1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TIO TIO '(2-MERCAPTOMETHYL-3-PHENYL-PROPIONYL' non-polymer 31 17 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TIO
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TIO OH O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
TIO C1 C C 0.000 -1.133 0.366 -0.384
TIO O1 O OC -0.500 -1.462 1.571 -0.305
TIO CA2 C CH2 0.000 -2.102 -0.642 -0.945
TIO HA21 H H 0.000 -2.311 -1.402 -0.190
TIO HA22 H H 0.000 -1.663 -1.116 -1.825
TIO N N NH1 0.000 -3.346 0.031 -1.320
TIO HN H H 0.000 -3.442 1.027 -1.185
TIO C C C 0.000 -4.365 -0.677 -1.847
TIO O O O 0.000 -4.250 -1.873 -2.011
TIO CA1 C CH1 0.000 -5.645 0.016 -2.233
TIO HA11 H H 0.000 -5.555 1.092 -2.027
TIO CB1 C CH2 0.000 -5.911 -0.197 -3.725
TIO HB11 H H 0.000 -6.099 -1.256 -3.912
TIO HB12 H H 0.000 -5.039 0.123 -4.299
TIO SG1 S SH1 0.000 -7.357 0.774 -4.227
TIO HG H H 0.000 -7.339 0.401 -5.504
TIO CB2 C CH2 0.000 -6.804 -0.563 -1.421
TIO HB21 H H 0.000 -6.848 -1.644 -1.570
TIO HB22 H H 0.000 -7.741 -0.112 -1.753
TIO CG2 C CR6 0.000 -6.591 -0.264 0.041
TIO CD2 C CR16 0.000 -5.961 -1.190 0.850
TIO HD2 H H 0.000 -5.622 -2.132 0.435
TIO CE2 C CR16 0.000 -5.762 -0.914 2.190
TIO HE2 H H 0.000 -5.262 -1.637 2.823
TIO CZ C CR16 0.000 -6.201 0.282 2.722
TIO HZ H H 0.000 -6.048 0.496 3.772
TIO CE1 C CR16 0.000 -6.836 1.206 1.914
TIO HE1 H H 0.000 -7.180 2.144 2.331
TIO CD1 C CR16 0.000 -7.030 0.932 0.573
TIO HD1 H H 0.000 -7.528 1.656 -0.060
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TIO OH n/a C1 START
TIO C1 OH CA2 .
TIO O1 C1 . .
TIO CA2 C1 N .
TIO HA21 CA2 . .
TIO HA22 CA2 . .
TIO N CA2 C .
TIO HN N . .
TIO C N CA1 .
TIO O C . .
TIO CA1 C CB2 .
TIO HA11 CA1 . .
TIO CB1 CA1 SG1 .
TIO HB11 CB1 . .
TIO HB12 CB1 . .
TIO SG1 CB1 HG .
TIO HG SG1 . .
TIO CB2 CA1 CG2 .
TIO HB21 CB2 . .
TIO HB22 CB2 . .
TIO CG2 CB2 CD2 .
TIO CD2 CG2 CE2 .
TIO HD2 CD2 . .
TIO CE2 CD2 CZ .
TIO HE2 CE2 . .
TIO CZ CE2 CE1 .
TIO HZ CZ . .
TIO CE1 CZ CD1 .
TIO HE1 CE1 . .
TIO CD1 CE1 HD1 .
TIO HD1 CD1 . END
TIO CG2 CD1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TIO SG1 CB1 single 1.810 0.020
TIO HG SG1 single 1.330 0.020
TIO CB1 CA1 single 1.524 0.020
TIO HB11 CB1 single 1.092 0.020
TIO HB12 CB1 single 1.092 0.020
TIO CA1 C single 1.500 0.020
TIO CB2 CA1 single 1.524 0.020
TIO HA11 CA1 single 1.099 0.020
TIO O C double 1.220 0.020
TIO C N single 1.330 0.020
TIO CG2 CB2 single 1.511 0.020
TIO HB21 CB2 single 1.092 0.020
TIO HB22 CB2 single 1.092 0.020
TIO CG2 CD1 double 1.390 0.020
TIO CD2 CG2 single 1.390 0.020
TIO CD1 CE1 single 1.390 0.020
TIO HD1 CD1 single 1.083 0.020
TIO CE2 CD2 double 1.390 0.020
TIO HD2 CD2 single 1.083 0.020
TIO CE1 CZ double 1.390 0.020
TIO HE1 CE1 single 1.083 0.020
TIO CZ CE2 single 1.390 0.020
TIO HE2 CE2 single 1.083 0.020
TIO HZ CZ single 1.083 0.020
TIO N CA2 single 1.450 0.020
TIO HN N single 1.010 0.020
TIO CA2 C1 single 1.510 0.020
TIO HA21 CA2 single 1.092 0.020
TIO HA22 CA2 single 1.092 0.020
TIO O1 C1 deloc 1.250 0.020
TIO C1 OH deloc 1.250 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TIO OH C1 O1 123.000 3.000
TIO OH C1 CA2 118.500 3.000
TIO O1 C1 CA2 118.500 3.000
TIO C1 CA2 HA21 109.470 3.000
TIO C1 CA2 HA22 109.470 3.000
TIO C1 CA2 N 111.600 3.000
TIO HA21 CA2 HA22 107.900 3.000
TIO HA21 CA2 N 109.470 3.000
TIO HA22 CA2 N 109.470 3.000
TIO CA2 N HN 118.500 3.000
TIO CA2 N C 121.500 3.000
TIO HN N C 120.000 3.000
TIO N C O 123.000 3.000
TIO N C CA1 116.500 3.000
TIO O C CA1 120.500 3.000
TIO C CA1 HA11 108.810 3.000
TIO C CA1 CB1 109.470 3.000
TIO C CA1 CB2 109.470 3.000
TIO HA11 CA1 CB1 108.340 3.000
TIO HA11 CA1 CB2 108.340 3.000
TIO CB1 CA1 CB2 109.470 3.000
TIO CA1 CB1 HB11 109.470 3.000
TIO CA1 CB1 HB12 109.470 3.000
TIO CA1 CB1 SG1 112.500 3.000
TIO HB11 CB1 HB12 107.900 3.000
TIO HB11 CB1 SG1 109.470 3.000
TIO HB12 CB1 SG1 109.470 3.000
TIO CB1 SG1 HG 96.000 3.000
TIO CA1 CB2 HB21 109.470 3.000
TIO CA1 CB2 HB22 109.470 3.000
TIO CA1 CB2 CG2 109.470 3.000
TIO HB21 CB2 HB22 107.900 3.000
TIO HB21 CB2 CG2 109.470 3.000
TIO HB22 CB2 CG2 109.470 3.000
TIO CB2 CG2 CD2 120.000 3.000
TIO CB2 CG2 CD1 120.000 3.000
TIO CD2 CG2 CD1 120.000 3.000
TIO CG2 CD2 HD2 120.000 3.000
TIO CG2 CD2 CE2 120.000 3.000
TIO HD2 CD2 CE2 120.000 3.000
TIO CD2 CE2 HE2 120.000 3.000
TIO CD2 CE2 CZ 120.000 3.000
TIO HE2 CE2 CZ 120.000 3.000
TIO CE2 CZ HZ 120.000 3.000
TIO CE2 CZ CE1 120.000 3.000
TIO HZ CZ CE1 120.000 3.000
TIO CZ CE1 HE1 120.000 3.000
TIO CZ CE1 CD1 120.000 3.000
TIO HE1 CE1 CD1 120.000 3.000
TIO CE1 CD1 HD1 120.000 3.000
TIO CE1 CD1 CG2 120.000 3.000
TIO HD1 CD1 CG2 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TIO var_1 OH C1 CA2 N -179.973 20.000 3
TIO var_2 C1 CA2 N C -179.953 20.000 3
TIO CONST_1 CA2 N C CA1 180.000 0.000 0
TIO var_3 N C CA1 CB2 -119.141 20.000 3
TIO var_4 C CA1 CB1 SG1 -174.314 20.000 3
TIO var_5 CA1 CB1 SG1 HG -179.981 20.000 1
TIO var_6 C CA1 CB2 CG2 64.097 20.000 3
TIO var_7 CA1 CB2 CG2 CD2 -93.704 20.000 2
TIO CONST_2 CB2 CG2 CD1 CE1 180.000 0.000 0
TIO CONST_3 CB2 CG2 CD2 CE2 180.000 0.000 0
TIO CONST_4 CG2 CD2 CE2 CZ 0.000 0.000 0
TIO CONST_5 CD2 CE2 CZ CE1 0.000 0.000 0
TIO CONST_6 CE2 CZ CE1 CD1 0.000 0.000 0
TIO CONST_7 CZ CE1 CD1 CG2 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TIO chir_01 CA1 CB1 C CB2 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TIO plan-1 C 0.020
TIO plan-1 CA1 0.020
TIO plan-1 O 0.020
TIO plan-1 N 0.020
TIO plan-1 HN 0.020
TIO plan-2 CG2 0.020
TIO plan-2 CB2 0.020
TIO plan-2 CD1 0.020
TIO plan-2 CD2 0.020
TIO plan-2 CE1 0.020
TIO plan-2 CE2 0.020
TIO plan-2 CZ 0.020
TIO plan-2 HD1 0.020
TIO plan-2 HD2 0.020
TIO plan-2 HE1 0.020
TIO plan-2 HE2 0.020
TIO plan-2 HZ 0.020
TIO plan-3 N 0.020
TIO plan-3 C 0.020
TIO plan-3 CA2 0.020
TIO plan-3 HN 0.020
TIO plan-4 C1 0.020
TIO plan-4 CA2 0.020
TIO plan-4 O1 0.020
TIO plan-4 OH 0.020
# ------------------------------------------------------
|
