1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TTX TTX 'TENTOXIN ' non-polymer 60 30 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TTX
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TTX O4 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
TTX C14 C C 0.000 -0.193 0.156 1.175
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TTX C16 C C1 0.000 0.568 2.332 0.925
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TTX C18 C CR16 0.000 0.994 4.438 2.396
TTX H181 H H 0.000 0.628 3.954 3.293
TTX C19 C CR16 0.000 1.453 5.709 2.486
TTX H191 H H 0.000 1.452 6.207 3.448
TTX C20 C CR16 0.000 1.914 6.367 1.399
TTX H201 H H 0.000 2.280 7.384 1.474
TTX C21 C CR16 0.000 1.903 5.719 0.223
TTX H211 H H 0.000 2.270 6.213 -0.668
TTX C22 C CR16 0.000 1.429 4.432 0.144
TTX H221 H H 0.000 1.419 3.946 -0.824
TTX N4 N NH1 0.000 -0.688 -0.839 1.898
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TTX C13 C CH2 0.000 -1.193 -2.151 1.480
TTX H131 H H 0.000 -0.397 -2.898 1.523
TTX H132 H H 0.000 -1.590 -2.102 0.464
TTX C12 C C 0.000 -2.297 -2.536 2.435
TTX O3 O O 0.000 -2.152 -3.427 3.256
TTX N3 N N 0.000 -3.407 -1.886 2.405
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TTX H111 H H 0.000 -5.269 -2.581 2.871
TTX C9 C CH1 0.000 -3.692 -0.853 1.478
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TTX C10 C CH3 0.000 -5.107 -0.987 0.999
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TTX H101 H H 0.000 -5.328 -0.192 0.339
TTX C8 C C 0.000 -3.486 0.502 2.080
TTX O2 O O 0.000 -3.767 1.478 1.416
TTX N2 N NH1 0.000 -2.983 0.665 3.314
TTX HN21 H H 0.000 -3.193 -0.040 4.007
TTX C5 C CH1 0.000 -2.131 1.825 3.729
TTX H51 H H 0.000 -1.900 2.402 2.823
TTX C4 C CH2 0.000 -2.899 2.745 4.671
TTX H41 H H 0.000 -3.225 2.075 5.469
TTX H42 H H 0.000 -3.763 3.050 4.077
TTX C2 C CH1 0.000 -2.253 3.948 5.264
TTX H21 H H 0.000 -1.187 3.748 5.443
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TTX H33 H H 0.000 -2.440 5.068 7.057
TTX H32 H H 0.000 -3.949 4.551 6.389
TTX H31 H H 0.000 -2.930 3.416 7.204
TTX C1 C CH3 0.000 -2.401 5.130 4.364
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TTX H11 H H 0.000 -3.425 5.274 4.147
TTX C6 C C 0.000 -0.753 1.074 4.193
TTX O1 O O 0.000 -0.324 1.319 5.534
TTX N1 N NT 0.000 -0.041 1.554 3.027
TTX C7 C CH3 0.000 0.271 2.793 3.562
TTX H73 H H 0.000 0.040 2.780 4.588
TTX H72 H H 0.000 1.299 2.968 3.417
TTX H71 H H 0.000 -0.301 3.524 3.065
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TTX O4 n/a C14 START
TTX C14 O4 N4 .
TTX C15 C14 C16 .
TTX C16 C15 C17 .
TTX H161 C16 . .
TTX C17 C16 C18 .
TTX C18 C17 C19 .
TTX H181 C18 . .
TTX C19 C18 C20 .
TTX H191 C19 . .
TTX C20 C19 C21 .
TTX H201 C20 . .
TTX C21 C20 C22 .
TTX H211 C21 . .
TTX C22 C21 H221 .
TTX H221 C22 . .
TTX N4 C14 C13 .
TTX HN41 N4 . .
TTX C13 N4 C12 .
TTX H131 C13 . .
TTX H132 C13 . .
TTX C12 C13 N3 .
TTX O3 C12 . .
TTX N3 C12 C9 .
TTX C11 N3 H111 .
TTX H113 C11 . .
TTX H112 C11 . .
TTX H111 C11 . .
TTX C9 N3 C8 .
TTX H91 C9 . .
TTX C10 C9 H101 .
TTX H103 C10 . .
TTX H102 C10 . .
TTX H101 C10 . .
TTX C8 C9 N2 .
TTX O2 C8 . .
TTX N2 C8 C5 .
TTX HN21 N2 . .
TTX C5 N2 C6 .
TTX H51 C5 . .
TTX C4 C5 C2 .
TTX H41 C4 . .
TTX H42 C4 . .
TTX C2 C4 C1 .
TTX H21 C2 . .
TTX C3 C2 H31 .
TTX H33 C3 . .
TTX H32 C3 . .
TTX H31 C3 . .
TTX C1 C2 H11 .
TTX H13 C1 . .
TTX H12 C1 . .
TTX H11 C1 . .
TTX C6 C5 N1 .
TTX O1 C6 . .
TTX N1 C6 C7 .
TTX C7 N1 H71 .
TTX H73 C7 . .
TTX H72 C7 . .
TTX H71 C7 . END
TTX N1 C15 . ADD
TTX C17 C22 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TTX C7 N1 single 1.469 0.020
TTX H71 C7 single 1.059 0.020
TTX H72 C7 single 1.059 0.020
TTX H73 C7 single 1.059 0.020
TTX N1 C15 single 1.416 0.020
TTX N1 C6 single 1.416 0.020
TTX C16 C15 double 1.340 0.020
TTX C15 C14 single 1.460 0.020
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TTX H161 C16 single 1.077 0.020
TTX C17 C22 double 1.390 0.020
TTX C18 C17 single 1.390 0.020
TTX C22 C21 single 1.390 0.020
TTX H221 C22 single 1.083 0.020
TTX C21 C20 double 1.390 0.020
TTX H211 C21 single 1.083 0.020
TTX C20 C19 single 1.390 0.020
TTX H201 C20 single 1.083 0.020
TTX C19 C18 double 1.390 0.020
TTX H191 C19 single 1.083 0.020
TTX H181 C18 single 1.083 0.020
TTX O1 C6 double 1.220 0.020
TTX C6 C5 single 1.500 0.020
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TTX H42 C4 single 1.092 0.020
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TTX H21 C2 single 1.099 0.020
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TTX H33 C3 single 1.059 0.020
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TTX O3 C12 double 1.220 0.020
TTX C12 C13 single 1.510 0.020
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TTX HN41 N4 single 1.010 0.020
TTX C14 O4 double 1.220 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TTX O4 C14 C15 120.500 3.000
TTX O4 C14 N4 123.000 3.000
TTX C15 C14 N4 120.000 3.000
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TTX C14 C15 N1 120.000 3.000
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TTX C19 C20 C21 120.000 3.000
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TTX H211 C21 C22 120.000 3.000
TTX C21 C22 H221 120.000 3.000
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TTX H221 C22 C17 120.000 3.000
TTX C14 N4 HN41 120.000 3.000
TTX C14 N4 C13 121.500 3.000
TTX HN41 N4 C13 118.500 3.000
TTX N4 C13 H131 109.470 3.000
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TTX N4 C13 C12 111.600 3.000
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TTX C9 C8 O2 120.500 3.000
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TTX N2 C5 C4 110.000 3.000
TTX N2 C5 C6 111.600 3.000
TTX H51 C5 C4 108.340 3.000
TTX H51 C5 C6 108.810 3.000
TTX C4 C5 C6 109.470 3.000
TTX C5 C4 H41 109.470 3.000
TTX C5 C4 H42 109.470 3.000
TTX C5 C4 C2 111.000 3.000
TTX H41 C4 H42 107.900 3.000
TTX H41 C4 C2 109.470 3.000
TTX H42 C4 C2 109.470 3.000
TTX C4 C2 H21 108.340 3.000
TTX C4 C2 C3 111.000 3.000
TTX C4 C2 C1 111.000 3.000
TTX H21 C2 C3 108.340 3.000
TTX H21 C2 C1 108.340 3.000
TTX C3 C2 C1 111.000 3.000
TTX C2 C3 H33 109.470 3.000
TTX C2 C3 H32 109.470 3.000
TTX C2 C3 H31 109.470 3.000
TTX H33 C3 H32 109.470 3.000
TTX H33 C3 H31 109.470 3.000
TTX H32 C3 H31 109.470 3.000
TTX C2 C1 H13 109.470 3.000
TTX C2 C1 H12 109.470 3.000
TTX C2 C1 H11 109.470 3.000
TTX H13 C1 H12 109.470 3.000
TTX H13 C1 H11 109.470 3.000
TTX H12 C1 H11 109.470 3.000
TTX C5 C6 O1 120.500 3.000
TTX C5 C6 N1 120.000 3.000
TTX O1 C6 N1 120.000 3.000
TTX C6 N1 C7 109.470 3.000
TTX C6 N1 C15 109.470 3.000
TTX C7 N1 C15 109.470 3.000
TTX N1 C7 H73 109.470 3.000
TTX N1 C7 H72 109.470 3.000
TTX N1 C7 H71 109.470 3.000
TTX H73 C7 H72 109.470 3.000
TTX H73 C7 H71 109.470 3.000
TTX H72 C7 H71 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TTX var_1 O4 C14 C15 C16 -2.047 20.000 1
TTX CONST_1 C14 C15 C16 C17 -178.984 0.000 0
TTX var_2 C15 C16 C17 C18 2.839 20.000 1
TTX CONST_2 C16 C17 C22 C21 180.000 0.000 0
TTX CONST_3 C16 C17 C18 C19 180.000 0.000 0
TTX CONST_4 C17 C18 C19 C20 0.000 0.000 0
TTX CONST_5 C18 C19 C20 C21 0.000 0.000 0
TTX CONST_6 C19 C20 C21 C22 0.000 0.000 0
TTX CONST_7 C20 C21 C22 C17 0.000 0.000 0
TTX CONST_8 O4 C14 N4 C13 0.000 0.000 0
TTX var_3 C14 N4 C13 C12 -147.612 20.000 3
TTX var_4 N4 C13 C12 N3 69.301 20.000 3
TTX CONST_9 C13 C12 N3 C9 0.000 0.000 0
TTX var_5 C12 N3 C11 H111 -123.505 20.000 1
TTX var_6 C12 N3 C9 C8 -99.251 20.000 3
TTX var_7 N3 C9 C10 H101 177.668 20.000 3
TTX var_8 N3 C9 C8 N2 5.215 20.000 3
TTX CONST_10 C9 C8 N2 C5 180.000 0.000 0
TTX var_9 C8 N2 C5 C6 -120.146 20.000 3
TTX var_10 N2 C5 C4 C2 177.837 20.000 3
TTX var_11 C5 C4 C2 C1 87.967 20.000 3
TTX var_12 C4 C2 C3 H31 54.745 20.000 3
TTX var_13 C4 C2 C1 H11 54.771 20.000 3
TTX var_14 N2 C5 C6 N1 108.242 20.000 3
TTX var_15 C5 C6 N1 C7 83.425 20.000 1
TTX var_16 C6 N1 C15 C14 -27.929 20.000 1
TTX var_17 C6 N1 C7 H71 -109.368 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TTX chir_01 N1 C7 C15 C6 positiv
TTX chir_02 C5 C6 C4 N2 positiv
TTX chir_03 C2 C4 C1 C3 negativ
TTX chir_04 C9 C8 C10 N3 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TTX plan-1 C15 0.020
TTX plan-1 N1 0.020
TTX plan-1 C16 0.020
TTX plan-1 C14 0.020
TTX plan-1 C17 0.020
TTX plan-1 H161 0.020
TTX plan-2 C17 0.020
TTX plan-2 C16 0.020
TTX plan-2 C22 0.020
TTX plan-2 C18 0.020
TTX plan-2 C21 0.020
TTX plan-2 C20 0.020
TTX plan-2 C19 0.020
TTX plan-2 H221 0.020
TTX plan-2 H211 0.020
TTX plan-2 H201 0.020
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TTX plan-2 H161 0.020
TTX plan-3 C6 0.020
TTX plan-3 N1 0.020
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TTX plan-3 C5 0.020
TTX plan-4 N2 0.020
TTX plan-4 C5 0.020
TTX plan-4 C8 0.020
TTX plan-4 HN21 0.020
TTX plan-5 C8 0.020
TTX plan-5 N2 0.020
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TTX plan-6 C9 0.020
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TTX plan-9 N4 0.020
TTX plan-9 O4 0.020
TTX plan-9 HN41 0.020
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