1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
SBG SBG 'O-[(S)-HYDROXY(METHYL)PHOSPHORYL]-L-' non-polymer 20 11 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_SBG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
SBG OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
SBG C C C 0.000 0.049 1.196 -0.363
SBG O O OC -0.500 1.122 1.776 -0.644
SBG CA C CH1 0.000 -1.330 1.812 -0.467
SBG HA H H 0.000 -2.003 1.308 0.240
SBG N N NH2 0.000 -1.208 3.201 -0.095
SBG HN2 H H 0.000 -1.744 3.563 0.679
SBG HN1 H H 0.000 -0.587 3.807 -0.610
SBG CB C CH2 0.000 -1.881 1.656 -1.877
SBG HBC1 H H 0.000 -1.228 2.172 -2.585
SBG HBC2 H H 0.000 -2.883 2.085 -1.928
SBG OG O O2 0.000 -1.938 0.272 -2.204
SBG P1 P P 0.000 -2.484 -0.215 -3.643
SBG O2 O O 0.000 -2.617 -1.703 -3.783
SBG C1 C CH3 0.000 -1.403 0.525 -4.852
SBG H1C3 H H 0.000 -0.460 0.706 -4.411
SBG H1C2 H H 0.000 -1.294 -0.135 -5.670
SBG H1C1 H H 0.000 -1.823 1.437 -5.183
SBG O1 O OH1 0.000 -3.871 0.599 -3.806
SBG H1 H H 0.000 -4.708 0.120 -3.891
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
SBG OXT n/a C START
SBG C OXT CA .
SBG O C . .
SBG CA C CB .
SBG HA CA . .
SBG N CA HN1 .
SBG HN2 N . .
SBG HN1 N . .
SBG CB CA OG .
SBG HBC1 CB . .
SBG HBC2 CB . .
SBG OG CB P1 .
SBG P1 OG O1 .
SBG O2 P1 . .
SBG C1 P1 H1C1 .
SBG H1C3 C1 . .
SBG H1C2 C1 . .
SBG H1C1 C1 . .
SBG O1 P1 H1 .
SBG H1 O1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
SBG N CA single 1.450 0.020
SBG CB CA single 1.524 0.020
SBG OG CB single 1.426 0.020
SBG CA C single 1.500 0.020
SBG O C deloc 1.250 0.020
SBG P1 OG single 1.610 0.020
SBG O2 P1 double 1.480 0.020
SBG O1 P1 single 1.610 0.020
SBG C1 P1 single 1.812 0.020
SBG C OXT deloc 1.250 0.020
SBG HN1 N single 1.010 0.020
SBG HN2 N single 1.010 0.020
SBG HA CA single 1.099 0.020
SBG HBC1 CB single 1.092 0.020
SBG HBC2 CB single 1.092 0.020
SBG H1 O1 single 0.967 0.020
SBG H1C1 C1 single 1.059 0.020
SBG H1C2 C1 single 1.059 0.020
SBG H1C3 C1 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
SBG OXT C O 123.000 3.000
SBG OXT C CA 118.500 3.000
SBG O C CA 118.500 3.000
SBG C CA HA 108.810 3.000
SBG C CA N 109.470 3.000
SBG C CA CB 109.470 3.000
SBG HA CA N 109.470 3.000
SBG HA CA CB 108.340 3.000
SBG N CA CB 109.470 3.000
SBG CA N HN2 120.000 3.000
SBG CA N HN1 120.000 3.000
SBG HN2 N HN1 120.000 3.000
SBG CA CB HBC1 109.470 3.000
SBG CA CB HBC2 109.470 3.000
SBG CA CB OG 109.470 3.000
SBG HBC1 CB HBC2 107.900 3.000
SBG HBC1 CB OG 109.470 3.000
SBG HBC2 CB OG 109.470 3.000
SBG CB OG P1 120.500 3.000
SBG OG P1 O2 109.500 3.000
SBG OG P1 C1 109.500 3.000
SBG OG P1 O1 109.500 3.000
SBG O2 P1 C1 109.500 3.000
SBG O2 P1 O1 109.500 3.000
SBG C1 P1 O1 109.500 3.000
SBG P1 C1 H1C3 109.500 3.000
SBG P1 C1 H1C2 109.500 3.000
SBG P1 C1 H1C1 109.500 3.000
SBG H1C3 C1 H1C2 109.470 3.000
SBG H1C3 C1 H1C1 109.470 3.000
SBG H1C2 C1 H1C1 109.470 3.000
SBG P1 O1 H1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
SBG var_1 OXT C CA CB -91.665 20.000 3
SBG var_2 C CA N HN1 58.741 20.000 1
SBG var_3 C CA CB OG 58.784 20.000 3
SBG var_4 CA CB OG P1 179.995 20.000 1
SBG var_5 CB OG P1 O1 -49.031 20.000 1
SBG var_6 OG P1 C1 H1C1 -93.953 20.000 1
SBG var_7 OG P1 O1 H1 -118.730 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
SBG chir_01 CA N CB C negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
SBG plan-1 N 0.020
SBG plan-1 CA 0.020
SBG plan-1 HN1 0.020
SBG plan-1 HN2 0.020
SBG plan-2 C 0.020
SBG plan-2 CA 0.020
SBG plan-2 O 0.020
SBG plan-2 OXT 0.020
# ------------------------------------------------------
|
