1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TM3 TM3 '2-[[6-[[[2-(3-hydroxypropyl)-5-methy' non-polymer 83 41 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TM3
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TM3 O82 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
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TM3 H81 H H 0.000 -0.265 -0.968 -1.807
TM3 H81A H H 0.000 -1.688 -0.090 -1.189
TM3 C80 C CH2 0.000 -1.338 -1.997 -0.245
TM3 H80 H H 0.000 -1.908 -1.742 0.651
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TM3 C79 C CH2 0.000 -2.234 -2.763 -1.221
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TM3 C70 C CR6 0.000 -2.728 -4.026 -0.565
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TM3 H69 H H 0.000 -1.165 -5.239 -1.379
TM3 C68 C CR16 0.000 -2.509 -6.376 -0.162
TM3 H68 H H 0.000 -1.981 -7.308 -0.320
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TM3 C77 C CH3 0.000 -4.131 -7.617 1.286
TM3 H77B H H 0.000 -3.311 -8.259 1.476
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TM3 H77 H H 0.000 -4.816 -8.101 0.639
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TM3 H66 H H 0.000 -5.199 -5.142 1.464
TM3 C62 C CR6 0.000 -3.859 -3.994 0.241
TM3 N61 N NH1 0.000 -4.541 -2.792 0.443
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TM3 H60 H H 0.000 -5.479 -3.094 2.296
TM3 HO84 H H 0.000 -6.494 -3.429 0.869
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TM3 C34 C CR16 0.000 -5.840 -0.488 2.332
TM3 H34 H H 0.000 -5.111 -0.825 3.058
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TM3 H35 H H 0.000 -5.979 1.473 3.170
TM3 C24 C CR56 0.000 -7.266 1.234 1.458
TM3 N23 N NRD5 0.000 -7.915 2.412 1.264
TM3 C32 C CR16 0.000 -7.206 -0.943 0.410
TM3 H32 H H 0.000 -7.545 -1.626 -0.359
TM3 C25 C CR56 0.000 -7.705 0.351 0.460
TM3 N26 N NR5 0.000 -8.623 1.055 -0.302
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TM3 H41A H H 0.000 -9.487 1.352 -2.191
TM3 C42 C CR6 0.000 -10.715 0.053 -1.019
TM3 N49 N NRD6 0.000 -11.712 0.907 -0.889
TM3 C48 C CR6 0.000 -12.913 0.518 -0.510
TM3 C58 C CH3 0.000 -14.018 1.535 -0.385
TM3 H58B H H 0.000 -13.858 2.318 -1.081
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TM3 H58 H H 0.000 -14.023 1.932 0.597
TM3 C47 C CR16 0.000 -13.172 -0.809 -0.222
TM3 H47 H H 0.000 -14.161 -1.119 0.092
TM3 C46 C CR16 0.000 -12.150 -1.738 -0.339
TM3 H46 H H 0.000 -12.324 -2.784 -0.119
TM3 C45 C CR6 0.000 -10.897 -1.295 -0.747
TM3 O56 O OH1 0.000 -9.865 -2.169 -0.877
TM3 HO56 H H 0.000 -9.440 -2.296 -0.018
TM3 C17 C CR5 0.000 -8.710 2.310 0.229
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TM3 H15 H H 0.000 -8.527 5.056 0.383
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TM3 H14 H H 0.000 -11.508 5.124 -0.286
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TM3 H13 H H 0.000 -9.513 7.350 0.349
TM3 H13A H H 0.000 -10.832 6.800 1.415
TM3 N3 N NT 0.000 -11.453 7.814 -0.320
TM3 C2 C CH2 0.000 -11.672 9.049 0.448
TM3 H2A H H 0.000 -10.729 9.593 0.541
TM3 H2 H H 0.000 -12.046 8.800 1.443
TM3 C4 C CH2 0.000 -10.979 8.120 -1.676
TM3 H4 H H 0.000 -10.847 7.192 -2.235
TM3 H4A H H 0.000 -10.025 8.648 -1.619
TM3 C5 C CH2 0.000 -12.011 9.002 -2.384
TM3 H5 H H 0.000 -12.949 8.454 -2.491
TM3 H5A H H 0.000 -11.638 9.279 -3.373
TM3 O6 O O2 0.000 -12.233 10.184 -1.610
TM3 C1 C CH2 0.000 -12.697 9.921 -0.282
TM3 H1A H H 0.000 -13.655 9.400 -0.326
TM3 H1 H H 0.000 -12.822 10.864 0.254
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TM3 O82 n/a C81 START
TM3 HO82 O82 . .
TM3 C81 O82 C80 .
TM3 H81 C81 . .
TM3 H81A C81 . .
TM3 C80 C81 C79 .
TM3 H80 C80 . .
TM3 H80A C80 . .
TM3 C79 C80 C70 .
TM3 H79 C79 . .
TM3 H79A C79 . .
TM3 C70 C79 C62 .
TM3 C69 C70 C68 .
TM3 H69 C69 . .
TM3 C68 C69 C67 .
TM3 H68 C68 . .
TM3 C67 C68 C66 .
TM3 C77 C67 H77 .
TM3 H77B C77 . .
TM3 H77A C77 . .
TM3 H77 C77 . .
TM3 C66 C67 H66 .
TM3 H66 C66 . .
TM3 C62 C70 N61 .
TM3 N61 C62 C60 .
TM3 HO83 N61 . .
TM3 C60 N61 C33 .
TM3 H60 C60 . .
TM3 HO84 C60 . .
TM3 C33 C60 C32 .
TM3 C34 C33 C35 .
TM3 H34 C34 . .
TM3 C35 C34 C24 .
TM3 H35 C35 . .
TM3 C24 C35 N23 .
TM3 N23 C24 . .
TM3 C32 C33 C25 .
TM3 H32 C32 . .
TM3 C25 C32 N26 .
TM3 N26 C25 C17 .
TM3 C41 N26 C42 .
TM3 H41 C41 . .
TM3 H41A C41 . .
TM3 C42 C41 N49 .
TM3 N49 C42 C48 .
TM3 C48 N49 C47 .
TM3 C58 C48 H58 .
TM3 H58B C58 . .
TM3 H58A C58 . .
TM3 H58 C58 . .
TM3 C47 C48 C46 .
TM3 H47 C47 . .
TM3 C46 C47 C45 .
TM3 H46 C46 . .
TM3 C45 C46 O56 .
TM3 O56 C45 HO56 .
TM3 HO56 O56 . .
TM3 C17 N26 N16 .
TM3 N16 C17 C15 .
TM3 HN16 N16 . .
TM3 C15 N16 C14 .
TM3 H15 C15 . .
TM3 H15A C15 . .
TM3 C14 C15 C13 .
TM3 H14 C14 . .
TM3 H14A C14 . .
TM3 C13 C14 N3 .
TM3 H13 C13 . .
TM3 H13A C13 . .
TM3 N3 C13 C4 .
TM3 C2 N3 H2 .
TM3 H2A C2 . .
TM3 H2 C2 . .
TM3 C4 N3 C5 .
TM3 H4 C4 . .
TM3 H4A C4 . .
TM3 C5 C4 O6 .
TM3 H5 C5 . .
TM3 H5A C5 . .
TM3 O6 C5 C1 .
TM3 C1 O6 H1 .
TM3 H1A C1 . .
TM3 H1 C1 . END
TM3 C1 C2 . ADD
TM3 C17 N23 . ADD
TM3 C24 C25 . ADD
TM3 C42 C45 . ADD
TM3 C62 C66 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TM3 C1 C2 single 1.524 0.020
TM3 C1 O6 single 1.426 0.020
TM3 H1 C1 single 1.092 0.020
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TM3 N3 C13 single 1.469 0.020
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TM3 C13 C14 single 1.524 0.020
TM3 H13 C13 single 1.092 0.020
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TM3 N16 C17 single 1.350 0.020
TM3 HN16 N16 single 1.010 0.020
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TM3 C17 N23 double 1.350 0.020
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TM3 C24 C25 double 1.490 0.020
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TM3 H32 C32 single 1.083 0.020
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TM3 C33 C60 single 1.511 0.020
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TM3 H35 C35 single 1.083 0.020
TM3 C42 C41 single 1.511 0.020
TM3 H41 C41 single 1.092 0.020
TM3 H41A C41 single 1.092 0.020
TM3 C42 C45 double 1.487 0.020
TM3 N49 C42 single 1.350 0.020
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TM3 C45 C46 single 1.390 0.020
TM3 C46 C47 double 1.390 0.020
TM3 H46 C46 single 1.083 0.020
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TM3 H47 C47 single 1.083 0.020
TM3 C48 N49 double 1.350 0.020
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