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|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TMF TMF '5,10-METHYLENE-6-HYDROFOLIC ACID ' non-polymer 52 33 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TMF
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
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_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
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TMF O2 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
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TMF O1 O OC -0.500 1.108 1.701 -0.760
TMF CA C CH1 0.000 -1.191 1.533 -1.396
TMF HA H H 0.000 -1.168 2.630 -1.467
TMF CB C CH2 0.000 -1.231 0.932 -2.801
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TMF HG2 H H 0.000 -3.371 1.111 -2.975
TMF CD C C 0.000 -2.523 0.829 -4.916
TMF OE2 O OC -0.500 -3.470 1.101 -5.687
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TMF N N NH1 0.000 -2.383 1.118 -0.653
TMF HN H H 0.000 -2.819 0.229 -0.855
TMF C C C 0.000 -2.898 1.920 0.300
TMF O O O 0.000 -2.373 2.989 0.541
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TMF H15 H H 0.000 -6.284 -1.073 1.265
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TMF C12 C CR16 0.000 -4.633 2.333 2.036
TMF H12 H H 0.000 -4.166 3.286 2.253
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TMF CP1 C CH2 0.000 -8.546 0.046 2.146
TMF HCP2 H H 0.000 -8.137 -0.379 1.227
TMF HCP1 H H 0.000 -9.127 0.938 1.906
TMF N5 N NR6 0.000 -9.413 -0.944 2.801
TMF C9 C CH2 0.000 -7.189 -1.023 3.723
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TMF C6 C CH1 0.000 -8.525 -1.776 3.655
TMF H6 H H 0.000 -8.390 -2.777 3.220
TMF C7 C CR16 0.000 -9.198 -1.861 5.000
TMF H7 H H 0.000 -8.601 -1.995 5.894
TMF N8 N NRD6 0.000 -10.488 -1.774 5.090
TMF C8A C CR66 0.000 -11.308 -1.607 4.021
TMF N1 N NR16 0.000 -12.657 -1.862 4.088
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TMF C4A C CR66 0.000 -10.789 -1.132 2.823
TMF C4 C CR6 0.000 -11.650 -0.903 1.735
TMF O4 O O 0.000 -11.213 -0.464 0.681
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TMF C2 C CR6 0.000 -13.444 -1.639 3.002
TMF NA2 N NH2 0.000 -14.786 -1.903 3.090
TMF HN22 H H 0.000 -15.180 -2.263 3.950
TMF HN21 H H 0.000 -15.392 -1.740 2.295
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TMF O2 n/a CT START
TMF CT O2 CA .
TMF O1 CT . .
TMF CA CT N .
TMF HA CA . .
TMF CB CA CG .
TMF HB1 CB . .
TMF HB2 CB . .
TMF CG CB CD .
TMF HG1 CG . .
TMF HG2 CG . .
TMF CD CG OE1 .
TMF OE2 CD . .
TMF OE1 CD . .
TMF N CA C .
TMF HN N . .
TMF C N C11 .
TMF O C . .
TMF C11 C C16 .
TMF C16 C11 C15 .
TMF H16 C16 . .
TMF C15 C16 C14 .
TMF H15 C15 . .
TMF C14 C15 N10 .
TMF C13 C14 C12 .
TMF H13 C13 . .
TMF C12 C13 H12 .
TMF H12 C12 . .
TMF N10 C14 C9 .
TMF CP1 N10 N5 .
TMF HCP2 CP1 . .
TMF HCP1 CP1 . .
TMF N5 CP1 . .
TMF C9 N10 C6 .
TMF H91 C9 . .
TMF H92 C9 . .
TMF C6 C9 C7 .
TMF H6 C6 . .
TMF C7 C6 N8 .
TMF H7 C7 . .
TMF N8 C7 C8A .
TMF C8A N8 C4A .
TMF N1 C8A HN1 .
TMF HN1 N1 . .
TMF C4A C8A C4 .
TMF C4 C4A N3 .
TMF O4 C4 . .
TMF N3 C4 C2 .
TMF C2 N3 NA2 .
TMF NA2 C2 HN21 .
TMF HN22 NA2 . .
TMF HN21 NA2 . END
TMF N1 C2 . ADD
TMF C4A N5 . ADD
TMF N5 C6 . ADD
TMF C11 C12 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TMF N1 C2 single 1.337 0.020
TMF N1 C8A single 1.337 0.020
TMF HN1 N1 single 1.040 0.020
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TMF HN21 NA2 single 1.010 0.020
TMF HN22 NA2 single 1.010 0.020
TMF N3 C4 single 1.350 0.020
TMF O4 C4 double 1.250 0.020
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TMF C4A N5 single 1.410 0.020
TMF C4A C8A double 1.490 0.020
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TMF N5 CP1 single 1.465 0.020
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TMF N8 C7 double 1.337 0.020
TMF H7 C7 single 1.083 0.020
TMF C8A N8 single 1.350 0.020
TMF C9 N10 single 1.469 0.020
TMF H91 C9 single 1.092 0.020
TMF H92 C9 single 1.092 0.020
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TMF C13 C14 double 1.390 0.020
TMF H13 C13 single 1.083 0.020
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TMF H16 C16 single 1.083 0.020
TMF O C double 1.220 0.020
TMF C N single 1.330 0.020
TMF N CA single 1.450 0.020
TMF HN N single 1.010 0.020
TMF CB CA single 1.524 0.020
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TMF HA CA single 1.099 0.020
TMF CG CB single 1.524 0.020
TMF HB1 CB single 1.092 0.020
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TMF CD CG single 1.510 0.020
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TMF HG2 CG single 1.092 0.020
TMF OE1 CD deloc 1.250 0.020
TMF OE2 CD deloc 1.250 0.020
TMF O1 CT deloc 1.250 0.020
TMF CT O2 deloc 1.250 0.020
TMF HCP1 CP1 single 1.092 0.020
TMF HCP2 CP1 single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TMF O2 CT O1 123.000 3.000
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TMF HA CA N 108.550 3.000
TMF CB CA N 110.000 3.000
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TMF HG1 CG HG2 107.900 3.000
TMF HG1 CG CD 109.470 3.000
TMF HG2 CG CD 109.470 3.000
TMF CG CD OE2 118.500 3.000
TMF CG CD OE1 118.500 3.000
TMF OE2 CD OE1 123.000 3.000
TMF CA N HN 118.500 3.000
TMF CA N C 121.500 3.000
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TMF H15 C15 C14 120.000 3.000
TMF C15 C14 C13 120.000 3.000
TMF C15 C14 N10 120.000 3.000
TMF C13 C14 N10 120.000 3.000
TMF C14 C13 H13 120.000 3.000
TMF C14 C13 C12 120.000 3.000
TMF H13 C13 C12 120.000 3.000
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TMF C13 C12 C11 120.000 3.000
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TMF C14 N10 CP1 109.500 3.000
TMF C14 N10 C9 109.500 3.000
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TMF N10 CP1 HCP1 109.470 3.000
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TMF HCP2 CP1 HCP1 107.900 3.000
TMF HCP2 CP1 N5 109.470 3.000
TMF HCP1 CP1 N5 109.470 3.000
TMF CP1 N5 C4A 120.000 3.000
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TMF C4A N5 C6 120.000 3.000
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TMF C7 C6 N5 109.500 3.000
TMF C6 C7 H7 120.000 3.000
TMF C6 C7 N8 120.000 3.000
TMF H7 C7 N8 120.000 3.000
TMF C7 N8 C8A 120.000 3.000
TMF N8 C8A N1 120.000 3.000
TMF N8 C8A C4A 120.000 3.000
TMF N1 C8A C4A 120.000 3.000
TMF C8A N1 HN1 120.000 3.000
TMF C8A N1 C2 120.000 3.000
TMF HN1 N1 C2 120.000 3.000
TMF C8A C4A C4 120.000 3.000
TMF C8A C4A N5 120.000 3.000
TMF C4 C4A N5 120.000 3.000
TMF C4A C4 O4 120.000 3.000
TMF C4A C4 N3 120.000 3.000
TMF O4 C4 N3 120.000 3.000
TMF C4 N3 C2 120.000 3.000
TMF N3 C2 NA2 120.000 3.000
TMF N3 C2 N1 120.000 3.000
TMF NA2 C2 N1 120.000 3.000
TMF C2 NA2 HN22 120.000 3.000
TMF C2 NA2 HN21 120.000 3.000
TMF HN22 NA2 HN21 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TMF var_1 O2 CT CA N 29.974 20.000 3
TMF var_2 CT CA CB CG 179.969 20.000 3
TMF var_3 CA CB CG CD 179.985 20.000 3
TMF var_4 CB CG CD OE1 0.122 20.000 3
TMF var_5 CT CA N C 89.981 20.000 3
TMF CONST_1 CA N C C11 180.000 0.000 0
TMF var_6 N C C11 C16 -0.012 20.000 1
TMF CONST_2 C C11 C12 C13 180.000 0.000 0
TMF CONST_3 C C11 C16 C15 180.000 0.000 0
TMF CONST_4 C11 C16 C15 C14 0.000 0.000 0
TMF CONST_5 C16 C15 C14 N10 180.000 0.000 0
TMF CONST_6 C15 C14 C13 C12 0.000 0.000 0
TMF CONST_7 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
TMF var_7 C15 C14 N10 C9 53.541 20.000 1
TMF var_8 C14 N10 CP1 N5 150.000 20.000 1
TMF var_9 N10 CP1 N5 C4A 150.000 20.000 1
TMF var_10 CP1 N5 C6 C9 0.000 20.000 1
TMF var_11 C14 N10 C9 C6 -150.000 20.000 1
TMF var_12 N10 C9 C6 C7 -90.000 20.000 3
TMF CONST_8 C9 C6 C7 N8 150.000 0.000 0
TMF CONST_9 C6 C7 N8 C8A 0.000 0.000 0
TMF CONST_10 C7 N8 C8A C4A -30.000 0.000 0
TMF CONST_11 N8 C8A N1 C2 180.000 0.000 0
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TMF CONST_13 N8 C8A C4A C4 180.000 0.000 0
TMF CONST_14 C8A C4A N5 CP1 -150.000 0.000 0
TMF CONST_15 C8A C4A C4 N3 0.000 0.000 0
TMF CONST_16 C4A C4 N3 C2 0.000 0.000 0
TMF CONST_17 C4 N3 C2 NA2 180.000 0.000 0
TMF CONST_18 N3 C2 NA2 HN21 -0.060 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TMF chir_01 C6 N5 C7 C9 positiv
TMF chir_02 N10 C9 C14 CP1 negativ
TMF chir_03 CA N CB CT positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TMF plan-1 N1 0.020
TMF plan-1 C2 0.020
TMF plan-1 C8A 0.020
TMF plan-1 HN1 0.020
TMF plan-1 N3 0.020
TMF plan-1 C4 0.020
TMF plan-1 NA2 0.020
TMF plan-1 O4 0.020
TMF plan-1 C4A 0.020
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TMF plan-1 CP1 0.020
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TMF plan-2 NA2 0.020
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TMF plan-2 HN22 0.020
TMF plan-3 C11 0.020
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TMF plan-3 C16 0.020
TMF plan-3 C 0.020
TMF plan-3 C13 0.020
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TMF plan-3 H12 0.020
TMF plan-3 H13 0.020
TMF plan-3 N10 0.020
TMF plan-3 H15 0.020
TMF plan-3 H16 0.020
TMF plan-4 C 0.020
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TMF plan-4 O 0.020
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TMF plan-5 C 0.020
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TMF plan-5 HN 0.020
TMF plan-6 CD 0.020
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TMF plan-7 O1 0.020
TMF plan-7 O2 0.020
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