1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
SAM SAM 'S-ADENOSYLMETHIONINE ' non-polymer 50 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_SAM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
SAM OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
SAM C C C 0.000 -0.484 -1.142 0.162
SAM O O OC -0.500 0.088 -1.965 0.911
SAM CA C CH1 0.000 -1.758 -1.527 -0.547
SAM HA H H 0.000 -1.827 -0.981 -1.498
SAM N N NH2 0.000 -1.753 -2.973 -0.811
SAM HN2 H H 0.000 -2.526 -3.551 -0.505
SAM HN1 H H 0.000 -0.976 -3.401 -1.300
SAM CB C CH2 0.000 -2.958 -1.174 0.333
SAM HB1 H H 0.000 -2.911 -0.117 0.604
SAM HB2 H H 0.000 -2.935 -1.782 1.240
SAM CG C CH2 0.000 -4.253 -1.449 -0.435
SAM HG1 H H 0.000 -4.297 -2.506 -0.705
SAM HG2 H H 0.000 -4.273 -0.842 -1.342
SAM SD S ST 1.000 -5.676 -1.029 0.608
SAM HSD H H 0.000 -5.691 0.084 1.140
SAM CE C CH3 0.000 -5.714 -2.485 1.690
SAM HE3 H H 0.000 -5.852 -3.382 1.124
SAM HE2 H H 0.000 -4.800 -2.582 2.238
SAM HE1 H H 0.000 -6.513 -2.419 2.398
SAM "C5'" C CH2 0.000 -7.030 -1.443 -0.525
SAM "H5'1" H H 0.000 -6.971 -2.501 -0.791
SAM "H5'2" H H 0.000 -6.947 -0.836 -1.429
SAM "C4'" C CH1 0.000 -8.370 -1.163 0.157
SAM "H4'" H H 0.000 -8.418 -1.693 1.119
SAM "C3'" C CH1 0.000 -9.527 -1.621 -0.751
SAM "H3'" H H 0.000 -9.139 -2.000 -1.707
SAM "O3'" O OH1 0.000 -10.317 -2.619 -0.102
SAM "HO3'" H H 0.000 -11.070 -2.850 -0.664
SAM "C2'" C CH1 0.000 -10.361 -0.332 -0.977
SAM "H2'" H H 0.000 -10.094 0.146 -1.931
SAM "O2'" O OH1 0.000 -11.761 -0.616 -0.924
SAM "HO2'" H H 0.000 -12.007 -1.165 -1.681
SAM "C1'" C CH1 0.000 -9.928 0.549 0.223
SAM "H1'" H H 0.000 -10.481 0.265 1.129
SAM "O4'" O O2 0.000 -8.524 0.251 0.370
SAM N9 N NR5 0.000 -10.126 1.969 -0.079
SAM C4 C CR56 0.000 -11.266 2.696 0.148
SAM C5 C CR56 0.000 -10.988 4.001 -0.294
SAM N7 N NRD5 0.000 -9.719 4.000 -0.767
SAM C8 C CR15 0.000 -9.211 2.809 -0.642
SAM H8 H H 0.000 -8.210 2.526 -0.942
SAM N3 N NRD6 0.000 -12.460 2.432 0.670
SAM C2 C CR16 0.000 -13.375 3.374 0.762
SAM H2 H H 0.000 -14.339 3.123 1.188
SAM N1 N NRD6 0.000 -13.162 4.612 0.356
SAM C6 C CR6 0.000 -11.997 4.972 -0.173
SAM N6 N NH2 0.000 -11.783 6.271 -0.598
SAM HN62 H H 0.000 -12.516 6.969 -0.510
SAM HN61 H H 0.000 -10.892 6.542 -1.002
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
SAM OXT n/a C START
SAM C OXT CA .
SAM O C . .
SAM CA C CB .
SAM HA CA . .
SAM N CA HN1 .
SAM HN2 N . .
SAM HN1 N . .
SAM CB CA CG .
SAM HB1 CB . .
SAM HB2 CB . .
SAM CG CB SD .
SAM HG1 CG . .
SAM HG2 CG . .
SAM SD CG "C5'" .
SAM HSD SD . .
SAM CE SD HE1 .
SAM HE3 CE . .
SAM HE2 CE . .
SAM HE1 CE . .
SAM "C5'" SD "C4'" .
SAM "H5'1" "C5'" . .
SAM "H5'2" "C5'" . .
SAM "C4'" "C5'" "C3'" .
SAM "H4'" "C4'" . .
SAM "C3'" "C4'" "C2'" .
SAM "H3'" "C3'" . .
SAM "O3'" "C3'" "HO3'" .
SAM "HO3'" "O3'" . .
SAM "C2'" "C3'" "C1'" .
SAM "H2'" "C2'" . .
SAM "O2'" "C2'" "HO2'" .
SAM "HO2'" "O2'" . .
SAM "C1'" "C2'" N9 .
SAM "H1'" "C1'" . .
SAM "O4'" "C1'" . .
SAM N9 "C1'" C4 .
SAM C4 N9 N3 .
SAM C5 C4 N7 .
SAM N7 C5 C8 .
SAM C8 N7 H8 .
SAM H8 C8 . .
SAM N3 C4 C2 .
SAM C2 N3 N1 .
SAM H2 C2 . .
SAM N1 C2 C6 .
SAM C6 N1 N6 .
SAM N6 C6 HN61 .
SAM HN62 N6 . .
SAM HN61 N6 . END
SAM "C4'" "O4'" . ADD
SAM N9 C8 . ADD
SAM C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
SAM N CA single 1.450 0.020
SAM HN1 N single 1.010 0.020
SAM HN2 N single 1.010 0.020
SAM CA C single 1.500 0.020
SAM CB CA single 1.524 0.020
SAM HA CA single 1.099 0.020
SAM O C deloc 1.250 0.020
SAM C OXT deloc 1.250 0.020
SAM CG CB single 1.524 0.020
SAM HB1 CB single 1.092 0.020
SAM HB2 CB single 1.092 0.020
SAM SD CG single 1.662 0.020
SAM HG1 CG single 1.092 0.020
SAM HG2 CG single 1.092 0.020
SAM CE SD single 1.662 0.020
SAM "C5'" SD single 1.662 0.020
SAM HE1 CE single 1.059 0.020
SAM HE2 CE single 1.059 0.020
SAM HE3 CE single 1.059 0.020
SAM "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
SAM "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
SAM "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
SAM "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
SAM "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
SAM "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
SAM "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
SAM "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
SAM "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
SAM "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
SAM "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
SAM "O2'" "C2'" single 1.432 0.020
SAM "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
SAM "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
SAM "HO2'" "O2'" single 0.967 0.020
SAM N9 "C1'" single 1.485 0.020
SAM "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
SAM N9 C8 single 1.337 0.020
SAM C4 N9 single 1.337 0.020
SAM C8 N7 double 1.350 0.020
SAM H8 C8 single 1.083 0.020
SAM N7 C5 single 1.350 0.020
SAM C5 C6 single 1.490 0.020
SAM C5 C4 double 1.490 0.020
SAM N6 C6 single 1.355 0.020
SAM C6 N1 double 1.350 0.020
SAM HN61 N6 single 1.010 0.020
SAM HN62 N6 single 1.010 0.020
SAM N1 C2 single 1.337 0.020
SAM C2 N3 double 1.337 0.020
SAM H2 C2 single 1.083 0.020
SAM N3 C4 single 1.355 0.020
SAM HSD SD single 1.234 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
SAM OXT C O 123.000 3.000
SAM OXT C CA 118.500 3.000
SAM O C CA 118.500 3.000
SAM C CA HA 108.810 3.000
SAM C CA N 109.470 3.000
SAM C CA CB 109.470 3.000
SAM HA CA N 109.470 3.000
SAM HA CA CB 108.340 3.000
SAM N CA CB 109.470 3.000
SAM CA N HN2 120.000 3.000
SAM CA N HN1 120.000 3.000
SAM HN2 N HN1 120.000 3.000
SAM CA CB HB1 109.470 3.000
SAM CA CB HB2 109.470 3.000
SAM CA CB CG 111.000 3.000
SAM HB1 CB HB2 107.900 3.000
SAM HB1 CB CG 109.470 3.000
SAM HB2 CB CG 109.470 3.000
SAM CB CG HG1 109.470 3.000
SAM CB CG HG2 109.470 3.000
SAM CB CG SD 109.500 3.000
SAM HG1 CG HG2 107.900 3.000
SAM HG1 CG SD 109.500 3.000
SAM HG2 CG SD 109.500 3.000
SAM CG SD HSD 109.500 3.000
SAM CG SD CE 109.500 3.000
SAM CG SD "C5'" 109.500 3.000
SAM HSD SD CE 109.500 3.000
SAM HSD SD "C5'" 109.500 3.000
SAM CE SD "C5'" 109.500 3.000
SAM SD CE HE3 109.500 3.000
SAM SD CE HE2 109.500 3.000
SAM SD CE HE1 109.500 3.000
SAM HE3 CE HE2 109.470 3.000
SAM HE3 CE HE1 109.470 3.000
SAM HE2 CE HE1 109.470 3.000
SAM SD "C5'" "H5'1" 109.500 3.000
SAM SD "C5'" "H5'2" 109.500 3.000
SAM SD "C5'" "C4'" 109.500 3.000
SAM "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
SAM "H5'1" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
SAM "H5'2" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
SAM "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
SAM "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
SAM "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
SAM "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
SAM "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
SAM "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
SAM "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
SAM "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
SAM "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
SAM "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
SAM "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
SAM "O3'" "C3'" "C2'" 109.470 3.000
SAM "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
SAM "C3'" "C2'" "H2'" 108.340 3.000
SAM "C3'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
SAM "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
SAM "H2'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
SAM "H2'" "C2'" "C1'" 108.340 3.000
SAM "O2'" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
SAM "C2'" "O2'" "HO2'" 109.470 3.000
SAM "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
SAM "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
SAM "C2'" "C1'" N9 109.470 3.000
SAM "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
SAM "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
SAM "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
SAM "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
SAM "C1'" N9 C4 126.000 3.000
SAM "C1'" N9 C8 126.000 3.000
SAM C4 N9 C8 108.000 3.000
SAM N9 C4 C5 108.000 3.000
SAM N9 C4 N3 132.000 3.000
SAM C5 C4 N3 120.000 3.000
SAM C4 C5 N7 108.000 3.000
SAM C4 C5 C6 120.000 3.000
SAM N7 C5 C6 132.000 3.000
SAM C5 N7 C8 108.000 3.000
SAM N7 C8 H8 126.000 3.000
SAM N7 C8 N9 108.000 3.000
SAM H8 C8 N9 126.000 3.000
SAM C4 N3 C2 120.000 3.000
SAM N3 C2 H2 120.000 3.000
SAM N3 C2 N1 120.000 3.000
SAM H2 C2 N1 120.000 3.000
SAM C2 N1 C6 120.000 3.000
SAM N1 C6 N6 120.000 3.000
SAM N1 C6 C5 120.000 3.000
SAM N6 C6 C5 120.000 3.000
SAM C6 N6 HN62 120.000 3.000
SAM C6 N6 HN61 120.000 3.000
SAM HN62 N6 HN61 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
SAM var_1 OXT C CA CB -90.029 20.000 3
SAM var_2 C CA N HN1 -53.780 20.000 1
SAM var_3 C CA CB CG 175.015 20.000 3
SAM var_4 CA CB CG SD -179.964 20.000 3
SAM var_5 CB CG SD "C5'" -179.999 20.000 1
SAM var_6 CG SD CE HE1 -179.988 20.000 1
SAM var_7 CG SD "C5'" "C4'" -180.000 20.000 1
SAM var_8 SD "C5'" "C4'" "C3'" -175.312 20.000 3
SAM var_9 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
SAM var_10 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -120.000 20.000 3
SAM var_11 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" 176.263 20.000 1
SAM var_12 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" -30.000 20.000 3
SAM var_13 "C3'" "C2'" "O2'" "HO2'" -67.320 20.000 1
SAM var_14 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
SAM var_15 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
SAM var_16 "C2'" "C1'" N9 C4 89.120 20.000 1
SAM CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
SAM CONST_2 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
SAM CONST_3 N9 C4 C5 N7 0.000 0.000 0
SAM CONST_4 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
SAM CONST_5 C4 C5 N7 C8 0.000 0.000 0
SAM CONST_6 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
SAM CONST_7 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
SAM CONST_8 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
SAM CONST_9 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
SAM CONST_10 C2 N1 C6 N6 180.000 0.000 0
SAM CONST_11 N1 C6 N6 HN61 -179.999 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
SAM chir_01 CA N C CB positiv
SAM chir_02 SD CG CE "C5'" positiv
SAM chir_03 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
SAM chir_04 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
SAM chir_05 "C2'" "C3'" "O2'" "C1'" negativ
SAM chir_06 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
SAM plan-1 N 0.020
SAM plan-1 CA 0.020
SAM plan-1 HN1 0.020
SAM plan-1 HN2 0.020
SAM plan-2 C 0.020
SAM plan-2 CA 0.020
SAM plan-2 O 0.020
SAM plan-2 OXT 0.020
SAM plan-3 N9 0.020
SAM plan-3 "C1'" 0.020
SAM plan-3 C8 0.020
SAM plan-3 C4 0.020
SAM plan-3 N7 0.020
SAM plan-3 H8 0.020
SAM plan-3 C5 0.020
SAM plan-3 C6 0.020
SAM plan-3 N1 0.020
SAM plan-3 C2 0.020
SAM plan-3 N3 0.020
SAM plan-3 N6 0.020
SAM plan-3 H2 0.020
SAM plan-3 HN62 0.020
SAM plan-3 HN61 0.020
SAM plan-4 N6 0.020
SAM plan-4 C6 0.020
SAM plan-4 HN61 0.020
SAM plan-4 HN62 0.020
# ------------------------------------------------------
|
