File: SER.cif

package info (click to toggle)
refmac-dictionary 5.41-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid, trixie
  • size: 217,852 kB
file content (108 lines) | stat: -rw-r--r-- 3,626 bytes parent folder | download | duplicates (3)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
SER      SER 'SERINE                              ' L-peptide          11   6 .
#
data_comp_SER
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
 SER           N      N    NH1      -0.204
 SER           H      H    HNH1      0.204
 SER           CA     C    CH1       0.058
 SER           HA     H    HCH1      0.046
 SER           CB     C    CH2      -0.040
 SER           HB3    H    HCH2      0.053
 SER           HB2    H    HCH2      0.053
 SER           OG     O    OH1      -0.448
 SER           HG     H    HOH1      0.302
 SER           C      C    C         0.318
 SER           O      O    O        -0.422
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
 SER      N      n/a    CA     START
 SER      H      N      .      .
 SER      CA     N      C      .
 SER      HA     CA     .      .
 SER      CB     CA     OG     .
 SER      HB3    CB     .      .
 SER      HB2    CB     .      .
 SER      OG     CB     HG     .
 SER      HG     OG     .      .
 SER      C      CA     .      END
 SER      O      C      .      .
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
 SER      N      H         single       0.860    0.020
 SER      N      CA        single       1.458    0.019
 SER      CA     HA        single       0.980    0.020
 SER      CA     CB        single       1.530    0.020
 SER      CB     HB3       single       0.970    0.020
 SER      CB     HB2       single       0.970    0.020
 SER      CB     OG        single       1.417    0.020
 SER      OG     HG        single       0.820    0.020
 SER      CA     C         single       1.525    0.021
 SER      C      O         deloc        1.231    0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 SER      H      N      CA      114.000    3.000
 SER      HA     CA     CB      109.000    3.000
 SER      CB     CA     C       110.100    1.900
 SER      HA     CA     C       109.000    3.000
 SER      N      CA     HA      110.000    3.000
 SER      N      CA     CB      110.500    1.700
 SER      HB3    CB     HB2     110.000    3.000
 SER      HB2    CB     OG      109.000    3.000
 SER      HB3    CB     OG      109.000    3.000
 SER      CA     CB     HB3     109.000    3.000
 SER      CA     CB     HB2     109.000    3.000
 SER      CA     CB     OG      111.100    2.000
 SER      CB     OG     HG      110.000    3.000
 SER      N      CA     C       111.200    2.800
 SER      CA     C      O       120.800    1.700
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 SER      chi1     N      CA     CB     OG       180.000   15.000   3
 SER      hh1      CA     CB     OG     HG       180.000   30.000   2
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 SER      chir_01  CA     N      CB     C         negativ