1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
S80 S80 'N1-HYDROXY-2-(3-HYDROXY-PROPYL)-3-IS' non-polymer 66 29 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_S80
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
S80 O3 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
S80 C4 C C 0.000 -1.037 -0.586 0.230
S80 C3 C CH1 0.000 -1.532 -0.712 1.647
S80 H3 H H 0.000 -2.253 -1.539 1.712
S80 C14 C CH2 0.000 -2.214 0.592 2.066
S80 H141 H H 0.000 -2.191 1.298 1.232
S80 H142 H H 0.000 -1.684 1.021 2.919
S80 C15 C CH1 0.000 -3.665 0.307 2.455
S80 H15 H H 0.000 -3.689 -0.445 3.256
S80 C16 C CH3 0.000 -4.426 -0.222 1.237
S80 H163 H H 0.000 -3.943 -1.090 0.868
S80 H162 H H 0.000 -5.419 -0.463 1.516
S80 H161 H H 0.000 -4.443 0.520 0.481
S80 C17 C CH3 0.000 -4.325 1.597 2.946
S80 H173 H H 0.000 -3.800 1.965 3.790
S80 H172 H H 0.000 -4.303 2.323 2.175
S80 H171 H H 0.000 -5.331 1.401 3.216
S80 C2 C CH1 0.000 -0.351 -0.991 2.579
S80 H2 H H 0.000 0.370 -0.163 2.515
S80 C11 C CH2 0.000 0.331 -2.295 2.160
S80 H111 H H 0.000 1.133 -2.528 2.864
S80 H112 H H 0.000 0.748 -2.182 1.158
S80 C12 C CH2 0.000 -0.695 -3.430 2.162
S80 H121 H H 0.000 -1.453 -3.235 1.401
S80 H122 H H 0.000 -1.172 -3.488 3.143
S80 C13 C CH2 0.000 0.009 -4.753 1.856
S80 H131 H H 0.000 0.767 -4.945 2.618
S80 H132 H H 0.000 0.486 -4.692 0.876
S80 O5 O OH1 0.000 -0.949 -5.814 1.857
S80 HO5 H H 0.000 -0.504 -6.649 1.663
S80 C1 C C 0.000 -0.848 -1.116 3.996
S80 N1 N NH1 0.000 -0.066 -0.724 5.021
S80 HN1 H H 0.000 0.824 -0.281 4.838
S80 O2 O OH1 0.000 -0.491 -0.932 6.356
S80 HO2 H H 0.000 0.068 -0.652 7.099
S80 O1 O O 0.000 -1.951 -1.569 4.214
S80 N2 N NH1 0.000 -1.743 -1.125 -0.781
S80 HN2 H H 0.000 -2.623 -1.583 -0.593
S80 C5 C CH1 0.000 -1.236 -1.048 -2.153
S80 H5 H H 0.000 -0.137 -1.054 -2.141
S80 C10 C C 0.000 -1.728 0.223 -2.811
S80 O4 O O 0.000 -2.590 0.887 -2.273
S80 C6 C CH2 0.000 -1.746 -2.245 -2.959
S80 H61 H H 0.000 -2.743 -2.014 -3.340
S80 H62 H H 0.000 -1.801 -3.114 -2.301
S80 C7 C CH2 0.000 -0.816 -2.546 -4.121
S80 H71 H H 0.000 -1.147 -3.488 -4.564
S80 H72 H H 0.000 0.187 -2.672 -3.708
S80 C8 C CH2 0.000 -0.794 -1.465 -5.185
S80 H81 H H 0.000 -1.819 -1.268 -5.505
S80 H82 H H 0.000 -0.210 -1.821 -6.036
S80 C9 C CH2 0.000 -0.172 -0.177 -4.640
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S80 N3 N N 0.000 -1.225 0.614 -3.982
S80 C18 C CH2 0.000 -1.715 1.839 -4.615
S80 H181 H H 0.000 -0.913 2.291 -5.203
S80 H182 H H 0.000 -2.039 2.542 -3.844
S80 C19 C CH2 0.000 -2.894 1.504 -5.530
S80 H191 H H 0.000 -2.568 0.803 -6.301
S80 H192 H H 0.000 -3.260 2.418 -6.002
S80 O6 O O2 0.000 -3.942 0.912 -4.759
S80 C20 C CH3 0.000 -5.008 0.623 -5.666
S80 H203 H H 0.000 -5.338 1.520 -6.122
S80 H202 H H 0.000 -4.666 -0.047 -6.412
S80 H201 H H 0.000 -5.812 0.180 -5.137
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
S80 O3 n/a C4 START
S80 C4 O3 N2 .
S80 C3 C4 C2 .
S80 H3 C3 . .
S80 C14 C3 C15 .
S80 H141 C14 . .
S80 H142 C14 . .
S80 C15 C14 C17 .
S80 H15 C15 . .
S80 C16 C15 H161 .
S80 H163 C16 . .
S80 H162 C16 . .
S80 H161 C16 . .
S80 C17 C15 H171 .
S80 H173 C17 . .
S80 H172 C17 . .
S80 H171 C17 . .
S80 C2 C3 C1 .
S80 H2 C2 . .
S80 C11 C2 C12 .
S80 H111 C11 . .
S80 H112 C11 . .
S80 C12 C11 C13 .
S80 H121 C12 . .
S80 H122 C12 . .
S80 C13 C12 O5 .
S80 H131 C13 . .
S80 H132 C13 . .
S80 O5 C13 HO5 .
S80 HO5 O5 . .
S80 C1 C2 O1 .
S80 N1 C1 O2 .
S80 HN1 N1 . .
S80 O2 N1 HO2 .
S80 HO2 O2 . .
S80 O1 C1 . .
S80 N2 C4 C5 .
S80 HN2 N2 . .
S80 C5 N2 C6 .
S80 H5 C5 . .
S80 C10 C5 O4 .
S80 O4 C10 . .
S80 C6 C5 C7 .
S80 H61 C6 . .
S80 H62 C6 . .
S80 C7 C6 C8 .
S80 H71 C7 . .
S80 H72 C7 . .
S80 C8 C7 C9 .
S80 H81 C8 . .
S80 H82 C8 . .
S80 C9 C8 N3 .
S80 H91 C9 . .
S80 H92 C9 . .
S80 N3 C9 C18 .
S80 C18 N3 C19 .
S80 H181 C18 . .
S80 H182 C18 . .
S80 C19 C18 O6 .
S80 H191 C19 . .
S80 H192 C19 . .
S80 O6 C19 C20 .
S80 C20 O6 H201 .
S80 H203 C20 . .
S80 H202 C20 . .
S80 H201 C20 . END
S80 C10 N3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
S80 O4 C10 double 1.220 0.020
S80 C10 N3 single 1.330 0.020
S80 C10 C5 single 1.500 0.020
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S80 C18 N3 single 1.455 0.020
S80 C9 C8 single 1.524 0.020
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S80 H5 C5 single 1.099 0.020
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S80 O1 C1 double 1.220 0.020
S80 N1 C1 single 1.330 0.020
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S80 HN1 N1 single 1.010 0.020
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S80 H201 C20 single 1.059 0.020
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
S80 O3 C4 C3 120.500 3.000
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S80 C4 C3 C14 109.470 3.000
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S80 H3 C3 C14 108.340 3.000
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S80 C14 C3 C2 111.000 3.000
S80 C3 C14 H141 109.470 3.000
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S80 C15 C16 H163 109.470 3.000
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S80 H163 C16 H162 109.470 3.000
S80 H163 C16 H161 109.470 3.000
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S80 C3 C2 H2 108.340 3.000
S80 C3 C2 C11 111.000 3.000
S80 C3 C2 C1 109.470 3.000
S80 H2 C2 C11 108.340 3.000
S80 H2 C2 C1 108.810 3.000
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S80 C2 C11 C12 111.000 3.000
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S80 H111 C11 C12 109.470 3.000
S80 H112 C11 C12 109.470 3.000
S80 C11 C12 H121 109.470 3.000
S80 C11 C12 H122 109.470 3.000
S80 C11 C12 C13 111.000 3.000
S80 H121 C12 H122 107.900 3.000
S80 H121 C12 C13 109.470 3.000
S80 H122 C12 C13 109.470 3.000
S80 C12 C13 H131 109.470 3.000
S80 C12 C13 H132 109.470 3.000
S80 C12 C13 O5 109.470 3.000
S80 H131 C13 H132 107.900 3.000
S80 H131 C13 O5 109.470 3.000
S80 H132 C13 O5 109.470 3.000
S80 C13 O5 HO5 109.470 3.000
S80 C2 C1 N1 116.500 3.000
S80 C2 C1 O1 120.500 3.000
S80 N1 C1 O1 123.000 3.000
S80 C1 N1 HN1 120.000 3.000
S80 C1 N1 O2 120.000 3.000
S80 HN1 N1 O2 120.200 3.000
S80 N1 O2 HO2 120.000 3.000
S80 C4 N2 HN2 120.000 3.000
S80 C4 N2 C5 121.500 3.000
S80 HN2 N2 C5 118.500 3.000
S80 N2 C5 H5 108.550 3.000
S80 N2 C5 C10 111.600 3.000
S80 N2 C5 C6 110.000 3.000
S80 H5 C5 C10 108.810 3.000
S80 H5 C5 C6 108.340 3.000
S80 C10 C5 C6 109.470 3.000
S80 C5 C10 O4 120.500 3.000
S80 C5 C10 N3 116.500 3.000
S80 O4 C10 N3 123.000 3.000
S80 C5 C6 H61 109.470 3.000
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S80 C5 C6 C7 111.000 3.000
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S80 H61 C6 C7 109.470 3.000
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S80 C6 C7 H71 109.470 3.000
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S80 C6 C7 C8 111.000 3.000
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S80 H91 C9 N3 109.470 3.000
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S80 H181 C18 C19 109.470 3.000
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S80 C19 O6 C20 111.800 3.000
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S80 O6 C20 H201 109.470 3.000
S80 H203 C20 H202 109.470 3.000
S80 H203 C20 H201 109.470 3.000
S80 H202 C20 H201 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
S80 var_1 O3 C4 C3 C2 -40.216 20.000 3
S80 var_2 C4 C3 C14 C15 120.856 20.000 3
S80 var_3 C3 C14 C15 C17 176.912 20.000 3
S80 var_4 C14 C15 C16 H161 -62.652 20.000 3
S80 var_5 C14 C15 C17 H171 179.994 20.000 3
S80 var_6 C4 C3 C2 C1 179.993 20.000 3
S80 var_7 C3 C2 C11 C12 -56.326 20.000 3
S80 var_8 C2 C11 C12 C13 -175.379 20.000 3
S80 var_9 C11 C12 C13 O5 -179.972 20.000 3
S80 var_10 C12 C13 O5 HO5 179.991 20.000 1
S80 var_11 C3 C2 C1 O1 32.101 20.000 3
S80 CONST_1 C2 C1 N1 O2 180.000 0.000 0
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S80 CONST_2 O3 C4 N2 C5 0.000 0.000 0
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S80 CONST_3 C5 C10 N3 C9 0.000 0.000 0
S80 var_15 N2 C5 C6 C7 -155.142 20.000 3
S80 var_16 C5 C6 C7 C8 -66.866 20.000 3
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S80 var_19 C8 C9 N3 C18 -108.086 20.000 1
S80 var_20 C9 N3 C18 C19 90.032 20.000 1
S80 var_21 N3 C18 C19 O6 59.937 20.000 3
S80 var_22 C18 C19 O6 C20 -179.977 20.000 1
S80 var_23 C19 O6 C20 H201 -179.994 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
S80 chir_01 C5 C10 C6 N2 positiv
S80 chir_02 C3 C4 C2 C14 negativ
S80 chir_03 C2 C3 C1 C11 negativ
S80 chir_04 C15 C14 C17 C16 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
S80 plan-1 C10 0.020
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S80 plan-3 C4 0.020
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S80 plan-6 HN1 0.020
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