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287
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
SSE SSE '"1,4-DIDEOXY-1,4-[[2S,3S)-2,4-DIHYDR' non-polymer 39 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_SSE
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
SSE O13 O OS -1.000 0.000 0.000 0.000
SSE S9 S ST 0.000 -0.979 0.993 0.411
SSE O11 O OS -1.000 -1.455 0.715 1.776
SSE O12 O OS -1.000 -0.521 2.363 0.264
SSE O9 O O2 0.000 -2.068 0.826 -0.591
SSE C9 C CH1 0.000 -3.340 0.158 -0.502
SSE H9 H H 0.000 -3.893 1.089 -0.691
SSE C10 C CH2 0.000 -4.087 -0.096 0.783
SSE H101 H H 0.000 -3.535 -0.652 1.543
SSE H102 H H 0.000 -5.083 -0.529 0.668
SSE O10 O OH1 0.000 -4.202 1.257 1.177
SSE H10 H H 0.000 -4.674 1.303 2.019
SSE C8 C CH1 0.000 -3.788 -0.442 -1.796
SSE H8 H H 0.000 -3.882 0.398 -2.499
SSE O8 O OH1 0.000 -5.127 -1.028 -1.693
SSE HO8 H H 0.000 -5.753 -0.363 -1.369
SSE C7 C CH2 0.000 -2.589 -1.257 -2.283
SSE H71 H H 0.000 -2.324 -2.084 -1.621
SSE H72 H H 0.000 -1.701 -0.654 -2.483
SSE SE4 SE SE 1.000 -3.289 -1.963 -3.959
SSE HSE4 H H 0.000 -4.426 -2.358 -4.060
SSE C3 C CH2 0.000 -1.778 -3.043 -4.511
SSE H31 H H 0.000 -1.981 -4.112 -4.422
SSE H32 H H 0.000 -0.871 -2.798 -3.955
SSE C2 C CH1 0.000 -1.591 -2.682 -5.974
SSE H2 H H 0.000 -0.533 -2.404 -6.080
SSE O2 O OH1 0.000 -1.816 -3.693 -6.923
SSE HO2 H H 0.000 -1.333 -4.486 -6.662
SSE C5 C CH1 0.000 -2.530 -0.631 -5.212
SSE H5 H H 0.000 -1.532 -0.337 -4.858
SSE C6 C CH2 0.000 -3.350 0.617 -5.466
SSE H61 H H 0.000 -4.278 0.228 -5.891
SSE H62 H H 0.000 -2.785 1.137 -6.243
SSE O6 O OH1 0.000 -3.652 1.519 -4.417
SSE HO6 H H 0.000 -4.179 2.250 -4.766
SSE C1 C CH1 0.000 -2.380 -1.487 -6.459
SSE H1 H H 0.000 -3.355 -1.782 -6.871
SSE O1 O OH1 0.000 -1.647 -0.664 -7.369
SSE HO1 H H 0.000 -2.198 0.081 -7.645
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
SSE O13 n/a S9 START
SSE S9 O13 O9 .
SSE O11 S9 . .
SSE O12 S9 . .
SSE O9 S9 C9 .
SSE C9 O9 C8 .
SSE H9 C9 . .
SSE C10 C9 O10 .
SSE H101 C10 . .
SSE H102 C10 . .
SSE O10 C10 H10 .
SSE H10 O10 . .
SSE C8 C9 C7 .
SSE H8 C8 . .
SSE O8 C8 HO8 .
SSE HO8 O8 . .
SSE C7 C8 SE4 .
SSE H71 C7 . .
SSE H72 C7 . .
SSE SE4 C7 C5 .
SSE HSE4 SE4 . .
SSE C3 SE4 C2 .
SSE H31 C3 . .
SSE H32 C3 . .
SSE C2 C3 O2 .
SSE H2 C2 . .
SSE O2 C2 HO2 .
SSE HO2 O2 . .
SSE C5 SE4 C1 .
SSE H5 C5 . .
SSE C6 C5 O6 .
SSE H61 C6 . .
SSE H62 C6 . .
SSE O6 C6 HO6 .
SSE HO6 O6 . .
SSE C1 C5 O1 .
SSE H1 C1 . .
SSE O1 C1 HO1 .
SSE HO1 O1 . END
SSE C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
SSE O1 C1 single 1.432 0.020
SSE C1 C2 single 1.524 0.020
SSE C1 C5 single 1.524 0.020
SSE H1 C1 single 1.099 0.020
SSE HO1 O1 single 0.967 0.020
SSE O2 C2 single 1.432 0.020
SSE C2 C3 single 1.524 0.020
SSE H2 C2 single 1.099 0.020
SSE HO2 O2 single 0.967 0.020
SSE C3 SE4 single 1.970 0.020
SSE H31 C3 single 1.092 0.020
SSE H32 C3 single 1.092 0.020
SSE C5 SE4 single 1.970 0.020
SSE SE4 C7 single 1.970 0.020
SSE C6 C5 single 1.524 0.020
SSE H5 C5 single 1.099 0.020
SSE O6 C6 single 1.432 0.020
SSE H61 C6 single 1.092 0.020
SSE H62 C6 single 1.092 0.020
SSE HO6 O6 single 0.967 0.020
SSE C7 C8 single 1.524 0.020
SSE H71 C7 single 1.092 0.020
SSE H72 C7 single 1.092 0.020
SSE O8 C8 single 1.432 0.020
SSE C8 C9 single 1.524 0.020
SSE H8 C8 single 1.099 0.020
SSE HO8 O8 single 0.967 0.020
SSE C10 C9 single 1.524 0.020
SSE C9 O9 single 1.426 0.020
SSE H9 C9 single 1.099 0.020
SSE O10 C10 single 1.432 0.020
SSE H101 C10 single 1.092 0.020
SSE H102 C10 single 1.092 0.020
SSE H10 O10 single 0.967 0.020
SSE O9 S9 single 1.535 0.020
SSE O11 S9 single 1.577 0.020
SSE O12 S9 single 1.577 0.020
SSE S9 O13 single 1.577 0.020
SSE HSE4 SE4 single 1.209 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
SSE O13 S9 O11 109.500 3.000
SSE O13 S9 O12 109.500 3.000
SSE O13 S9 O9 109.500 3.000
SSE O11 S9 O12 109.500 3.000
SSE O11 S9 O9 109.500 3.000
SSE O12 S9 O9 109.500 3.000
SSE S9 O9 C9 120.000 3.000
SSE O9 C9 H9 109.470 3.000
SSE O9 C9 C10 109.470 3.000
SSE O9 C9 C8 109.470 3.000
SSE H9 C9 C10 108.340 3.000
SSE H9 C9 C8 108.340 3.000
SSE C10 C9 C8 111.000 3.000
SSE C9 C10 H101 109.470 3.000
SSE C9 C10 H102 109.470 3.000
SSE C9 C10 O10 109.470 3.000
SSE H101 C10 H102 107.900 3.000
SSE H101 C10 O10 109.470 3.000
SSE H102 C10 O10 109.470 3.000
SSE C10 O10 H10 109.470 3.000
SSE C9 C8 H8 108.340 3.000
SSE C9 C8 O8 109.470 3.000
SSE C9 C8 C7 111.000 3.000
SSE H8 C8 O8 109.470 3.000
SSE H8 C8 C7 108.340 3.000
SSE O8 C8 C7 109.470 3.000
SSE C8 O8 HO8 109.470 3.000
SSE C8 C7 H71 109.470 3.000
SSE C8 C7 H72 109.470 3.000
SSE C8 C7 SE4 109.500 3.000
SSE H71 C7 H72 107.900 3.000
SSE H71 C7 SE4 109.500 3.000
SSE H72 C7 SE4 109.500 3.000
SSE C7 SE4 HSE4 98.000 3.000
SSE C7 SE4 C3 98.000 3.000
SSE C7 SE4 C5 98.000 3.000
SSE HSE4 SE4 C3 98.000 3.000
SSE HSE4 SE4 C5 98.000 3.000
SSE C3 SE4 C5 98.000 3.000
SSE SE4 C3 H31 109.500 3.000
SSE SE4 C3 H32 109.500 3.000
SSE SE4 C3 C2 109.500 3.000
SSE H31 C3 H32 107.900 3.000
SSE H31 C3 C2 109.470 3.000
SSE H32 C3 C2 109.470 3.000
SSE C3 C2 H2 108.340 3.000
SSE C3 C2 O2 109.470 3.000
SSE C3 C2 C1 111.000 3.000
SSE H2 C2 O2 109.470 3.000
SSE H2 C2 C1 108.340 3.000
SSE O2 C2 C1 109.470 3.000
SSE C2 O2 HO2 109.470 3.000
SSE SE4 C5 H5 109.500 3.000
SSE SE4 C5 C6 109.500 3.000
SSE SE4 C5 C1 109.500 3.000
SSE H5 C5 C6 108.340 3.000
SSE H5 C5 C1 108.340 3.000
SSE C6 C5 C1 111.000 3.000
SSE C5 C6 H61 109.470 3.000
SSE C5 C6 H62 109.470 3.000
SSE C5 C6 O6 109.470 3.000
SSE H61 C6 H62 107.900 3.000
SSE H61 C6 O6 109.470 3.000
SSE H62 C6 O6 109.470 3.000
SSE C6 O6 HO6 109.470 3.000
SSE C5 C1 H1 108.340 3.000
SSE C5 C1 O1 109.470 3.000
SSE C5 C1 C2 111.000 3.000
SSE H1 C1 O1 109.470 3.000
SSE H1 C1 C2 108.340 3.000
SSE O1 C1 C2 109.470 3.000
SSE C1 O1 HO1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
SSE var_1 O13 S9 O9 C9 101.599 20.000 1
SSE var_2 S9 O9 C9 C8 -147.781 20.000 1
SSE var_3 O9 C9 C10 O10 58.979 20.000 3
SSE var_4 C9 C10 O10 H10 -179.971 20.000 1
SSE var_5 O9 C9 C8 C7 50.321 20.000 3
SSE var_6 C9 C8 O8 HO8 55.149 20.000 1
SSE var_7 C9 C8 C7 SE4 -179.515 20.000 3
SSE var_8 C8 C7 SE4 C5 96.688 20.000 1
SSE var_9 C7 SE4 C3 C2 -120.000 20.000 1
SSE var_10 SE4 C3 C2 O2 -120.000 20.000 3
SSE var_11 C3 C2 O2 HO2 -49.464 20.000 1
SSE var_12 C7 SE4 C5 C1 150.000 20.000 1
SSE var_13 SE4 C5 C6 O6 62.244 20.000 3
SSE var_14 C5 C6 O6 HO6 -179.999 20.000 1
SSE var_15 SE4 C5 C1 O1 180.000 20.000 3
SSE var_16 C5 C1 C2 C3 30.000 20.000 3
SSE var_17 C5 C1 O1 HO1 -68.209 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
SSE chir_01 C1 O1 C2 C5 negativ
SSE chir_02 C2 C1 O2 C3 positiv
SSE chir_03 SE4 C3 C5 C7 positiv
SSE chir_04 C5 C1 SE4 C6 positiv
SSE chir_05 C8 C7 O8 C9 negativ
SSE chir_06 C9 C8 C10 O9 negativ
SSE chir_07 S9 O9 O11 O12 positiv
# ------------------------------------------------------
|
