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|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
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_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TYM TYM 'TRYPTOPHANYL-5'AMP ' non-polymer 60 37 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TYM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
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TYM CB C CH2 0.000 -1.194 0.043 2.967
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TYM HCB2 H H 0.000 -0.659 0.973 2.769
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TYM CH2 C CR16 0.000 -3.192 -2.469 7.287
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TYM CE3 C CR16 0.000 -3.184 -1.660 5.037
TYM HE3C H H 0.000 -3.670 -1.557 4.074
TYM CD2 C CR56 0.000 -1.916 -1.114 5.243
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TYM HH31 H H 0.000 1.419 -0.491 2.149
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TYM P P P 0.000 -2.253 -0.537 -1.555
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TYM O2P O OP -0.500 -1.192 -1.132 -2.403
TYM "O5'" O O2 0.000 -3.694 -1.056 -2.051
TYM "C5'" C CH2 0.000 -3.837 -0.640 -3.410
TYM "H5'1" H H 0.000 -3.037 -1.078 -4.011
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TYM "C4'" C CH1 0.000 -5.192 -1.105 -3.945
TYM "H4'C" H H 0.000 -5.263 -2.200 -3.881
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TYM "H3'C" H H 0.000 -4.495 -0.056 -5.729
TYM "O3'" O OH1 0.000 -5.534 -1.781 -6.270
TYM "H3'O" H H 0.000 -5.697 -1.475 -7.173
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TYM "H2'C" H H 0.000 -6.393 1.284 -5.320
TYM "O2'" O OH1 0.000 -7.452 -0.043 -6.538
TYM "H2'O" H H 0.000 -6.994 0.269 -7.331
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TYM HC2 H H 0.000 -12.425 -0.042 -5.174
TYM N3 N NRD6 0.000 -10.470 0.179 -4.538
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TYM O n/a C START
TYM C O OPP .
TYM CA C NH3 .
TYM HCA CA . .
TYM CB CA CG .
TYM HCB1 CB . .
TYM HCB2 CB . .
TYM CG CB CD1 .
TYM CD1 CG NE1 .
TYM HD1C CD1 . .
TYM NE1 CD1 CE2 .
TYM HE1N NE1 . .
TYM CE2 NE1 CZ2 .
TYM CZ2 CE2 CH2 .
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TYM HH2C CH2 . .
TYM CZ3 CH2 CE3 .
TYM HZ3C CZ3 . .
TYM CE3 CZ3 CD2 .
TYM HE3C CE3 . .
TYM CD2 CE3 . .
TYM NH3 CA HH31 .
TYM HH32 NH3 . .
TYM HH31 NH3 . .
TYM OPP C P .
TYM P OPP "O5'" .
TYM O1P P . .
TYM O2P P . .
TYM "O5'" P "C5'" .
TYM "C5'" "O5'" "C4'" .
TYM "H5'1" "C5'" . .
TYM "H5'2" "C5'" . .
TYM "C4'" "C5'" "C3'" .
TYM "H4'C" "C4'" . .
TYM "C3'" "C4'" "C2'" .
TYM "H3'C" "C3'" . .
TYM "O3'" "C3'" "H3'O" .
TYM "H3'O" "O3'" . .
TYM "C2'" "C3'" "C1'" .
TYM "H2'C" "C2'" . .
TYM "O2'" "C2'" "H2'O" .
TYM "H2'O" "O2'" . .
TYM "C1'" "C2'" N9 .
TYM "H1'C" "C1'" . .
TYM "O4'" "C1'" . .
TYM N9 "C1'" C8 .
TYM C8 N9 N7 .
TYM HC8 C8 . .
TYM N7 C8 C5 .
TYM C5 N7 C6 .
TYM C4 C5 . .
TYM C6 C5 N1 .
TYM N6 C6 HN61 .
TYM HN62 N6 . .
TYM HN61 N6 . .
TYM N1 C6 C2 .
TYM C2 N1 N3 .
TYM HC2 C2 . .
TYM N3 C2 . END
TYM "C4'" "O4'" . ADD
TYM N9 C4 . ADD
TYM C4 N3 . ADD
TYM CG CD2 . ADD
TYM CD2 CE2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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TYM O2P P deloc 1.510 0.020
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TYM "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
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TYM HZ3C CZ3 single 1.083 0.020
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TYM C O deloc 1.220 0.020
TYM OPP C deloc 1.454 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TYM O C CA 120.500 3.000
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TYM HCA CA NH3 109.470 3.000
TYM CB CA NH3 109.470 3.000
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TYM HCB1 CB CG 109.470 3.000
TYM HCB2 CB CG 109.470 3.000
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TYM NE1 CE2 CD2 108.000 3.000
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TYM CE2 CZ2 HZ2C 120.000 3.000
TYM CE2 CZ2 CH2 120.000 3.000
TYM HZ2C CZ2 CH2 120.000 3.000
TYM CZ2 CH2 HH2C 120.000 3.000
TYM CZ2 CH2 CZ3 120.000 3.000
TYM HH2C CH2 CZ3 120.000 3.000
TYM CH2 CZ3 HZ3C 120.000 3.000
TYM CH2 CZ3 CE3 120.000 3.000
TYM HZ3C CZ3 CE3 120.000 3.000
TYM CZ3 CE3 HE3C 120.000 3.000
TYM CZ3 CE3 CD2 120.000 3.000
TYM HE3C CE3 CD2 120.000 3.000
TYM CE3 CD2 CG 126.000 3.000
TYM CE3 CD2 CE2 120.000 3.000
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TYM CA NH3 HH32 120.000 3.000
TYM CA NH3 HH31 120.000 3.000
TYM HH32 NH3 HH31 120.000 3.000
TYM C OPP P 120.000 3.000
TYM OPP P O1P 108.200 3.000
TYM OPP P O2P 108.200 3.000
TYM OPP P "O5'" 102.600 3.000
TYM O1P P O2P 119.900 3.000
TYM O1P P "O5'" 108.200 3.000
TYM O2P P "O5'" 108.200 3.000
TYM P "O5'" "C5'" 120.500 3.000
TYM "O5'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
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TYM "H5'1" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
TYM "H5'2" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
TYM "C5'" "C4'" "H4'C" 108.340 3.000
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TYM "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
TYM "H4'C" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
TYM "H4'C" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
TYM "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
TYM "C4'" "C3'" "H3'C" 108.340 3.000
TYM "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
TYM "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
TYM "H3'C" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
TYM "H3'C" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
TYM "O3'" "C3'" "C2'" 109.470 3.000
TYM "C3'" "O3'" "H3'O" 109.470 3.000
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TYM C5 C4 N9 108.000 3.000
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TYM N6 C6 N1 120.000 3.000
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TYM HN62 N6 HN61 120.000 3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.volume_sign
TYM chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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