1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TIL TIL '[2-[5-CARBOXYETHYL-2-PHENOLATO(NITRI' non-polymer 34 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TIL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TIL O1A O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
TIL CGA C C 0.000 -0.216 -0.619 -1.065
TIL O2A O OC -0.500 0.676 -1.318 -1.596
TIL CBA C CH2 0.000 -1.594 -0.529 -1.704
TIL HBA1 H H 0.000 -1.668 -1.223 -2.544
TIL HBA2 H H 0.000 -1.782 0.487 -2.056
TIL CAA C CH2 0.000 -2.618 -0.899 -0.648
TIL HAA1 H H 0.000 -2.542 -0.168 0.160
TIL HAA2 H H 0.000 -2.360 -1.889 -0.267
TIL CC5 C CR6 0.000 -4.034 -0.915 -1.185
TIL CC4 C CR16 0.000 -4.622 -2.122 -1.598
TIL HC4 H H 0.000 -4.068 -3.050 -1.534
TIL CC3 C CR16 0.000 -5.945 -2.111 -2.097
TIL HC3 H H 0.000 -6.408 -3.023 -2.455
TIL CC2 C CR6 0.000 -6.650 -0.889 -2.119
TIL NB N N 0.000 -7.937 -0.649 -2.556
TIL CB C C1 0.000 -8.682 -1.675 -2.617
TIL HB H H 0.000 -8.276 -2.598 -2.240
TIL CB1 C CR6 0.000 -10.053 -1.717 -3.157
TIL CB6 C CR16 0.000 -10.771 -2.928 -3.097
TIL HB6 H H 0.000 -10.319 -3.808 -2.657
TIL CB5 C CR16 0.000 -12.073 -2.986 -3.612
TIL HB5 H H 0.000 -12.629 -3.915 -3.579
TIL CB4 C CR16 0.000 -12.652 -1.843 -4.166
TIL HB4 H H 0.000 -13.659 -1.882 -4.562
TIL CB3 C CR16 0.000 -11.929 -0.650 -4.209
TIL HB3 H H 0.000 -12.381 0.231 -4.648
TIL CB2 C CR6 0.000 -10.628 -0.574 -3.693
TIL OB O O2 0.000 -9.957 0.612 -3.759
TIL CR CR CR 1.000 -8.405 1.121 -2.904
TIL OA O O2 0.000 -6.895 1.338 -1.849
TIL CC1 C CR6 0.000 -6.055 0.265 -1.711
TIL CC6 C CR16 0.000 -4.749 0.285 -1.233
TIL HC6 H H 0.000 -4.295 1.212 -0.905
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TIL O1A n/a CGA START
TIL CGA O1A CBA .
TIL O2A CGA . .
TIL CBA CGA CAA .
TIL HBA1 CBA . .
TIL HBA2 CBA . .
TIL CAA CBA CC5 .
TIL HAA1 CAA . .
TIL HAA2 CAA . .
TIL CC5 CAA CC4 .
TIL CC4 CC5 CC3 .
TIL HC4 CC4 . .
TIL CC3 CC4 CC2 .
TIL HC3 CC3 . .
TIL CC2 CC3 NB .
TIL NB CC2 CB .
TIL CB NB CB1 .
TIL HB CB . .
TIL CB1 CB CB6 .
TIL CB6 CB1 CB5 .
TIL HB6 CB6 . .
TIL CB5 CB6 CB4 .
TIL HB5 CB5 . .
TIL CB4 CB5 CB3 .
TIL HB4 CB4 . .
TIL CB3 CB4 CB2 .
TIL HB3 CB3 . .
TIL CB2 CB3 OB .
TIL OB CB2 CR .
TIL CR OB OA .
TIL OA CR CC1 .
TIL CC1 OA CC6 .
TIL CC6 CC1 HC6 .
TIL HC6 CC6 . END
TIL CC5 CC6 . ADD
TIL CC1 CC2 . ADD
TIL CR NB . ADD
TIL CB2 CB1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TIL O2A CGA deloc 1.250 0.020
TIL CGA O1A deloc 1.250 0.020
TIL CBA CGA single 1.510 0.020
TIL CAA CBA single 1.524 0.020
TIL HBA1 CBA single 1.092 0.020
TIL HBA2 CBA single 1.092 0.020
TIL CC5 CAA single 1.511 0.020
TIL HAA1 CAA single 1.092 0.020
TIL HAA2 CAA single 1.092 0.020
TIL CC4 CC5 single 1.390 0.020
TIL CC5 CC6 double 1.390 0.020
TIL CC6 CC1 single 1.390 0.020
TIL HC6 CC6 single 1.083 0.020
TIL CC1 CC2 double 1.487 0.020
TIL CC1 OA single 1.370 0.020
TIL CC2 CC3 single 1.390 0.020
TIL NB CC2 single 1.400 0.020
TIL CC3 CC4 double 1.390 0.020
TIL HC3 CC3 single 1.083 0.020
TIL HC4 CC4 single 1.083 0.020
TIL OA CR single 1.855 0.020
TIL CR OB single 1.843 0.020
TIL CR NB single 1.864 0.020
TIL CB NB double 1.260 0.020
TIL OB CB2 single 1.370 0.020
TIL CB2 CB3 double 1.390 0.020
TIL CB2 CB1 single 1.487 0.020
TIL CB6 CB1 double 1.390 0.020
TIL CB1 CB single 1.480 0.020
TIL HB CB single 1.077 0.020
TIL CB3 CB4 single 1.390 0.020
TIL HB3 CB3 single 1.083 0.020
TIL CB4 CB5 double 1.390 0.020
TIL HB4 CB4 single 1.083 0.020
TIL CB5 CB6 single 1.390 0.020
TIL HB5 CB5 single 1.083 0.020
TIL HB6 CB6 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TIL O1A CGA O2A 123.000 3.000
TIL O1A CGA CBA 118.500 3.000
TIL O2A CGA CBA 118.500 3.000
TIL CGA CBA HBA1 109.470 3.000
TIL CGA CBA HBA2 109.470 3.000
TIL CGA CBA CAA 109.470 3.000
TIL HBA1 CBA HBA2 107.900 3.000
TIL HBA1 CBA CAA 109.470 3.000
TIL HBA2 CBA CAA 109.470 3.000
TIL CBA CAA HAA1 109.470 3.000
TIL CBA CAA HAA2 109.470 3.000
TIL CBA CAA CC5 109.470 3.000
TIL HAA1 CAA HAA2 107.900 3.000
TIL HAA1 CAA CC5 109.470 3.000
TIL HAA2 CAA CC5 109.470 3.000
TIL CAA CC5 CC4 120.000 3.000
TIL CAA CC5 CC6 120.000 3.000
TIL CC4 CC5 CC6 120.000 3.000
TIL CC5 CC4 HC4 120.000 3.000
TIL CC5 CC4 CC3 120.000 3.000
TIL HC4 CC4 CC3 120.000 3.000
TIL CC4 CC3 HC3 120.000 3.000
TIL CC4 CC3 CC2 120.000 3.000
TIL HC3 CC3 CC2 120.000 3.000
TIL CC3 CC2 NB 120.000 3.000
TIL CC3 CC2 CC1 120.000 3.000
TIL NB CC2 CC1 120.000 3.000
TIL CC2 NB CB 120.000 3.000
TIL CC2 NB CR 120.000 3.000
TIL CB NB CR 120.000 3.000
TIL NB CB HB 120.000 3.000
TIL NB CB CB1 120.000 3.000
TIL HB CB CB1 120.000 3.000
TIL CB CB1 CB6 120.000 3.000
TIL CB CB1 CB2 120.000 3.000
TIL CB6 CB1 CB2 120.000 3.000
TIL CB1 CB6 HB6 120.000 3.000
TIL CB1 CB6 CB5 120.000 3.000
TIL HB6 CB6 CB5 120.000 3.000
TIL CB6 CB5 HB5 120.000 3.000
TIL CB6 CB5 CB4 120.000 3.000
TIL HB5 CB5 CB4 120.000 3.000
TIL CB5 CB4 HB4 120.000 3.000
TIL CB5 CB4 CB3 120.000 3.000
TIL HB4 CB4 CB3 120.000 3.000
TIL CB4 CB3 HB3 120.000 3.000
TIL CB4 CB3 CB2 120.000 3.000
TIL HB3 CB3 CB2 120.000 3.000
TIL CB3 CB2 OB 120.000 3.000
TIL CB3 CB2 CB1 120.000 3.000
TIL OB CB2 CB1 120.000 3.000
TIL CB2 OB CR 120.000 3.000
TIL OB CR OA 180.000 3.000
TIL OB CR NB 90.000 3.000
TIL OA CR NB 90.000 3.000
TIL CR OA CC1 120.000 3.000
TIL OA CC1 CC6 120.000 3.000
TIL OA CC1 CC2 120.000 3.000
TIL CC6 CC1 CC2 120.000 3.000
TIL CC1 CC6 HC6 120.000 3.000
TIL CC1 CC6 CC5 120.000 3.000
TIL HC6 CC6 CC5 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TIL var_1 O1A CGA CBA CAA -52.854 20.000 3
TIL var_2 CGA CBA CAA CC5 -177.063 20.000 3
TIL var_3 CBA CAA CC5 CC4 96.650 20.000 2
TIL CONST_1 CAA CC5 CC6 CC1 180.000 0.000 0
TIL CONST_2 CAA CC5 CC4 CC3 180.000 0.000 0
TIL CONST_3 CC5 CC4 CC3 CC2 0.000 0.000 0
TIL CONST_4 CC4 CC3 CC2 NB 180.000 0.000 0
TIL var_4 CC3 CC2 NB CB 30.000 20.000 1
TIL var_5 CC2 NB CB CB1 180.000 20.000 1
TIL var_6 NB CB CB1 CB6 180.000 20.000 1
TIL CONST_5 CB CB1 CB6 CB5 180.000 0.000 0
TIL CONST_6 CB1 CB6 CB5 CB4 0.000 0.000 0
TIL CONST_7 CB6 CB5 CB4 CB3 0.000 0.000 0
TIL CONST_8 CB5 CB4 CB3 CB2 0.000 0.000 0
TIL CONST_9 CB4 CB3 CB2 OB 180.000 0.000 0
TIL CONST_10 CB3 CB2 CB1 CB 180.000 0.000 0
TIL var_7 CB3 CB2 OB CR 180.000 20.000 1
TIL var_8 CB2 OB CR NB 0.000 20.000 1
TIL var_9 CB NB CR OB 0.000 20.000 1
TIL var_10 CC1 OA CR NB 0.000 20.000 1
TIL var_11 CR OA CC1 CC6 150.000 20.000 1
TIL CONST_11 OA CC1 CC2 CC3 180.000 0.000 0
TIL CONST_12 OA CC1 CC6 CC5 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TIL chir_01 CR OB OA NB cross1
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TIL plan-1 CGA 0.020
TIL plan-1 O2A 0.020
TIL plan-1 O1A 0.020
TIL plan-1 CBA 0.020
TIL plan-2 CC5 0.020
TIL plan-2 CAA 0.020
TIL plan-2 CC6 0.020
TIL plan-2 CC4 0.020
TIL plan-2 CC1 0.020
TIL plan-2 CC2 0.020
TIL plan-2 CC3 0.020
TIL plan-2 HC6 0.020
TIL plan-2 OA 0.020
TIL plan-2 NB 0.020
TIL plan-2 HC3 0.020
TIL plan-2 HC4 0.020
TIL plan-3 NB 0.020
TIL plan-3 CC2 0.020
TIL plan-3 CR 0.020
TIL plan-3 CB 0.020
TIL plan-3 HB 0.020
TIL plan-4 CB2 0.020
TIL plan-4 OB 0.020
TIL plan-4 CB1 0.020
TIL plan-4 CB3 0.020
TIL plan-4 CB4 0.020
TIL plan-4 CB5 0.020
TIL plan-4 CB6 0.020
TIL plan-4 CB 0.020
TIL plan-4 HB3 0.020
TIL plan-4 HB4 0.020
TIL plan-4 HB5 0.020
TIL plan-4 HB6 0.020
TIL plan-4 HB 0.020
TIL plan-5 CB 0.020
TIL plan-5 NB 0.020
TIL plan-5 CB1 0.020
TIL plan-5 HB 0.020
# ------------------------------------------------------
|
