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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
SSO SSO '"1,4-DIDEOXY-1,4-[[2S,3S)-2,4-DIHYDR' non-polymer 39 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_SSO
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
SSO O13 O OS -1.000 0.000 0.000 0.000
SSO S9 S ST 0.000 -1.135 0.391 1.147
SSO O11 O OS -1.000 -0.116 -0.151 2.340
SSO O12 O OS -1.000 -2.270 -0.730 1.608
SSO O9 O O2 0.000 -2.154 0.933 -0.047
SSO C9 C CH1 0.000 -3.343 1.390 0.602
SSO H9 H H 0.000 -3.454 0.877 1.568
SSO C10 C CH2 0.000 -3.249 2.899 0.835
SSO H101 H H 0.000 -2.336 3.125 1.390
SSO H102 H H 0.000 -4.115 3.232 1.409
SSO O10 O OH1 0.000 -3.221 3.575 -0.424
SSO H10 H H 0.000 -3.161 4.528 -0.276
SSO C8 C CH1 0.000 -4.555 1.085 -0.280
SSO H8 H H 0.000 -4.443 1.599 -1.245
SSO O8 O OH1 0.000 -5.743 1.542 0.368
SSO HO8 H H 0.000 -5.841 1.090 1.217
SSO C7 C CH2 0.000 -4.649 -0.425 -0.513
SSO H71 H H 0.000 -4.846 -0.928 0.436
SSO H72 H H 0.000 -3.705 -0.788 -0.927
SSO S4 S ST 1.000 -5.995 -0.774 -1.677
SSO HS4 H H 0.000 -5.931 -0.287 -2.808
SSO C3 C CH2 0.000 -7.450 -0.346 -0.623
SSO H31 H H 0.000 -7.963 0.571 -0.920
SSO H32 H H 0.000 -7.231 -0.309 0.447
SSO C2 C CH1 0.000 -8.358 -1.571 -0.925
SSO H2 H H 0.000 -9.104 -1.677 -0.125
SSO O2 O OH1 0.000 -9.027 -1.367 -2.172
SSO HO2 H H 0.000 -9.585 -0.580 -2.113
SSO C5 C CH1 0.000 -6.086 -2.607 -1.520
SSO H5 H H 0.000 -5.347 -2.970 -0.792
SSO C6 C CH2 0.000 -5.880 -3.279 -2.879
SSO H61 H H 0.000 -4.843 -3.150 -3.195
SSO H62 H H 0.000 -6.544 -2.821 -3.615
SSO O6 O OH1 0.000 -6.177 -4.673 -2.770
SSO HO6 H H 0.000 -6.047 -5.098 -3.629
SSO C1 C CH1 0.000 -7.519 -2.845 -1.006
SSO H1 H H 0.000 -8.021 -3.555 -1.679
SSO O1 O OH1 0.000 -7.444 -3.427 0.297
SSO HO1 H H 0.000 -8.333 -3.660 0.597
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
SSO O13 n/a S9 START
SSO S9 O13 O9 .
SSO O11 S9 . .
SSO O12 S9 . .
SSO O9 S9 C9 .
SSO C9 O9 C8 .
SSO H9 C9 . .
SSO C10 C9 O10 .
SSO H101 C10 . .
SSO H102 C10 . .
SSO O10 C10 H10 .
SSO H10 O10 . .
SSO C8 C9 C7 .
SSO H8 C8 . .
SSO O8 C8 HO8 .
SSO HO8 O8 . .
SSO C7 C8 S4 .
SSO H71 C7 . .
SSO H72 C7 . .
SSO S4 C7 C5 .
SSO HS4 S4 . .
SSO C3 S4 C2 .
SSO H31 C3 . .
SSO H32 C3 . .
SSO C2 C3 O2 .
SSO H2 C2 . .
SSO O2 C2 HO2 .
SSO HO2 O2 . .
SSO C5 S4 C1 .
SSO H5 C5 . .
SSO C6 C5 O6 .
SSO H61 C6 . .
SSO H62 C6 . .
SSO O6 C6 HO6 .
SSO HO6 O6 . .
SSO C1 C5 O1 .
SSO H1 C1 . .
SSO O1 C1 HO1 .
SSO HO1 O1 . END
SSO C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
SSO O1 C1 single 1.432 0.020
SSO C1 C2 single 1.524 0.020
SSO C1 C5 single 1.524 0.020
SSO H1 C1 single 1.099 0.020
SSO HO1 O1 single 0.967 0.020
SSO O2 C2 single 1.432 0.020
SSO C2 C3 single 1.524 0.020
SSO H2 C2 single 1.099 0.020
SSO HO2 O2 single 0.967 0.020
SSO C3 S4 single 1.662 0.020
SSO H31 C3 single 1.092 0.020
SSO H32 C3 single 1.092 0.020
SSO C5 S4 single 1.665 0.020
SSO S4 C7 single 1.662 0.020
SSO C6 C5 single 1.524 0.020
SSO H5 C5 single 1.099 0.020
SSO O6 C6 single 1.432 0.020
SSO H61 C6 single 1.092 0.020
SSO H62 C6 single 1.092 0.020
SSO HO6 O6 single 0.967 0.020
SSO C7 C8 single 1.524 0.020
SSO H71 C7 single 1.092 0.020
SSO H72 C7 single 1.092 0.020
SSO O8 C8 single 1.432 0.020
SSO C8 C9 single 1.524 0.020
SSO H8 C8 single 1.099 0.020
SSO HO8 O8 single 0.967 0.020
SSO C10 C9 single 1.524 0.020
SSO C9 O9 single 1.426 0.020
SSO H9 C9 single 1.099 0.020
SSO O10 C10 single 1.432 0.020
SSO H101 C10 single 1.092 0.020
SSO H102 C10 single 1.092 0.020
SSO H10 O10 single 0.967 0.020
SSO O9 S9 single 1.535 0.020
SSO O11 S9 single 1.577 0.020
SSO O12 S9 single 1.577 0.020
SSO S9 O13 single 1.577 0.020
SSO HS4 S4 single 1.234 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
SSO O13 S9 O11 109.500 3.000
SSO O13 S9 O12 109.500 3.000
SSO O13 S9 O9 109.500 3.000
SSO O11 S9 O12 109.500 3.000
SSO O11 S9 O9 109.500 3.000
SSO O12 S9 O9 109.500 3.000
SSO S9 O9 C9 120.000 3.000
SSO O9 C9 H9 109.470 3.000
SSO O9 C9 C10 109.470 3.000
SSO O9 C9 C8 109.470 3.000
SSO H9 C9 C10 108.340 3.000
SSO H9 C9 C8 108.340 3.000
SSO C10 C9 C8 111.000 3.000
SSO C9 C10 H101 109.470 3.000
SSO C9 C10 H102 109.470 3.000
SSO C9 C10 O10 109.470 3.000
SSO H101 C10 H102 107.900 3.000
SSO H101 C10 O10 109.470 3.000
SSO H102 C10 O10 109.470 3.000
SSO C10 O10 H10 109.470 3.000
SSO C9 C8 H8 108.340 3.000
SSO C9 C8 O8 109.470 3.000
SSO C9 C8 C7 111.000 3.000
SSO H8 C8 O8 109.470 3.000
SSO H8 C8 C7 108.340 3.000
SSO O8 C8 C7 109.470 3.000
SSO C8 O8 HO8 109.470 3.000
SSO C8 C7 H71 109.470 3.000
SSO C8 C7 H72 109.470 3.000
SSO C8 C7 S4 109.500 3.000
SSO H71 C7 H72 107.900 3.000
SSO H71 C7 S4 109.500 3.000
SSO H72 C7 S4 109.500 3.000
SSO C7 S4 HS4 109.500 3.000
SSO C7 S4 C3 109.500 3.000
SSO C7 S4 C5 109.500 3.000
SSO HS4 S4 C3 109.500 3.000
SSO HS4 S4 C5 109.500 3.000
SSO C3 S4 C5 109.500 3.000
SSO S4 C3 H31 109.500 3.000
SSO S4 C3 H32 109.500 3.000
SSO S4 C3 C2 109.500 3.000
SSO H31 C3 H32 107.900 3.000
SSO H31 C3 C2 109.470 3.000
SSO H32 C3 C2 109.470 3.000
SSO C3 C2 H2 108.340 3.000
SSO C3 C2 O2 109.470 3.000
SSO C3 C2 C1 111.000 3.000
SSO H2 C2 O2 109.470 3.000
SSO H2 C2 C1 108.340 3.000
SSO O2 C2 C1 109.470 3.000
SSO C2 O2 HO2 109.470 3.000
SSO S4 C5 H5 109.500 3.000
SSO S4 C5 C6 109.500 3.000
SSO S4 C5 C1 109.500 3.000
SSO H5 C5 C6 108.340 3.000
SSO H5 C5 C1 108.340 3.000
SSO C6 C5 C1 111.000 3.000
SSO C5 C6 H61 109.470 3.000
SSO C5 C6 H62 109.470 3.000
SSO C5 C6 O6 109.470 3.000
SSO H61 C6 H62 107.900 3.000
SSO H61 C6 O6 109.470 3.000
SSO H62 C6 O6 109.470 3.000
SSO C6 O6 HO6 109.470 3.000
SSO C5 C1 H1 108.340 3.000
SSO C5 C1 O1 109.470 3.000
SSO C5 C1 C2 111.000 3.000
SSO H1 C1 O1 109.470 3.000
SSO H1 C1 C2 108.340 3.000
SSO O1 C1 C2 109.470 3.000
SSO C1 O1 HO1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
SSO var_1 O13 S9 O9 C9 179.997 20.000 1
SSO var_2 S9 O9 C9 C8 -144.999 20.000 1
SSO var_3 O9 C9 C10 O10 64.954 20.000 3
SSO var_4 C9 C10 O10 H10 -179.979 20.000 1
SSO var_5 O9 C9 C8 C7 59.999 20.000 3
SSO var_6 C9 C8 O8 HO8 -60.045 20.000 1
SSO var_7 C9 C8 C7 S4 -175.017 20.000 3
SSO var_8 C8 C7 S4 C5 -169.800 20.000 1
SSO var_9 C7 S4 C3 C2 -120.000 20.000 1
SSO var_10 S4 C3 C2 O2 -90.000 20.000 3
SSO var_11 C3 C2 O2 HO2 -61.412 20.000 1
SSO var_12 C7 S4 C5 C1 120.000 20.000 1
SSO var_13 S4 C5 C6 O6 -170.340 20.000 3
SSO var_14 C5 C6 O6 HO6 179.965 20.000 1
SSO var_15 S4 C5 C1 O1 -120.000 20.000 3
SSO var_16 C5 C1 C2 C3 -30.000 20.000 3
SSO var_17 C5 C1 O1 HO1 -174.616 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
SSO chir_01 C1 O1 C2 C5 negativ
SSO chir_02 C2 C1 O2 C3 positiv
SSO chir_03 S4 C3 C5 C7 positiv
SSO chir_04 C5 C1 S4 C6 positiv
SSO chir_05 C8 C7 O8 C9 negativ
SSO chir_06 C9 C8 C10 O9 positiv
SSO chir_07 S9 O9 O11 O12 negativ
# ------------------------------------------------------
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