H 0.000 -8.843 0.265 0.235
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RO2 N6 N NT 0.000 -17.585 1.190 -0.752
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RO2 C21 C CH2 0.000 -15.820 -0.207 0.213
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RO2 H211 H H 0.000 -15.470 -1.236 0.313
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
RO2 O3 n/a C3 START
RO2 HO3 O3 . .
RO2 C3 O3 C4 .
RO2 C4 C3 C2 .
RO2 H4 C4 . .
RO2 C2 C4 C7 .
RO2 C6 C2 C5 .
RO2 H6 C6 . .
RO2 C5 C6 C1 .
RO2 H5 C5 . .
RO2 C1 C5 H1 .
RO2 H1 C1 . .
RO2 C7 C2 N2 .
RO2 N2 C7 C9 .
RO2 C9 N2 C10 .
RO2 C10 C9 C11 .
RO2 H10 C10 . .
RO2 C11 C10 C12 .
RO2 H11 C11 . .
RO2 C12 C11 C14 .
RO2 C13 C12 C8 .
RO2 H13 C13 . .
RO2 C8 C13 N1 .
RO2 N1 C8 HN1 .
RO2 HN1 N1 . .
RO2 C14 C12 N4 .
RO2 N4 C14 C16 .
RO2 HN4 N4 . .
RO2 C16 N4 C17 .
RO2 C17 C16 C18 .
RO2 H17 C17 . .
RO2 C18 C17 C19 .
RO2 H18 C18 . .
RO2 C19 C18 N5 .
RO2 N7 C19 C15 .
RO2 C15 N7 N3 .
RO2 N3 C15 . .
RO2 N5 C19 C24 .
RO2 C24 N5 C23 .
RO2 H241 C24 . .
RO2 H242 C24 . .
RO2 C23 C24 N6 .
RO2 H231 C23 . .
RO2 H232 C23 . .
RO2 N6 C23 C22 .
RO2 C25 N6 H253 .
RO2 H251 C25 . .
RO2 H252 C25 . .
RO2 H253 C25 . .
RO2 C22 N6 C21 .
RO2 H221 C22 . .
RO2 H222 C22 . .
RO2 C21 C22 H211 .
RO2 H212 C21 . .
RO2 H211 C21 . END
RO2 C1 C3 . ADD
RO2 C7 N1 . ADD
RO2 C8 C9 . ADD
RO2 C14 N3 . ADD
RO2 C15 C16 . ADD
RO2 N5 C21 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
RO2 C1 C3 double 1.390 0.020
RO2 C1 C5 single 1.390 0.020
RO2 H1 C1 single 1.083 0.020
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RO2 C4 C3 single 1.390 0.020
RO2 HO3 O3 single 0.967 0.020
RO2 C2 C4 double 1.390 0.020
RO2 H4 C4 single 1.083 0.020
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RO2 C7 N1 single 1.340 0.020
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RO2 HN1 N1 single 1.040 0.020
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RO2 H13 C13 single 1.083 0.020
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RO2 C25 N6 single 1.469 0.020
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
RO2 HO3 O3 C3 109.470 3.000
RO2 O3 C3 C4 120.000 3.000
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RO2 C4 C3 C1 120.000 3.000
RO2 C3 C4 H4 120.000 3.000
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RO2 C4 C2 C6 120.000 3.000
RO2 C4 C2 C7 120.000 3.000
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RO2 N2 C7 N1 108.000 3.000
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RO2 H13 C13 C8 120.000 3.000
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RO2 C24 C23 N6 109.470 3.000
RO2 H231 C23 H232 107.900 3.000
RO2 H231 C23 N6 109.470 3.000
RO2 H232 C23 N6 109.470 3.000
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RO2 H251 C25 H253 109.470 3.000
RO2 H252 C25 H253 109.470 3.000
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RO2 N6 C22 C21 109.470 3.000
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RO2 H221 C22 C21 109.470 3.000
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RO2 H211 C21 N5 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
RO2 var_1 HO3 O3 C3 C4 -89.668 20.000 1
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.volume_sign
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loop_
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_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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RO2 plan-2 H13 0.020
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