1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
RO4 RO4 '"[[1-[N-HYDROXY-ACETAMIDYL]-3-METHYL' non-polymer 63 28 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_RO4
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
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RO4 HO2 H H 0.000 -13.566 2.834 -1.445
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
RO4 O29 n/a C28 START
RO4 C28 O29 C14 .
RO4 O30 C28 C31 .
RO4 C31 O30 C32 .
RO4 H311 C31 . .
RO4 H312 C31 . .
RO4 C32 C31 H321 .
RO4 H323 C32 . .
RO4 H322 C32 . .
RO4 H321 C32 . .
RO4 C14 C28 N7 .
RO4 H14 C14 . .
RO4 C27 C14 H271 .
RO4 H273 C27 . .
RO4 H272 C27 . .
RO4 H271 C27 . .
RO4 N7 C14 C13 .
RO4 HN7 N7 . .
RO4 C13 N7 C12 .
RO4 O4 C13 . .
RO4 C12 C13 N5 .
RO4 H12 C12 . .
RO4 C19 C12 C20 .
RO4 H191 C19 . .
RO4 H192 C19 . .
RO4 C20 C19 C21 .
RO4 H20 C20 . .
RO4 C22 C20 H221 .
RO4 H223 C22 . .
RO4 H222 C22 . .
RO4 H221 C22 . .
RO4 C21 C20 H211 .
RO4 H213 C21 . .
RO4 H212 C21 . .
RO4 H211 C21 . .
RO4 N5 C12 C11 .
RO4 HN5 N5 . .
RO4 C11 N5 C10 .
RO4 O3 C11 . .
RO4 C10 C11 C9 .
RO4 H10 C10 . .
RO4 C15 C10 C16 .
RO4 H151 C15 . .
RO4 H152 C15 . .
RO4 C16 C15 C17 .
RO4 H16 C16 . .
RO4 C18 C16 H181 .
RO4 H183 C18 . .
RO4 H182 C18 . .
RO4 H181 C18 . .
RO4 C17 C16 H171 .
RO4 H173 C17 . .
RO4 H172 C17 . .
RO4 H171 C17 . .
RO4 C9 C10 C8 .
RO4 H91 C9 . .
RO4 H92 C9 . .
RO4 C8 C9 N6 .
RO4 O1 C8 . .
RO4 N6 C8 O2 .
RO4 HN6 N6 . .
RO4 O2 N6 HO2 .
RO4 HO2 O2 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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RO4 C31 O30 single 1.426 0.020
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RO4 HN5 N5 single 1.010 0.020
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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RO4 H20 C20 C21 108.340 3.000
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RO4 C20 C21 H211 109.470 3.000
RO4 H213 C21 H212 109.470 3.000
RO4 H213 C21 H211 109.470 3.000
RO4 H212 C21 H211 109.470 3.000
RO4 C12 N5 HN5 118.500 3.000
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RO4 H10 C10 C9 108.340 3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.volume_sign
RO4 chir_01 C10 C11 C9 C15 negativ
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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