1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
STA STA 'STATINE ' non-polymer 28 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_STA
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
STA OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
STA C C C 0.000 -1.141 -0.480 0.182
STA O O OC -0.500 -1.268 -1.626 0.667
STA CM C CH2 0.000 -2.362 0.323 -0.184
STA HM1 H H 0.000 -2.338 0.554 -1.251
STA HM2 H H 0.000 -2.371 1.252 0.389
STA CH C CH1 0.000 -3.620 -0.487 0.135
STA HC H H 0.000 -3.599 -0.796 1.190
STA OH O OH1 0.000 -3.666 -1.647 -0.699
STA HH H H 0.000 -3.684 -1.375 -1.627
STA CA C CH1 0.000 -4.860 0.372 -0.119
STA HA H H 0.000 -4.826 1.264 0.523
STA N N NH2 0.000 -4.888 0.785 -1.529
STA HN2 H H 0.000 -5.636 0.473 -2.138
STA HN1 H H 0.000 -4.160 1.383 -1.902
STA CB C CH2 0.000 -6.117 -0.438 0.201
STA HB1 H H 0.000 -6.067 -0.796 1.231
STA HB2 H H 0.000 -6.181 -1.291 -0.477
STA CG C CH1 0.000 -7.352 0.448 0.027
STA HG H H 0.000 -7.347 0.891 -0.979
STA CD2 C CH3 0.000 -7.333 1.562 1.076
STA HD23 H H 0.000 -8.188 2.176 0.956
STA HD22 H H 0.000 -7.338 1.137 2.046
STA HD21 H H 0.000 -6.459 2.149 0.953
STA CD1 C CH3 0.000 -8.616 -0.398 0.204
STA HD13 H H 0.000 -9.471 0.223 0.132
STA HD12 H H 0.000 -8.655 -1.139 -0.551
STA HD11 H H 0.000 -8.599 -0.865 1.155
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
STA OXT n/a C START
STA C OXT CM .
STA O C . .
STA CM C CH .
STA HM1 CM . .
STA HM2 CM . .
STA CH CM CA .
STA HC CH . .
STA OH CH HH .
STA HH OH . .
STA CA CH CB .
STA HA CA . .
STA N CA HN1 .
STA HN2 N . .
STA HN1 N . .
STA CB CA CG .
STA HB1 CB . .
STA HB2 CB . .
STA CG CB CD1 .
STA HG CG . .
STA CD2 CG HD21 .
STA HD23 CD2 . .
STA HD22 CD2 . .
STA HD21 CD2 . .
STA CD1 CG HD11 .
STA HD13 CD1 . .
STA HD12 CD1 . .
STA HD11 CD1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
STA N CA single 1.450 0.020
STA HN1 N single 1.010 0.020
STA HN2 N single 1.010 0.020
STA CB CA single 1.524 0.020
STA CA CH single 1.524 0.020
STA HA CA single 1.099 0.020
STA CG CB single 1.524 0.020
STA HB1 CB single 1.092 0.020
STA HB2 CB single 1.092 0.020
STA CD1 CG single 1.524 0.020
STA CD2 CG single 1.524 0.020
STA HG CG single 1.099 0.020
STA HD11 CD1 single 1.059 0.020
STA HD12 CD1 single 1.059 0.020
STA HD13 CD1 single 1.059 0.020
STA HD21 CD2 single 1.059 0.020
STA HD22 CD2 single 1.059 0.020
STA HD23 CD2 single 1.059 0.020
STA OH CH single 1.432 0.020
STA CH CM single 1.524 0.020
STA HC CH single 1.099 0.020
STA HH OH single 0.967 0.020
STA CM C single 1.510 0.020
STA HM1 CM single 1.092 0.020
STA HM2 CM single 1.092 0.020
STA O C deloc 1.250 0.020
STA C OXT deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
STA OXT C O 123.000 3.000
STA OXT C CM 118.500 3.000
STA O C CM 118.500 3.000
STA C CM HM1 109.470 3.000
STA C CM HM2 109.470 3.000
STA C CM CH 109.470 3.000
STA HM1 CM HM2 107.900 3.000
STA HM1 CM CH 109.470 3.000
STA HM2 CM CH 109.470 3.000
STA CM CH HC 108.340 3.000
STA CM CH OH 109.470 3.000
STA CM CH CA 111.000 3.000
STA HC CH OH 109.470 3.000
STA HC CH CA 108.340 3.000
STA OH CH CA 109.470 3.000
STA CH OH HH 109.470 3.000
STA CH CA HA 108.340 3.000
STA CH CA N 109.470 3.000
STA CH CA CB 111.000 3.000
STA HA CA N 109.470 3.000
STA HA CA CB 108.340 3.000
STA N CA CB 109.470 3.000
STA CA N HN2 120.000 3.000
STA CA N HN1 120.000 3.000
STA HN2 N HN1 120.000 3.000
STA CA CB HB1 109.470 3.000
STA CA CB HB2 109.470 3.000
STA CA CB CG 111.000 3.000
STA HB1 CB HB2 107.900 3.000
STA HB1 CB CG 109.470 3.000
STA HB2 CB CG 109.470 3.000
STA CB CG HG 108.340 3.000
STA CB CG CD2 111.000 3.000
STA CB CG CD1 111.000 3.000
STA HG CG CD2 108.340 3.000
STA HG CG CD1 108.340 3.000
STA CD2 CG CD1 111.000 3.000
STA CG CD2 HD23 109.470 3.000
STA CG CD2 HD22 109.470 3.000
STA CG CD2 HD21 109.470 3.000
STA HD23 CD2 HD22 109.470 3.000
STA HD23 CD2 HD21 109.470 3.000
STA HD22 CD2 HD21 109.470 3.000
STA CG CD1 HD13 109.470 3.000
STA CG CD1 HD12 109.470 3.000
STA CG CD1 HD11 109.470 3.000
STA HD13 CD1 HD12 109.470 3.000
STA HD13 CD1 HD11 109.470 3.000
STA HD12 CD1 HD11 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
STA var_1 OXT C CM CH 179.948 20.000 3
STA var_2 C CM CH CA 174.972 20.000 3
STA var_3 CM CH OH HH -60.038 20.000 1
STA var_4 CM CH CA CB 179.999 20.000 3
STA var_5 CH CA N HN1 -63.994 20.000 1
STA var_6 CH CA CB CG 176.657 20.000 3
STA var_7 CA CB CG CD1 174.178 20.000 3
STA var_8 CB CG CD2 HD21 60.003 20.000 3
STA var_9 CB CG CD1 HD11 57.192 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
STA chir_01 CA N CB CH negativ
STA chir_02 CG CB CD1 CD2 negativ
STA chir_03 CH CA OH CM negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
STA plan-1 N 0.020
STA plan-1 CA 0.020
STA plan-1 HN1 0.020
STA plan-1 HN2 0.020
STA plan-2 C 0.020
STA plan-2 CM 0.020
STA plan-2 O 0.020
STA plan-2 OXT 0.020
# ------------------------------------------------------
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