1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TON TON '2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PH' non-polymer 51 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TON
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TON O3 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
TON HO3 H H 0.000 0.678 -0.683 0.092
TON C4 C CH2 0.000 0.060 0.884 1.121
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TON H42 H H 0.000 -0.113 0.319 2.039
TON C3 C CH2 0.000 -1.013 1.964 0.976
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TON O2 O O2 0.000 -2.303 1.350 0.920
TON C2 C CH2 0.000 -3.257 2.407 0.786
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TON H22 H H 0.000 -3.182 3.076 1.645
TON C1 C CH2 0.000 -4.666 1.815 0.720
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TON H12 H H 0.000 -5.394 2.622 0.616
TON O1 O O2 0.000 -4.932 1.083 1.917
TON C15 C CR6 0.000 -6.190 0.584 1.802
TON C14 C CR16 0.000 -6.731 -0.179 2.826
TON H14 H H 0.000 -6.151 -0.377 3.719
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TON C17 C CR16 0.000 -8.213 0.325 0.543
TON H17 H H 0.000 -8.792 0.514 -0.352
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TON C13 C CR16 0.000 -8.011 -0.686 2.706
TON H13 H H 0.000 -8.433 -1.283 3.504
TON C5 C CT 0.000 -10.148 -0.985 1.439
TON C8 C CH3 0.000 -11.017 -0.445 2.575
TON H83 H H 0.000 -11.827 -1.106 2.747
TON H82 H H 0.000 -10.436 -0.363 3.458
TON H81 H H 0.000 -11.393 0.510 2.311
TON C7 C CH3 0.000 -10.100 -2.512 1.516
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TON H72 H H 0.000 -11.077 -2.890 1.673
TON H71 H H 0.000 -9.714 -2.901 0.609
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TON H62 H H 0.000 -10.897 0.519 0.091
TON C9 C CT 0.000 -12.082 -1.271 -0.116
TON C10 C CH3 0.000 -12.870 -0.558 -1.216
TON H103 H H 0.000 -12.354 -0.648 -2.137
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TON H101 H H 0.000 -12.973 0.467 -0.969
TON C11 C CH3 0.000 -11.829 -2.722 -0.530
TON H113 H H 0.000 -12.755 -3.208 -0.702
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TON H111 H H 0.000 -11.307 -3.225 0.243
TON C12 C CH3 0.000 -12.885 -1.245 1.185
TON H123 H H 0.000 -12.536 -2.009 1.831
TON H122 H H 0.000 -12.766 -0.304 1.655
TON H121 H H 0.000 -13.910 -1.405 0.971
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TON O3 n/a C4 START
TON HO3 O3 . .
TON C4 O3 C3 .
TON H41 C4 . .
TON H42 C4 . .
TON C3 C4 O2 .
TON H31 C3 . .
TON H32 C3 . .
TON O2 C3 C2 .
TON C2 O2 C1 .
TON H21 C2 . .
TON H22 C2 . .
TON C1 C2 O1 .
TON H11 C1 . .
TON H12 C1 . .
TON O1 C1 C15 .
TON C15 O1 C16 .
TON C14 C15 H14 .
TON H14 C14 . .
TON C16 C15 C17 .
TON H162 C16 . .
TON C17 C16 C18 .
TON H17 C17 . .
TON C18 C17 C5 .
TON C13 C18 H13 .
TON H13 C13 . .
TON C5 C18 C6 .
TON C8 C5 H81 .
TON H83 C8 . .
TON H82 C8 . .
TON H81 C8 . .
TON C7 C5 H71 .
TON H73 C7 . .
TON H72 C7 . .
TON H71 C7 . .
TON C6 C5 C9 .
TON H61 C6 . .
TON H62 C6 . .
TON C9 C6 C12 .
TON C10 C9 H101 .
TON H103 C10 . .
TON H102 C10 . .
TON H101 C10 . .
TON C11 C9 H111 .
TON H113 C11 . .
TON H112 C11 . .
TON H111 C11 . .
TON C12 C9 H121 .
TON H123 C12 . .
TON H122 C12 . .
TON H121 C12 . END
TON C13 C14 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TON C13 C14 double 1.390 0.020
TON C13 C18 single 1.390 0.020
TON H13 C13 single 1.083 0.020
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TON H14 C14 single 1.083 0.020
TON C15 O1 single 1.370 0.020
TON C16 C15 double 1.390 0.020
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TON H12 C1 single 1.092 0.020
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TON O2 C3 single 1.426 0.020
TON C3 C4 single 1.524 0.020
TON H31 C3 single 1.092 0.020
TON H32 C3 single 1.092 0.020
TON C4 O3 single 1.432 0.020
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TON HO3 O3 single 0.967 0.020
TON C17 C16 single 1.390 0.020
TON H162 C16 single 1.083 0.020
TON C18 C17 double 1.390 0.020
TON H17 C17 single 1.083 0.020
TON C5 C18 single 1.500 0.020
TON C8 C5 single 1.524 0.020
TON C7 C5 single 1.524 0.020
TON C6 C5 single 1.524 0.020
TON H81 C8 single 1.059 0.020
TON H82 C8 single 1.059 0.020
TON H83 C8 single 1.059 0.020
TON H71 C7 single 1.059 0.020
TON H72 C7 single 1.059 0.020
TON H73 C7 single 1.059 0.020
TON C9 C6 single 1.524 0.020
TON H61 C6 single 1.092 0.020
TON H62 C6 single 1.092 0.020
TON C12 C9 single 1.524 0.020
TON C11 C9 single 1.524 0.020
TON C10 C9 single 1.524 0.020
TON H121 C12 single 1.059 0.020
TON H122 C12 single 1.059 0.020
TON H123 C12 single 1.059 0.020
TON H111 C11 single 1.059 0.020
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TON H101 C10 single 1.059 0.020
TON H102 C10 single 1.059 0.020
TON H103 C10 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TON HO3 O3 C4 109.470 3.000
TON O3 C4 H41 109.470 3.000
TON O3 C4 H42 109.470 3.000
TON O3 C4 C3 109.470 3.000
TON H41 C4 H42 107.900 3.000
TON H41 C4 C3 109.470 3.000
TON H42 C4 C3 109.470 3.000
TON C4 C3 H31 109.470 3.000
TON C4 C3 H32 109.470 3.000
TON C4 C3 O2 109.470 3.000
TON H31 C3 H32 107.900 3.000
TON H31 C3 O2 109.470 3.000
TON H32 C3 O2 109.470 3.000
TON C3 O2 C2 111.800 3.000
TON O2 C2 H21 109.470 3.000
TON O2 C2 H22 109.470 3.000
TON O2 C2 C1 109.470 3.000
TON H21 C2 H22 107.900 3.000
TON H21 C2 C1 109.470 3.000
TON H22 C2 C1 109.470 3.000
TON C2 C1 H11 109.470 3.000
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TON H11 C1 O1 109.470 3.000
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TON C1 O1 C15 120.000 3.000
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TON H14 C14 C13 120.000 3.000
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TON H13 C13 C14 120.000 3.000
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TON C8 C5 C6 111.000 3.000
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TON C9 C11 H113 109.470 3.000
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TON C9 C11 H111 109.470 3.000
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TON C9 C12 H123 109.470 3.000
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TON H122 C12 H121 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TON var_1 HO3 O3 C4 C3 -179.987 20.000 1
TON var_2 O3 C4 C3 O2 59.973 20.000 3
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TON var_6 C2 C1 O1 C15 -179.997 20.000 1
TON var_7 C1 O1 C15 C16 0.003 20.000 1
TON CONST_1 O1 C15 C14 C13 180.000 0.000 0
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TON var_8 C17 C18 C5 C6 -0.311 20.000 1
TON var_9 C18 C5 C8 H81 83.950 20.000 1
TON var_10 C18 C5 C7 H71 -74.241 20.000 1
TON var_11 C18 C5 C6 C9 172.652 20.000 1
TON var_12 C5 C6 C9 C12 42.984 20.000 1
TON var_13 C6 C9 C10 H101 -55.213 20.000 1
TON var_14 C6 C9 C11 H111 61.510 20.000 1
TON var_15 C6 C9 C12 H121 159.724 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TON chir_01 C5 C18 C8 C7 positiv
TON chir_02 C9 C6 C12 C11 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TON plan-1 C13 0.020
TON plan-1 C14 0.020
TON plan-1 C18 0.020
TON plan-1 H13 0.020
TON plan-1 C15 0.020
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TON plan-1 H14 0.020
TON plan-1 O1 0.020
TON plan-1 H162 0.020
TON plan-1 H17 0.020
TON plan-1 C5 0.020
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