1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
SGA SGA 'O3-SULFONYLGALACTOSE ' pyranose 28 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_SGA
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
SGA C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
SGA H1 H H 0.000 0.024 -1.099 -0.012
SGA O1 O OH1 0.000 0.937 0.484 0.964
SGA HO1 H H 0.000 1.825 0.182 0.729
SGA O5 O O2 0.000 0.348 0.495 -1.291
SGA C5 C CH1 0.000 -0.496 -0.150 -2.242
SGA H5 H H 0.000 -0.439 -1.238 -2.102
SGA C6 C CH2 0.000 -0.032 0.207 -3.656
SGA H61 H H 0.000 -0.089 1.288 -3.795
SGA H62 H H 0.000 -0.677 -0.288 -4.386
SGA O6 O OH1 0.000 1.317 -0.228 -3.838
SGA HO6 H H 0.000 1.610 -0.003 -4.732
SGA C4 C CH1 0.000 -1.942 0.312 -2.050
SGA H4 H H 0.000 -2.585 -0.172 -2.798
SGA O4 O OH1 0.000 -2.018 1.731 -2.200
SGA HO4 H H 0.000 -1.723 1.976 -3.087
SGA C3 C CH1 0.000 -2.408 -0.081 -0.644
SGA H3 H H 0.000 -2.452 -1.176 -0.562
SGA C2 C CH1 0.000 -1.406 0.472 0.376
SGA H2 H H 0.000 -1.439 1.570 0.366
SGA O2 O OH1 0.000 -1.737 -0.004 1.681
SGA HO2 H H 0.000 -1.099 0.341 2.321
SGA O3 O O2 0.000 -3.701 0.472 -0.393
SGA S S ST 0.000 -4.712 -0.630 -0.669
SGA O1S O OS 0.000 -5.991 -0.029 -0.520
SGA O3S O OH1 0.000 -4.599 -1.645 0.459
SGA HOS3 H H 0.000 -5.169 -2.406 0.438
SGA O2S O OS 0.000 -4.247 -1.296 -1.835
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
SGA C1 n/a O5 START
SGA H1 C1 . .
SGA O1 C1 HO1 .
SGA HO1 O1 . .
SGA O5 C1 . END
SGA C5 O5 C4 .
SGA H5 C5 . .
SGA C6 C5 O6 .
SGA H61 C6 . .
SGA H62 C6 . .
SGA O6 C6 HO6 .
SGA HO6 O6 . .
SGA C4 C5 C3 .
SGA H4 C4 . .
SGA O4 C4 HO4 .
SGA HO4 O4 . .
SGA C3 C4 O3 .
SGA H3 C3 . .
SGA C2 C3 O2 .
SGA H2 C2 . .
SGA O2 C2 HO2 .
SGA HO2 O2 . .
SGA O3 C3 S .
SGA S O3 O2S .
SGA O1S S . .
SGA O3S S HOS3 .
SGA HOS3 O3S . .
SGA O2S S . .
SGA C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
SGA C1 C2 single 1.524 0.020
SGA O1 C1 single 1.432 0.020
SGA O5 C1 single 1.426 0.020
SGA H1 C1 single 1.099 0.020
SGA C2 C3 single 1.524 0.020
SGA O2 C2 single 1.432 0.020
SGA H2 C2 single 1.099 0.020
SGA C3 C4 single 1.524 0.020
SGA O3 C3 single 1.426 0.020
SGA H3 C3 single 1.099 0.020
SGA C4 C5 single 1.524 0.020
SGA O4 C4 single 1.432 0.020
SGA H4 C4 single 1.099 0.020
SGA C6 C5 single 1.524 0.020
SGA C5 O5 single 1.426 0.020
SGA H5 C5 single 1.099 0.020
SGA O6 C6 single 1.432 0.020
SGA H61 C6 single 1.092 0.020
SGA H62 C6 single 1.092 0.020
SGA HO1 O1 single 0.967 0.020
SGA HO2 O2 single 0.967 0.020
SGA S O3 single 1.535 0.020
SGA HO4 O4 single 0.967 0.020
SGA HO6 O6 single 0.967 0.020
SGA O1S S double 1.436 0.020
SGA O2S S double 1.436 0.020
SGA O3S S single 1.635 0.020
SGA HOS3 O3S single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
SGA H1 C1 O1 109.470 3.000
SGA H1 C1 O5 109.470 3.000
SGA O1 C1 O5 109.470 3.000
SGA H1 C1 C2 108.340 3.000
SGA O1 C1 C2 109.470 3.000
SGA O5 C1 C2 109.470 3.000
SGA C1 O1 HO1 109.470 3.000
SGA C1 O5 C5 111.800 3.000
SGA O5 C5 H5 109.470 3.000
SGA O5 C5 C6 109.470 3.000
SGA O5 C5 C4 109.470 3.000
SGA H5 C5 C6 108.340 3.000
SGA H5 C5 C4 108.340 3.000
SGA C6 C5 C4 111.000 3.000
SGA C5 C6 H61 109.470 3.000
SGA C5 C6 H62 109.470 3.000
SGA C5 C6 O6 109.470 3.000
SGA H61 C6 H62 107.900 3.000
SGA H61 C6 O6 109.470 3.000
SGA H62 C6 O6 109.470 3.000
SGA C6 O6 HO6 109.470 3.000
SGA C5 C4 H4 108.340 3.000
SGA C5 C4 O4 109.470 3.000
SGA C5 C4 C3 111.000 3.000
SGA H4 C4 O4 109.470 3.000
SGA H4 C4 C3 108.340 3.000
SGA O4 C4 C3 109.470 3.000
SGA C4 O4 HO4 109.470 3.000
SGA C4 C3 H3 108.340 3.000
SGA C4 C3 C2 111.000 3.000
SGA C4 C3 O3 109.470 3.000
SGA H3 C3 C2 108.340 3.000
SGA H3 C3 O3 109.470 3.000
SGA C2 C3 O3 109.470 3.000
SGA C3 C2 H2 108.340 3.000
SGA C3 C2 O2 109.470 3.000
SGA C3 C2 C1 111.000 3.000
SGA H2 C2 O2 109.470 3.000
SGA H2 C2 C1 108.340 3.000
SGA O2 C2 C1 109.470 3.000
SGA C2 O2 HO2 109.470 3.000
SGA C3 O3 S 120.000 3.000
SGA O3 S O1S 109.500 3.000
SGA O3 S O3S 109.500 3.000
SGA O3 S O2S 109.500 3.000
SGA O1S S O3S 109.500 3.000
SGA O1S S O2S 109.500 3.000
SGA O3S S O2S 109.500 3.000
SGA S O3S HOS3 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
SGA var_1 O5 C1 O1 HO1 -59.841 20.000 1
SGA var_2 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
SGA var_3 O5 C5 C6 O6 59.841 20.000 3
SGA var_4 C5 C6 O6 HO6 179.962 20.000 1
SGA var_5 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
SGA var_6 C5 C4 O4 HO4 60.349 20.000 1
SGA var_7 C5 C4 C3 O3 180.000 20.000 3
SGA var_8 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
SGA var_9 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
SGA var_10 C3 C2 O2 HO2 179.566 20.000 1
SGA var_11 C4 C3 O3 S 97.905 20.000 1
SGA var_12 C3 O3 S O2S -40.540 20.000 1
SGA var_13 O3 S O3S HOS3 -179.977 20.000 1
SGA var_1 C5 O5 C1 C2 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
SGA chir_01 C1 C2 O1 O5 positiv
SGA chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
SGA chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
SGA chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
SGA chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
SGA chir_06 S O3 O1S O2S negativ
# ------------------------------------------------------
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