1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
RO6 RO6 '3-(2-chlorophenyl)-7-[(trans-4-hydro' non-polymer 46 26 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_RO6
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
RO6 CL26 CL CL 0.000 0.000 0.000 0.000
RO6 C25 C CR6 0.000 0.135 -0.997 -1.414
RO6 C24 C CR16 0.000 1.356 -1.140 -2.047
RO6 H24 H H 0.000 2.230 -0.633 -1.657
RO6 C23 C CR16 0.000 1.461 -1.930 -3.177
RO6 H23 H H 0.000 2.418 -2.038 -3.673
RO6 C22 C CR16 0.000 0.349 -2.582 -3.675
RO6 H22 H H 0.000 0.436 -3.199 -4.561
RO6 C21 C CR16 0.000 -0.873 -2.448 -3.045
RO6 H21 H H 0.000 -1.743 -2.960 -3.436
RO6 C20 C CR6 0.000 -0.984 -1.657 -1.910
RO6 N17 N NR6 0.000 -2.220 -1.519 -1.269
RO6 C16 C CR6 0.000 -2.579 -2.368 -0.288
RO6 O19 O O 0.000 -1.804 -3.251 0.024
RO6 N15 N NR16 0.000 -3.748 -2.286 0.361
RO6 HN15 H H 0.000 -3.950 -2.982 1.107
RO6 C18 C CH2 0.000 -3.149 -0.442 -1.660
RO6 H18 H H 0.000 -3.344 -0.591 -2.724
RO6 H18A H H 0.000 -2.598 0.490 -1.518
RO6 C14 C CR66 0.000 -4.458 -0.373 -0.912
RO6 C12 C CR66 0.000 -4.699 -1.320 0.085
RO6 N11 N NRD6 0.000 -5.848 -1.267 0.747
RO6 C13 C CR16 0.000 -5.405 0.584 -1.182
RO6 H13 H H 0.000 -5.234 1.329 -1.948
RO6 N10 N NRD6 0.000 -6.535 0.575 -0.483
RO6 C1 C CR6 0.000 -6.742 -0.330 0.462
RO6 N2 N NH1 0.000 -7.930 -0.301 1.169
RO6 HN2 H H 0.000 -8.106 -0.986 1.890
RO6 C3 C CH1 0.000 -8.934 0.724 0.873
RO6 H3 H H 0.000 -8.928 0.943 -0.204
RO6 C8 C CH2 0.000 -10.318 0.216 1.282
RO6 H8 H H 0.000 -10.323 -0.002 2.352
RO6 H8A H H 0.000 -10.550 -0.694 0.725
RO6 C7 C CH2 0.000 -11.366 1.287 0.973
RO6 H7 H H 0.000 -12.354 0.924 1.263
RO6 H7A H H 0.000 -11.360 1.504 -0.098
RO6 C6 C CH1 0.000 -11.039 2.561 1.754
RO6 H6 H H 0.000 -11.046 2.342 2.831
RO6 O9 O OH1 0.000 -12.019 3.562 1.465
RO6 HO9 H H 0.000 -12.893 3.241 1.723
RO6 C5 C CH2 0.000 -9.655 3.070 1.345
RO6 H5 H H 0.000 -9.423 3.980 1.902
RO6 H5A H H 0.000 -9.650 3.288 0.275
RO6 C4 C CH2 0.000 -8.607 1.999 1.654
RO6 H4A H H 0.000 -8.613 1.783 2.725
RO6 H4 H H 0.000 -7.619 2.363 1.363
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
RO6 CL26 n/a C25 START
RO6 C25 CL26 C20 .
RO6 C24 C25 C23 .
RO6 H24 C24 . .
RO6 C23 C24 C22 .
RO6 H23 C23 . .
RO6 C22 C23 C21 .
RO6 H22 C22 . .
RO6 C21 C22 H21 .
RO6 H21 C21 . .
RO6 C20 C25 N17 .
RO6 N17 C20 C18 .
RO6 C16 N17 N15 .
RO6 O19 C16 . .
RO6 N15 C16 HN15 .
RO6 HN15 N15 . .
RO6 C18 N17 C14 .
RO6 H18 C18 . .
RO6 H18A C18 . .
RO6 C14 C18 C13 .
RO6 C12 C14 N11 .
RO6 N11 C12 . .
RO6 C13 C14 N10 .
RO6 H13 C13 . .
RO6 N10 C13 C1 .
RO6 C1 N10 N2 .
RO6 N2 C1 C3 .
RO6 HN2 N2 . .
RO6 C3 N2 C8 .
RO6 H3 C3 . .
RO6 C8 C3 C7 .
RO6 H8 C8 . .
RO6 H8A C8 . .
RO6 C7 C8 C6 .
RO6 H7 C7 . .
RO6 H7A C7 . .
RO6 C6 C7 C5 .
RO6 H6 C6 . .
RO6 O9 C6 HO9 .
RO6 HO9 O9 . .
RO6 C5 C6 C4 .
RO6 H5 C5 . .
RO6 H5A C5 . .
RO6 C4 C5 H4 .
RO6 H4A C4 . .
RO6 H4 C4 . END
RO6 C1 N11 . ADD
RO6 C12 N15 . ADD
RO6 C20 C21 . ADD
RO6 C3 C4 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
RO6 C1 N10 double 1.350 0.020
RO6 N2 C1 single 1.350 0.020
RO6 C1 N11 single 1.350 0.020
RO6 N11 C12 double 1.350 0.020
RO6 C12 C14 single 1.490 0.020
RO6 C12 N15 single 1.337 0.020
RO6 N15 C16 single 1.337 0.020
RO6 HN15 N15 single 1.040 0.020
RO6 C16 N17 single 1.410 0.020
RO6 O19 C16 double 1.250 0.020
RO6 C18 N17 single 1.465 0.020
RO6 N17 C20 single 1.410 0.020
RO6 C20 C21 double 1.390 0.020
RO6 C20 C25 single 1.487 0.020
RO6 C21 C22 single 1.390 0.020
RO6 H21 C21 single 1.083 0.020
RO6 C22 C23 double 1.390 0.020
RO6 H22 C22 single 1.083 0.020
RO6 C23 C24 single 1.390 0.020
RO6 H23 C23 single 1.083 0.020
RO6 C24 C25 double 1.390 0.020
RO6 H24 C24 single 1.083 0.020
RO6 C25 CL26 single 1.795 0.020
RO6 C14 C18 single 1.457 0.020
RO6 H18 C18 single 1.092 0.020
RO6 H18A C18 single 1.092 0.020
RO6 C13 C14 double 1.390 0.020
RO6 N10 C13 single 1.337 0.020
RO6 H13 C13 single 1.083 0.020
RO6 C3 N2 single 1.450 0.020
RO6 HN2 N2 single 1.010 0.020
RO6 C3 C4 single 1.524 0.020
RO6 C8 C3 single 1.524 0.020
RO6 H3 C3 single 1.099 0.020
RO6 C4 C5 single 1.524 0.020
RO6 H4 C4 single 1.092 0.020
RO6 H4A C4 single 1.092 0.020
RO6 C5 C6 single 1.524 0.020
RO6 H5 C5 single 1.092 0.020
RO6 H5A C5 single 1.092 0.020
RO6 O9 C6 single 1.432 0.020
RO6 C6 C7 single 1.524 0.020
RO6 H6 C6 single 1.099 0.020
RO6 HO9 O9 single 0.967 0.020
RO6 C7 C8 single 1.524 0.020
RO6 H7 C7 single 1.092 0.020
RO6 H7A C7 single 1.092 0.020
RO6 H8 C8 single 1.092 0.020
RO6 H8A C8 single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
RO6 CL26 C25 C24 120.000 3.000
RO6 CL26 C25 C20 120.000 3.000
RO6 C24 C25 C20 120.000 3.000
RO6 C25 C24 H24 120.000 3.000
RO6 C25 C24 C23 120.000 3.000
RO6 H24 C24 C23 120.000 3.000
RO6 C24 C23 H23 120.000 3.000
RO6 C24 C23 C22 120.000 3.000
RO6 H23 C23 C22 120.000 3.000
RO6 C23 C22 H22 120.000 3.000
RO6 C23 C22 C21 120.000 3.000
RO6 H22 C22 C21 120.000 3.000
RO6 C22 C21 H21 120.000 3.000
RO6 C22 C21 C20 120.000 3.000
RO6 H21 C21 C20 120.000 3.000
RO6 C25 C20 N17 120.000 3.000
RO6 C25 C20 C21 120.000 3.000
RO6 N17 C20 C21 120.000 3.000
RO6 C20 N17 C16 120.000 3.000
RO6 C20 N17 C18 120.000 3.000
RO6 C16 N17 C18 120.000 3.000
RO6 N17 C16 O19 120.000 3.000
RO6 N17 C16 N15 120.000 3.000
RO6 O19 C16 N15 120.000 3.000
RO6 C16 N15 HN15 120.000 3.000
RO6 C16 N15 C12 120.000 3.000
RO6 HN15 N15 C12 120.000 3.000
RO6 N17 C18 H18 109.470 3.000
RO6 N17 C18 H18A 109.470 3.000
RO6 N17 C18 C14 109.500 3.000
RO6 H18 C18 H18A 107.900 3.000
RO6 H18 C18 C14 109.470 3.000
RO6 H18A C18 C14 109.470 3.000
RO6 C18 C14 C12 120.000 3.000
RO6 C18 C14 C13 120.000 3.000
RO6 C12 C14 C13 120.000 3.000
RO6 C14 C12 N11 120.000 3.000
RO6 C14 C12 N15 120.000 3.000
RO6 N11 C12 N15 120.000 3.000
RO6 C12 N11 C1 120.000 3.000
RO6 C14 C13 H13 120.000 3.000
RO6 C14 C13 N10 120.000 3.000
RO6 H13 C13 N10 120.000 3.000
RO6 C13 N10 C1 120.000 3.000
RO6 N10 C1 N2 120.000 3.000
RO6 N10 C1 N11 120.000 3.000
RO6 N2 C1 N11 120.000 3.000
RO6 C1 N2 HN2 120.000 3.000
RO6 C1 N2 C3 120.000 3.000
RO6 HN2 N2 C3 118.500 3.000
RO6 N2 C3 H3 108.550 3.000
RO6 N2 C3 C8 110.000 3.000
RO6 N2 C3 C4 110.000 3.000
RO6 H3 C3 C8 108.340 3.000
RO6 H3 C3 C4 108.340 3.000
RO6 C8 C3 C4 109.470 3.000
RO6 C3 C8 H8 109.470 3.000
RO6 C3 C8 H8A 109.470 3.000
RO6 C3 C8 C7 111.000 3.000
RO6 H8 C8 H8A 107.900 3.000
RO6 H8 C8 C7 109.470 3.000
RO6 H8A C8 C7 109.470 3.000
RO6 C8 C7 H7 109.470 3.000
RO6 C8 C7 H7A 109.470 3.000
RO6 C8 C7 C6 111.000 3.000
RO6 H7 C7 H7A 107.900 3.000
RO6 H7 C7 C6 109.470 3.000
RO6 H7A C7 C6 109.470 3.000
RO6 C7 C6 H6 108.340 3.000
RO6 C7 C6 O9 109.470 3.000
RO6 C7 C6 C5 109.470 3.000
RO6 H6 C6 O9 109.470 3.000
RO6 H6 C6 C5 108.340 3.000
RO6 O9 C6 C5 109.470 3.000
RO6 C6 O9 HO9 109.470 3.000
RO6 C6 C5 H5 109.470 3.000
RO6 C6 C5 H5A 109.470 3.000
RO6 C6 C5 C4 111.000 3.000
RO6 H5 C5 H5A 107.900 3.000
RO6 H5 C5 C4 109.470 3.000
RO6 H5A C5 C4 109.470 3.000
RO6 C5 C4 H4A 109.470 3.000
RO6 C5 C4 H4 109.470 3.000
RO6 C5 C4 C3 111.000 3.000
RO6 H4A C4 H4 107.900 3.000
RO6 H4A C4 C3 109.470 3.000
RO6 H4 C4 C3 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
RO6 CONST_1 CL26 C25 C24 C23 180.000 0.000 0
RO6 CONST_2 C25 C24 C23 C22 0.000 0.000 0
RO6 CONST_3 C24 C23 C22 C21 0.000 0.000 0
RO6 CONST_4 C23 C22 C21 C20 0.000 0.000 0
RO6 CONST_5 CL26 C25 C20 N17 0.000 0.000 0
RO6 CONST_6 C25 C20 C21 C22 0.000 0.000 0
RO6 CONST_7 C25 C20 N17 C18 180.000 0.000 0
RO6 CONST_8 C20 N17 C16 N15 180.000 0.000 0
RO6 CONST_9 N17 C16 N15 C12 0.000 0.000 0
RO6 CONST_10 C20 N17 C18 C14 180.000 0.000 0
RO6 CONST_11 N17 C18 C14 C13 180.000 0.000 0
RO6 CONST_12 C18 C14 C12 N11 180.000 0.000 0
RO6 CONST_13 C14 C12 N15 C16 0.000 0.000 0
RO6 CONST_14 C14 C12 N11 C1 0.000 0.000 0
RO6 CONST_15 C18 C14 C13 N10 180.000 0.000 0
RO6 CONST_16 C14 C13 N10 C1 0.000 0.000 0
RO6 CONST_17 C13 N10 C1 N2 180.000 0.000 0
RO6 CONST_18 N10 C1 N11 C12 0.000 0.000 0
RO6 var_1 N10 C1 N2 C3 -0.301 20.000 1
RO6 var_2 C1 N2 C3 C8 155.030 20.000 3
RO6 var_3 N2 C3 C4 C5 180.000 20.000 3
RO6 var_4 N2 C3 C8 C7 180.000 20.000 3
RO6 var_5 C3 C8 C7 C6 -60.000 20.000 3
RO6 var_6 C8 C7 C6 C5 60.000 20.000 3
RO6 var_7 C7 C6 O9 HO9 60.023 20.000 1
RO6 var_8 C7 C6 C5 C4 -60.000 20.000 3
RO6 var_9 C6 C5 C4 C3 60.000 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
RO6 chir_01 C3 N2 C4 C8 positiv
RO6 chir_02 C6 C5 O9 C7 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
RO6 plan-1 C1 0.020
RO6 plan-1 N11 0.020
RO6 plan-1 N10 0.020
RO6 plan-1 N2 0.020
RO6 plan-1 C13 0.020
RO6 plan-1 C12 0.020
RO6 plan-1 N15 0.020
RO6 plan-1 C14 0.020
RO6 plan-1 C16 0.020
RO6 plan-1 N17 0.020
RO6 plan-1 C18 0.020
RO6 plan-1 HN15 0.020
RO6 plan-1 O19 0.020
RO6 plan-1 C20 0.020
RO6 plan-1 H13 0.020
RO6 plan-1 HN2 0.020
RO6 plan-2 C20 0.020
RO6 plan-2 N17 0.020
RO6 plan-2 C21 0.020
RO6 plan-2 C25 0.020
RO6 plan-2 C22 0.020
RO6 plan-2 C23 0.020
RO6 plan-2 C24 0.020
RO6 plan-2 H21 0.020
RO6 plan-2 H22 0.020
RO6 plan-2 H23 0.020
RO6 plan-2 H24 0.020
RO6 plan-2 CL26 0.020
RO6 plan-3 N2 0.020
RO6 plan-3 C1 0.020
RO6 plan-3 C3 0.020
RO6 plan-3 HN2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
