1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TA4 TA4 '(S)-2-[4-(AMINOMETHYL)-1H-1,2,3-TRIA' non-polymer 30 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TA4
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TA4 OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
TA4 C C C 0.000 -0.855 0.772 0.488
TA4 O O OC -0.500 -0.637 1.480 1.496
TA4 CA C CH1 0.000 -2.135 0.751 -0.337
TA4 HA H H 0.000 -2.512 -0.281 -0.317
TA4 CB C CH2 0.000 -1.855 1.101 -1.815
TA4 HB2 H H 0.000 -1.103 0.390 -2.164
TA4 HB3 H H 0.000 -1.431 2.107 -1.818
TA4 CG C CH1 0.000 -3.082 1.055 -2.749
TA4 HG H H 0.000 -2.748 1.271 -3.773
TA4 CD1 C CH3 0.000 -4.088 2.132 -2.331
TA4 HD13 H H 0.000 -4.919 2.116 -2.989
TA4 HD12 H H 0.000 -4.419 1.944 -1.342
TA4 HD11 H H 0.000 -3.626 3.084 -2.372
TA4 CD2 C CH3 0.000 -3.765 -0.314 -2.743
TA4 HD23 H H 0.000 -4.637 -0.277 -3.344
TA4 HD22 H H 0.000 -3.102 -1.043 -3.131
TA4 HD21 H H 0.000 -4.032 -0.572 -1.751
TA4 NT1 N NR5 0.000 -3.173 1.601 0.270
TA4 NT2 N NRD5 0.000 -2.990 2.913 0.330
TA4 NT3 N NRD5 0.000 -4.074 3.409 0.917
TA4 CT4 C CR5 0.000 -4.910 2.366 1.207
TA4 CT5 C CR15 0.000 -4.337 1.190 0.793
TA4 HT5 H H 0.000 -4.728 0.182 0.870
TA4 CT6 C CH2 0.000 -6.203 2.586 1.866
TA4 HT61 H H 0.000 -6.098 3.457 2.515
TA4 HT62 H H 0.000 -6.417 1.704 2.473
TA4 N N NH2 0.000 -7.289 2.806 0.931
TA4 H2 H H 0.000 -7.791 3.683 0.938
TA4 H H H 0.000 -7.544 2.083 0.273
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TA4 OXT n/a C START
TA4 C OXT CA .
TA4 O C . .
TA4 CA C NT1 .
TA4 HA CA . .
TA4 CB CA CG .
TA4 HB2 CB . .
TA4 HB3 CB . .
TA4 CG CB CD2 .
TA4 HG CG . .
TA4 CD1 CG HD11 .
TA4 HD13 CD1 . .
TA4 HD12 CD1 . .
TA4 HD11 CD1 . .
TA4 CD2 CG HD21 .
TA4 HD23 CD2 . .
TA4 HD22 CD2 . .
TA4 HD21 CD2 . .
TA4 NT1 CA NT2 .
TA4 NT2 NT1 NT3 .
TA4 NT3 NT2 CT4 .
TA4 CT4 NT3 CT6 .
TA4 CT5 CT4 HT5 .
TA4 HT5 CT5 . .
TA4 CT6 CT4 N .
TA4 HT61 CT6 . .
TA4 HT62 CT6 . .
TA4 N CT6 H .
TA4 H2 N . .
TA4 H N . END
TA4 NT1 CT5 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TA4 O C deloc 1.250 0.020
TA4 CA C single 1.500 0.020
TA4 C OXT deloc 1.250 0.020
TA4 CB CA single 1.524 0.020
TA4 NT1 CA single 1.485 0.020
TA4 HA CA single 1.099 0.020
TA4 CG CB single 1.524 0.020
TA4 HB2 CB single 1.092 0.020
TA4 HB3 CB single 1.092 0.020
TA4 CD2 CG single 1.524 0.020
TA4 CD1 CG single 1.524 0.020
TA4 HG CG single 1.099 0.020
TA4 HD21 CD2 single 1.059 0.020
TA4 HD22 CD2 single 1.059 0.020
TA4 HD23 CD2 single 1.059 0.020
TA4 HD11 CD1 single 1.059 0.020
TA4 HD12 CD1 single 1.059 0.020
TA4 HD13 CD1 single 1.059 0.020
TA4 NT1 CT5 single 1.337 0.020
TA4 NT2 NT1 single 1.402 0.020
TA4 CT5 CT4 double 1.387 0.020
TA4 HT5 CT5 single 1.083 0.020
TA4 CT4 NT3 single 1.350 0.020
TA4 CT6 CT4 single 1.510 0.020
TA4 NT3 NT2 double 1.404 0.020
TA4 N CT6 single 1.450 0.020
TA4 HT61 CT6 single 1.092 0.020
TA4 HT62 CT6 single 1.092 0.020
TA4 H N single 1.010 0.020
TA4 H2 N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TA4 OXT C O 123.000 3.000
TA4 OXT C CA 118.500 3.000
TA4 O C CA 118.500 3.000
TA4 C CA HA 108.810 3.000
TA4 C CA CB 109.470 3.000
TA4 C CA NT1 109.500 3.000
TA4 HA CA CB 108.340 3.000
TA4 HA CA NT1 109.470 3.000
TA4 CB CA NT1 109.470 3.000
TA4 CA CB HB2 109.470 3.000
TA4 CA CB HB3 109.470 3.000
TA4 CA CB CG 111.000 3.000
TA4 HB2 CB HB3 107.900 3.000
TA4 HB2 CB CG 109.470 3.000
TA4 HB3 CB CG 109.470 3.000
TA4 CB CG HG 108.340 3.000
TA4 CB CG CD1 111.000 3.000
TA4 CB CG CD2 111.000 3.000
TA4 HG CG CD1 108.340 3.000
TA4 HG CG CD2 108.340 3.000
TA4 CD1 CG CD2 111.000 3.000
TA4 CG CD1 HD13 109.470 3.000
TA4 CG CD1 HD12 109.470 3.000
TA4 CG CD1 HD11 109.470 3.000
TA4 HD13 CD1 HD12 109.470 3.000
TA4 HD13 CD1 HD11 109.470 3.000
TA4 HD12 CD1 HD11 109.470 3.000
TA4 CG CD2 HD23 109.470 3.000
TA4 CG CD2 HD22 109.470 3.000
TA4 CG CD2 HD21 109.470 3.000
TA4 HD23 CD2 HD22 109.470 3.000
TA4 HD23 CD2 HD21 109.470 3.000
TA4 HD22 CD2 HD21 109.470 3.000
TA4 CA NT1 NT2 108.000 3.000
TA4 CA NT1 CT5 126.000 3.000
TA4 NT2 NT1 CT5 108.000 3.000
TA4 NT1 NT2 NT3 108.000 3.000
TA4 NT2 NT3 CT4 108.000 3.000
TA4 NT3 CT4 CT5 108.000 3.000
TA4 NT3 CT4 CT6 126.000 3.000
TA4 CT5 CT4 CT6 126.000 3.000
TA4 CT4 CT5 HT5 126.000 3.000
TA4 CT4 CT5 NT1 108.000 3.000
TA4 HT5 CT5 NT1 126.000 3.000
TA4 CT4 CT6 HT61 109.470 3.000
TA4 CT4 CT6 HT62 109.470 3.000
TA4 CT4 CT6 N 109.500 3.000
TA4 HT61 CT6 HT62 107.900 3.000
TA4 HT61 CT6 N 109.470 3.000
TA4 HT62 CT6 N 109.470 3.000
TA4 CT6 N H2 120.000 3.000
TA4 CT6 N H 120.000 3.000
TA4 H2 N H 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TA4 var_1 OXT C CA NT1 176.939 20.000 3
TA4 var_2 C CA CB CG 177.793 20.000 3
TA4 var_3 CA CB CG CD2 -57.402 20.000 3
TA4 var_4 CB CG CD1 HD11 58.526 20.000 3
TA4 var_5 CB CG CD2 HD21 56.077 20.000 3
TA4 var_6 C CA NT1 NT2 65.809 20.000 1
TA4 CONST_1 CA NT1 CT5 CT4 180.000 0.000 0
TA4 CONST_2 CA NT1 NT2 NT3 180.000 0.000 0
TA4 CONST_3 NT1 NT2 NT3 CT4 0.000 0.000 0
TA4 CONST_4 NT2 NT3 CT4 CT6 180.000 0.000 0
TA4 CONST_5 NT3 CT4 CT5 NT1 0.000 0.000 0
TA4 var_7 NT3 CT4 CT6 N 90.091 20.000 2
TA4 var_8 CT4 CT6 N H 62.007 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TA4 chir_01 CA C CB NT1 positiv
TA4 chir_02 CG CB CD2 CD1 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TA4 plan-1 C 0.020
TA4 plan-1 O 0.020
TA4 plan-1 CA 0.020
TA4 plan-1 OXT 0.020
TA4 plan-2 NT1 0.020
TA4 plan-2 CA 0.020
TA4 plan-2 CT5 0.020
TA4 plan-2 NT2 0.020
TA4 plan-2 CT4 0.020
TA4 plan-2 NT3 0.020
TA4 plan-2 HT5 0.020
TA4 plan-2 CT6 0.020
TA4 plan-3 N 0.020
TA4 plan-3 CT6 0.020
TA4 plan-3 H 0.020
TA4 plan-3 H2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
